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Background Ensete glaucum (2n = 2x = 18) is a giant herbaceous monocotyledonous plant in the small Musaceae family along with banana (Musa). A high-quality reference genome sequence assembly of E. glaucum is a resource for functional and evolutionary studies of Ensete, Musaceae, and the Zingiberales. Findings Using Oxford Nanopore Technologies, chromosome conformation capture (Hi-C), Illumina and RNA survey sequence, supported by molecular cytogenetics, we report a high-quality 481.5 Mb genome assembly with 9 pseudo-chromosomes and 36,836 genes. A total of 55% of the genome is composed of repetitive sequences with predominantly LTR-retroelements (37%) and DNA transposons (7%). The single 5S ribosomal DNA locus had an exceptionally long monomer length of 1,056 bp, more than twice that of the monomers at multiple loci in Musa. A tandemly repeated satellite (1.1% of the genome, with no similar sequence in Musa) was present around all centromeres, together with a few copies of a long interspersed nuclear element (LINE) retroelement. The assembly enabled us to characterize in detail the chromosomal rearrangements occurring between E. glaucum and the x = 11 species of Musa. One E. glaucum chromosome has the same gene content as Musa acuminata, while others show multiple, complex, but clearly defined evolutionary rearrangements in the change between x= 9 and 11. Conclusions The advance towards a Musaceae pangenome including E. glaucum, tolerant of extreme environments, makes a complete set of gene alleles, copy number variation, and a reference for structural variation available for crop breeding and understanding environmental responses. The chromosome-scale genome assembly shows the nature of chromosomal fusion and translocation events during speciation, and features of rapid repetitive DNA change in terms of copy number, sequence, and genomic location, critical to understanding its role in diversity and evolution.

Occupying a place of first order in the French coastal landscapes, oyster farming is the first contributor of the French aquaculture sector with an estimated production of 85,000 tons in recent years. Since 2008, this species has been affected by episodes of massive and recurrent mortalities triggered by the presence of viral infectious agents (Herpes virus OsHV-1 µVar type) in conjunction with environmental factors (i.e. temperature increase). This viral infection induces an alteration of the antimicrobial defenses as well as a destabilization of its microbiota. This process leads to a secondary infection by potentially pathogenic opportunistic bacteria that multiply rapidly causing irreversible tissue damage leading to the death of the animal. In parallel and although poorly informed, these mortality phenomena also affect the many wild beds present on the French coast. However, the oyster industry relies on a supply of spat that comes mainly from natural collection, now practiced in several oyster basins. However, in all these sectors, reproduction and recruitment show very variable performances from one year to the next. This crisis context (mortality episodes, recruitment failure, growth variability...) requires the implementation of relevant observation on a national scale allowing to objectively measure through different proxies the general health state of cultivated and wild oyster populations, for the different sensitive phases of their life cycle (reproduction, larval ecology, recruitment, growth, survival). The general objective of the ECOSCOPA network is to perpetuate the current observation devices and to progressively add a series of new physiological and environmental indicators, contributing to a more detailed analysis of the life cycle of this species in relation to climatic and anthropic pressures. This observatory is now part of the context of climate change and proposes to provide objective elements to better anticipate possible future crises. For the year 2021, following the COVID crisis of the previous years, part of the network had to be relaunched following the interruption of nearly two years on the monitoring of mortality and growth of standardized batches. The attached report presents results concerning only the spat age class (as opposed to a follow-up on 3 age classes in classic operation): the follow-up will be complete again in 2023. The other results are complete and concern the monitoring of environmental parameters on the eight sites, a specific experiment on survival according to bathymetry, an exhaustive analysis of the reproductive cycle and oyster recruitment (VELYGER Network) and the cytogenetic monitoring of wild spat. As far as the processing of environmental data is concerned, a particular work has been carried out, because, with now more than ten years of monitoring on some sites, it becomes possible to start observing the effect of climate change on a local scale with the temperature increase. The main results obtained during this 2021 campaign indicate that, in terms of environmental factors, this year is in line with the general trend of global warming, but in a more moderate way than previous years. At the network sites, 2021 is in line with recent years with an average thermal anomaly +0.5°C above normal, which is mainly the result of a strong anomaly in winter: seawater temperatures were above normal, but late in the summer. In terms of phytoplankton inputs, phytoplankton concentrations were rather within normal range. The spawning and egg-laying phases took place at a "normal" period, neither early nor late, in a relatively synchronous manner allowing a supply of larvae within the normal range, with the exception of the Bourgneuf Bay site, for which the concentrations of young larvae were low. Taking into account the rather variable temperatures, which were just within the norms in the different basins, the subsequent collection was relatively heterogeneous according to the sectors, very good on certain sites, and practically null on others. Spat mortality observed for 2021 is very low for the first time (except for the sites in the Bay of Veys and Marennes-Oleron) and the national average is below 50%: this is partly linked to the absence of mortality observed on our spat oysters monitored in Marseillan (Thau lagoon)., Occupant une place de premier ordre dans les paysages côtiers français, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85000 tonnes ces dernières années. Depuis 2008, cette espèce est affectée par des épisodes de mortalités massives et récurrentes déclenchées par la présence d'agents infectieux viraux (de type Herpes virus OsHV-1 µVar) en conjonction avec des facteurs environnementaux (i.e. élévation de la température). Cette infection virale induit une altération des défenses antimicrobiennes ainsi qu'une déstabilisation de son microbiote. Ce processus conduit à une infection secondaire par des bactéries opportunistes potentiellement pathogènes qui se multiplient rapidement entrainant des dommages tissulaires irréversibles conduisant à la mort de l’animal. En parallèle et bien que mal renseignées, ces phénomènes de mortalités touchent aussi les nombreux bancs sauvages présents sur la côte française. Or, la filière ostréicole repose sur un approvisionnement en naissain qui provient majoritairement du captage naturel, pratiqué désormais dans plusieurs bassins ostréicoles. Cependant, sur tous ces secteurs, la reproduction et le recrutement présentent des performances très variables d'une année à l'autre. Ce contexte de crise (épisodes de mortalités, défaut du recrutement, variabilité de la croissance...) nécessite la mise en œuvre de moyens d’observation pertinents à l’échelle nationale permettant de mesurer objectivement au travers de différents proxys l’état général de santé des populations d’huîtres cultivées et sauvages, et ce pour les différentes phases sensibles de leur cycle de vie (reproduction, écologie larvaire, recrutement, croissance, survie). L’objectif général réseau ECOSCOPA est donc de pérenniser les dispositifs d’observation actuels, et d’y ajouter progressivement une série de nouveaux indicateurs physiologiques et environnementaux pertinents, contribuant à une analyse plus fine du cycle de vie de cette espèce en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Cet observatoire s'inscrit ainsi aujourd’hui dans le contexte du changement climatique et propose de fournir des éléments objectifs permettant de mieux anticiper les éventuelles crises à venir. Pour l'année 2021, suite à la crise COVID des années précédentes, une partie du réseau a dû être relancée suite à l’interruption de près de deux ans sur les suivis de mortalité et de croissance de lots standardisés. Le rapport ci-joint présente des résultats ne concernant que la classe d’âge naissain (contrairement à un suivi sur 3 classes d’âge en fonctionnent classique) : les suivis seront de nouveau complets en 2023. Les autres résultats sont complets et concernent les suivis des paramètres environnementaux sur les huit sites atelier, une expérimentation spécifique sur la survie en fonction de la bathymétrie, une analyse exhaustive du cycle de reproduction et du recrutement de l’huître (Réseau VELYGER) et les suivis cytogénétiques du naissain sauvage. En ce qui concerne le traitement des données environnementales, un travail particulier a été réalisé, car, avec désormais plus de dix années de suivi sur certains sites, il devient possible de commencer à observer l’effet du changement climatique à une échelle locale avec l’augmentation de température. Les principaux résultats obtenus au cours de cette campagne 2021 indiquent que, sur le plan des facteurs environnementaux, cette année s'inscrit dans la tendance générale du réchauffement climatique, mais de façon plus modérée que les années précédentes. Au niveau des sites du réseau, 2021 s’inscrit dans la continuité des dernières années avec une anomalie thermique moyenne supérieure de +0.5°C par rapport à la normale, qui résulte surtout d'une forte anomalie dès l'hiver : les températures de l’eau de mer ont dépassé les normales, mais tardivement dans l’été. En termes d’apports phytoplanctoniques, les concentrations en phytoplancton étaient plutôt dans les normales. Les phases de reproduction et de pontes ont eu lieu à une période « normale », ni précoce, ni tardive, de façon relativement synchrone permettant un apport de larves dans les normales, à l’exception du site de la baie de Bourgneuf, pour lequel les concentrations en jeunes larves ont été faibles. Compte tenu des températures assez variables et tout juste dans les normes dans les différents bassins, le captage qui a suivi a été relativement hétérogène selon les secteurs, très bons sur certains sites, quasiment nul sur d'autres. Les mortalités de naissain observées pour 2021 sont pour la première fois très faibles (à l’exception des sites de la baie de Veys et de Marennes-Oléron) et la moyenne nationale passe en dessous des 50% : cela est en partie lié à l’absence de mortalités observées sur le lot NSI suivi à Marseillan.

International audience; Meningeal melanocytic tumors are rare. We report an exceptional case of transformation of a meningeal melanocytoma in a malignant melanoma. The course of the disease extents from 61-years to 85-years and ends with the death of the patient. Besides histopathological and immunohistochemical data, we also report the array CGH study of the melanocytoma and melanoma components suggesting the malignant transformation from whole chromosome gains in the melanocytoma to additional segmental aberrations in the malignant melanoma. Beyond the rarity of this tumor subtype, this case report highlights the potential interest of molecular analyses for diagnostic and prognostic purposes in the field of meningeal melanocytic tumors.

L’elliptocytose acquise est une manifestation rare des syndromes myélodysplasiques (SMD) et son mécanisme n’est à ce jour pas expliqué. Certains auteurs ont suggéré qu’elle soit liée à une délétion (20q) et à des anomalies de la protéine 4.1. Nous avons tenté d’expliquer l’elliptocytose en analysant les caractéristiques cytogénétiques des cas publiés dans la littérature associant elliptocytose et SMD. Notre revue exhaustive de la littérature a permis de recenser 20 cas. Du fait du faible effectif nous n’avons pas pu réaliser d’analyse statistique. 15 patients avaient une del(20q), dont 13 étaient isolées et deux associées à une ou plusieurs autres anomalies. Lorsque la del(20q) était précisée elle incluait les bandes (q11q13) chez 11 patients et à partir de (q12) chez un patient. Un patient avait une trisomie 8, un autre un caryotype complexe, deux avaient des anomalies du chromosome 14, et les données cytogénétiques n’étaient pas disponibles pour le dernier. La protéine 4.1, étudiée chez neuf patients, était normale chez deux d’entre eux, diminuée chez six patients et présentait des anomalies qualitatives et quantitatives chez le dernier. L’elliptocytose est donc fortement associée à la del(20q). Le mécanisme implique dans certains cas un déficit en protéine 4.1. Ce déficit serait vraisemblablement lié à des gènes de régulation de l’ADN situés dans la partie délétée, qui réguleraient l’expression du gène EPB41. Il pourrait s’agir des gènes L3MBTL1 ou ASXL1. Une synergie entre la del(20q) et d’autres anomalies, notamment une mutation ponctuelle, est sans doute nécessaire puisque l’elliptocytose n’est pas observée dans tous les cas de SMD avec del(20q). Ce mécanisme impliquant del(20q) et déficit en protéine 4.1 n’est pas unique puisque certains de nos patients n’avaient pas de del(20q) et/ou avaient une protéine 4.1 normale.

