1. Reference transcriptome assembly and annotation for perennial ryegrass
- Author
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Shinozuka, Hiroshi, Cogan, Noel O.I., Spangenberg, German C., and Forster, John W.
- Subjects
Ryegrasses -- Genetic aspects ,RNA sequencing -- Usage ,Biological sciences - Abstract
RNA-Seq methodology has been used to generate a comprehensive transcriptome sequence resource for perennial ryegrass, an important temperate pasture grass species. A total of 931547 255 reads were obtained from libraries corresponding to 19 distinct tissue samples, including both vegetative and reproductive stages of development. Assembly of data generated a final filtered reference set of 48 713 contigs and scaffolds. The transcriptome resource will support whole genome sequence assembly, comparative genomics, implementation of genotyping-by-sequencing (GBS) methods based on transcript sampling, and identification of candidate genes for multiple biological functions. Key words: Lolium, pasture, RNA-Seq, unigene, candidate gene, breeding. Résumé : Une approche RNA-Seq a été employée pour générer une ressources transcriptomique exhaustive pour le ray-grass anglais, une importante espèce fourragère tempérée. Au total, 931547 255 lectures ont été obtenues à partir de 19 librairies correspondant à 19 tissus distincts, incluant à la fois des stades végétatifs et reproductifs du développement. L'assemblage des données a généré un jeu de référence final composé de 48 713 contig et scaffold. Cette ressource transcriptomique permettra de supporter l'assemblage de séquences génomiques complètes, la génomique comparée, les méthodes de génotypage par séquençage (GBS) fondées sur l'échantillonnage des transcrits ainsi que l'identification de gènes candidats pour de nombreuses fonctions biologiques. [Traduit par la Rédaction] Mots-clés : Lolium, pâturage, RNA-Seq, unigène, gène candidat, sélection., Introduction Perennial ryegrass (Lolium perenne L.) is a globally important pasture grass of temperate livestock production systems. Perennial ryegrass is a member of the Pooideae (cool-season) sub-family of the grass [...]
- Published
- 2017
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