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Introducción. El polimorfismo 5-HTT se ha asociado con el trastorno de depresión mayor, aunque el planteamiento ha generado controversia. Objetivo. Determinar la asociación del polimorfismo 5-HTT con la depresión mayor en Bogotá, Colombia. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de casos y controles pareado por sexo y edad (±5 años), con una razón de uno a uno (68:68). El trastorno de depresión mayor se diagnosticó con el cuestionario Mini-International Neuropsychiatric Interview, y, el polimorfismo 5-HTT, mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Resultados. Las mujeres predominaron entre los participantes (82,4 %). El alelo corto (short, S) predominó en los casos comparados con los controles (S: 72,1 % Vs. 63,2; L (long): 27,9 % Vs. 36,8 %), y el genotipo SL fue más frecuente en los casos (SL: 45,6 % Vs. 36,8 %; LL: 27,9 % Vs. 36,8 %; SS: 26,5 % Vs. 26,5 %), aunque no significativamente. Hubo diferencias significativas en menores de 37 años, con predominio del alelo S en los casos (p=0,0384; odds ratio - OR=2,75; IC95%: 0,88-8,64). El análisis multivariado ajustado por trastornos concomitantes de ansiedad mostró una asociación significativa de la depresión mayor con el genotipo SL (p=0,049; OR=3,20; IC95% 1,003-10,233); el alelo S estuvo cerca de la significación estadística (p=0,063; OR=2,94; IC95% 0,94-9,13), y fue estadísticamente significativo en los casos de menores de 37 años (p=0,026; OR=10,79; IC95% 1,32-80,36). Conclusiones. El genotipo SL se asoció con el trastorno de depresión mayor en pacientes de todas las edades. El alelo S se asoció significativamente con el trastorno de depresión mayor en pacientes menores de 37 años al ajustar por trastornos concomitantes de ansiedad.