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The influence of the high genetic variability of hepatitis B virus (HBV) on the sensitivity of serological assays has received little attention so far. A major source of variability is related to viral genotypes and subgenotypes. Their possible influence on diagnosis and prophylaxis is poorly known and has mostly been evaluated for genotypes A, B, C and D. Robust data showing the detection efficiency of HBsAg from genotype F is lacking. This study examined the effect of virus-like particles containing HBsAg from genotypes A and F (particularly, F1b and F4) produced in Pichia pastoris in relation to the anti-HBs antibodies used in the immunoassays for in vitro diagnosis and compared it with that exerted by the G145R S-escape mutant. The results showed that HBsAg detection rates for subgenotypes F1b and F4 differed significantly from those obtained for genotype A and that subgenotype F1b had a major impact on the sensitivity of the immunoassays tested. Prediction of the tertiary structure of subgenotypes F1b and F4 revealed changes inside and outside the major hydrophilic region (aa 101-160) of the HBsAg compared to genotype A and the G145R variant. A phosphorylation site (target for protein kinase C) produced by the G145R substitution might prevent recognition by anti-HBs antibodies. In conclusion, the use of different genotypes or variants for diagnosis could improve the rate of detection of HBV infection. The incorporation of a genotype-F-derived HBsAg vaccine in areas where this genotype is endemic should be evaluated, since this might also affect vaccination efficacy. Fil: Limeres, María José. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina Fil: Gomez, Evangelina Raquel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Noseda, Diego Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigaciones Biotecnológicas; Argentina Fil: Cerrudo, Carolina Susana. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Ghiringhelli, Pablo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Nusblat, Alejandro David. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Nanobiotecnología. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Nanobiotecnología; Argentina Fil: Cuestas, María Luján. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Investigaciones en Microbiología y Parasitología Médica; Argentina