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El objetivo fue identificar las cepas, la cantidad y la diversidad de hongos presente en tortillas de 14 razas de maíz. Se determinó el peso del complejo de hongos (PCH) y la identificación de los hongos del mismo, así como características del grano (índice de flotación), nixtamal (humedad de nixtamal y humedad de masa) y tortilla (humedad de tortillo a las 24 y 48 h). A los datos se les realizó un análisis de varianza. Todas las variables presentaron diferencias significativas (p ≤ 0.05). Para el PCH los mayores promedios estadísticamente diferente fueron las razas Naltel de altura (0.69 g) y Arrocillos amarillo (0.68 g) por tortilla. La raza Chalqueño tuvo el mayor número de hongos en el complejo (Aspergillus flavus, Mucor sp., Penicillium sp., Rhizopus oryzae, Acremonium sp. y Alternaria sp.); con diferencia del hongo Penicillium sp., la raza Cónico fue la segunda mejor, y en Pepitilla solo se identificó el hongo Acremonium sp. Para la humedad de nixtamal y de masa la raza Pepitilla obtuvo los mejores valores, con un 49.7 y 60.9%, respectivamente. Se tuvieron diferencias del 65.2% en el PCH entre las razas evaluadas, presentando el mayor y menor peso las razas Naltel de altura y Chalqueño, respectivamente.