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Background: Basal cell carcinoma (BCC) is the commonest skin cancer in human. It is characterized by a strictly local malignity with a frequent tendency to relapse. BCC development results from the interaction between environmental factors and genetic alterations, including mutations in the TP53 gene involved in its progression and relapse. TP53 gene is named “guardian of the genome”, as it plays major roles in genomic stability. In addition to mutations, several polymorphisms had been detected in the wild-type TP53. The polymorphic variant is usually associated to BCC diseases at codon 72 of TP53 (Arg72Pro). Objectives: In the present study, we undertook a case control study to explore a possible association between TP53 Arg72Pro polymorphism and the predisposition to BCC in Northwest Algerian population. Methods: TP53 Arg72Pro polymorphism was investigated by PCR/RFLP then confirmed by DNA sequencing of 61 controls versus 50 BCC cases. Results: This study allows us to characterize BCC subgroups regarding age, tumor location, and relapse. No correlation was found between any of these criteria and each of the two variants of TP53 Arg72Pro. No association was found between TP53 Arg72Pro variants and developing BCC either (BCC group: Pro = 54%, versus Control group: Pro = 53 %, P > 0.05, OR 1.52 (0.89 - 2.60)). Finally, as expected, sun-exposure was confirmed as a risk factor for BCC. Conclusions: This study supports that analyzing TP53 Arg72Pro polymorphism is of no interest for identifying high-risk subjects for BCC in the Algerian population. Further studies are needed to explain the role of this polymorphism in genetic predisposition to BCC in some other populations.

Objectifs - Le but de cette étude est de déterminer l’impact du polymorphisme gammaglutamyl hydrolase (GGH) c.452C> T (rs 11545078 dbSNP Id) GIT) chez les patients atteints de polyarthrite rhumatoïde (PR) sur l’apparition des réactions indésirables au combinaméthotrexate (MTX) et sur la toxicité gastro-intestinale (TGI). Matériels et méthodes - Soixante et un patients atteints de PR ont été inclus dans cette étude. Le génotypage a été effectué par la réaction en chaîne par polymérase polymorphisme de longueur de fragment de restriction (PCR-RFLP). Les données ont été analysées par test ?2.Résultats - Nos résultats suggèrent que les distributions de fréquences des allèles et génotypes de ce polymorphisme sont similaires entre les deux groupes avec et sans toxicité. Cependant, il existe une distribution significative des génotypes GGH 452TT (p = 0,03) et GGH 452CT + 452TT (p = 0,02) entre les groupes avec ou sans TGI. La même corrélation à été retrouvez pour l’allèle GGH 452T (p = 0,008) Conclusion - Nous avons montré pour la première fois dans la population de l’Ouest Algérien que le polymorphisme GGH c.452C> T influence l’apparition de la toxicité intestinale gastro-intestinale du MTX.

Une mutation des deux allèles du gène Rb durant le développement rétinien norma est responsable de l’apparition du rétinoblastome. La recherche de mutations au niveau du gène Rb reste difficile, car la majorité des altérations sont uniques et dispersées tout au long du gène. Nous rapportons dans notre étude le résultat de l’analyse du gène Rb au niveau constitutionnel et tumoral dans la population algérienne.Notre étude a porté sur un échantillon de 21 patients atteints de rétinoblastome. Le promoteur et les 27 exons avec leurs séquences introniques flanquantes composant le gène Rb ont été amplifiés et analysés par HPLC (chromatographie liquide à haute performance) suivie d’un séquençage. Les variations de bases identifiées au niveau constitutionnel et tumoral sont au nombre de 7 dont 3 mutations non sens, une mutation affectant le site d’épissage, une délétion et 2 polymorphismes. L’analyse du gène Rb a été réalisée chez des enfants atteints de rétinoblastome ne présentant aucun antécédent familial de la maladie. Par cette étude, nous avons pu identifier deux cas sur les 21 étudiés ayant un rétinoblastome pouvant être transmissible.Deux mutations rapportées n’ont jamais été décrites dans la littérature.

Introduction - Le gène TP53 a fait l’objet de très nombreux travaux. Sa nature polymorphe et son rôle central dans la régulation du cycle cellulaire ont mis en évidence son potentiel de gène candidat dans la susceptibilité et la survenue de différents cancers. Bien que plusieurs polymorphismes du gène TP53 aient été étudiés comme facteurs de risque pour différents cancers, le plus largement étudié est le polymorphisme Arg72Pro (rs1042522), à l’origine d’une substitution d’une Arginie (Arg) en Proline (Pro) ou inversement, connu pour ses différentes fonctions biologiques.Notre objectif est d’explorer la participation du polymorphisme (SNP) Arg72Pro du gène TP53, dans l’expressivité du cancer colorectal (CCR) et du carcinome basocellulaire (CBC) dans une population de l’Ouest Algérien.Matériels et Méthodes - Le déséquilibre de transmission allélique de ce SNP a été réalisé sur une population constituée de 116 individus atteints de CCR, 50 sujets atteints de CBC et enfin une population contrôle constituée de 121 individus sains,par la technique de Biologie Moléculaire PCR/RFLP (Polymerase Chain Reaction/Restriction Fragment LengthPolymorphism).Résultats - L’association du marqueur Arg72Pro avec le CBC a montré une augmentation significative de l’allèle Pro chez les cas par rapport aux contrôles (54% vs 46%, OR=8,85 [4,98-16,03], p0.05).Conclusion - Le polymorphisme Arg72Pro du gène TP53 peut être considéré comme marqueur de risque pour le CBC mais pas pour le CCR.

