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Introducción: En investigaciones previas se ha identificado la desarticulación entre la acción investigadora de la Universidad, y las prioridades de investigación o necesidades de conocimiento, entre otros campos, en el de la educación médica y la investigación educacional en salud, lo que resta aplicabilidad a los resultados de las investigaciones. Objetivos: Identificar factores explicativos de la desarticulación entre la investigación en educación médica en la Facultad de Medicina, y la investigación en recursos humanos en salud en el país. Diseño: Estudio de caso cualitativo. Institución: Facultad de Medicina, Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM), Lima, Perú. Participantes: Informantes de la universidad y de la autoridad sanitaria nacional. Métodos: El estudio se basó en entrevistas semiestructuradas a informantes clave tanto de la universidad como de la autoridad sanitaria nacional. Principales medidas de resultados: Factores explicativos de desarticulación. Resultados: Los factores explicativos de la desarticulación entre la investigación en educación médica en la Facultad de Medicina y la investigación en recursos humanos en salud en el país fueron: a) Una cultura de investigación dependiente de los recursos universitarios, que son escasos para investigaciones de mayor envergadura como los requeridos por el Ministerio de Salud (MINSA); b) Para el MINSA, la UNMSM es una entidad de baja visibilidad; sus publicaciones en el campo de Recursos Humanos no son conocidas; c) La investigación sanmarquina se visualiza como fruto de esfuerzos individuales, no de la existencia de equipos de investigación. Conclusiones: Las líneas de investigación consistentes con la experiencia e intereses de los investigadores de la Facultad de Medicina, enmarcadas en las prioridades de investigación de recursos humanos en Salud en el Perú, fueron a) la articulación de la formación en pregrado de los recursos humanos en salud con las necesidades de salud del país; b) uso de las tecnologías de información y comunicación (TICs) en la formación; y, c) el impacto de las experiencias en la formación y logro de competencias de los recursos humanos en salud en especialización y posgrado.