Occupying a place of first order in the French coastal landscapes, oyster farming is the first contributor to the French aquaculture sector with an estimated production of 85,000 tons in recent years. However, since 2008, this species has been affected by episodes of massive and recurrent mortalities triggered by the presence of viral infectious agents (Herpes virus OsHV-1 μVar type) in conjunction with environmental factors (i.e. temperature increase). This viral infection induces an alteration of the antimicrobial defenses as well as a destabilization of its microbiota. This process leads to a secondary infection by potentially pathogenic opportunistic bacteria that multiply rapidly and cause irreversible tissue damage leading to the death of the animal. In parallel and although poorly informed, these mortality phenomena also affect the many wild beds present on the French coast. However, the oyster industry relies on a supply of spat that comes mainly from natural collection, now practiced in several oyster basins. However, in all these sectors, reproduction and recruitment show very variable performances from one year to the next. This crisis context (mortality episodes, recruitment failure, growth variability...) requires the implementation of relevant observation means on a national scale allowing to objectively measure through different proxies the general health state of cultivated and wild oyster populations, for the different sensitive phases of their life cycle (reproduction, larval ecology, recruitment, growth, survival). The general objective of the ECOSCOPA project is therefore to mutualize and perpetuate the current observation devices, and to progressively add a series of new relevant physiological and environmental indicators, contributing to a finer analysis of the life cycle of this species in relation to climatic and anthropic pressures. For the year 2020, due to the COVID crisis and the spring confinement period, part of the monitoring could not be completed. The attached report therefore presents partial results. These results concern the monitoring of environmental parameters on the eight workshop sites, a specific experiment on survival according to bathymetry and body temperature of oysters, an exhaustive analysis of the reproductive cycle and recruitment of oysters (VELYGER network) and cytogenetic monitoring of wild spat., Occupant une place de premier ordre dans les paysages côtiers français, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85000 tonnes ces dernières années. Pourtant, depuis 2008, cette espèce est affectée par des épisodes de mortalités massives et récurrentes déclenchées par la présence d'agents infectieux viraux (de type Herpes virus OsHV-1 μVar) en conjonction avec des facteurs environnementaux (i.e. élévation de la température). Cette infection virale induit une altération des défenses antimicrobiennes ainsi qu'une déstabilisation de son microbiote. Ce processus conduit à une infection secondaire par des bactéries opportunistes potentiellement pathogènes qui se multiplient rapidement entrainant des dommages tissulaires irréversibles conduisant à la mort de l’animal. En parallèle et bien que mal renseignées, ces phénomènes de mortalités touchent aussi les nombreux bancs sauvages présents sur la côte française. Or, la filière ostréicole repose sur un approvisionnement en naissain qui provient majoritairement du captage naturel, pratiqué désormais dans plusieurs bassins ostréicoles. Cependant, sur tous ces secteurs, la reproduction et le recrutement présentent des performances très variables d'une année à l'autre. Ce contexte de crise (épisodes de mortalités, défaut du recrutement, variabilité de la croissance...) nécessite la mise en œuvre de moyens d’observation pertinents à l’échelle nationale permettant de mesurer objectivement au travers de différents proxys l’état général de santé des populations d’huîtres cultivées et sauvages, et ce pour les différentes phases sensibles de leur cycle de vie (reproduction, écologie larvaire, recrutement, croissance, survie). L’objectif général du projet ECOSCOPA est donc de mutualiser et pérenniser les dispositifs d’observation actuels, créés antérieurement par les projets RESCO et VELYGER, et d’y ajouter progressivement une série de nouveaux indicateurs physiologiques et environnementaux pertinents, contribuant à une analyse plus fine du cycle de vie de cette espèce en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Pour l'année 2020, en raison de la crise COVID et de la période de confinement printanière, une partie des suivis n'a pu être menée à bien. Le rapport ci-joint présente donc des résultats partiels. Ces résultats concernent les suivis des paramètres environnementaux sur les huit sites atelier, une expérimentation spécifique sur la survie en fonction de la bathymétrie et de la température corporelle des huîtres, une analyse exhaustive du cycle de reproduction et du recrutement de l’huître (Réseau VELYGER) et les suivis cytogénétiques du naissain sauvage.

Les leucémies aigües (LA) constituent un groupe de pathologies malignes caractérisées par une prolifération médullaire de progéniteurs de cellules hématopoïétiques non différenciés. Il s’agit du cancer le plus fréquent de l’enfant (25 à 30%). Les leucémies aigües lymphoblastiques (LAL) représentent 80% des LA pédiatriques et 85% sont de lignée B (LAL B). L’analyse génétique des cellules anormales constitue un des éléments indispensables au diagnostic, à la classification et surtout au pronostic de la maladie. Environ la moitié des enfants leucémiques présente une anomalie du nombre de chromosomes c’est à dire une aneuploïdie, et celle-ci représente un des principaux facteurs pronostiques initiaux. Ainsi, l’hyperdiploïdie élevée supérieur à 50 chromosomes fait partie des entités de bon pronostic tandis que l’hypodiploïdie inférieure à 45 est associée à un risque de rechute plus important. Plusieurs techniques sont utilisées pour évaluer ce paramètre avec des sensibilités et résolutions différentes : caryotype standard, FISH, CGH/SNP-array et index d’ADN.L’objectif de ce travail a été de déterminer l’apport de ces différents outils dans la détermination de la ploïdie au sein des LAL B pédiatriques. Pour cela, nous avons étudié une cohorte de 118 patients atteints de LAL B hospitalisés dans le service d’Onco-Hématologie pédiatrique du CHU de la Timone et comparé les résultats des différentes techniques pour les patients présentant une aneuploïdie. Dans la très grande majorité des cas, nous avons pu identifier une bonne concordance entre l’ensemble des technologies. Cependant, chacune d’entre elles présente ses propres lacunes et peuvent donc être mises en échec dans certaines situations. Ces faiblesses peuvent néanmoins être compensées par les forces/avantages des autres analyses et elles conservent ainsi chacune leur intérêt. De ce fait, dans les situations les plus compliquées, telles que les hypodiploïdies dupliquées, une combinaison appropriée de ces techniques permet une identification optimale des anomalies.

Le synovialosarcome est une tumeur maligne rare, soit 10% des sarcomes des tissus mous. Il se développe habituellement au niveau des membres et sa localisation pulmonaire est exceptionnelle. Nous rapportons un cas clinique de synovialosarcome du poumon chez un homme de 54 ans découvert à un stade localisé. Cette tumeur, extrêmement rare, présente un phénotype immunohistochimique particulier, qui contribue fortement au diagnostic. L'étude cytogénétique confirme le diagnostic en montrant la présence de la translocation spécifique t (X; 18), qui caractérise le synovialosarcome quelle que soit sa localisation anatomique. À travers cette observation, nous insistons sur les caractéristiques anatomo-cliniques, thérapeutiques et pronostiques de cette tumeur rare souvent méconnue par les cliniciens.

Occupant une place de premier ordre dans les paysages côtiers français, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85000 tonnes ces dernières années. Pourtant, depuis 2008, cette espèce est affectée par des épisodes de mortalités massives et récurrentes déclenchées par la présence d'agents infectieux viraux (de type Herpes virus OsHV-1 μVar) en conjonction avec des facteurs environnementaux (i.e. élévation de la température). Cette infection virale induit une altération des défenses antimicrobiennes ainsi qu'une déstabilisation de son microbiote. Ce processus conduit à une infection secondaire par des bactéries opportunistes potentiellement pathogènes qui se multiplient rapidement entrainant des dommages tissulaires irréversibles conduisant à la mort de l’animal. En parallèle et bien que mal renseignées, ces phénomènes de mortalités touchent aussi les nombreux bancs sauvages présents sur la côte française. Or, la filière ostréicole repose sur un approvisionnement en naissain qui provient majoritairement du captage naturel, pratiqué désormais dans plusieurs bassins ostréicoles. Cependant, sur tous ces secteurs, la reproduction et le recrutement présentent des performances très variables d'une année à l'autre. Ce contexte de crise (épisodes de mortalités, défaut du recrutement, variabilité de la croissance...) nécessite la mise en oeuvre de moyens d’observation pertinents à l’échelle nationale permettant de mesurer objectivement au travers de différents proxys l’état général de santé des populations d’huîtres cultivées et sauvages, et ce pour les différentes phases sensibles de leur cycle de vie (reproduction, écologie larvaire, recrutement, croissance, survie). L’objectif général du projet ECOSCOPA est donc de mutualiser et pérenniser les dispositifs d’observation actuels, créés antérieurement par les projets RESCO et VELYGER, et d’y ajouter progressivement une série de nouveaux indicateurs physiologiques et environnementaux pertinents, contribuant à une analyse plus fine du cycle de vie de cette espèce en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Le rapport ci joint présente donc, pour l'année 2019, de façon successive : (1) les suivis des paramètres environnementaux sur les huit sites atelier ; (2) les suivis (partiels cette année) de croissance et de mortalités de lots sentinelles d'huîtres (Série RESCO) ; (3) une analyse exhaustive du cycle de reproduction et du recrutement de l’huître (Série VELYGER); (4) les résultats du suivi cytogénétique du naissain sauvage et (5) le développement de nouveaux outils et descripteurs écophysiologiques pertinents avec, cette année, une description plus fine du microenvironnement de l’animal et son impact sur ses performances physiologiques de croissance et de défense face aux pathogènes.

Sugarcane (Saccharum spp.) is probably the crop with the most complex genome. Modern cultivars (2n = 100–120) are highly polyploids and aneuploids derived from interspecific hybridization between Saccharum officinarum (2n = 80) and Saccharum spontaneum (2n = 40–128). Chromosome‐specific oligonucleotide probes were used in combination with genomic in situ hybridization to analyze the genome architecture of modern cultivars and representatives of their parental species. The results validated a basic chromosome number of x = 10 for S. officinarum . In S. spontaneum , rearrangements occurred from a basic chromosome of x = 10, probably in the Northern part of India, in two steps leading to x = 9 and then x = 8. Each step involved three chromosomes that were rearranged into two. Further polyploidization led to the wide geographical extension of clones with x = 8. We showed that the S. spontaneum contribution to modern cultivars originated from cytotypes with x = 8 and varied in proportion between cultivars (13–20%). Modern cultivars had mainly 12 copies for each of the first four basic chromosomes, and a more variable number for those basic chromosomes whose structure differs between the two parental species. One−four of these copies corresponded to entire S. spontaneum chromosomes or interspecific recombinant chromosomes. In addition, a few inter‐chromosome translocations were revealed. The new information and cytogenetic tools described in this study substantially improve our understanding of the extreme level of complexity of modern sugarcane cultivar genomes.

Myelodysplastic syndromes (MDS) are a heterogeneous group of myeloid malignancies defined by morphological abnormalities of myeloid precursors and ineffective hematopoiesis inducing the emergence of cytopenia. The diagnosis is mainly based on cytological expertise, but the role of cytogenetics has grown in recent years, especially for the determination of prognosis using scores such as IPSS and IPSS-R. Among this group, an entity makes an exception: unclassifiable MDS, defined by a cytogenetic abnormality (MDS-U-C). This group is defined by the absence of distinctive cytological markers in cytopenic patients for whom a karyotype reveals an abnormality qualified as presumptive. The purpose of this study is to evaluate the characteristics of this entity thanks to a cohort of patients selected from nine French university hospitals. First, an exhaustive re-evaluation of myelodysplasia was performed, to ensure that it met the WHO criteria. This part resulted in the reclassification for 30 of the 64 patients, thus raising several problems, in particular the specificity of certain morphological abnormalities, the interindividual variability that they generate and the relevance of the dysplasia’s thresholds. By comparing the cytogenetic profiles of the included patients, two distinct groups stood out according to the WHO’s description of the abnormalities or not. The diagnostic value of this second group, quite heterogeneous, remains uncertain to this date. This raises several questions about the specificity of these abnormalities and the classification of these patients as MDS-U-C or with cytopenia of undetermined significance. Genetic and epigenetic profiles, now excluded from diagnostic classifications, would then provide the information necessary to clear up the diagnostic ambiguities that are MDS-U-C., Les syndromes myélodysplasiques (SMD) sont un groupe hétérogène d’hémopathies myéloïdes définis par des anomalies morphologiques des précurseurs médullaires et une hématopoïèse ineffective induisant l’apparition de cytopénies. Le diagnostic repose principalement sur l’expertise cytologique mais le rôle de la cytogénétique a gagné en importance aux cours de ces dernières années, notamment pour l’évaluation du pronostic à l’aide de scores tels que l’IPSS et l’IPSS-R. Parmi ce groupe d’hémopathies, une entité fait exception : les SMD inclassables, définis par une anomalie cytogénétique (MDS-U-C). Ce groupe est défini par l’absence de marqueurs cytologiques distinctifs chez des patients cytopéniques pour lesquels un caryotype met en évidence une anomalie qualifiée comme présomptive. Cette étude a pour objectif d’étudier les caractéristiques de cette entité, à partir d’une cohorte de patients sélectionnés sur neuf CHU français. En premier lieu, une réévaluation exhaustive de la myélodysplasie a été réalisée, pour s’assurer de correspondre aux critères OMS. Cette partie a abouti à la reclassification de 30 des 64 patients, soulevant ainsi plusieurs problématiques, notamment la spécifié de certaines anomalies morphologiques, les variabilités interindividuelles qu’elles engendrent et la pertinence de certains seuils de dysplasie. En comparant les profils cytogénétiques des patients inclus, deux groupes distincts se sont démarqués selon la description ou non des anomalies par l’OMS. La valeur diagnostique de ce deuxième groupe très hétérogène reste incertaine à ce jour. Cela soulève plusieurs interrogations sur la spécificité de ces anomalies et la classification de ces patients comme MDS-U-C ou atteints d’une cytopénie de signification indéterminée. Les profils génétiques et épigénétiques, aujourd’hui exclus des classifications diagnostiques, permettraient alors d’apporter les informations nécessaires pour éclaircir les ambiguïtés diagnostiques que sont les MDS-U-C.