Objectif - En Algérie, le cancer de la prostate (CP) représente un réel problème de santé publique. Notre étude consiste à déterminer l’influence du polymorphisme Thr241Met du gène XRCC3 sur la susceptibilité à développer le CP. Pour cela, nousavons entrepris une étude d’association cas/témoins portant sur ce polymorphisme dans un échantillon de la population de l’Ouest Algérien.Matériels et méthodes - Cette étude a concerné dix sujets atteints de CP et vingt sujets sains non apparentés. L’exploration des différents génotypes du polymorphisme a été réalisée par la technique d’amplification en chaine par polymérase polymorphisme de longueur des fragments de restriction (PCR-RFLP). La comparaison des fréquences alléliques et génotypiques entre les deux groupes à été établie par le calcul de l’odds ratio (OR) avec un intervalle de confiance à 95%.Résultats - A ce stade de l’étude, l’analyse statistique a montré qu’il n’existait aucune différence statistiquement significative de distribution des fréquences alléliques et génotypiques (OR=0,36 [0,12-1,1] ;P=0,7) de ce polymorphisme exploré entre les cas et les contrôles dans ce premier échantillon de la population explorée.

Objectif - L’accumulation des variants génétiques participe au processus impliquédans le risque de développer le cancer colorectal (CCR). Plusieurs études ont exploréla corrélation entre les polymorphismes 6986A>G du gène CYP3A5 (CYP450)(rs776746) appartenant à la famille des cytochromes P450 et 3435C>T du gène adénosinetriphosphate–binding cassette B1 (ABCB1) (rs1045642). L’objectif de cetteétude est la recherche d’éventuelles associations entre les polymorphismes rs776746et rs1045642, et la survenue du cancer colorectal dans une population de l’OuestAlgérien.Méthodes - La cohorte était composée de 99 patients atteints de CCR et 101contrôles. Les polymorphismes CYP3A5 c.6986A>G et ABCB1 c.3435 >T ont été identifiés par la technique de discrimination allélique par PCR quantitative en temps réel.Les résultats ont été analysés par le calcul de l’odd ratio (OR) avec un intervalle de confiance à 95%.Résultats - L’étude cas-témoins a montré que la distribution des fréquences alléliques et génotypiques de ces polymorphismes entre les deux groupes (cas et témoins) ne présentait aucune différence statistiquement significative.Conclusion - Ce travail nous a permis de conclure qu’il n’existait aucune relation d’association entre ces polymorphismes et la survenue du CCR dans notre population.

La Dystrophie Musculaire de Duchenne (DMD) est la plus sévère et la plus fréquente des dystrophies musculaires, atteignant une naissance mâle sur 5000 dans la popu-lation mondiale. Elle se caractérise par une dégénérescence musculaire progressive dès le jeune âge et conduit à des défaillances graves de l’organisme qui aboutissent au décès du patient.Le gène responsable de la DMD est localisé sur le chromosome X. Il code pour une protéine du cytosquelette membranaire « la dystrophine ». Les altérations touchant ce gène sont essentiellement des délétions avec une proportion de 65%. C’est la rai-son pour laquelle nous nous sommes intéressés à la mise au point au niveau de notre laboratoire d’une technique qui nous permettra de mettre en évidence ce type de mutation chez 5 cas sporadiques atteints de myopathie de Duchenne et originaires de l’Ouest Algérien. L’étude a consisté à amplifier par PCR multiplex les 19 exons du gène DMD les plus fréquemment altérés. Cette étude nous a permis de mettre en évidence deux délétions différentes, la première touchant le promoteur du gène et la seconde l’exon 43. Ces premiers résultats confirment les données rapportées dans la littérature qui classent ces deux régions comme étant les régions les plus disposées aux délétions.Les résultats obtenus représentent une première au niveau de l’ouest algérien et pourraient aboutir à la généralisation du diagnostic génotypique et du conseil géné-tique en vue d’une amélioration de la prise en charge des malades en Algérie.

