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The use of different genetic dissimilarity indicators can help in both the selection of crop improvement strategies and as artificial crosses. The objectives of this work were to estimate the genetic dissimilarity among seven oat genotypes (Avena sativa L.) through molecular (dg) and morphological (dm) markers. Data were obtained from two experiments carried out in Capão do Leão County, RS, Brazil, in 2000. The estimated correlation coefficient (r = 0.33) indicated a low association between dg and dm estimates. The genotypes with similar pedigrees (UPF 16 and UPF 17), with a bootstrapping value of 82.7%, performed the most consistent group (dg) and clustered more closely in both techniques (dg and dm). However, genotypes with similar pedigree clustered in distant groups. Both dissimilarity estimates need to be used in order to obtain a more reliable choice of dissimilar parents, with higher probability of developing promising base populations.O uso de diferentes medidas de dissimilaridade genética auxilia na definição de estratégias de melhoramento e no direcionamento de cruzamentos artificiais. O objetivo deste trabalho foi estimar a dissimilaridade genética entre sete genótipos de aveia branca (Avena sativa L.) através de marcadores moleculares AFLP (dg) e caracteres agronômicos (dm). Os resultados foram constatados em dois experimentos desenvolvidos no município de Capão do Leão (RS), Brasil, em 2000. O coeficiente de correlação encontrado (r=0.33) indicou baixa correspondência entre as estimativas de dg e dm. Os genótipos com a mesma genealogia (UPF 16 e UPF 17), com valor de bootstraping de 82,7%, formaram o grupo mais consistente (dg) e o agrupamento mais similar em ambas as técnicas (dg e dm); entretanto, agruparam-se genótipos de genealogia similar em diferentes grupos. Ambas as estimativas de dissimilaridade, quando utilizadas conjuntamente, proporcionam maior suporte para a escolha de genitores dissimilares, com grande probabilidade de desenvolvimento de populações-base promissoras.