Human cytogenetics is a discipline aimed at studying the structure and function of the chromosomes of our species. In the early 2010's, genome sequencing revealed chromosomal rearrangements of as yet unknown complexity, termed chromoanagenesis. While a significant proportion of tumour genomes present such anomalies, descriptions of constitutional cases are rare and the underlying mechanisms poorly understood. We report here the genome sequencing of 20 new cases of constitutional chromoanagenesis (6 balanced and 14 unbalanced), constituting the largest cohort to date. In several patients, loci of less than one kilobase appear several times in the reshuffled chromosome in what we call a "hub". The analysis of the distribution of breakpoints of these chromoanagenesis and those in the literature showed that late chromatin replication was the main "risk factor" for chromosomal breakage. This result provides an orthogonal demonstration of the premature condensation of a chromosome hypothesis at the origin of these rearrangements and shows for the first time a common origin of constitutional and tumoral chromoanagenesis. At the same time, breakpoint distribution of simple rearrangements appears to be biased towards the center of the nucleus, opening up important avenues of research. To better understand the consequences of these complex reshuffles on the functioning of the genome, we studied the transcriptome of the 6 balanced chromoanagenesis. We have not detected any massive deregulation of the genome. Even locally, near the breakpoints, there does not appear to be any deregulation of gene expression, again raising important questions about the mechanisms of "resistance" to structural variants. The detection of chromosomal rearrangements is (almost) no longer limited by technology (short-read , long-read, linked-read sequencing, optical mapping). Understanding the mechanisms at their origin, knowledge of their pathogenicity and more generally the mastering of genome biology are the new limits to the genotype/phenotype correlation. By studying chromoanagenesis, an exceptional fusion transcript in a hemophiliac patient and describing poorly known transposable elements (retrocopies) we are bringing important new information to the field; La cytogénétique humaine est une discipline visant à l’étude de la structure et de la fonction des chromosomes de notre espèce. Au début des années 2010, le séquençage de génome a révélé des remaniements chromosomiques d’une complexité encore inconnue, dénommés chromoanagenesis. Si une importante proportion de génomes tumoraux présentent ce type d’anomalies, les descriptions de cas constitutionnels sont rares et les mécanismes sous-jacents mal compris. Nous rapportons ici le séquençage de génome de 20 nouveaux cas de chromoanagenesis constitutionnels (6 équilibrés et 14 déséquilibrés), constituant la plus large cohorte à ce jour. Chez plusieurs patients, des loci de moins d’un kilobase apparaissent plusieurs fois dans le remaniement dans ce que nous nommons un « hub ». L’étude de la distribution des points de cassure de ces chromoanagenesis et de ceux de la littérature a montré que la réplication tardive de la chromatine était le « facteur de risque » principal de cassure chromosomique. Ce résultat vient apporter une démonstration orthogonale à l’hypothèse de condensation prématurée d’un chromosome à l’origine de ces remaniements et montre pour la première fois une origine commune aux chromoanagenesis constitutionnels et tumoraux. Parallèlement, la distribution des points de cassure de remaniements simples apparaît biaisée vers le centre du noyau ouvrant d’importantes voies de recherche. Pour mieux comprendre les conséquences de ces remaniements complexes sur le fonctionnement du génome nous avons étudié le transcriptome des 6 cas de chromoanagenesis équilibrés. Nous n’avons pas mis en évidence de dérégulation massive du génome. Même localement, à proximité des points de cassure, il n’apparaît pas de dérégulation de l’expression génique posant là encore d’importantes questions sur les mécanismes de « résistance » aux remaniements. La détection de remaniements chromosomiques n’est aujourd’hui (presque) plus limitée par la technologie (séquençage short-read, long-read, linked-read, cartographie optique). La compréhension des mécanismes à leur origine, la connaissance de leur pouvoir pathogène et plus généralement la maîtrise de la biologie du génome sont les nouvelles limites à la corrélation génotype/phénotype. Par l’étude des chromoanagenesis, d’un exceptionnel transcrit de fusion chez un patient hémophile et la description d’éléments transposables méconnus (rétrocopies) nous apportons d’importants nouveaux éléments

International audience; Meningeal melanocytic tumors are rare. We report an exceptional case of transformation of a meningeal melanocytoma in a malignant melanoma. The course of the disease extents from 61-years to 85-years and ends with the death of the patient. Besides histopathological and immunohistochemical data, we also report the array CGH study of the melanocytoma and melanoma components suggesting the malignant transformation from whole chromosome gains in the melanocytoma to additional segmental aberrations in the malignant melanoma. Beyond the rarity of this tumor subtype, this case report highlights the potential interest of molecular analyses for diagnostic and prognostic purposes in the field of meningeal melanocytic tumors.

Background The cytogenomic study of repetitive regions is fundamental for the understanding of morphofunctional mechanisms and genome evolution. Passiflora edulis a species of relevant agronomic value, this work had its genome sequenced by next generation sequencing and bioinformatics analysis performed by RepeatExplorer pipeline. The clusters allowed the identification and characterization of repetitive elements (predominant contributors to most plant genomes). The aim of this study was to identify, characterize and map the repetitive DNA of P. edulis, providing important cytogenomic markers, especially sequences associated with the centromere. Results Three clusters of satellite DNAs (69, 118 and 207) and seven clusters of Long Terminal Repeat (LTR) retrotransposons of the superfamilies Ty1/Copy and Ty3/Gypsy and families Angela, Athila, Chromovirus and Maximus-Sire (6, 11, 36, 43, 86, 94 and 135) were characterized and analyzed. The chromosome mapping of satellite DNAs showed two hybridization sites co-located in the 5S rDNA region (PeSat_1), subterminal hybridizations (PeSat_3) and hybridization in four sites, co-located in the 45S rDNA region (PeSat_2). Most of the retroelements hybridizations showed signals scattered in the chromosomes, diverging in abundance, and only the cluster 6 presented pericentromeric regions marking. No satellite DNAs and retroelement associated with centromere was observed. Conclusion P. edulis has a highly repetitive genome, with the predominance of Ty3/Gypsy LTR retrotransposon. The satellite DNAs and LTR retrotransposon characterized are promising markers for investigation of the evolutionary patterns and genetic distinction of species and hybrids of Passiflora.

Human cytogenetics is a discipline aimed at studying the structure and function of the chromosomes of our species. In the early 2010's, genome sequencing revealed chromosomal rearrangements of as yet unknown complexity, termed chromoanagenesis. While a significant proportion of tumour genomes present such anomalies, descriptions of constitutional cases are rare and the underlying mechanisms poorly understood. We report here the genome sequencing of 20 new cases of constitutional chromoanagenesis (6 balanced and 14 unbalanced), constituting the largest cohort to date. In several patients, loci of less than one kilobase appear several times in the reshuffled chromosome in what we call a "hub". The analysis of the distribution of breakpoints of these chromoanagenesis and those in the literature showed that late chromatin replication was the main "risk factor" for chromosomal breakage. This result provides an orthogonal demonstration of the premature condensation of a chromosome hypothesis at the origin of these rearrangements and shows for the first time a common origin of constitutional and tumoral chromoanagenesis. At the same time, breakpoint distribution of simple rearrangements appears to be biased towards the center of the nucleus, opening up important avenues of research. To better understand the consequences of these complex reshuffles on the functioning of the genome, we studied the transcriptome of the 6 balanced chromoanagenesis. We have not detected any massive deregulation of the genome. Even locally, near the breakpoints, there does not appear to be any deregulation of gene expression, again raising important questions about the mechanisms of "resistance" to structural variants. The detection of chromosomal rearrangements is (almost) no longer limited by technology (short-read , long-read, linked-read sequencing, optical mapping). Understanding the mechanisms at their origin, knowledge of their pathogenicity and more generally the mastering of genome biology are the new limits to the genotype/phenotype correlation. By studying chromoanagenesis, an exceptional fusion transcript in a hemophiliac patient and describing poorly known transposable elements (retrocopies) we are bringing important new information to the field, La cytogénétique humaine est une discipline visant à l’étude de la structure et de la fonction des chromosomes de notre espèce. Au début des années 2010, le séquençage de génome a révélé des remaniements chromosomiques d’une complexité encore inconnue, dénommés chromoanagenesis. Si une importante proportion de génomes tumoraux présentent ce type d’anomalies, les descriptions de cas constitutionnels sont rares et les mécanismes sous-jacents mal compris. Nous rapportons ici le séquençage de génome de 20 nouveaux cas de chromoanagenesis constitutionnels (6 équilibrés et 14 déséquilibrés), constituant la plus large cohorte à ce jour. Chez plusieurs patients, des loci de moins d’un kilobase apparaissent plusieurs fois dans le remaniement dans ce que nous nommons un « hub ». L’étude de la distribution des points de cassure de ces chromoanagenesis et de ceux de la littérature a montré que la réplication tardive de la chromatine était le « facteur de risque » principal de cassure chromosomique. Ce résultat vient apporter une démonstration orthogonale à l’hypothèse de condensation prématurée d’un chromosome à l’origine de ces remaniements et montre pour la première fois une origine commune aux chromoanagenesis constitutionnels et tumoraux. Parallèlement, la distribution des points de cassure de remaniements simples apparaît biaisée vers le centre du noyau ouvrant d’importantes voies de recherche. Pour mieux comprendre les conséquences de ces remaniements complexes sur le fonctionnement du génome nous avons étudié le transcriptome des 6 cas de chromoanagenesis équilibrés. Nous n’avons pas mis en évidence de dérégulation massive du génome. Même localement, à proximité des points de cassure, il n’apparaît pas de dérégulation de l’expression génique posant là encore d’importantes questions sur les mécanismes de « résistance » aux remaniements. La détection de remaniements chromosomiques n’est aujourd’hui (presque) plus limitée par la technologie (séquençage short-read, long-read, linked-read, cartographie optique). La compréhension des mécanismes à leur origine, la connaissance de leur pouvoir pathogène et plus généralement la maîtrise de la biologie du génome sont les nouvelles limites à la corrélation génotype/phénotype. Par l’étude des chromoanagenesis, d’un exceptionnel transcrit de fusion chez un patient hémophile et la description d’éléments transposables méconnus (rétrocopies) nous apportons d’importants nouveaux éléments

Le myélome multiple (MM) est une maladie du sujet âgé, qui peut toucher dans de rares cas de très jeunes patients. Les caractéristiques de ces formes de révélation précoce sont mal définies. Nous avons rétrospectivement inclus les patients dont le diagnostic de MM a été porté entre 18 et 40 ans, de janvier 2000 à décembre 2015, au sein de centres de l’IFM, et recensés par l’envoi d’un prélèvement pour analyse cytogénétique. Les caractéristiques cliniques, biologiques, et les données de survie ont été enregistrées. 184 patients ont été inclus, dont 65% d’hommes, d’âge médian à 37 ans. 75% présentaient une atteinte osseuse, 33,9% une anémie, 12,7% une hypercalcémie et 17,8% une insuffisance rénale. 20.6% présentaient un score ISS3, et les caractéristiques cytogénétiques étaient défavorables dans 25,7% des cas. 42 patients ont été allogreffés. La survie à 5 et 10 ans était respectivement de 80,6% et 63,9%, la PFS médiane était à 3,2 ans. En analyse multivariée, les caractéristiques cytogénétiques défavorables (p=0,001), un score ISS élevé (p=0,01) et la réalisation d’une allogreffe (p

The genus Theobroma comprises several trees species native to the Amazon. Theobroma cacao L. plays a key economic role mainly in the chocolate industry. Both cultivated and wild forms are described within the genus. Variations in genome size and chromosome number have been used for prediction purposes including the frequency of interspecific hybridization or inference about evolutionary relationships. In this study, the nuclear DNA content, karyotype and genetic diversity using functional microsatellites (EST-SSR) of seven Theobroma species were characterized. The nuclear content of DNA for all analyzed Theobroma species was 1C = ~ 0.46 pg. These species presented 2n = 20 with small chromosomes and only one pair of terminal heterochromatic bands positively stained (CMA+/DAPI− bands). The small size of Theobroma ssp. genomes was equivalent to other Byttnerioideae species, suggesting that the basal lineage of Malvaceae have smaller genomes and that there was an expansion of 2C values in the more specialized family clades. A set of 20 EST-SSR primers were characterized for related species of Theobroma, in which 12 loci were polymorphic. The polymorphism information content (PIC) ranged from 0.23 to 0.65, indicating a high level of information per locus. Combined results of flow cytometry, cytogenetic data and EST-SSRs markers will contribute to better describe the species and infer about the evolutionary relationships among Theobroma species. In addition, the importance of a core collection for conservation purposes is highlighted. Made available in DSpace on 2020-06-18T04:12:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 journal.pone.0170799.pdf: 2022270 bytes, checksum: f2a76a4a193b99303dac3a6df68ed22c (MD5) Previous issue date: 2017

