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Population genetic studies of Hemileia vastatrix have been conducted in order to describe the evolutionary dynamics of the pathogen and the disease epidemiology as consequence of changes in disease management and host distribution occurred in Peru after the 2013 epidemic. These analyses were performed by sequencing the internal transcribed spacers of the nuclear ribosomal DNA (rDNA-ITS) of H. vastatrix collected from two coffee growing areas in 2014 and 2018. H. vastatrix population showed high haplotype diversity (Hd = 0.9373 ± 0.0115) with a low nucleotide diversity (π = 0.00322 ± 0.00018). Likewise, AMOVA indicated that fungus population has behaved as a large population without structuring by geographical origin and sampling years (FST = 0.00180, P = 0.20053 and FST = 0.00241, P = 0.19693, respectively). Additionally, the haplotype network based on intraspecific phylogenetic analysis of H. vastatrix using Peruvian and NCBI sequences revealed that Peruvian ancestral haplotypes, which were maintained in time and space, would correspond to the reported sequences of the races II and XXII. This re-sult suggests that no substantial changes have occurred through time in Peruvian Hemileia vastatrix population. © 2021, Korean Society of Plant Pathology. All rights reserved. This research was supported by project N? 177-2015 FONDECYT (The National Fund for Scientific and Technological Development) and Universidad Nacional Agraria La Molina, Peru.

Se analizó la diversidad genética del patógeno del café Hemileia vastatrix, a través de secuenciación de los espaciadores internos transcribibles del ADN ribosomal (ITS). El análisis se realizó en muestras de roya de 12 predios de dos zonas cafetaleras del Perú, Quillabamba (Cusco) y Villa Rica (Pasco). Se hallaron los índices de diversidad haplotípica y nucleotídica. Además, se determinaron las semejanzas entre las poblaciones analizadas por medio de una red de haplotipos. Del análisis, se determinó que ambas regiones productoras presentan valores altos de diversidad genética; sin embargo, la zona de Quillabamba albergó la mayor diversidad haplotípica de H. vastatrix (Hd = 0.977 +/- 0.012). Asimismo, la red de haplotipos permitió evidenciar la estructura de las poblaciones de H. vastatrix para cada zona, las que juntas se comportan como una gran población indiferenciada con presencia de haplotipos ancestrales a partir de los cuales se fueron generando nuevas variantes del hongo. También, se analizaron las secuencias de la región ITS de H. vastatrix peruanas y las almacenadas en el GenBank, no encontrándose distribución de las poblaciones por región geográfica; además, se determinó que las poblaciones de H. vastatrix peruanas presentan haplotipos similares a los de Colombia y a las razas II y XXII.