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A total of 26 strains, including 15 strains isolated from garlic plants with the typical symptoms of 'Café au lait' disease and 11 strains isolated from diseased or healthy rice seeds and sheaths infested by Pseudomonas fuscovaginae, were compared with 70 type or reference strains of oxiclase-positive pathogenic or non-pathogenic fluorescent pseudomonads. The strains were characterized by using a polyphasic taxonomic approach. Numerical taxonomy of phenotypic characteristics showed that the garlic and rice strains were related to each other. However, they clustered into separate phenons, distinct from those of the other strains tested, and were different in several nutritional tests. On the basis of DNA-DNA hybridization, the garlic and rice strains constituted two distinct DNA hybridization groups, indicating that they belonged to separate species. The two groups of strains were also well differentiated by siderotyping. Garlic strains were pathogenic to garlic plants and either weakly pathogenic or non-pathogenic on rice; rice strains were either weakly pathogenic or non-pathogenic on rice and non-pathogenic on garlic. A phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences confirmed that the two groups of strains belonged to the [gamma]-Proteobacteria and to the genus Pseudomonas. The names Pseudomonas salomonii sp. nov. and Pseudomonas palleroniana sp. nov. are respectively proposed for the garlic strains and the rice strains. The type strains are P. salomonii CFBP 2022T (= ICMP 14252T = NCPPB 4277T) and P. palleroniana CFBP 4389T (= ICMP 14253T = NCPPB 4278T).

A total of 26 strains, including 15 strains isolated from garlic plants with the typical symptoms of 'Café au lait' disease and 11 strains isolated from diseased or healthy rice seeds and sheaths infested by Pseudomonas fuscovaginae, were compared with 70 type or reference strains of oxiclase-positive pathogenic or non-pathogenic fluorescent pseudomonads. The strains were characterized by using a polyphasic taxonomic approach. Numerical taxonomy of phenotypic characteristics showed that the garlic and rice strains were related to each other. However, they clustered into separate phenons, distinct from those of the other strains tested, and were different in several nutritional tests. On the basis of DNA-DNA hybridization, the garlic and rice strains constituted two distinct DNA hybridization groups, indicating that they belonged to separate species. The two groups of strains were also well differentiated by siderotyping. Garlic strains were pathogenic to garlic plants and either weakly pathogenic or non-pathogenic on rice; rice strains were either weakly pathogenic or non-pathogenic on rice and non-pathogenic on garlic. A phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences confirmed that the two groups of strains belonged to the [gamma]-Proteobacteria and to the genus Pseudomonas. The names Pseudomonas salomonii sp. nov. and Pseudomonas palleroniana sp. nov. are respectively proposed for the garlic strains and the rice strains. The type strains are P. salomonii CFBP 2022T (= ICMP 14252T = NCPPB 4277T) and P. palleroniana CFBP 4389T (= ICMP 14253T = NCPPB 4278T).

Introduction. Les productions tropicales, primordiales pour les pays en voie de développement, peuvent cependant être considérées comme le parent pauvre des marqueurs moléculaires. L'utilisation de microsatellites a de nombreux avantages par rapport à d'autres techniques moléculaires comme les analyses d'isozymes, de RFLP ou de RADP. Notre objectif a donc été de développer une méthode permettant de constituer des banques enrichies en microsatellites en utilisant, comme matériel de départ, du DNA de plantes tropicales. Une construction simple et rapide de banque enrichie en séquences microsatellites (GA)n du palmier à huile est décrite ici. Procédure de construction de banques enrichies en microsatellites. L'hybridation avec une sonde microsatellite biotinylée puis la capture des séquences ciblées grâce à des particules magnétiques recouvertes de streptavidine sont les deux principes de la technique utilisée. Les différentes étapes de la méthode sont discutées et un protocole optimisé est proposé. Caractérisation des banques enrichies. Les banques de plusieurs milliers de clones ont une proportion de clones positifs, contenant un microsatellite, supérieure à 70 %. Le taux de redondance des clones positifs dépend du mode de préparation de l'ADN, avec, respectivement, 20 % et 60 % pour des fragments obtenus par restriction par PstI ou par sonication. Conclusion. L'étude présentée donne une technique pour développer facilement des banques de marqueurs satellites spécifiques des productions tropicales en attendant que la communauté internationale entreprenne des projets moléculaires appliqués à l'amélioration génétique de ces cultures traditionnellement oubliées.