Better knowledge of the factors that drive recombination (crossovers; COs) in bread wheat (Triticum aestivum L.) is of main interest since this process is the main tool allowing breeders to admix the genetic diversity and to introgress regions of interest in agronomic varieties. We used cytogenetic techniques previously developed on barley to compare the establishment of synapsis during meiosis in deletion lines missing part or whole of the long arm of chromosome 3B of bread wheat and which were previously shown as having a reduced chiasmata number compared to euploid varieties. Cytogenetic analysis combined with bioinformatics studies showed that the synapsis occurs almost normally in mutants and that deletion of some genes known to impact meiosis behavior may explain the observed phenotype. In addition, development of genomic resources (SNPs, sequence) for wheat breeders allowed simultaneous elaboration of high density genetic maps for the 21 chromosomes anchored on genome sequence. All chromosomes present the same recombination pattern with an increase of recombination in the distal parts and reduction in centromeric/pericentromeric regions of the chromosomes. Analysis of more than 250 COs mapped in windows lower than 25kb located on chromosome 3B used as model to study the impact of sequence features on recombination showed that current and ancestral recombination patterns are conserved and that COs preferentially occur in the promoter part of gene expressed in meiosis suggesting that chromatin conformation impacts recombination. Finally, these data were the opportunity to detect recombination-associated motif which presents similarities with the motif targeted by the PRDM9 protein driving recombination in human. This suggests that the control of recombination mechanisms is conserved among eukaryotes.; Mieux connaitre les facteurs qui gouvernent l’apparition des évènements de recombinaison (crossing-overs ; CO) chez le blé tendre (Triticum aestivum L.) est primordial car ce processus est l’outil principal du sélectionneur pour permettre le brassage de la diversité génétique et l’introgression de régions d’intérêt dans des variétés agronomiques. L’utilisation de techniques de cytogénétique développées sur l’orge a permis de comparer la mise en place de la synapse lors de la méiose chez des lignées de blé tendre délétées de tout ou partie du bras long du chromosome 3B et qui avaient été préalablement montrées comme présentant un nombre de chiasmas réduit par rapport à la variété euploïde. Les analyses cytogénétiques couplées à des études bioinformatiques de la séquence montrent que le synapsis a lieu quasiment normalement chez les mutants et que la délétion de certains gènes connus comme impactant le déroulement de la méiose pourrait expliquer le phénotype observé. De plus, le développement de ressources génomiques (SNP, séquence) à destination des sélectionneurs a permis la réalisation de cartes génétiques haute densité des 21 chromosomes ancrées sur la séquence du génome. Tous les chromosomes montrent le même profil de recombinaison avec un accroissement dans les parties distales et une réduction drastique dans les parties centromériques et péri-centromériques. L’exploitation de plus de 250 CO localisés dans des fenêtres de moins de 25 kb sur le chromosome 3B utilisé comme modèle pour l’étude de l’impact de la séquence sur la recombinaison, montre que les profils de recombinaison ancestrale et actuelle sont conservés et que les CO ont lieu préférentiellement dans les parties promotrices des gènes exprimés en méiose ce qui suggère que la conformation chromatinienne influence la recombinaison. Finalement, ces données ont aussi été l’opportunité de détecter des motifs liés à la recombinaison qui présentent des similarités avec celui ciblé par la protéine PRDM9 qui conduit à la recombinaison chez l’humain. Cela suggère que les mécanismes de contrôle de la recombinaison sont conservés chez les eucaryotes.

The Iris genus belonging to the Iridaceae family includes over 220 species distributed throughout the Northern Hemisphere. The Oncocyclus section (Siems.) Baker is confined to the Southwest Asia and includes more than 65 species with a discussed taxonomic status.This study focuses on the Iris species complex evolving in the countries of the Eastern Mediterranean Region: Lebanon, Syria, Jordan, Palestine / Israel, Armenia, Turkey and Iran.The rate of endemism within this genus is relatively high. The overharvesting and the destruction of their habitats threaten many of its species.To clarify the taxonomic status of the species and to elucidate the phylogenetic relationships that connect them, several methods are used: the analysis of the genome size, the study of the karyotype, genome organization based on the ribosomal genes location and the study of genetic diversity and phylogeny based on nuclear and chloroplast molecular markers.Laboratory studies are complemented by field work to monitor the dynamics of Lebanon's endemic taxa for their preservation.In our study, the ITS regions, trnL-F and matK of all Lebanese irises and 20 Oncocylus irises of the East Mediterranean region were sequenced to construct phylogenetic trees. Both techniques FISH and Feulgen were applied to several Lebanese Oncocyclus species. Extensive cytogenetic studies have been conducted on all species of collected Iris taxa.; Le genre Iris appartenant à la famille des Iridacées comprend plus de 220 espèces distribuées à travers l’hémisphère Nord. La section Oncocyclus (Siems.) Baker de ce genre est confinée au Sud-ouest de l’Asie et comprend plus de 65 espèces au statut taxonomique souvent discuté.La présente étude porte sur le complexe d’espèces d’Iris évoluant dans les pays de la Méditerranée orientale : Liban, Syrie, Jordanie, Palestine/Israël, Arménie, Turquie et Iran.Le taux d’endémisme au sein de ce genre est relativement élevé et la cueillette excessive ainsi que la destruction de leurs habitats menace un grand nombre de ces espèces.En vue de préciser le statut taxonomique des espèces et d’élucider les relations phylogénétiques qui les relient plusieurs méthodes sont employées : l’analyse de la taille du génome, l’étude du caryotype, l’organisation du génome basée sur la localisation des gènes ribosomiques et l’étude de la structuration de la diversité génétique et la phylogénie basée sur des marqueurs moléculaires nucléaires et chloroplastiques.Les études de laboratoires sont complétées par des travaux de terrain afin de suivre l’évolution de la dynamique des taxons endémiques du Liban en vue de leur préservation.Au cours de notre étude, les régions ITS, TrnL-F et matk de tous les iris du Liban et 20 Oncocylus de la région Est-Méditerranéenne ont été séquencées pour construire les arbres phylogénétiques. Les deux techniques FISH et Feulgen ont été appliquées sur plusieurs espèces Oncocyclus du Liban. Des études cytogénétiques approfondies ont été menées sur toutes les espèces d’Iris collectées.

The Iris genus belonging to the Iridaceae family includes over 220 species distributed throughout the Northern Hemisphere. The Oncocyclus section (Siems.) Baker is confined to the Southwest Asia and includes more than 65 species with a discussed taxonomic status.This study focuses on the Iris species complex evolving in the countries of the Eastern Mediterranean Region: Lebanon, Syria, Jordan, Palestine / Israel, Armenia, Turkey and Iran.The rate of endemism within this genus is relatively high. The overharvesting and the destruction of their habitats threaten many of its species.To clarify the taxonomic status of the species and to elucidate the phylogenetic relationships that connect them, several methods are used: the analysis of the genome size, the study of the karyotype, genome organization based on the ribosomal genes location and the study of genetic diversity and phylogeny based on nuclear and chloroplast molecular markers.Laboratory studies are complemented by field work to monitor the dynamics of Lebanon's endemic taxa for their preservation.In our study, the ITS regions, trnL-F and matK of all Lebanese irises and 20 Oncocylus irises of the East Mediterranean region were sequenced to construct phylogenetic trees. Both techniques FISH and Feulgen were applied to several Lebanese Oncocyclus species. Extensive cytogenetic studies have been conducted on all species of collected Iris taxa.; Le genre Iris appartenant à la famille des Iridacées comprend plus de 220 espèces distribuées à travers l’hémisphère Nord. La section Oncocyclus (Siems.) Baker de ce genre est confinée au Sud-ouest de l’Asie et comprend plus de 65 espèces au statut taxonomique souvent discuté.La présente étude porte sur le complexe d’espèces d’Iris évoluant dans les pays de la Méditerranée orientale : Liban, Syrie, Jordanie, Palestine/Israël, Arménie, Turquie et Iran.Le taux d’endémisme au sein de ce genre est relativement élevé et la cueillette excessive ainsi que la destruction de leurs habitats menace un grand nombre de ces espèces.En vue de préciser le statut taxonomique des espèces et d’élucider les relations phylogénétiques qui les relient plusieurs méthodes sont employées : l’analyse de la taille du génome, l’étude du caryotype, l’organisation du génome basée sur la localisation des gènes ribosomiques et l’étude de la structuration de la diversité génétique et la phylogénie basée sur des marqueurs moléculaires nucléaires et chloroplastiques.Les études de laboratoires sont complétées par des travaux de terrain afin de suivre l’évolution de la dynamique des taxons endémiques du Liban en vue de leur préservation.Au cours de notre étude, les régions ITS, TrnL-F et matk de tous les iris du Liban et 20 Oncocylus de la région Est-Méditerranéenne ont été séquencées pour construire les arbres phylogénétiques. Les deux techniques FISH et Feulgen ont été appliquées sur plusieurs espèces Oncocyclus du Liban. Des études cytogénétiques approfondies ont été menées sur toutes les espèces d’Iris collectées.

Lolium x Festuca hybrids (so-called Festulolium) renews considerably grass breeding in conjunction to the development of new genomic technology, the context of the climate change and the stressing injunction towards the breeders to release better adapted cultivars. This presentation points out some of those issues from a field trial carried out across the Eucarpia network and underlines how molecular genotyping could be essential to tackle the challenge. As hybrids between parental species quite differently adapted, Festulolium enlarge extensively genetic variability for many traits simultaneously. Two genome sources of genetic variability mix their effects within Festulolium hybrids. Thanks to preferential homologous chromosome pairing, strong linkage disequilibrium between parent species is mostly preserved within amphiploid hybrids. This contributes to maintain at intermediate level many traits simultaneously, of immediate overall advantage compared to parent species. Many experimental evidences then show that the gain of amphiploids tends to decrease as the number of generations following primary hybridization increases. When going through introgression stages into either parent species, the loss of effect on the phenotype is even more pronounced. Everything happens as if early large phenotype effects would result only from initial linkage disequilibrium, essentially at chromosome level. Thus, the exceptional high rate of homeologous recombination between Lolium and Festuca could make uneasy the retention of high linkage disequilibrium through long term selection and the recovery of substantial genetic progress. On the other hand, high heterozygosity rate due to high level of interspecific recombination could be favourable per se to stabilize Festulolium performances across years and environments, in other words, for more resilience. Thus, a better evaluation of interspecific linkage disequilibrium appears to be of crucial importance both in terms of breeding methods and breeding objectives. The challenge of breeding Festulolium may return simply to how better monitor the interspecific recombination in accordance to the objectives, either promoting it for more resilience, or fixing it at a given stage of a breeding process to take advantage of optimum Lolium-Festuca linkage disequilibrium for a given forage usage or local climate conditions. The new technology of genotyping by sequencing (GBS) has clearly this ability to assist Festulolium breeding. Genotype of individual plant as well as allele frequency in population can be assigned at thousands of single nucleotide polymorphic (SNP) loci throughout the genome, giving also access to allele dosage in polyploids which are frequent in Festulolium. In addition to the estimation of the average introgression rate among various Festulolium derivatives, GBS has also the stimulating perspective to estimate the true breeding value of traits of adaptation and how each Lolium vs Festuca genome counterpart may contribute for more precise breeding.

Polyploidisation is a key source of diversification and speciation in plants. Most researchers consider sexual polyploidisation leading to unreduced gamete as its main origin. Unreduced gametes are useful in several crop breeding schemes. Their formation mechanism, i.e., First-Division Restitution (FDR) or Second-Division Restitution (SDR), greatly impacts the gametic and population structures and, therefore, the breeding efficiency. Previous methods to identify the underlying mechanism required the analysis of a large set of markers over large progeny. This work develops a new maximum-likelihood method to identify the unreduced gamete formation mechanism both at the population and individual levels using independent centromeric markers. Knowledge of marker-centromere distances greatly improves the statistical power of the comparison between the SDR and FDR hypotheses. Simulating data demonstrated the importance of selecting markers very close to the centromere to obtain significant conclusions at individual level. This new method was used to identify the meiotic restitution mechanism in nineteen mandarin genotypes used as female parents in triploid citrus breeding. SDR was identified for 85.3% of 543 triploid hybrids and FDR for 0.6%. No significant conclusions were obtained for 14.1% of the hybrids. At population level SDR was the predominant mechanisms for the 19 parental mandarins.

Rapport sous clause de confidentialité pendant 10 ans.

