Search

Background The human gut microbiome represents a diverse microbial community that varies across individuals and populations, and is influenced by factors such as host genetics and lifestyle. Diet is a major force shaping the gut microbiome, and the effects of dietary choices on microbiome composition are well documented. However, it remains poorly known how natural temporal variation in diet can affect the microbiome. The traditional Inuit diet is primarily based on animal products, which are thought to vary seasonally according to prey availability. We previously investigated the Inuit gut microbiome sampled at a single time point, and found no detectable differences in overall microbiome community composition attributable to the traditional Inuit diet. Results To determine whether seasonal changes in the Inuit diet might induce more pronounced changes in the microbiome, we collected stool and toilet paper samples, and dietary information from Inuit volunteers living in Resolute Bay (Nunavut, Canada), and compared them to individuals of European descent living in Montréal (Québec, Canada) consuming a typical Western diet. We sequenced the V4 region of the 16S rRNA gene to characterize microbiome diversity and composition, and compared samples collected with toilet paper or from stool. Our results show that these sampling methods provide similar, but non-identical portraits of the microbiome. Based on toilet paper samples, we found that much of the variation in microbiome community composition could be explained by individual identity (45–61% of variation explained, depending on the beta diversity metric used), with small but significant variation (3–5%) explained by sex or geography (Nunavut or Montréal). In contrast with our previous study at one time point, sampling over the course of a year revealed that diet explains 11% of variation in community composition across all participants, and 17% of variation specifically among Nunavut participants. However, we obser

Coastal areas are highly-dynamic systems exposed to the effect of climate variations and human impacts, influencing the community diversity. In these ecosystems, the phytoplankton constitutes the base of food webs and integrates the effects of global changes and quality variations of coastal waters. In this context, the general objective of this study was to assess the long-term changes in the diversity of phytoplankton communities in coastal waters at different dcales and levels of organisation. Firstly, the data collected by the Phytoplankton and Phycotoxin Monitoring Network from the IFREMER was examined to study the temporal variations of the assemblages within the last two decades along the French coast and to assess the relationship with the modifications in their environment. Generally, long-term trends are not identical across the different coastal zones, noting that these changes may have a strong local or regional component which is a characteristic of coastal ecosystems. The second part focuses on the study of environmental conditions favorable to the presence of a number of phytoplankton units. The ecological niche of these units was characterized by their marginality, their tolerance and their degree of overlap, providing information about taxon indicator of specific environmental conditions. Finally, the contribution of benthic taxa to phytoplankton assemblages has been analyzed using their life-forms and the temporal dynamic of their resuspention in the water column., Les zones côtières sont des systèmes dynamiques exposés à l’effet des variations climatiques et des impacts anthropiques influençant la diversité des communautés. Dans ces écosystèmes, le phytoplancton joue un rôle important de par sa place comme producteur primaire et intègre les effets des changements globaux et des variations de la qualité des eaux côtières. L’objectif général de ce travail a été d’étudier les variations à long-terme de la diversité des communautés phytoplanctoniques en eaux côtières à différentes échelles et niveaux d’organisation. Les données recueillies par le Réseau d’Observation et de la Surveillance du Phytoplancton et des Phycotoxines de l’IFREMER ont permis d’examiner, dans un première partie, les variations temporelles des assemblages sur deux décennies à l’échelle du littoral français et la relation avec les variations de l’environnement. Les tendances observées ne sont en général pas identiques dans les différentes zones du littoral, soulignant une forte composante locale ou régionale, caractéristique des écosystèmes côtiers. La seconde partie porte sur les conditions favorables à la présence de certaines unités du phytoplancton. La niche écologique des unités a été caractérisée par leur marginalité, leur tolérance et leur degré de chevauchement, apportant des informations sur des unités indicatrices des conditions environnementales spécifiques. Enfin, la contribution des taxons benthiques aux assemblages phytoplanctoniques a été analysée à partir de leur forme de vie et de la dynamique temporelle de leur remise en suspension.

