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In 2023, the French NS-IBTS Q1 survey was conducted as part of the International Bottom Trawl Survey program carried out by main countries bordering the North Sea in order to assess abundance and stocks distribution, independently of commercial fisheries data. The first target of the NS-IBTS Q1 survey is to provide a diagnosis on the main commercial fish species by estimating their abundance per age. A standardized protocol is rigorously applied by all participants. The R/V Thalassa sampled the eastern part of the Channel and southern North Sea (until 55° N) from 23rd January to 14th February 2023. During daily time, 52 hauls, lasting 30 minutes, have been carried out with a GOV bottom trawl. All collected species have been collected, determined and measured, and 2084 otoliths (for age estimation) have been collected for 10 species. This year, whiting (Merlangius merlangus) represented 38% of the total biomass caught followed by (Limanda limanda; 12%), mackerel (Scomber scombrus; 12%), sprat (Sprattus sprattus; 14%) and herring (Clupea harengus; 13%). During the night, 104 MIK net have been deployed to calculate an index for herring, sardine and lemon sole larvae abundance. Within each station, a CTD sensor was deployed to record environmental parameters (e.g., temperature, salinity and oxygen) all along the water column, from surface to bottom. In order to study the whole marine ecosystem, some additional studies were carried out in the context of the Marine Strategy Framework Strategy and for various research projects.

As part of the monitoring of commercial species targeted by fisheries in the outermost regions, Ifremer has developed the Accobiom project (ACquisition de COnnaissances sur les paramètres Biologiques des ressources marines exploitées en Outre-Mer) in order to improve knowledge of fish stocks in the overseas territories. In the future, once sufficient in quantitative and temporal terms, these data will make it possible to reconstitute life history traits on the scale of the total population (size-weight relationship, size-age relationship, ogive of sexual maturity, size and age of first sexual maturity, reproduction period) and to make a diagnosis of the stocks. Financed by the French Development Agency (AFD) and implemented by Ifremer between 2021 and 2022 in four overseas departments (Guadeloupe, Martinique, French Guiana and Reunion Island), this project involved the drafting of a sampling protocol and the associated data collection, the analysis of the biological data collected (size, weight, age, sex, sexual maturity phase) as well as methodological developments allowing the integration of these new data into the assessment models of the main fish stocks of the DOMs, identified under the Data Collection Framework (DCF) regulation (EU) n°2017/10041. This document is therefore the methodological guide concerning the acquisition, validation, logistics and banking of the associated data. It builds on several documents already produced in the context of other sampling (Badts & Bertrand, 2012; Elleboode, Badts, Telliez, et al., 2022; Elleboode, Telliez, Aumond, et al., 2022; Elleboode, Badts, Prigent, et al., 2022; Garren et al., 2019; Scientific, Technical and Economic Committee for Fisheries (STECF), 2020), Dans le cadre du suivi des espèces commerciales ciblées par la pêche dans les RUP (régions ultrapériphériques), l’Ifremer a élaboré le projet Accobiom (ACquisition de COnnaissances sur les paramètres Biologiques des ressources marines exploitées en Outre-Mer) afin de renforcer les connaissances sur les stocks halieutiques en Outre-mer. A l’avenir, une fois suffisantes en termes quantitatifs et temporels, ces données permettront de reconstituer les traits d’histoire de vie à l’échelle de la population totale (relation taille-poids, relation taille-âge, ogive de maturité sexuelle, taille et âge de première maturité sexuelle, période de reproduction) et de porter un diagnostic sur les stocks. Financé par l’Agence Française de Développement (AFD) et mis en œuvre par l’Ifremer entre 2021 et 2022 dans quatre départements d’Outre-Mer (DOM) (Guadeloupe, Martinique, Guyane et La Réunion), ce projet prévoyait la rédaction d’un protocole d’échantillonnage et la collecte de données associée, l’analyse des données biologiques collectées (tailles, poids, âge, sexe, phase de maturité sexuelle) ainsi que des développements méthodologiques permettant d’intégrer ces nouvelles données aux modèles d’évaluation des principaux stocks de poissons des DOM, identifiés au titre du règlement Data Collection Framework (DCF) (UE) n°2017/10041. Ce présent document est donc le guide méthodologique concernant l’acquisition, la validation, la logistique et la bancarisation des données associées. Il s’appuie sur plusieurs documents déjà réalisés dans le cadre d’autres échantillonnages (Badts & Bertrand, 2012; Elleboode, Badts, Telliez, et al., 2022; Elleboode, Telliez, Aumond, et al., 2022; Elleboode, Badts, Prigent, et al., 2022; Garren et al., 2019; Scientific, Technical and Economic Committee for Fisheries (STECF), 2020).