Exposure to ionizing radiation (IR), from both natural and man-made sources, is an inevitable part of modern life. It is well established that there are considerable inter-individual variations in sensitivity to IR among healthy individuals and cancer patients. However, the mechanisms involved in the heterogeneity of biological responses to IR are not well understood, and a reliable biodosimetric and clinical approach to measure and rank radiosensitivity remains to be established. In this thesis, we study the extent and impact of individual radiosensitivity in healthy individuals in the contexts of emergency dosimetry and radiotherapy, and we explore the roles of telomeres in the prediction of individual radiosensitivity and long-term human health risks following IR exposure (specifically, cardiovascular diseases and/or cancer). First, in the context of dosimetry in the event of an emergency situation (when rapid dose estimates of each individual in an irradiated population are needed), we demonstrate that the impact of individual radiosensitivity can be negligible using global cellular measurements of γH2AX fluorescence via flow cytometry in human fibroblasts and lymphocytes at 4 hours post-irradiation; this method could be an effective and rapid biodosimetry tool that can aid in the medical triage of irradiated individuals in an emergency setting based on individual levels of exposure. Second, we study the extent and influence of individual radiosensitivity on the induction of chromosomal aberrations following a routinely administered dose of 2 Gy during conventional fractionated photon radiotherapy (γ-rays) in lymphocytes of healthy individuals. For these analyses, we define individual radiosensitivity based on the frequency of IR-induced DNA double strand breaks (DSBs), which were calculated from the scoring of chromosomal aberrations visualized with telomere/centromere-fluorescence in situ hybridization (TC-FISH). This TC-FISH staining of metaphasic chromosomes enhances the “gold standard technique” of biodosimetry (the dicentric chromosome assay) with the visualization of telomeres and centromeres and thereby provides improved simplicity and sensitivity to the classical cytogenetic assay. We also compare individual radiosensitivity following γ-irradiation to that following carbon irradiation, an up-and-coming ion species currently being used in heavy ion radiotherapy. We provide dose response curves for both γ- and carbon irradiations based on the calculated frequency of IR-induced DNA DSBs at a range of doses, and estimate the relative biological effectiveness (RBE) of carbon irradiation relative to γ-irradiation. We then estimate the RBE of a third type of IR also frequently used in heavy ion radiotherapy (proton beams) in comparison to γ-irradiation, and compare individual radiosensitivity to each of these three types of IR with different IR energies. Third, we evaluate the roles of telomeres and telomere maintenance in the prediction of individual radiosensitivity; we find that inherent mean telomere length in combination with the IR-induced change in mean telomere length may be a strong predictor of individual radiosensitivity. Finally, we show how telomeres could be linked to long-term health risks following IR exposure: we demonstrate that telomere shortening could be a new prognostic factor for cardiovascular disease following radiotherapy, and discuss how telomeres could be key players in the process of radiation-induced carcinogenesis. In conclusion, we deliberate the relationships between telomere maintenance, radiation effects, and individual radiosensitivity, and propose a model of how telomeres could play crucial roles in the development of cardiovascular diseases and the process of IR-induced carcinogenesis., L'exposition aux rayonnements ionisants est une composante inévitable de la vie moderne. Il est bien établi qu'il existe une grande variabilité inter-individuelle de la radiosensibilité chez les individus sains et chez des patients atteints de cancer. Cependant, les mécanismes impliqués dans l'hétérogénéité des réponses biologiques radio-induites ne sont pas encore bien compris, et une approche biologique permettant d’établir de façon fiable le niveau de radiosensibilité reste à développer. Dans cette thèse, nous avons étudié l'ampleur et l'impact de la radiosensibilité individuelle chez les individus sains dans les contextes de dosimétrie d'urgence et de radiothérapie. Nous avons également examiné les différents rôles des télomères dans la prédiction de la radiosensibilité individuelle et des risques pour la santé humaine à long terme (spécifiquement, en ce qui concerne les maladies cardiovasculaires et/ou les cancers) après irradiation. Tout d'abord, dans le contexte de la dosimétrie dans le cas d'une situation d'urgence (lorsqu’il est nécessaire d’estimer rapidement la dose d’irradiation reçu par un individu), nous avons démontré que l'impact de la radiosensibilité individuelle peut être négligeable en utilisant des mesures globales de fluorescence de γH2AX via cytométrie en flux dans des fibroblastes humains et des lymphocytes à 4 heures après exposition ; cette méthode peut être un outil de biodosimétrie efficace et rapide qui peut aider au tri des personnes irradiées dans une situation d'urgence basées sur les niveaux individuels d'exposition. Dans un second temps, nous avons étudié l'ampleur et l'influence de la radiosensibilité individuelle sur l'induction d'aberrations chromosomiques après une irradiation de 2 Gy de rayons γ, correspondant à une fraction de radiothérapie conventionnelle, dans les lymphocytes d'individus sains. Pour ces analyses, nous définissons la radiosensibilité individuelle par rapport à la fréquence des cassures double-brin (CDB) radio-induite, qui ont été calculées à partir de la quantification des aberrations chromosomiques visualisées par hybridation in situ des télomères et centromères (TC-FISH). Ce marquage améliore et simplifie la technique « gold standard » de dosimétrie biologique (la quantification des chromosomes dicentriques). Nous avons également estimé la radiosensibilité individuelle à l’irradiation carbone, ions lourds utilisés en radiothérapie, et l'efficacité biologique relative (EBR) des ions carbone par rapport à une irradiation γ. Nous avons fourni des courbes dose-réponse pour ces deux types d’irradiations en fonction de la fréquence des CDB radio-induite par exposition à une gamme de doses. De plus, nous avons estimé l'EBR d'un troisième type de rayonnement également utilisé en radiothérapie d'ions lourds (protons) par rapport à une irradiation γ, et nous avons comparé la radiosensibilité individuelle de ces trois types d'irradiation avec énergies différentes. Ensuite, nous avons évalué les rôles des télomères et de leur maintien pour la prédiction de la radiosensibilité individuelle. Nous avons constaté que la longueur moyenne des télomères, en combinaison avec leurs modifications radio-induites, peuvent être un bon prédicteur de la radiosensibilité individuelle. Enfin, nous avons montré comment les télomères pourraient être liés à des risques sanitaires à long terme après une irradiation: nous avons démontré que le raccourcissement des télomères pouvait être un nouveau facteur de prédiction de maladies cardiovasculaires après radiothérapie, et nous avons discuté par la suite, les télomères comme des acteurs clés dans le processus de cancérogenèse radio-induite. En conclusion, nous proposons un modèle présentant la façon dont les télomères pourraient jouer un rôle crucial dans ces deux pathologies radio-induite, et nous délibérons des relations entre le maintien des télomères, les effets biologiques radio-induites, et la radiosensibilité individuelle.

Benign adipocytic tumors (AT) are mainly represented by lipomas whereas most malignant AT are Atypical Lipomatous Tumors/Well-differentiated liposarcomas (ALT/WDLPS) and dedifferentiated liposarcomas (DDLPS). HMGA2 gene (High Mobility Group A2) is rearranged in some lipomas and amplified in ALT/WDLPS and DDLPS. Thus, we hypothesized that HMGA2 played a fundamental role in benign and malignant AT genesis. In favor of this hypothesis, we observed a constant overexpression of HMGA2 in amplified ALT/WDLPS and DDLPS, and in rearranged lipomas. In a case of lipomatosis, that is a pathological proliferation of the adipocytic tissu without rearrrangement of HMGA2, the overexpression of HMGA2 was asssociated with an inhibition of the expression of several let-7 microRNAs. However, we did not find a leading role of let-7 microRNAs in the deregulation of HMGA2 expression in AT. We also studied partner fusion genes of HMGA2 in lipomas and have specifically identified a new fusion involving PPAP2B (Phosphatidic Acid Phosphatase type 2B) which is located in 1p32. We also confirmed the role of NFIB gene (9p22) in lipomas. Finally, we have established prognostic correlations in a series of 116 ALT/WDLPS and DDLPS: HMGA2 amplification was associated with ALT/WDLPS histotype and a longer survival whereas respective CDK4 and JUN amplification were associated with DDLPS and shorter survival. Thus, our data support the hypothesis of an early and major role of HMGA2 in the genesis well differentiated AT., Les tumeurs adipocytaires (TA) bénignes sont majoritairement constituées par les lipomes, alors que les TA malignes sont principalement des Tumeurs Lipomateuses Atypiques (TLA)/ liposarcome (LPS) bien différenciés (LBD) et les LPS dédifférenciés (LDD). Le gène HMGA2 (High Mobility Group A2) est remanié dans certains lipomes et amplifié dans les TLA/LBD et LDD. Ainsi, nous avons émis l’hypothèse que HMGA2 jouait un rôle fondamental dans la genèse des TA bénignes et malignes. En faveur de cette hypothèse, nous avons observé une surexpression constante de HMGA2 dans les TLA/LBD et LDD avec amplification de HMGA2 et les lipomes avec remaniement de HMGA2. Dans un cas de lipomatose, hypertrophie pathologique du tissu adipeux sans anomalie du gène HMGA2, une surexpression de HMGA2 était associée à une inhibition de l’expression de plusieurs microARN let-7. En revanche, nos travaux ne sont pas en faveur d’un rôle prépondérant des microARN let7 dans la surexpression de HMGA2 dans les TA. Nous nous sommes également intéressés aux gènes partenaires de fusion avec HMGA2 dans les lipomes et avons notamment identifié une nouvelle fusion impliquant PPAP2B (Phosphatidic Acid Phosphatase type 2B) localisé en 1p32. Nous avons aussi confirmé le rôle du gène NFIB (9p22) dans les lipomes. Enfin, nous avons établi des corrélations pronostiques dans une grande série de 116 TLA/LBD et LDD : l’amplification de HMGA2 était associée à l’histotype TLA/LBD et à une survie longue alors que les amplifications de CDK4 et JUN sont associées au type LDD et une survie courte. Ainsi, nos données confortent l’hypothèse d’un rôle précoce et majeur de HMGA2 dans la genèse des TA bien différenciées.

Les auteurs ont produit et caractérisé la première banque de BAC (chromosome bactériens artificiels) chez une espèce de bananier (#Musa balbisiana# 'Pisang Klutuk Wulung', d'où le nom de la banque PKW). Un protocole nouveau et amélioré d'isolement des noyaux a été employé pour surmonter les problèmes causés par l'abondance de polyphénols et de polysaccharides dans les tissus foliaires. L'emploi de la cytométrie en flux pour purifier les noyaux a éliminé la contamination aux métabolites secondaires ainsi que l'ADN plastidique. De plus, l'utilité d'un vecteur inductible, pCC1BAC, en vue de l'obtention d'une plus grande quantité d'ADN de BAC a été démontrée. La banque PKW compte l'équivalent de neuf génomes du #M. balbisiana# et la taille moyenne des inserts est de 135 kb. Elle est composée de deux sous-banques; la première (la sous-banque SN avec 24 960 clones) ayant été préparée en suivant un protocole standard amélioré pour l'isolement des noyaux tandis que la seconde (sous-banque FN avec 11 904 clones) a été obtenue à partir des noyaux purifiés par cytométrie en flux. Le criblage de la banque avec 12 sondes RFLP, connues comme étant situées sur huit groupes de liaison chez le #Musa acuminata#, a permis d'identifier une moyenne de 11 clones par sonde. Cette observation permet de valider l'estimé quant à la couverture du génome et indique une forte conservation entre les génomes des deux espèces du genre #Musa#. La localisation sur les chromosomes mitotiques de clones BAC choisis au-moyen d'hybridations FISH a permis de montrer que cette banque de clones BAC constitue une ressource utile pour la cartographie cytogénétique. Dans le cadre d'une démarche de clonage positionne] d'un facteur génétique qui est impliqué dans l'activation de séquence pararétrovirales intégrées appartenant au virus de la striure du bananier genre badnavirus (BSV), le locus BSV exprimé (BEL; "BSV expressed locus") a été délimité physiquement. La banque BAC PKW constitue un outil disponible publiquement et est présentement employé pour révéler les mécanismes d'intégration et d'activation de séquences du BSV et pour étudier la structure et l'évolution du génome du bananier.

L’analyse des anomalies génomiques récurrentes est importante pour établir le diagnostic, le pronostic et pour orienter la thérapie des leucémies aiguës pédiatriques. L’objectif de notre étude est d’élaborer une stratégie optimale pour détecter les anomalies chromosomiques dans les leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) et myéloïdes (LAM) des enfants. Pour ce faire, nous avons caractérisé au caryotype, avec des panels d’hybridation in situ en fluorescence (FISH), par RT-PCR et par l’index d’ADN 253 leucémies de novo reçues au CHU Sainte-Justine entre 2005 et 2011 (186 LAL-B, 27 LAL-T et 40 LAM). Nous avons réussi à optimiser la détection des anomalies chromosomiques dans les trois types de leucémies, avec des fréquences de 93,5% dans les LAL-B (174/186), 66,7% dans les LAL-T (18/27) et 90% dans les LAM (36/40). Nos résultats suggèrent d’utiliser plusieurs tests génétiques concomitants afin d’optimiser la détection des anomalies génomiques dans les LAL et les LAM de novo pédiatriques., Analysis of recurrent genomic abnormalities is important for the diagnosis, prognosis and therapeutic choices in paediatric acute leukemia. The aim of our study is to establish a strategy optimizing the detection of cytogenetic abnormalities in childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL) and acute myeloid leukemia (AML). To do so, we have characterized childhood AML and ALL cases received in cytogenetic laboratory of CHU Sainte-Justine (Montreal, Canada) between 2005 and 2011. Overall, 253 de novo cases have been analyzed (186 B-ALL, 27 T-ALL and 40 AML) by karyotyping, fluorescence in situ hybridization (FISH) panels, RT-PCR and DNA index. Chromosomal abnormalities detection rates achieved 93,5% in B-ALL (174/186), 66,7% in T-ALL (18/27) and 90% in AML (36/40). Our results suggest the analysis of both molecular and cytogenetic tests to optimize the detection of genomic abnormalities in new cases of childhood AML and ALL.

National audience

We compared the reproductive system of Rubus alceifolius in its native range in Southeast Asia, in Madagascar, where the plant was introduced apparently some centuries ago, and in La Reunion, an Indian Ocean island onto which R. alceifolius was introduced (from Madagascan source populations) around 1850. While tetraploidy makes it impossible to analyze variation in R. alceifolius using classical methods of population genetics, both the patterns of genetic diversity (as revealed by AFLP [amplified fragment length polymorphism] markers) and differences between half-sib progeny and their maternal parents (revealed by microsatellite markers) show that in the plant's native range in southeast Asia, seeds are produced sexually. In contrast, in Madagascar sexual reproduction cannot alone account for the genetic patterns observed with microsatellite markers. Over 85% of the half-sib progeny resulting from open pollination gave multilocus genotypes identical to those of their respective maternal parents, despite the fact that the latter had alleles that were rare in the population. The other progeny differed in having an allele with one motif more or less than that of the maternal parent. Seeds thus appear to be produced mostly or exclusively by apomixis in Madagascar. We present findings suggesting that Madagascan populations result from hybridization of introduced R. alceifolius and native populations of R. roridus, a closely related species of Rubus subgenus Malachobatus, and suggest that apomixis was a consequence of this hybridization. In Reunionese populations of R. alceifolius (derived from Madagascan populations), seeds obtained in controlled pollination experiments were all genetically identical to maternal parents. While genetic variation (microsatellite markers) in Reunionese populations was low, it was sufficient to allow us to demonstrate that seeds could not have resulted from fertilization by the pollen donors chosen for controlled pollinations, or from autogamy, and were produced exclusively by apomixis.