Coastal areas are highly-dynamic systems exposed to the effect of climate variations and human impacts, influencing the community diversity. In these ecosystems, the phytoplankton constitutes the base of food webs and integrates the effects of global changes and quality variations of coastal waters. In this context, the general objective of this study was to assess the long-term changes in the diversity of phytoplankton communities in coastal waters at different dcales and levels of organisation. Firstly, the data collected by the Phytoplankton and Phycotoxin Monitoring Network from the IFREMER was examined to study the temporal variations of the assemblages within the last two decades along the French coast and to assess the relationship with the modifications in their environment. Generally, long-term trends are not identical across the different coastal zones, noting that these changes may have a strong local or regional component which is a characteristic of coastal ecosystems. The second part focuses on the study of environmental conditions favorable to the presence of a number of phytoplankton units. The ecological niche of these units was characterized by their marginality, their tolerance and their degree of overlap, providing information about taxon indicator of specific environmental conditions. Finally, the contribution of benthic taxa to phytoplankton assemblages has been analyzed using their life-forms and the temporal dynamic of their resuspention in the water column., Les zones côtières sont des systèmes dynamiques exposés à l’effet des variations climatiques et des impacts anthropiques influençant la diversité des communautés. Dans ces écosystèmes, le phytoplancton joue un rôle important de par sa place comme producteur primaire et intègre les effets des changements globaux et des variations de la qualité des eaux côtières. L’objectif général de ce travail a été d’étudier les variations à long-terme de la diversité des communautés phytoplanctoniques en eaux côtières à différentes échelles et niveaux d’organisation. Les données recueillies par le Réseau d’Observation et de la Surveillance du Phytoplancton et des Phycotoxines de l’IFREMER ont permis d’examiner, dans un première partie, les variations temporelles des assemblages sur deux décennies à l’échelle du littoral français et la relation avec les variations de l’environnement. Les tendances observées ne sont en général pas identiques dans les différentes zones du littoral, soulignant une forte composante locale ou régionale, caractéristique des écosystèmes côtiers. La seconde partie porte sur les conditions favorables à la présence de certaines unités du phytoplancton. La niche écologique des unités a été caractérisée par leur marginalité, leur tolérance et leur degré de chevauchement, apportant des informations sur des unités indicatrices des conditions environnementales spécifiques. Enfin, la contribution des taxons benthiques aux assemblages phytoplanctoniques a été analysée à partir de leur forme de vie et de la dynamique temporelle de leur remise en suspension.

Coastal areas are highly-dynamic systems exposed to the effect of climate variations and human impacts, influencing the community diversity. In these ecosystems, the phytoplankton constitutes the base of food webs and integrates the effects of global changes and quality variations of coastal waters. In this context, the general objective of this study was to assess the long-term changes in the diversity of phytoplankton communities in coastal waters at different dcales and levels of organisation. Firstly, the data collected by the Phytoplankton and Phycotoxin Monitoring Network from the IFREMER was examined to study the temporal variations of the assemblages within the last two decades along the French coast and to assess the relationship with the modifications in their environment. Generally, long-term trends are not identical across the different coastal zones, noting that these changes may have a strong local or regional component which is a characteristic of coastal ecosystems. The second part focuses on the study of environmental conditions favorable to the presence of a number of phytoplankton units. The ecological niche of these units was characterized by their marginality, their tolerance and their degree of overlap, providing information about taxon indicator of specific environmental conditions. Finally, the contribution of benthic taxa to phytoplankton assemblages has been analyzed using their life-forms and the temporal dynamic of their resuspention in the water column., Les zones côtières sont des systèmes dynamiques exposés à l’effet des variations climatiques et des impacts anthropiques influençant la diversité des communautés. Dans ces écosystèmes, le phytoplancton joue un rôle important de par sa place comme producteur primaire et intègre les effets des changements globaux et des variations de la qualité des eaux côtières. L’objectif général de ce travail a été d’étudier les variations à long-terme de la diversité des communautés phytoplanctoniques en eaux côtières à différentes échelles et niveaux d’organisation. Les données recueillies par le Réseau d’Observation et de la Surveillance du Phytoplancton et des Phycotoxines de l’IFREMER ont permis d’examiner, dans un première partie, les variations temporelles des assemblages sur deux décennies à l’échelle du littoral français et la relation avec les variations de l’environnement. Les tendances observées ne sont en général pas identiques dans les différentes zones du littoral, soulignant une forte composante locale ou régionale, caractéristique des écosystèmes côtiers. La seconde partie porte sur les conditions favorables à la présence de certaines unités du phytoplancton. La niche écologique des unités a été caractérisée par leur marginalité, leur tolérance et leur degré de chevauchement, apportant des informations sur des unités indicatrices des conditions environnementales spécifiques. Enfin, la contribution des taxons benthiques aux assemblages phytoplanctoniques a été analysée à partir de leur forme de vie et de la dynamique temporelle de leur remise en suspension.