Déterminer l'état d'un stock halieutique repose sur une combinaison de données souvent issues des captures par la pêche et de paramètres biologiques de la population étudiée permettant de décrire la dynamique du stock. L'ensemble de ces données permet de déterminer les niveaux de biomasse, la pression de pêche et le degré de renouvellement de la population à travers l'utilisation de modèle. Pour établir un diagnostic, il faut également combiner ces données pour déterminer des points de référence biologiques qui constituent différents seuils pour caractériser l'état d'une population et de la pression de pêche. En 2019, dans les bases de données de la RAM Legacy Stock Assessment Database (Ricard et al., 2011), seulement 49% des ressources marines exploitées dans le monde étaient couvertes par une estimation a minima des tendances historiques de biomasse (Hilborn et al. 2020). Dans les DOM français (Figure 1), en faisant l'hypothèse forte qu’une espèce débarquée est un stock, 82 à 95% des stocks sont considérés non évalués selon les régions (Blanchard et al., 2018). Dans de nombreux cas, les données permettant de diagnostiquer l’état des stocks sont très incomplètes. De plus, l’évaluation des stocks dans le contexte RUP (Régions UltraPériphériques : la Guadeloupe, la Guyane, la Réunion, la Martinique, Mayotte et Saint-Martin pour la France) se heurte à des difficultés très spécifiques telles que la complexité relative à la diversité des métiers pratiqués et des espèces capturées et la difficulté fréquente d’accéder aux débarquements. Dans son rapport sur les régions ultrapériphériques, la commission européenne fait le constat que les connaissances sur la biologie des espèces d’intérêt halieutique sont trop limitées par rapport à la diversité des espèces exploitées et recommande d’augmenter le nombre d’espèces échantillonnées et notamment la collecte des structures de taille. Dans ce contexte, une convention entre l’AFD et l’IFREMER a été signée pour que le projet ACCOBIOM (« Acquisition de Connaissances sur les paramètres Biologiques des ressources marines exploitées en Outre-Mer ») puisse être mené par l’Ifremer de façon à augmenter les données disponibles et initier le processus de collecte nécessaire à l’évaluations de stocks des espèces commerciales au niveau des régions ultrapériphériques françaises, ces évaluations étant réalisables avec une collecte pérennisée sur le moyen terme (>= 5 ans). Ce rapport est le volet Sclérochronologie de cette étude montrant les données biologiques acquises et leur traitement en particulier pour obtenir la relation taille/âge pour chacune des espèces tropicales. Pour ce point spécifique, le projet étant un projet pilote, il s’agit avant tout d’une étude de faisabilité sur l’estimation de l’âge des poissons tropicaux dont on connaît peu la biologie et pour lesquels l’âge est particulièrement difficile à déterminer (i.e. dû à des conditions environnementales relatives stables au cours de l’année contrairement aux régions tempérées). Il est à noter que pour l’île de La Réunion, 3 projets de recherche ont déjà permis de répondre à la faisabilité de l’estimation de l’âge de certaines espèces démersales (projet IPERDMX : Mahé et al., 2022 ; Roos et al., 2022 ; projet ANCRE DMX2 : Roos et al., 2015 ; projet DMX1 : Fleury et al., 2012). Pour conclure, parmi les 93 espèces pour lesquelles des pièces calcifiées ont été prélevées, 48 espèces classées en priorité 1, 2 ou 3 ont été analysées en sclérochronologie car le nombre et la gamme de taille permettaient d’obtenir des résultats : - Priorité 1 (analyses permettant de réaliser le suivi de la croissance): 26 espèces (9 aux Antilles ; 17 à La Réunion dont 15 déjà validées par le projet de Recherche IPERDMX) - Priorité 2 (analyses permettant presque de réaliser le suivi de la croissance): 12 espèces (12 aux Antilles ; 0 à La Réunion) - Priorité 3 (analyses ne permettant pas de réaliser le suivi de la croissance): 10 espèces (8 aux Antilles ; 2 à La Réunion)