The characterization of the mitotic chromosomes of Helianthus argophyllus by means of Feulgen staining, Giemsa C-banding, and the usual DNA sequence-specific fluorochromes allows a chromosomal classification of this species, and shows that two kinds of heterochromatin co-exist equilocally in its chromosomes. One type is confined to the pericentromeric areas of all the chromosomes and the other is associated with the secondary constrictions of the satellite chromosomes. This species is evolutionarily very close to H. annuus with which it is involved in introgression breeding programs. Since these two species show no intra- or interspecific differences with the above treatments, we have used C-banding followed by DAPI, chromomycin A3 or Acridine Orange, and the fluorescent in situ hybridization (FISH) with 5S and 18S-25S ribosomal DNA probes to characterize further the chromosomes of both species in an attempt to find practically applicable chromosomal markers. Our results confirm the heterogeneity of the heterochromatin in these species and show that neither its distribution nor its response to distinct fluorochrome treatments allows better discrimination of the chromosomes within or between the species. On the other hand, the 18S-5.8S-25S rDNA arrays are located in the secondary constrictions of the satellited SM7, SM10, and ST13 pairs and the 5S-rDNA genes are interstitially placed on the short arm of the SM7 and SM11 chromosomes in both species. This permits these chromosomes to be distinguished and provides markers which may be helpful for further physical mapping of DNA sequences in these species.Key words: chromosome banding, sunflower cytogenetics, heterochromatin, ribosomal DNA mapping, FISH.

Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is a frequent lymphoid hemopathy characterized by an extremely variable clinical course. Although there are numerous prognostic markers in CLL, none is univocal. In this context, identifying new predictive factors and understanding the pathophysiology of previously established prognostic markers represent two important aims to improve therapeutic management of this hemopathy. We first chose to study the prognostic value and mechanisms of regulation of antiapoptotic MCL1 gene expression. We showed that MCL1 expression is a predictive marker of overall survival within the whole patient cohort and among early stages; this marker is also a predictor of treatment free survival of stage A patients. Thus, MCL1 expression allows early identification of CLL forms with high risk and low risk of unfavourable evolution. We alsodemonstrated that MCL1 expression is strongly correlated to VEGF expression, confirming the role of this signalling pathway in tumour lymphocytes survival and suggesting that VEGF may be a positive autocrine regulator of MCL1 expression. We then explored telomeric function regarding prognosis-related chromosomal anomalies, reflecting genomic instability. Our work contributed to demonstrate the relationship between genomic instability and telomeric status, evaluated by telomere length and expression of hTERT and shelterin complex genes. We described three groups of patients with distinct cytogenetic and telomeric profile: first group combines good-prognosis cytogenetics, long telomeres, low or negative hTERT expression and high expression of the shelterin complex genes; third group displays multiple chromosome aberrations (particularly 17p and 11q deletions), increased hTERT expression and decreased telomere length and TRF1, TRF2 and POT1 expression levels; second group is intermediate. These results confirm the relationship between telomeric status and genomic instability in CLL and underline the role of TP53 or ATM loss in this telomeric dysfunction. The alteration of telomeric status is also associated with poor-prognosis features, such as unmutated IgVH, CD38 expression and rapid lymphocytosis doubling time. Finally, we evaluated the contribution of MLPA approach for detection of recurrent prognosis-related cytogenetic anomalies. We found a good concordance between the goldstandard technique and MLPA, which represent a time and cost-effective approach for the detection of genomic aberrations affecting most malignant cells. We however described interesting MLPA false-positive and false-negative cases, indicating that this method may not replace classic techniques, but may constitute a complementary approach allowingsimultaneous evaluation of various imbalances., La leucémie lymphoïde chronique (LLC), hémopathie lymphoïde fréquente, se caractérise par une évolution clinique extrêmement variable. Bien que les marqueurs de pronostic soient nombreux dans la LLC, aucun n'est univoque. Dans ce contexte, identifier de nouveaux facteurs prédictifs et comprendre la pathophysiologie de marqueurs pronostiques déjà établis constituent deux objectifs importants pour améliorer la prise en chargethérapeutique de cette hémopathie. Nous avons tout d'abord choisi d'étudier la valeur pronostique et les mécanismes de régulation de l'expression du gène anti-apoptotique MCL1. Nous avons montré que l'expression de MCL1 est un marqueur prédictif de la survie globale parmi l'ensemble despatients et parmi les stades précoces ; ce marqueur est également prédictif de la survie sans traitement des patients en stade A. Ainsi, l'expression de MCL1 permet d'identifier précocement les formes de LLC à haut risque et faible risque d'évolution défavorable. Nous avons également démontré que l'expression de MCL1 est fortement corrélée à l'expression de VEGF, confirmant le rôle de cette voie de signalisation dans la survie des lymphocytes tumoraux et suggérant que VEGF pourrait réguler positivement l'expression de MCL1 selon un mode autocrine. Nous avons ensuite exploré la fonction télomérique en rapport avec les anomalies chromosomiques à valeur pronostique, reflets de l'instabilité génomique. Notre travail a contribué à démontrer la relation entre l'instabilité génomique et le statut télomérique, évalué par la longueur des télomères et l'expression de hTERT et des gènes du complexe shelterin. Nous avons ainsi mis en évidence trois groupes de patients présentant des profilscytogénétiques et télomériques distincts : le premier groupe combine une cytogénétique favorable, des télomères longs, une expression faible ou absente de hTERT et une expression forte des gènes du complexe shelterin ; le troisième groupe se caractérise par de multiples aberrations chromosomiques (notamment délétions 17p et 11q), une augmentation de l'expression de hTERT et une diminution de la longueur des télomères et des niveaux d'expression de TRF1, TRF2 et POT1 ; le deuxième groupe est intermédiaire. Ces résultats confirment l'existence d'un lien entre statut télomérique et instabilité génomique au cours de la LLC et soulignent le rôle de la perte de TP53 ou ATM dans cette dysfonction télomérique. L'altération du statut télomérique est par ailleurs associée à des caractéristiques de pronostic défavorable, comme l'absence de mutation des IgVH, l’expression de CD38 et le doublement rapide de la lymphocytose. Enfin, nous avons évalué l’intérêt de la technique de MLPA pour la mise en évidence des anomalies cytogénétiques récurrentes à valeur pronostique de la LLC. Nous avons montré qu'il existe une bonne concordance entre la technique de référence et la MLPA, qui constitue une approche rapide et peu coûteuse pour la recherche d'anomalies génomiques présentes dans une majorité de cellules malignes. Nous avons cependant mis en évidence des cas intéressants de faux-positifs et de faux-négatifs avec la MLPA, indiquant que cette méthode ne peut pas remplacer les techniques classiques, mais constitue une approche complémentaire permettant une évaluation simultanée de divers déséquilibres.

Beyond their own commercial potential, highland papayas (Vasconcellea spp.) bear genes for resistances against important diseases, cold hardiness, and monoecy, which are absent from the common papaya genome. While the two genera share many morphological traits, strong reproductive barriers have considerably limited the success of introgression programs, imposing the use of special techniques for hybridizations. In fact, all cytogenetic and genetic studies have consistently shown that Vasconcellea is relatively distant from Carica as compared to other Caricaceae genera. A few years after the first breakthrough obtained in the field, the present chapter reviews the potential of the different highland papaya species as sources of genes for papaya improvement, the considerable experience accumulated in the different hybridization programs, the advantages of this difficult approach, and its current perspectives. It also stresses the need for further exploration within Vasconcellea and closer genera of the Caricaceae. After the successful introgression of papaya ring spot virus resistance from V. quercifolia, the combination of marker-assisted selection, new breeding schemes (e.g., bridging species), and a deeper knowledge of Caricaceae gene pools should give access to more genes of considerable interest to the papaya industry.

Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is a frequent lymphoid hemopathy characterized by an extremely variable clinical course. Although there are numerous prognostic markers in CLL, none is univocal. In this context, identifying new predictive factors and understanding the pathophysiology of previously established prognostic markers represent two important aims to improve therapeutic management of this hemopathy. We first chose to study the prognostic value and mechanisms of regulation of antiapoptotic MCL1 gene expression. We showed that MCL1 expression is a predictive marker of overall survival within the whole patient cohort and among early stages; this marker is also a predictor of treatment free survival of stage A patients. Thus, MCL1 expression allows early identification of CLL forms with high risk and low risk of unfavourable evolution. We alsodemonstrated that MCL1 expression is strongly correlated to VEGF expression, confirming the role of this signalling pathway in tumour lymphocytes survival and suggesting that VEGF may be a positive autocrine regulator of MCL1 expression. We then explored telomeric function regarding prognosis-related chromosomal anomalies, reflecting genomic instability. Our work contributed to demonstrate the relationship between genomic instability and telomeric status, evaluated by telomere length and expression of hTERT and shelterin complex genes. We described three groups of patients with distinct cytogenetic and telomeric profile: first group combines good-prognosis cytogenetics, long telomeres, low or negative hTERT expression and high expression of the shelterin complex genes; third group displays multiple chromosome aberrations (particularly 17p and 11q deletions), increased hTERT expression and decreased telomere length and TRF1, TRF2 and POT1 expression levels; second group is intermediate. These results confirm the relationship between telomeric status and genomic instability in CLL and underline the role of TP53 or ATM loss in this telomeric dysfunction. The alteration of telomeric status is also associated with poor-prognosis features, such as unmutated IgVH, CD38 expression and rapid lymphocytosis doubling time. Finally, we evaluated the contribution of MLPA approach for detection of recurrent prognosis-related cytogenetic anomalies. We found a good concordance between the goldstandard technique and MLPA, which represent a time and cost-effective approach for the detection of genomic aberrations affecting most malignant cells. We however described interesting MLPA false-positive and false-negative cases, indicating that this method may not replace classic techniques, but may constitute a complementary approach allowingsimultaneous evaluation of various imbalances., La leucémie lymphoïde chronique (LLC), hémopathie lymphoïde fréquente, se caractérise par une évolution clinique extrêmement variable. Bien que les marqueurs de pronostic soient nombreux dans la LLC, aucun n'est univoque. Dans ce contexte, identifier de nouveaux facteurs prédictifs et comprendre la pathophysiologie de marqueurs pronostiques déjà établis constituent deux objectifs importants pour améliorer la prise en chargethérapeutique de cette hémopathie. Nous avons tout d'abord choisi d'étudier la valeur pronostique et les mécanismes de régulation de l'expression du gène anti-apoptotique MCL1. Nous avons montré que l'expression de MCL1 est un marqueur prédictif de la survie globale parmi l'ensemble despatients et parmi les stades précoces ; ce marqueur est également prédictif de la survie sans traitement des patients en stade A. Ainsi, l'expression de MCL1 permet d'identifier précocement les formes de LLC à haut risque et faible risque d'évolution défavorable. Nous avons également démontré que l'expression de MCL1 est fortement corrélée à l'expression de VEGF, confirmant le rôle de cette voie de signalisation dans la survie des lymphocytes tumoraux et suggérant que VEGF pourrait réguler positivement l'expression de MCL1 selon un mode autocrine. Nous avons ensuite exploré la fonction télomérique en rapport avec les anomalies chromosomiques à valeur pronostique, reflets de l'instabilité génomique. Notre travail a contribué à démontrer la relation entre l'instabilité génomique et le statut télomérique, évalué par la longueur des télomères et l'expression de hTERT et des gènes du complexe shelterin. Nous avons ainsi mis en évidence trois groupes de patients présentant des profilscytogénétiques et télomériques distincts : le premier groupe combine une cytogénétique favorable, des télomères longs, une expression faible ou absente de hTERT et une expression forte des gènes du complexe shelterin ; le troisième groupe se caractérise par de multiples aberrations chromosomiques (notamment délétions 17p et 11q), une augmentation de l'expression de hTERT et une diminution de la longueur des télomères et des niveaux d'expression de TRF1, TRF2 et POT1 ; le deuxième groupe est intermédiaire. Ces résultats confirment l'existence d'un lien entre statut télomérique et instabilité génomique au cours de la LLC et soulignent le rôle de la perte de TP53 ou ATM dans cette dysfonction télomérique. L'altération du statut télomérique est par ailleurs associée à des caractéristiques de pronostic défavorable, comme l'absence de mutation des IgVH, l’expression de CD38 et le doublement rapide de la lymphocytose. Enfin, nous avons évalué l’intérêt de la technique de MLPA pour la mise en évidence des anomalies cytogénétiques récurrentes à valeur pronostique de la LLC. Nous avons montré qu'il existe une bonne concordance entre la technique de référence et la MLPA, qui constitue une approche rapide et peu coûteuse pour la recherche d'anomalies génomiques présentes dans une majorité de cellules malignes. Nous avons cependant mis en évidence des cas intéressants de faux-positifs et de faux-négatifs avec la MLPA, indiquant que cette méthode ne peut pas remplacer les techniques classiques, mais constitue une approche complémentaire permettant une évaluation simultanée de divers déséquilibres.

