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2 results on '"Maire, Justin"'

1. The genome of the cereal pest Sitophilus oryzae : a transposable element haven

Author

Parisot, Nicolas, Vargas-Chavez, Carlos, Goubert, Clément, Baa-Puyoulet, Patrice, Balmand, Séverine, Beranger, Louis, Blanc, Caroline, Bonnamour, Aymeric, Boulesteix, Matthieu, Burlet, Nelly, Calevro, Federica, Callaerts, Patrick, Chancy, Théo, Charles, Hubert, Colella, Stefano, Da Silva Barbosa, André, Dell’Aglio, Elisa, Di Genova, Alex, Febvay, Gérard, Gabaldon, Toni, Galvão Ferrarini, Mariana, Gerber, Alexandra, Gillet, Benjamin, Hubley, Robert, Hughes, Sandrine, Jacquin-Joly, Emmanuelle, Maire, Justin, Marcet-Houben, Marina, Masson, Florent, Meslin, Camille, Montagne, Nicolas, Moya, Andrés, Ribeiro de Vasconcelos, Ana Tereza, Richard, Gautier, Rosen, Jeb, Sagot, Marie-France, Smit, Arian F.A., Storer, Jessica, Vincent-Monegat, Carole, Vallier, Agnès, Vigneron, Aurélien, Zaidman-Remy, Anna, Zamoum, Waël, Vieira, Cristina, Rebollo, Rita, Latorre, Amparo, Heddi, Abdelaziz, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre for Genomic Regulation [Barcelona] (CRG), Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF)-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], food and beverages
Abstract

Among beetles, the rice weevil Sitophilus oryzae is one of the most important pests causing extensive damage to cereal in fields and to stored grains. S. oryzae has an intracellular symbiotic relationship (endosymbiosis) with the Gram-negative bacterium Sodalis pierantonius and is a valuable model to decipher host-symbiont molecular interactions. We sequenced the Sitophilus oryzae genome using a combination of short and long reads to produce the best assembly for a Curculionidae species to date. We show that S. oryzae has undergone successive bursts of transposable element (TE) amplification, representing 72% of the genome. In addition, we show that many TE families are transcriptionally active, and changes in their expression are associated with insect endosymbiotic state. S. oryzae has undergone a high gene expansion rate, when compared to other beetles. Reconstruction of host-symbiont metabolic networks revealed that, despite its recent association with cereal weevils (30 Kyear), S. pierantonius relies on the host for several amino acids and nucleotides to survive and to produce vitamins and essential amino-acids required for insect development and cuticle biosynthesis. In addition to being an agricultural pest and a valuable endosymbiotic system, S. oryzae can be a remarkable model for studying TE evolution and regulation, along with the impact of TEs on eukaryotic genomes.

Published
2021

2. Evaluating the essentiality of the primary endosymbiont of the rice weevil Sitophilus oryzae through genome analysis

Author

Vargas-Chavez, Carlos, Parisot, Nicolas, Goubert, C., Baa-Puyoulet, Patrice, Balmand, Severine, Boulesteix, M., Burlet, Nelly, Callaerts, Patrick, Charles, Hubert, Colella, Stefano, Febvay, Gérard, Gabaldon, Toni, Jacquin-Joly, Emmanuelle, Loska, Damian, Maire, Justin, MASSON, Florent, Meslin, Camille, montagné, N, Moya, Andres, Vincent-Monégat, Carole, Rebollo, Rita, Vallier, Agnès, Vigneron, Aurélien, Zaidman-Rémy, A., Calevro, Federica, Vieira, Cristina, Latorre, Amparo, Heddi, Abdelaziz, Charles, Hubert, Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Eléments transposables, évolution, populations, Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (GINSENG), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Catholic University of Leuven - 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Paris 6 (UPMC)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Ouest])-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay), Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], fungi, bacteria, food and beverages, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], Sitophilus oryzae L, symbiosis
Abstract

International audience; The rice weevil Sitophilus oryzae is a pest insect responsible for great economic losses to the agriculture, particularly in developing countries where the damage can exceed 40% of the cereal production. This pest harbors an endosymbiont, “Candidatus Sodalis pierantonius” (cited Sodalis hereafter) that improves its fitness and invasive power. It has been demonstrated that Sodalis recently replaced the ancestral endosymbiont “Candidatus Nardonella” (cited Nardonella hereafter), which is still conserved in other members of the Dryophthoridae family. This recent acquisition raises several challenges for the host, given that the genome of Sodalis has not experienced a drastic genome size shrinkage when compared to other old-lasting insect’s endosymbionts. While the genomes of Sodalis and several strains of Nardonella are available, the insect’s genome is still needed to perform a full study of the system. To this end, we have sequenced and assembled the full genome of the weevil S. oryzae using a combination of Next Generation Sequencing data. Additionally, we have compared this genome with other available insect genomes. We found that the genome of S. oryzae encodes immune elements similar to those of other holometabolous insects, including those living without endosymbionts. Remarkably, an impressive amount of repeated elements was identified, similar to what was previously described in the Sodalis endosymbiont, suggesting the occurrence of gene rearrangement processes at this early phase of symbiogenesis. We concluded that while Sodalis is completely dependent on its host, the insect can survive without its endosymbiont.

Published
2018

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