Guide d'utilisation de l’interface web https://labcollector6.ifremer.fr/labsih/ dans le processus Obsbio ayant vocation à gérer la traçabilité des échantillons s’inscrivant dans l’objectif du projet SI MORSE (Marine ganisms and Ressources and Storage systEm) (https://w3z.ifremer.fr/morse/ ). De plus, le pôle de Sclérochronologie traite de manière minoritaire des échantillons dans le cadre de projets de recherche hors processus habituel avec des partenaires français et étrangers. Si les données ne peuvent être assimilables au processus Obsbio, ce guide aide à l'utilisation de l’interface pour bancariser ces données.

The French IBTS (International Bottom Trawl Survey) survey is part of an international programme. It is carried out in coordination with all the countries bordering the North Sea, within the framework of the Community regulation (Regulation (EU) 2017/1004 of 17 May 2017) which stipulates that Member States must carry out scientific surveys at sea to assess the abundance and distribution of stocks, independently of data from commercial fisheries. Thus, the main objective of the IBTS survey is to contribute to the assessment of commercial fish stocks by calculating age-specific abundance indices for these species. The French survey takes place every year in the first quarter of the year on the R/V Thalassa, a vessel operated by the French Oceanographic Fleet and made available by GENAVIR. This document is an aid to the operational coordinator for its implementation. It summarises the steps to follow and gives the contacts involved in the process, from the campaign request to the end of the mission. The guide also describes the work and tools used on board by the chief scientist. It is not a substitute for the international IBTS protocol, nor for the various protocols required during the survey. Translated with www.DeepL.com/Translator (free version), La campagne française IBTS (International Bottom Trawl Survey) s’intègre dans un programme international. Elle est réalisée en coordination avec tous les pays riverains de la Mer du Nord, dans le cadre du règlement Communautaire (Règlement (UE) 2017/1004 du 17 mai 2017) qui stipule que les états membres doivent effectuer des campagnes scientifiques en mer pour évaluer l’abondance et la distribution des stocks, indépendamment des données issues des pêches commerciales. Ainsi, l’objectif principal de la campagne IBTS est de contribuer à l’évaluation des stocks de poissons commerciaux en calculant des indices d’abondance par âge pour ces espèces. La campagne française a lieu chaque année au premier trimestre à bord du N/O Thalassa, navire opéré par la Flotte Océanographique Française et mit à disposition par GENAVIR. Ce document est une aide au coordinateur opérationnel pour sa mise en œuvre. Il récapitule les étapes à suivre et donne les contacts intervenant dans le processus, de la demande de campagne jusqu’à la fin de la mission. Ce guide décrit également le travail et les outils utilisés à bord par le chef de mission. Il ne se substitue pas au protocole international IBTS, ni aux différents protocoles nécessaires lors de cette campagne.

This document provides instructions to use the Otolith Analysis plugins for the Icy software.Plugins have been developed by Icy Services for the Laboratoire de Ressources Halieutiques de Boulogne (PDG-RBE-HMMN-LRHBL), IFREMER, Boulogne-sur-Mer. This is a Java plugin running on the bioimage analysis software Icy. This plugin is composed of three modules: pre-processing of mosaic images, otolith shape analysis and otolith texture analysis (semiautomatic detection of increments for ageing measurements)., Ce document fournit des instructions pour l'utilisation de plugins d'analyses des otolithes pour le logiciel Icy. Les plugins ont été développés par Icy Services pour le compte du Laboratoire de Ressources Halieutiques de Boulogne (PDG-RBE-HMMN-LRHBL), IFREMER, Boulogne-sur-Mer. Il s'agit d'un plugin Java plugin fonctionnant sur le logiciel d'analyse de bioimage Icy. Ce plugin est composé de trois modules : le prétraitement des images en mosaïque, l'analyse de la forme des otolithes et l'analyse de la texture des otolithes (de façon semi-automatique détection semi-automatique des incréments pour les mesures de vieillissement).