The Anopheles genus is probably one of the best studied genera among insects of medical importance. Of more than 500 species currently listed in the world about sixty species are vectors of malaria agents and about thirty species are responsible for most of the transmission [1-3]. The important epidemiological role of anopheline species has motivated many studies of taxonomy and systematics with traditional tools. With the advent of molecular tools, the development of informatics databases and new mathematical concepts on shape, characteriz‐ ing insects has become more and more accurate. Molecular tools based on the nucleotide polymorphism of DNA have allowed the identification of cryptic diversity, confirming and refining previous findings suggesting the existence of many species groups or complexes of sibling species. The development of international genetic sequence database collabora‐ tionshttp://www.insdc.org, http://www.barcodinglife.com/ allowed the use of reference sequences for species identification. Although not well developed, the same need for infor‐ matic databases arose for traditional taxonomy.

International audience; Black rats are major invasive vertebrate pests with severe ecological, economic and health impacts. Remarkably, their evolutionary history has received little attention, and there is no firm agreement on how many species should be recognized within the black rat complex. This species complex is native to India and Southeast Asia. According to current taxonomic classification, there are three taxa living in sympatry in several parts of Thailand, Cambodia and Lao People's Democratic Republic, where this study was conducted: two accepted species (Rattus tanezumi, Rattus sakeratensis) and an additional mitochondrial lineage of unclear taxonomic status referred to here as ‘Rattus R3’. We used extensive sampling, morphological data and diverse genetic markers differing in rates of evolution and parental inheritance (two mitochondrial DNA genes, one nuclear gene and eight microsatellite loci) to assess the reproductive isolation of these three taxa. Two close Asian relatives, Rattus argentiventer and Rattus exulans, were also included in the genetic analyses. Genetic analyses revealed discordance between the mitochondrial and nuclear data. Mitochondrial phylogeny studies identified three reciprocally monophyletic clades in the black rat complex. However, studies of the phylogeny of the nuclear exon interphotoreceptor retinoid-binding protein gene and clustering and assignation analyses with eight microsatellites failed to separate R. tanezumi and R3. Morphometric analyses were consistent with nuclear data. The incongruence between mitochondrial and nuclear (and morphological) data rendered R. tanezumi/R3 paraphyletic for mitochondrial lineages with respect to R. sakeratensis. Various evolutionary processes, such as shared ancestral polymorphism and incomplete lineage sorting or hybridization with massive mitochondrial introgression between species, may account for this unusual genetic pattern in mammals.

Deux lignées de poules pondeuses ont été sélectionnées sur la consommation alimentaire résiduelle (+ R à consommation élevée, R- à faible consommation). Une détérioration des taux de fertilité et d’éclosion est observée dans la lignée R+. De nombreuses études réalisées sur les mammifères et les oiseaux ont montré l’association entre la mortalité embryonnaire et la présence d’anomalies chromosomiques. Dans le présent travail, des observations phénotypiques et des analyses cytogénétiques - limitées aux 10 premières paires de chromosomes observées et aux chromosomes sexuels, pour un total de 2n = 78 - ont été effectuées sur des embryons âgés de 48 ou de 16-18 h issus des 2 lignées R- et R+ aux générations 14 et 15. Des prélèvements de pulpes de plumes ont aussi permis de déterminer le caryotype de quelques adultes reproducteurs issus des 2 lignées. Le pourcentage d’oeufs clairs (non fécondés) est toujours significativement plus élevé en lignée R+. Les quelques cas d’anomalies chromosomiques mises en évidence dans les 2 lignées ne semblent pas être à l’origine de la baisse de fertilité de la lignée R+. Les reproducteurs adultes étudiés avaient tous des caryotypes normaux. L’explication de la baisse de fertilité en lignée R+ s’orienterait plutôt vers un problème de qualité des spermatozoïdes ou de leur conservation dans les voies génitales femelles dans la mesure ou l’étude cytogénétique n’a montré aucune anomalie de la méiose femelle ou de la multiplication des cellules embryonnaires. De plus les difficultés de reproduction ne sont pas concentrées dans certaines familles mais retrouvées dans toute la lignée., Two lines of brown egg layers have been divergently selected on residual food consumption (RFC). They differ markedly in their reproductive performance which deteriorates in the line selected on high values of RFC (R+ line). Several studies carried out in mammals and birds have shown a clear association between embryonic mortality and chromosomal abnormalities. In this study, fertile eggs were sampled from both lines at generations 14 and 15 after 48 or 16-18 h of incubation in order to observe the embryo development and determine the karyotype, on the first 10 pairs of chromosomes observed and sexual chromosomes, out of a total 2n = 78. Karyotypes were also prepared from feather pulps of adult breeders. The percentage of unfertilized eggs was always significantly higher in the R+ line. The few chromosomal abnormalities observed in both lines could not be responsible for the reduction in fertility in the R+ line. The adult karyotypes were normal. The lower fertility in the R+ line probably involves the quality of sperm cells or their conservation in the female genital tract, since cytogenetic analysis did not show any specific abnormality in female meiosis or in embryo cell multiplication. Furthermore, fertility problems were not clustered in some families but distributed over the entire line.

The antineoplastic treatments can have consequences such as therapy-related leukaemia (t-AML). These t-AML presents specific chromosomal abnormalities following the mutagenic agent. Monosomies 5 or 7 or 5q-/7q-meets after alkylatig agent exposures; balanced translocations often involving11q23.3, after anti topoisomérases II. These acquired abnormalities are also common to de novo acute myeloblastic leukemia ( p-LAM ) suggesting similar leucemogenic mechanisms between t-LAM and p-LAM. The use of the high-resolution CGH array allows bringing to light cryptic abnormalities. 36 patients presenting a t-AML and 49 affected by a p-LAM have been studied with this tool. The purpose is to look for CNA (Copy Number Abnormalities) within t-LAM and p-LAM. Some of these CNA were able to be grouped together in minimal critical region (MCR) which can contain candidate genes in the induced and\or primitive leukemogenesis. These results were compared with already published data. RMC localized in 5q and 7q stay still too big to define easily candidate genes. In other regions, RUNX1, NF1, ETS2 or TET2 are brought to light with different frequencies between t-LAM and p-LAM. A classification of the acquired genomic abnormalities of LAM in 3 groups is proposed: the abnormalities common to t-LAM and to p-LAM, the abnormalities essentially found in t-LAM or in p-LAM. The study of the transcriptome and the miRNome concerned a small number of patients studied in CGH array. The interpretation of the preliminary results remains difficult when they are compared with the genomic data.; Les traitements antinéoplasiques peuvent induire des leucémies myéloblastiques (t-LAM). Ces t-LAM présentent des anomalies cytogénétiques spécifiques de l'agent mutagène. Des monosomies 5 ou 7 ou 5q-/7q- se rencontrent après expositions aux alkylants; des translocations équilibrées impliquant souvent la région 11q23, se voient après anti topoisomérases II. Ces anomalies acquises se voient aussi dans des leucémies myéloblastiques de novo (p-LAM) laissant suggérer des mécanismes leucémogènes identiques entre t-LAM et p-LAM. L'utilisation de la CGH array haute résolution permet la mise en évidence d'anomalies cryptiques. 36 patients présentant une t-LAM et 49 atteints d'une p-LAM sont étudiés avec cet outil. Le but est de rechercher des CNA (Copy Number Alteration) au sein des t-LAM et des p-LAM. Les CNA sont regroupées en régions minimales critiques (RMC) pouvant contenir des gènes candidats à la leucémogenèse. Ces résultats sont comparés à des données déjà publiées. Les RMC situées en 5q et en 7q sont encore trop grandes pour définir aisément des gènes candidats. Dans d'autres régions, RUNX1, NF1, ETS2 ou TET2 sont mis en évidence avec des fréquences différentes entre les t-LAM et les p-LAM. Un classement des anomalies génomiques acquises des LAM en 3 groupes est proposé: les anomalies communes aux t-LAM et aux p-LAM, les anomalies essentiellement retrouvées dans les t-LAM ou dans les p-LAM. L'étude du transcriptome et du miRNome a porté sur un petit nombre de patients étudiés en CGH array. L'interprétation des résultats préliminaires reste difficile lorsqu'ils sont comparés aux données génomiques.

The antineoplastic treatments can have consequences such as therapy-related leukaemia (t-AML). These t-AML presents specific chromosomal abnormalities following the mutagenic agent. Monosomies 5 or 7 or 5q-/7q-meets after alkylatig agent exposures; balanced translocations often involving11q23.3, after anti topoisomérases II. These acquired abnormalities are also common to de novo acute myeloblastic leukemia ( p-LAM ) suggesting similar leucemogenic mechanisms between t-LAM and p-LAM. The use of the high-resolution CGH array allows bringing to light cryptic abnormalities. 36 patients presenting a t-AML and 49 affected by a p-LAM have been studied with this tool. The purpose is to look for CNA (Copy Number Abnormalities) within t-LAM and p-LAM. Some of these CNA were able to be grouped together in minimal critical region (MCR) which can contain candidate genes in the induced and\or primitive leukemogenesis. These results were compared with already published data. RMC localized in 5q and 7q stay still too big to define easily candidate genes. In other regions, RUNX1, NF1, ETS2 or TET2 are brought to light with different frequencies between t-LAM and p-LAM. A classification of the acquired genomic abnormalities of LAM in 3 groups is proposed: the abnormalities common to t-LAM and to p-LAM, the abnormalities essentially found in t-LAM or in p-LAM. The study of the transcriptome and the miRNome concerned a small number of patients studied in CGH array. The interpretation of the preliminary results remains difficult when they are compared with the genomic data.; Les traitements antinéoplasiques peuvent induire des leucémies myéloblastiques (t-LAM). Ces t-LAM présentent des anomalies cytogénétiques spécifiques de l'agent mutagène. Des monosomies 5 ou 7 ou 5q-/7q- se rencontrent après expositions aux alkylants; des translocations équilibrées impliquant souvent la région 11q23, se voient après anti topoisomérases II. Ces anomalies acquises se voient aussi dans des leucémies myéloblastiques de novo (p-LAM) laissant suggérer des mécanismes leucémogènes identiques entre t-LAM et p-LAM. L'utilisation de la CGH array haute résolution permet la mise en évidence d'anomalies cryptiques. 36 patients présentant une t-LAM et 49 atteints d'une p-LAM sont étudiés avec cet outil. Le but est de rechercher des CNA (Copy Number Alteration) au sein des t-LAM et des p-LAM. Les CNA sont regroupées en régions minimales critiques (RMC) pouvant contenir des gènes candidats à la leucémogenèse. Ces résultats sont comparés à des données déjà publiées. Les RMC situées en 5q et en 7q sont encore trop grandes pour définir aisément des gènes candidats. Dans d'autres régions, RUNX1, NF1, ETS2 ou TET2 sont mis en évidence avec des fréquences différentes entre les t-LAM et les p-LAM. Un classement des anomalies génomiques acquises des LAM en 3 groupes est proposé: les anomalies communes aux t-LAM et aux p-LAM, les anomalies essentiellement retrouvées dans les t-LAM ou dans les p-LAM. L'étude du transcriptome et du miRNome a porté sur un petit nombre de patients étudiés en CGH array. L'interprétation des résultats préliminaires reste difficile lorsqu'ils sont comparés aux données génomiques.

Par une stratégie de dépistage combinant le caryotype et l’hybridation in situ en fluorescence (FISH), une insertion (X;6) présente chez des jumelles avec une leucémie myéloïde aiguë (LMA) et une translocation (12;13) dans deux cas de LMA et un cas de leucémie lymphoblastique aiguë (LLA) ont été mis en évidence. L’insertion (X;6) n’est pas rapportée et serait un variant de la translocation (X;6) rapportée dans 4 cas de LMA, dont un associe un gène de fusion MYB-GATA1. Nous avons mis en évidence la dérégulation de l’expression de ces gènes dans le cas d’insertion sans la présence de fusion MYB-GATA1. De plus, dans le premier cas de translocation (12;13) identifié, ETV6 serait fusionné à CDX2 ou FLT3. Le deuxième cas associe la délétion des gènes miR-15a et miR-16-1 à une fusion d’ETV6 et le troisième cas impliquerait une fusion ETV6- FOXO1., By a screening strategy combining standard cytogenetics and fluorescent in situ hybridization (FISH), an insertion (X;6) in twins with acute myeloid leukemia (AML) and a translocation (12;13) in 2 cases of AML and a case of acute lymphoblastic leukemia (ALL) have been identified. Insertion (X;6) is not reported and could be a variant of translocation (X;6) described in 4 cases of AML, one of which is associated with a MYB-GATA1 fusion gene. We have identified the disruption of MYB and GATA1 in the insertion but no MYB-GATA1 fusion seems to be present. Other mechanisms could be in play for the disruption of these genes’ expression. Moreover, in the first case of translocation (12;13) identified, ETV6 is fused to either CDX2 or FLT3. The second case associates the deletion of miR-15a and miR-16-1 genes to an ETV6 fusion. In the third case, an ETV6- FOXO1 fusion seems to be involved.