Introduction. Les productions tropicales, primordiales pour les pays en voie de développement, peuvent cependant être considérées comme le parent pauvre des marqueurs moléculaires. L'utilisation de microsatellites a de nombreux avantages par rapport à d'autres techniques moléculaires comme les analyses d'isozymes, de RFLP ou de RADP. Notre objectif a donc été de développer une méthode permettant de constituer des banques enrichies en microsatellites en utilisant, comme matériel de départ, du DNA de plantes tropicales. Une construction simple et rapide de banque enrichie en séquences microsatellites (GA)n du palmier à huile est décrite ici. Procédure de construction de banques enrichies en microsatellites. L'hybridation avec une sonde microsatellite biotinylée puis la capture des séquences ciblées grâce à des particules magnétiques recouvertes de streptavidine sont les deux principes de la technique utilisée. Les différentes étapes de la méthode sont discutées et un protocole optimisé est proposé. Caractérisation des banques enrichies. Les banques de plusieurs milliers de clones ont une proportion de clones positifs, contenant un microsatellite, supérieure à 70 %. Le taux de redondance des clones positifs dépend du mode de préparation de l'ADN, avec, respectivement, 20 % et 60 % pour des fragments obtenus par restriction par PstI ou par sonication. Conclusion. L'étude présentée donne une technique pour développer facilement des banques de marqueurs satellites spécifiques des productions tropicales en attendant que la communauté internationale entreprenne des projets moléculaires appliqués à l'amélioration génétique de ces cultures traditionnellement oubliées.

Le plasmide pFL1 a été obtenu après clonage d'un fragment d'ADN plasmidique isolé de Xanthomonas campestris pv. citri XC62 dans le vecteur pUC9. La séquence nucléotidique de pFL1 a été déterminée en vue d'appliquer la technique PCR pour la détection de Xanthomonas campestris pv. citri, l'agent causal du chancre bactérien des agrumes. 7 amorces de 18 pb ont été testées pour amplifier de l'ADN de X. c. pv. citri et de X. campestris associé au "citrus bacterial spot". 4 paires d'amorces ont permis d'amplifier l'ADN cible de X. c. pv. citri mais pas des souches de X. campestris associé au "citrus bacterial spot". La paire d'amorces 2-3 a permis l'amplification spécifique de l'ADN cible des souches du pathotype A, mais aucun signal n'a été obtenu après amplification lorsque de l'ADN de souches des autres pathotypes a été testé. L'utilisation d'un tampon pH 9,0 contenant 1 % de triton X100 et 0,1 % de gélatine est absolument nécessaire pour que l'amplification de l'ADN cible, qui a un ratio G+C de 61 % se produise. Cette technique a permis de détecter 25 pg d'ADN purifié ou environ 10 bactéries lorsque des "Southern blots" ont été réalisés après l'électrophorèse. Ces niveaux de détection représentent une augmentation de sensibilité près de 100 fois supérieure à une hybridation utilisant la même sonde dans un format "dot blot"

Le plasmide pFL1 a été obtenu après clonage d'un fragment d'ADN plasmidique isolé de Xanthomonas campestris pv. citri XC62 dans le vecteur pUC9. La séquence nucléotidique de pFL1 a été déterminée en vue d'appliquer la technique PCR pour la détection de Xanthomonas campestris pv. citri, l'agent causal du chancre bactérien des agrumes. 7 amorces de 18 pb ont été testées pour amplifier de l'ADN de X. c. pv. citri et de X. campestris associé au "citrus bacterial spot". 4 paires d'amorces ont permis d'amplifier l'ADN cible de X. c. pv. citri mais pas des souches de X. campestris associé au "citrus bacterial spot". La paire d'amorces 2-3 a permis l'amplification spécifique de l'ADN cible des souches du pathotype A, mais aucun signal n'a été obtenu après amplification lorsque de l'ADN de souches des autres pathotypes a été testé. L'utilisation d'un tampon pH 9,0 contenant 1 % de triton X100 et 0,1 % de gélatine est absolument nécessaire pour que l'amplification de l'ADN cible, qui a un ratio G+C de 61 % se produise. Cette technique a permis de détecter 25 pg d'ADN purifié ou environ 10 bactéries lorsque des "Southern blots" ont été réalisés après l'électrophorèse. Ces niveaux de détection représentent une augmentation de sensibilité près de 100 fois supérieure à une hybridation utilisant la même sonde dans un format "dot blot"