Ce guide présente les règles de prélèvement des pièces calcifiées ayant pour objectif d’obtenir la donnée d’âge par le pôle national de sclérochronologie de l’Ifremer de Boulogne sur Mer. Cette donnée d’âge répond aux objectifs inscrits au Plan de Travail National (PTN) (https://datacollection.jrc.ec.europa.eu/wp-np-ar & https://sih.ifremer.fr/Le-SIH/Appui-auxpolitiques- publiques/Plan-de-Travail-National-francais-et-rapports-annuels). Dans ce contexte, le type de pièce calcifiée sélectionnée pour chaque espèce est en concordance avec les consignes issues des protocoles de collecte et workshops, des groupes de travail internationaux (exemple pour le bar https://doi.org/10.17895/ices.pub.9556). La pièce calcifiée utilisée est majoritairement l'otolithe (Sagittae) à l'exception de certaines espèces

Le logiciel Icy (https://icy.bioimageanalysis.org; https://doi.org/10.13155/89457) permet de réaliser des acquisitions d’images à partir de microscopes, loupes binoculaires, scanners ou tout autre système d’observation combiné à une caméra numérique. Il a été développé par l’institut Pasteur pour répondre spécifiquement aux besoins en Sclérochronologie de l'Ifremer, c’est à dire l’interprétation des pièces calcifiées (otolithes, écailles, vertèbres, coquille, illicium, statolithes…). Ainsi, en plus des acquisitions, il permet d’utiliser de nombreuses fonctions en particulier, l’interprétation d’images individuelles ou en base de données et de travailler sur les mesures, analyses de forme … Cette vidéo présente spécifiquement le tutoriel pour la fonction du logiciel ICY : Aide à l'acquisition la calibration d'images sous loupe binoculaire : parametrage.

Le logiciel Icy (https://icy.bioimageanalysis.org; https://doi.org/10.13155/89457) permet de réaliser des acquisitions d’images à partir de microscopes, loupes binoculaires, scanners ou tout autre système d’observation combiné à une caméra numérique. Il a été développé par l’institut Pasteur pour répondre spécifiquement aux besoins en Sclérochronologie de l'Ifremer, c’est à dire l’interprétation des pièces calcifiées (otolithes, écailles, vertèbres, coquille, illicium, statolithes…). Ainsi, en plus des acquisitions, il permet d’utiliser de nombreuses fonctions en particulier, l’interprétation d’images individuelles ou en base de données et de travailler sur les mesures, analyses de forme … Cette vidéo présente spécifiquement le tutoriel pour la fonction du logiciel ICY : Aide à l'acquisition multiple d'images sous loupe binoculaire avec platine motorisée : parametrage.

Le logiciel Icy (https://icy.bioimageanalysis.org ; https://doi.org/10.13155/89457 ) permet de réaliser des acquisitions d’images à partir de microscopes, loupes binoculaires, scanners ou tout autre système d’observation combiné à une caméra numérique. Il a été développé par l’institut Pasteur pour répondre spécifiquement aux besoins en Sclérochronologie de l'Ifremer, c’est à dire l’interprétation des pièces calcifiées (otolithes, écailles, vertèbres, coquille, illicium, statolithes…). Ainsi, en plus des acquisitions, il permet d’utiliser de nombreuses fonctions en particulier, l’interprétation d’images individuelles ou en base de données et de travailler sur les mesures, analyses de forme … Cette vidéo présente spécifiquement le tutoriel pour la fonction du logiciel ICY : Aide à l'acquisition simple d'images : acquisition,sauvegarde.