International audience; Acacia senegal (L.) Willd. is the main species producing the internationally traded gum arabic. Genetic studies of this species are rare and until now the chromo- some number was thought to be diploid (2n02x026). Here, using chromosome number counting, we demonstrate for the first time that tetraploids (2n04x052) also occur in A. senegal. Nuclear and chloroplast microsatellite markers were used to estimate and compare genetic variation within this newly described polyploidy complex in the Sudano- Sahelian region in Africa. Genetic diversity was higher in diploids, suggesting that the formation of tetraploids is recent and that mutation-drift equilibrium has not yet been reached. The two cytotypes do not have the same genetic structure and are genetically differentiated. Among tetra- ploids, populations are greatly differentiated and do not share the same chlorotypes. Based on these results, we discuss recurrent formation of tetraploids from different diploid progenitors across the distribution range of A. senegal in the Sudano-Sahelian zone.

Background and Aims Edible bananas originated mainly from two wild species, Musa acuminata Colla (AA) and Musa balbisiana Colla (BB), and triploid cultivars with an AAA, AAB or ABB genome are the most widely used. In the present study, chromosome pairing affinities are investigated in a sterile AB Indian variety and in its fertile colchicine-induced allotetraploid (AABB) derivative to determine the inheritance pattern of the tetraploid genotype. The potential implications of interspecific recombination and chromosomal composition of diploid gametes for Musa improvement are presented. Methods The pairing of different chromosome sets at diploid and tetraploid levels was investigated through a combination of conventional cytogenetic and genomic in-situ hybridization (GISH) analyses of meiotic chromosomes, leading to a likelihood model of the pairing behaviour. GISH analysis of mitotic chromosomes was also conducted to reveal the chromosome constitution of hybrids derived from crosses involving the allotetraploid genotype. Key Results Analysis of chromosome associations at both ploidy levels suggested that the newly formed allotetraploid behaves as a 'segmental allotetraploid' with three chromosome sets in a tetrasomic pattern, three sets in a likely disomic pattern and the five remaining sets in an intermediate pattern. Balanced and unbalanced diploid gametes were detected in progenies, with the chromosome constitution appearing to be more homogenous in pollen than in ovules. Conclusions Colchicine-induced allotetraploids in Musa provide access to the genetic background of natural AB varieties. The segmental inheritance pattern exhibited by the AABB allotetraploid genotype implies chromosome exchanges between M. acuminata and M. balbisiana species and opens new horizons for reciprocal transfer of valuable alleles. (Resume d'auteur)

Le développement sexuel est un processus complexe qui dépend de nombreux gènes, une mutation pouvant entraîner un développement sexuel anormal. Par ailleurs, des anomalies chromosomiques peuvent avoir des répercussions importantes sur la détermination gonadique, surtout lorsqu'il s'agit du chromosome Y puisqu'il porte le gène clé du développement sexuel masculin. Premièrement, nous avons identifié par cytogénétique moléculaire le point de cassure chez 5 patients avec une translocation X;Y et 10 patients avec un chromosome Y isodicentrique. Nous avons ainsi démontré que certaines régions sont plus à risque d'être remaniées, notamment lorsqu'elles contiennent des palindromes ou d'autres séquences répétées. Nous avons également établi une relation entre la distance séparant le centromère et le point de cassure et l'instabilité des chromosomes Y isodicentriques lors des divisions cellulaires. Deuxièmement, nous avons étudié en cytogénétique les gonades de 22 patients avec un chromosome Y normal ou remanié et présentant un développement sexuel anormal. Nous avons mis en évidence la perte du chromosome Y remanié dans une majorité de cellules gonadiques des 10 patients étudiés, expliquant leur phénotype sexuel anormal. Cependant, chez 11 des 12 patients avec un chromosome Y normal, aucun mosaïcisme expliquant clairement leur détermination gonadique anormale n'a été retrouvé. Finalement, nous avons analysé par immunohistochimie les gonades dysgénésiques de 30 patients avec une anomalie du développement sexuel et un chromosome Y normal ou remanié. Nos travaux ont montré la présence de cellules germinales immatures au sein de cordons sexuels primitifs sous forme de tissu gonadique indifférencié dans 15 gonades, dont 9 ont évolué en tumeur gonadique. Dans 13 autres gonades, ces cellules germinales immatures avaient disparues par apoptose. Dans l'ensemble, notre recherche met en évidence la susceptibilité du chromosome Y à subir des remaniements et à être instable lors des divisions cellulaires, et indique que le mosaïcisme peut avoir des répercussions sur la détermination gonadique. Nos travaux montrent également que le tissu gonadique indifférencié peut évoluer vers deux entités, une tumeur gonadique ou une bandelette suite à l'apoptose des cellules germinales, mettant en lumière la nécessité d'analyser le tissu gonadique des patients XY avec dysgénésie gonadique dont les gonades sont laissées en place., Sexual development is a complex process which depends on numerous genes, mutations possibly resulting in an abnormal sexual development. Furthermore, chromosome abnormalities can have important repercussions on gonadal determination, especially when it comes to the Y chromosome since it carries the master gene of male sexual development. First, we identified by molecular cytogenetics the breakpoint in 5 patients with an X;Y translocation and 10 patients with an isodicentric Y chromosome. We were thus able to show that some regions are more at risk of being rearranged, especially when they contain palindromes or other repeated sequences. We were also able to establish a relationship between the distance separating the centromere from the breakpoint and instability of isodicentric Y chromosomes during cell divisions. Second, we studied by cytogenetics the gonads of patients with a normal or rearranged Y chromosome and presenting an abnormal sexual development. We demonstrated loss of the rearranged Y chromosome in a majority of gonadal cells of the 10 analyzed patients, explaining their abnormal sexual phenotype. On the other hand, in 11 of the 12 patients with a normal Y chromosome, no mosaicism clearly explaining their abnormal gonadal determination was found. Finally, we also analyzed by immunohistochemistry the dysgenetic gonads of 30 patients with an abnormal sexual developement and a normal or rearranged Y chromosome. We showed the presence of immature germ cells in primitive sex cords as undifferentiated gonadal tissue in 15 gonads, including 9 that evolved in a gonadal tumor. In 13 other gonads, these immature germ cells had disappeared through apoptosis. Altogether, our research demonstrates that the Y chromosome is susceptible to rearrangements and can be unstable through cell divisions, and that mosaicism may have repercussions on gonadal determination. Our work also shows that undifferentiated gonadal tissue can evolve in two entities, a gonadal tumor or a streak following apoptosis of germ cells, thus emphasizing the necessity of studying the gonads of XY patients with gonadal dysgenesis when gonads are left in place.

L'action de recherche CAPRETAR (CAptage PREcoce ou TARdif: 2009-2010) a été réalisée dans le cadre du Contrat de Plan Etat Région - Poitou Charentes (CPER-PC 2007- 2013) développement durable des Pertuis Charentais. Cette action, s 'inscrit dans le cadre d 'un lien direct qui existerait entre la nature précoce/tardive d 'un captage naturel et la qualité des naissains de l'huître creuse C. gigas qui en sont issus (qualité génétique : « R » résistante ou « S » sensible et qualité génomique : taux des aneuploïdies et des dommages à l'ADN). L'objectif de cette action vise à estimer durant l 'année (2010) les performances relatives de survie de naissains issus d 'un captage précoce ou tardif réalisé l'année précédente (2009). Les résultats escomptés visent à répondre à diverses questions notamment celles concernant les différences, entre captage précoce et captage tardif.

Vasconcellea, comprising 21 species, is the largest genus of the Caricaceae, best known for the monotypic genus Carica, including papaya (C. papaya), one of the most important tropical fruit crops. It is distributed from Mexico to Chile, with the center of diversity in Ecuador and Colombia. Because of their preference for higher altitudes, most Vasconcellea species are referred to as highland or mountain papayas. Currently, five of them are threatened and red-listed and four are not found in protected areas, while none of them are currently present in seed collections, raising questions on their conservation and urging for rapid action. Some Vasconcellea species have potential as novel tropical fruits, particularly V.?×?heilbornii, V.?cundinamarcensis, and V. goudotiana, which are being used for a growing (niche) market for new exotic products. As a source of papain, several Vasconcellea species show proteolytic activity up to 17 times as high as that of papaya. Others are being used as a source of new genes for papaya breeding, particularly for disease resistance (especially against papaya ringspot virus), cold tolerance, and specific organoleptic traits. Optimal use of Vasconcellea genetic resources requires a better understanding of its genetic potential, as well as the development of technologies to create intergeneric hybrids with papaya, as conventional breeding faces significant barriers. Cytogenetic and molecular studies, based on AFLP, PCR-RFLP, and SRR analysis, have allowed a better understanding of the evolution of the main Vasconcellea species, indicating complex hybridization and introgression processes among multiple species, which contrasts with the straightforward domestication of the common papaya. Genomic research in Vasconcellea has been limited to the sequencing of some gene fragments and the development of BAC libraries for a few species. Recent progress on papaya genomics, the development of a high-density genetic map, and the sequencing of the genome will help in the identification of genes of interest in Vasconcellea, either for papaya breeding or for the development of Vasconcellea species as new crops.

Le gène MLL (Mixed-Lineage Leukemia), un homologue du gène trithorax de la Drosophile, localisé à la bande chromosomique 11q23, est fréquemment réarrangé dans plusieurs types de leucémies, essentiellement suite à des translocations chromosomiques. Dans les différentes translocations chromosomiques, la partie N-terminale de MLL est fusionnée avec les séquences d’un gène partenaire. Malgré le grand nombre de partenaires de fusion rapportés, peu de fusions MLL ont été bien caractérisées sur le plan moléculaire. De plus, l’impact pronostique de plusieurs fusions moins fréquentes n’est pas bien établi. L’objectif de mon projet est de caractériser plusieurs translocations MLL qui ont été détectées dans 39 spécimens leucémiques collectés par la Banque de cellules leucémiques du Québec (www.bclq.gouv.qc.ca), et d’établir une corrélation entre les résultats de la cytogénétique et différents paramètres biologiques et cliniques des leucémies respectives. L’identification des gènes partenaires de fusion (GPF) dans notre série (30 échantillons étudiés), a révélé la fusion de MLL à un gène partenaire très récurrent dans 26 leucémies: MLLT3(AF9), AFF1(AF4), MLLT4(AF6), MLLT1(ENL), ELL; à un GPF modérément commun dans 1 leucémie : MLLT6(AF17); et à un partenaire rare de MLL dans 3 leucémies : GAS7 et AF15/CASC5 (2 cas). Nous avons poursuivi notre travail avec la caractérisation des points de cassure de deux fusions, soit MLL-ELL associée à un syndrome myéloprolifératif (une association rare), et MLL-GAS7 (une fusion rare de MLL), associée à une leucémie aiguë myéloïde. L’analyse des transcrits de fusion par RT-PCR et séquençage a révélé respectivement la fusion de l’exon 9 de MLL à l’exon 2 de ELL et des exons 7 ou 8 de MLL (deux transcrits) à l’exon 2 de GAS7. Ce travail permettra d’effectuer des études fonctionnelles et des projets de recherche translationnelle en utilisant ces spécimens de leucémies avec différents réarrangements de MLL, bien caractérisés sur le plan clinique et moléculaire., The MLL (Mixed-Lineage Leukemia) gene, a human homolog of the Drosophila trithorax gene, located at chromosomal band 11q23, is frequently rearranged in several types of leukemia, mostly by chromosomal translocations. In different chromosomal translocations, the N-terminal part of MLL is fused to sequences of the partner gene. Despite the large number of fusion partners that have been reported, several gene fusions remain poorly characterized at the molecular level. Moreover, the prognostic impact of less frequent fusions is not well established. The aim of my project is to characterize different MLL fusions detected in 39 leukemic samples, collected by the Quebec Leukemia Cell Bank (www.bclq.gouv.qc.ca) and to correlate cytogenetics with the clinical and biological features of the corresponding leukemia. Identification of fusion partner genes in our series (30 samples studied), revealed fusion of MLL to one of the most frequent partners in 26 leukemias: MLLT3(AF9), AFF1(AF4), MLLT4(AF6), MLLT1(ENL), ELL; to a moderately common MLL fusion partner in 1 leukemia: MLLT6(AF17); and to a rare partner in 3 leukemias: GAS7 and AF15/CASC5 (2 cases). We have characterized the breakpoints of two fusions, MLL-ELL in a myeloproliferative syndrome (a rare association) and MLL-GAS7 (a rare MLL fusion) associated with acute myeloid leukemia. Fusion transcripts analysis by RT-PCR and sequencing revealed respectively, a fusion of MLL exon 9 to ELL exon 2 and of MLL exon 7 or exon 8 (two transcripts) to GAS7 exon 2. This study is essential to perform functional studies and translational research projects using these well characterized leukemic specimens with different MLL rearrangements.