1. Complete chloroplast genome sequence of the medicinal plant Arctium lappa
- Author
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Nie, Liping, Cui, Yingxian, Chen, Xinlian, Xu, Zhichao, Sun, Wei, Wang, Yu, Song, Jingyuan, and Yao, Hui
- Subjects
Biological sciences - Abstract
Arctium lappa, commonly called burdock, has a long medicinal and edible history. It has recently gained increasing attention because of its economic value. In this study, we obtained the complete chloroplast genome of A. lappa by Illumina Hiseq. The complete chloroplast genome of A. lappa is a typical circular structure with 152 708 bp in length. The GC content in the whole chloroplast genome of A. lappa is 37.7%. A total of 37 tRNA genes, 8 rRNA genes, and 87 protein-coding genes were successfully annotated. And the chloroplast genome contains 113 unique genes, 19 of which are duplicated in the inverted repeat. The distribution of 39 simple sequence repeats was analysed, and most of them are in the large single-copy (LSC) sequence. An inversion comprising 16 genes was found in the LSC region, which is 26 283 bp long. We performed multiple sequence alignments using 72 common protein-coding genes of 29 species and constructed a Maximum Parsimony (MP) tree. The MP phylogenetic result shows that A. lappa grouped together with Carthamus tinctorius, Centaurea diffusa, and Saussurea involucrata. The chloroplast genome of A. lappa is a valuable resource for further studies in Asteraceae. Key words: Arctium lappa, chloroplast genome, molecular structure, phylogenetic relationship. L'Arctium lappa, ou grande bardane, est connue depuis longtemps comme plante medicinale et comestible. Elle a recemment suscite une attention croissante en raison de sa valeur economique. Dans cette etude, les auteurs ont decode le genome chloroplastique complet de l'A lappa par sequencage Illumina Hiseq. Le genome chloroplastique complet de l A. lappa presente une structure circulaire typique comprenant 152 708 pb. Le contenu en GC est de 37,7 %. Au total, 37 genes d'ARNt, 8 genes d'ARNr et 87 genes codant pour des proteines ont ete annotes. Le genome chloroplastique compte 113 genes uniques, dont 19 sont dupliques au sein de la region inversee repetee. La distribution de 39 microsatellites a ete analysee et la plupart se trouvent au sein de la grande region a simple copie (LSC). Une inversion comprenant 16 genes et mesurant 26 283 pb a ete detectee au sein de la region LSC. Les auteurs ont realise des alignements multiples sur 72 genes communs codant pour des proteines chez 29 especes et produit un arbre phylogenetique par une approche de parcimonie maximale (MP). Le resultat de cette analyse phylogenetique a montre que l'A. lappa appartenait au meme groupe que le Carthamus tinctorius, le Centaurea diffusa et le Saussurea involucrata. Le genome chloroplastique de l'A. lappa constitue une ressource utile pour de futures etudes chez les Asteraceae. [Traduit par la Redaction] Mots-cles : Arctium lappa, genome chloroplastique, structure moleculaire, relation phylogenetique., Introduction Arctium lappa, a biennial herb of Asteraceae, is commonly known as a medicinal plant in many parts of the world, and it has been used as a therapeutic plant [...]
- Published
- 2020
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