Coastal areas are highly-dynamic systems exposed to the effect of climate variations and human impacts, influencing the community diversity. In these ecosystems, the phytoplankton constitutes the base of food webs and integrates the effects of global changes and quality variations of coastal waters. In this context, the general objective of this study was to assess the long-term changes in the diversity of phytoplankton communities in coastal waters at different dcales and levels of organisation. Firstly, the data collected by the Phytoplankton and Phycotoxin Monitoring Network from the IFREMER was examined to study the temporal variations of the assemblages within the last two decades along the French coast and to assess the relationship with the modifications in their environment. Generally, long-term trends are not identical across the different coastal zones, noting that these changes may have a strong local or regional component which is a characteristic of coastal ecosystems. The second part focuses on the study of environmental conditions favorable to the presence of a number of phytoplankton units. The ecological niche of these units was characterized by their marginality, their tolerance and their degree of overlap, providing information about taxon indicator of specific environmental conditions. Finally, the contribution of benthic taxa to phytoplankton assemblages has been analyzed using their life-forms and the temporal dynamic of their resuspention in the water column., Les zones côtières sont des systèmes dynamiques exposés à l’effet des variations climatiques et des impacts anthropiques influençant la diversité des communautés. Dans ces écosystèmes, le phytoplancton joue un rôle important de par sa place comme producteur primaire et intègre les effets des changements globaux et des variations de la qualité des eaux côtières. L’objectif général de ce travail a été d’étudier les variations à long-terme de la diversité des communautés phytoplanctoniques en eaux côtières à différentes échelles et niveaux d’organisation. Les données recueillies par le Réseau d’Observation et de la Surveillance du Phytoplancton et des Phycotoxines de l’IFREMER ont permis d’examiner, dans un première partie, les variations temporelles des assemblages sur deux décennies à l’échelle du littoral français et la relation avec les variations de l’environnement. Les tendances observées ne sont en général pas identiques dans les différentes zones du littoral, soulignant une forte composante locale ou régionale, caractéristique des écosystèmes côtiers. La seconde partie porte sur les conditions favorables à la présence de certaines unités du phytoplancton. La niche écologique des unités a été caractérisée par leur marginalité, leur tolérance et leur degré de chevauchement, apportant des informations sur des unités indicatrices des conditions environnementales spécifiques. Enfin, la contribution des taxons benthiques aux assemblages phytoplanctoniques a été analysée à partir de leur forme de vie et de la dynamique temporelle de leur remise en suspension.

The El NinoSouthern Oscillation (ENSO) is driven by oceanatmosphere interactions in the equatorial Pacific, and this variability is often attributed to coupled modes that are evidenced by the temporal stability analysis of anomaly models. Here, the further diagnostic of absolute/convective instability is considered, which assesses whether small perturbations localized in space and time (e.g. random wind disturbances) lead to instabilities that develop in-place or propagate away from the perturbed region. It is shown that boundary conditions play a secondary role for this approach and that the development of large-scale wave packets in the equatorial Pacific basin is possible, as in the case of an infinite domain. As an illustration, two simple coupled models are diagnosed that rely either on thermocline processes or zonal advective processes. The model with thermocline processes is absolutely unstable' and therefore develops intrinsic oscillations, while the model with zonal advective processes is convectively unstable' and therefore acts as a noise amplifier. The identification of the two instability regimes may characterize different ENSO formation mechanisms as a response to random wind disturbances. For the absolutely unstable regime, a standing ENSO-like oscillation can develop in the equatorial Pacific without involving boundary reflections, while for the convectively unstable regime boundary reflections are essential.

info:eu-repo/semantics/published

info:eu-repo/semantics/published

Premier bassin ostréicole français, Marennes-Oléron est un écosystème complexe dont la compréhension nécessite la mise en place d'études multidisciplinaires intégrées. L'IFREMER y développe depuis 1985 un programme de recherche axé sur la connaissance des écosystèmes aquacoles. L'Unité de Recherche des Ecosystèmes Aquacoles (DRV/RA/UREA), basée à La Tremblade est le principal support de ce programme. [Extrait introduction]

Premier bassin ostréicole français, Marennes-Oléron est un écosystème complexe dont la compréhension nécessite la mise en place d'études multidisciplinaires intégrées. L'IFREMER y développe depuis 1985 un programme de recherche axé sur la connaissance des écosystèmes aquacoles. L'Unité de Recherche des Ecosystèmes Aquacoles (DRV/RA/UREA), basée à La Tremblade est le principal support de ce programme. [Extrait introduction]

Premier bassin ostréicole français, Marennes-Oléron est un écosystème complexe dont la compréhension nécessite la mise en place d'études multidisciplinaires intégrées. L'IFREMER y développe depuis 1985 un programme de recherche axé sur la connaissance des écosystèmes aquacoles. L'Unité de Recherche des Ecosystèmes Aquacoles (DRV/RA/UREA), basée à La Tremblade est le principal support de ce programme. [Extrait introduction]

Premier bassin ostréicole français, Marennes-Oléron est un écosystème complexe dont la compréhension nécessite la mise en place d'études multidisciplinaires intégrées. L'IFREMER y développe depuis 1985 un programme de recherche axé sur la connaissance des écosystèmes aquacoles. L'Unité de Recherche des Ecosystèmes Aquacoles (DRV/RA/UREA), basée à La Tremblade est le principal support de ce programme. [Extrait introduction]

Premier bassin ostréicole français, Marennes-Oléron est un écosystème complexe dont la compréhension nécessite la mise en place d'études multidisciplinaires intégrées. L'IFREMER y développe depuis 1985 un programme de recherche axé sur la connaissance des écosystèmes aquacoles. L'Unité de Recherche des Ecosystèmes Aquacoles (DRV/RA/UREA), basée à La Tremblade est le principal support de ce programme. [Extrait introduction]