The tumor suppressor gene TP53 and its regulator MDM2 are both key players involved in multiple pathways including apoptosis, cellular transcriptional control and cell cycle regulation. Common germline polymorphisms in these genes may affect colorectal cancer (CRC) susceptibility. An arginine-to-proline substitution at codon 72 in the TP53 gene is reported to decrease apoptotic potential, while a thymine-to-guanine polymorphism at nucleotide 309 (named SNP309) of murine double minute 2 MDM2 gene increases its transcription. These two polymorphisms therefore may be of importance in colorectal carcinogenesis. The relation of these polymorphisms to colorectal cancer in the Algerian population was addressed in this study. DNA samples from 121 controls and 116 cases were genotyped for these two polymorphisms by PCR/RFLP then confirmed by sequencing. Unexpectedly no significant association was found between this potential marker TP53 Arg72Pro and CRC (p > 0.05). However, our findings reveal that individuals with the MDM2 SNP309 GG genotype have a low risk of CRC as compared to the TT genotype (OR = 0.49; 95 % CI: 0.24–0.98, p = 0.04), with more significance for females (OR = 0.16; 95 % CI: 0.06–0.41, p

Retinoblastoma is a pediatric retinal tumor initiated by biallelic inactivation of the retinoblastoma gene (RB1). Most of the alteration being unique and randomly distributed throughout the entire coding region. This study aimed firstly to identify mutations that may affect the RB1 gene in constitutional level witch contribute to the understanding of the molecular pathogenesis of this disease and for early detection of subject at risk and asymptomatic carriers. The detection of variations in 30 patient’s DNAs was performed by high performance liquid chromatography (HPLC) followed by sequencing. Secondly, we developed a protocol in silico analysis using different software based on analytic methods (Align GVGD, Mutation tasting, SIFT, PolyPhen, I-Mutant and KD4V) and structural (Swiss-Pdb Viewer). This protocol was used to predict the deleterious effects of mutations on protein pRb. The spectrum of mutation included 2 missense mutations, 1 nonsense mutation, 1 deletion, 1 mutation affecting splice site and 2 polymorphisms. Among these mutations, some were identified in germinal level for children with no family history of the disease. Therefore, in silico analysis identified only three causal mutations, the first intronic mutation in the splice donor site caused probably a frame shift, giving rise to a truncated protein. The second missense mutation c.1903 G˃C was predicted to affect splicing processes. The third mutation c.1961T>A located in exon 20 may disrupt protein function and structure.In this study, in silico analysis has shown the effect of mutations on the structure and function of the protein. It is interesting to compare these results with others functional studies in order to evaluate the functionality of the mutations.

The c.677 C > T and c.1298 A > C polymorphisms of methylenetatrahydrofolate reductase (MTHFR) gene and c.3435 C > T polymorphism of ATP-Binding cassette B1 (ABCB1) gene are reported as pharmacogenetic markers, influencing the methotrexate (MTX) therapeutic outcome in rheumatoid arthritis (RA) patients. The aims of this study were to determine the relationship between these polymorphisms and clinical response and/or adverse drug reaction (ADRs) to MTX treatment. The cohort of our study was composed of 110 RA patients of the West Algerian population. The clinical response was evaluated using the disease activity score 28 (DAS28) and the ADRs were collected after physical examination of patients. All samples were genotyped for theses polymorphisms by TaqMan® allelic discrimination assay. Based on EULAR criteria, 59.09% RA patients were responders and ADRs were observed in 40.9% patients. The frequency distribution of these three polymorphisms was similar between the responders and the non-responders. The same result was found on ADRs study and no significant difference of distribution between the presence of ADRs group and absence of ADRs group was observed. Our study joins the results that found in others population in the world. We have demonstrated, for the first time in the West Algerian population, that these polymorphisms were not predictive for clinical response and/or ADRs to MTX therapeutic outcome.

Colorectal cancer (CRC) is a complex and multifactorial disease, in which genetic and environmental factors both seem to play a part. Many epidemiological studies have explored the association between genetic polymorphisms of X-ray repair cross-complementing group 3 (XRCC3) (Thr241Met) and Xeroderma pigmentosum group D (XPD) lysine to glutamine at codon 751 (Lys751Gln) and risk of CRC in various populations; however, the results are controversial. We conducted this case–control study in a West Algerian population to assess the potential role of this genetic polymorphism on the risk of CRC in this population. Genomic DNA was extracted from blood samples collected from 129 sporadic CRC patients and 148 normal controls. The polymorphisms were determined by pyrosequencing technique. The distribution of XRCC3 Thr241Met and XPD Lys751Gln genotypes among controls did not differ significantly from those predicted by the Hardy–Weinberg distribution (p > 0.05). There were no significant differences in the genotypes distribution and allele frequencies between CRC patients and controls. A significant association was found between the combined heterozygous of XRCC3 and homozygous variant of XPD gene and CRC. This is the first study on DNA repair genetic polymorphisms in West Algerian population, and it suggests that the XRCC3 Thr241Met and XPD Lys751Gln polymorphisms may not be associated with the CRC risk in this population.