Video1:"PresentationStructureMicroscopeZeiss" Présentation global des constituants d'un microscope en prenant l'exemple d'un microscope droit Zeiss axio imager V20. Dans cette vidéo, on passe en revu l'ensemble des composants d'un microscope optique. -revu des éléments en lumière transmise et en lumière réfléchie (halogène ou fluorescente), -description d'un cube de filtre pour principalement l'utilisation de la lumière fluorescente, -description et utilisation de la polarisation, -description du photo tube, Video2:"EcranTactileMicroscopeZeiss" Présentation de l'écran tactile du microscope droit optique Zeiss axio imager V20. Tour d'ensemble des diverses possibilités de contrôle du microscope avec un focus sur l'écran tactile du microscope. -description de l'onglet home, -description de l'onglet microscope. Video3:"RéglageDeKohlerDiaphragmeMicroscope" Présentation du réglage Kohler exemple sur un microscope droit optique Zeiss axio imager V20.Ce réglage permet d'aligner le diaphragme de champ et du condenseur et permettre une illumination en transmission homogène sur l'ensemble de l'échantillon observé. -description étape par étape du réglage de Kohler. -réglage du diaphragme d'illumination pour optimiser le contraste. Video4:"LogicielDeConfigurationZeiss" Présentation succincte du logiciel MTB de configuration hardware du microscope droit optique Zeiss axio imager V20, piloté par ZEN et TNPC. -exemple d'ajout d'un cube de filtre dans la configuration, -explication de l'importance d'une bonne configuration qui impacte les images réalisées dans ZEN. Video5:"PrésentationZen1" Présentation général de Zen exemple d'utilisation d'un microscope droit optique Zeiss axio imager V20. -description général de l'interface, -description de l'onglet locate pour la visualisation de l'échantillon, diagnostique du light path, réglage de la camera, annotation d'image calibration, meta data des images .CZI.

Ce guide présente les modes et règles de prélèvement puis d'envois des pièces calcifiées dans le cadre de réseaux d’observation coordonnés au niveau international, en particulier au sein du règlement européen sur la collecte des données halieutiques (DCF jusqu'en 2013 puis DCMAP, Data Collection Multi Annual Programme à partir de 2014). Ce guide a pour but de standardiser les prélèvements effectués à l'Ifremer. Il reprend et complète la synthèse française des procédures d'estimation d'âge (Mahé et al., 2009) et le manuel d'utilisation du fichier : "Parametres biologiques v8.xls" (Mahé et al., 2007). Les procédures décrites dans ce guide sont conformes aux référentiels de la base Harmonie de l'Ifremer. Pour toutes remarques sur ce document, merci d'envoyer un mail à romain.elleboode@ifremer.fr en précisant dans l'objet " Guide de prélèvements des pièces calcifiées ".

Cet atelier 2018 a été mis en place pour intercalibrer les estimations d'âge des anchois et des sardines en Atlantique entre Erwan Duhamel qui est le lecteur de ces espèces du golfe de Gascogne et Célina Chantre et Geoffrey Bled Defruit du pôle national de Sclérochronologie du laboratoire Ressources Halieutiques de Boulogne sur mer qui vont commencer à estimer l'âge de ces petits pélagiques dans le golfe de Gascogne. L'objectif est d'abord de calibrer les estimations d’âge pour ces 2 espèces de petits pélagiques dans le golfe de Gascogne et de revoir les moyens pour réaliser les images en mer lors de la campagne Pelgas et à terre en laboratoire. Cette intercalibration est basée sur la lecture d’images : 136 otolithes d'anchois et 140 otolithes de sardine par 3 lecteurs. Cet atelier a permis de calibrer les lectures entre Erwan Duhamel (lecteur d'anchois et de sardines du golfe de Gascogne) et Geoffrey Bled Defruit et Célina Chantre (lecteurs du pôle de Sclérochronologie). Les discussions ont permis d'identifier les problèmes d'estimation d'âge et de corriger les écarts entre lecteurs. En comparant les résultats des 3 lecteurs à partir des images de sardines, la précision a fortement augmentée entre la première lecture lors de l’échange et la deuxième lecture lors du workshop passant d’un pourcentage d’agrément de 71.7% à 89% et un CV de 36% à 9%. Ceci se traduit par des estimations d’âge pour la sardine réalisées par Erwan et Geoffrey sans biais dû au lecteur. En ce qui concerne l’anchois, les résultats des lectures dès la première lecture lors de l’échange ne montrent pas de différences significatives entre lecteurs avec un pourcentage d'agrément total de 83.5% et un coefficient de variation de 16.9%. Ainsi, il n’y a pas de biais entre les 3 lectures. Ce rapport d'atelier se veut être un support pour l'interprétation des otolithes de ces deux espèces.