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Introduction: PCR detection offers a good opportunity to obtain fast results which is a priority in tuberculosis control programs. Objectives: We assayed an in-house PCR method based on the detection of mycobaterial IS6110 gene in clinical samples of patients with pulmonary and extrapulmonary tuberculosis to demonstrate its usefulness and reliability in the setting of a middle-resource region with high tuberculosis prevalence. Materials and methods: Pulmonary (n=317) and extrapulmonary (n=41) samples were collected from 358 patients with clinical suspicion of tuberculosis. All samples were processed to detect acid-fast bacilli by microscopy, culture on solid media and PCR. To remove PCR inhibitors, three washing steps of the decontaminated pellet were included before mycobacterial cell lysis. Results: The overall sensitivity was 96% in clinical samples, and specificity was 100% for our in-house method in pulmonary and extrapulmonary samples. No inhibition was found among samples that were PCR negative, but culture positive for Mycobacterium tuberculosis. No false positives were found. Conclusions: In-house PCR in a middle-income setting region, with simple and strictly controlled methods, could efficiently complement conventional bacteriological tools for the rapid diagnosis of tuberculosis, especially in paucibacillary and extrapulmonary samples.Introducción. La prueba de PCR ofrece la posibilidad de obtener resultados rápidos, una prioridad para los programas de control de la tuberculosis. Objetivos.Evaluar el método de PCR basado en la detección del gen IS6110 de las micobacterias en muestras clínicas de pacientes con tuberculosis pulmonar y extrapulmonar, para demostrar su utilidad y confiabilidad en un sitio de desarrollo medio con alta prevalencia de tuberculosis. Materiales y métodos. Se recolectaron 317 muestras pulmonares y 41 de origen extrapulmonar, de 358 pacientes con sospecha clínica de tuberculosis. Todas las muestras se procesaron para detectar bacilos ácido-alcohol resistentes por microscopía, cultivo en medio sólido y PCR. Para eliminar los inhibidores de la PCR se lavaron tres veces antes de realizar la lisis de la pared de la micobacteria. Resultados. La sensibilidad total fue de 96% y la especificidad de 100% para este método "casero" en muestras pulmonares y extrapulmonares. No se encontró inhibición entre las muestras que fueron negativas por PCR pero con cultivo positivo para Mycobacterium tuberculosis. No se hallaron falsos positivos. Conclusiones. La implementación de la PCR "casera" en regiones de desarrollo intermedio como método simple y estrictamente controlado, podría complementar eficientemente las herramientas bacteriológicas tradicionales para el diagnóstico rápido de la tuberculosis, especialmente en muestras paucibacilares y de origen extrapulmonar.

Antecedentes. Los métodos convencionales para a identificación de levaduras del género Candida requieren mucho tiempo, necesitan cantidad importante de la muestra y, en muchos casos, es necesario realizar cultivo. Objetivos. Evaluar un par de cebadores para la identificación de levaduras del género Candida y demostrar su potencial aplicación para el diagnóstico de infecciones intraoculares. Materiales y métodos. Se utilizaron 17 cepas de referencia, 29 aislamientos clínicos de flujo vaginal, 7 muestras de humor acuoso y una de humor vítreo. Evaluamos tres métodos para el rompimiento de la pared celular: congelación descongelación, sonicación, y la enzima liticasa. Para la purificación del ácido nucleico, se utilizó en los tres casos el estuche comercial Wizard Genomics; en la reacción de PCR, el estuche comercial Go Taq Green Master Mix y los iniciadores ITS3 e ITS4 a una concentración de 0,5 µM. Resultados. De los tres métodos el que mejor resultados ofreció fue el uso de enzima liticasa más el estuche comercial. Con los iniciadores ITS3 e ITS4 fue posible identificar las levaduras únicamente a nivel de género y no se presentó reacción cruzada con otros microorganismos comúnmente encontrados en diferentes muestras de tejido humano. La sensibilidad fue de 100 fg. Se lograron identificar por PCR todos los aislamientos a partir de flujo vaginal y de una muestra de humor acuso. Para las demás muestras de humor acuoso el diagnóstico fue para otros agentes causales, entre ellos, Toxoplasma sp. Conclusión. Consideramos que ésta es una metodología adecuada, la cual permite identificar levaduras del género Candida con gran sensibilidad y reproducibilidad.Background. Conventional methods for Candida identification are time consuming, require high amounts of the sample and in several cases the culture is mandatory. Aims. To evaluate two primers for the identification of Candida and to demonstrate their application for intraocular infections. Materials and methods. 17 Candida reference strains, 29 vaginal samples, 7 samples of aqueous humor and one of vitreous humor were studied. Three methods to lyse the Candida wall were analyzed: freezing-thawing, sonication and the use of lyticase. For nucleic acid purification the Wizard Genomics kit was used; in the PCR the commercial kit Go Taq Green Master Mix and the primers ITS3 and ITS4 were used. Results. The best method for lysis was the enzymatic lysis with lyticase. The primers ITS3 and ITS4 identified all the Candida strains and there were no cross-reaction with other microorganisms. The sensitivity of the PCR was 100 fg. All the samples of vaginal flux and Candida strains were identified and only one sample of aqueous humor was positive for the genus Candida. In the other samples of aqueous humor toxoplasmosis was the definitive diagnosis. Conclusion. PCR amplification for Candida is a sensitive and specific technique for the diagnosis.

Introducción. La Organización Mundial de la Salud define la tuberculosis extrapulmonar como la enfermedad tuberculosa localizada en cualquier órgano diferente a los pulmones y, la micobacteriosis, como la infección bacteriana producida por micobacterias no tuberculosas. El diagnóstico de tuberculosis extrapulmonar y micobacteriosis se hace fundamentalmente por el cultivo y la posterior identificación de la micobacteria por pruebas bioquímicas, así como por baciloscopia para el primer caso. El cultivo de micobacterias presenta limitaciones, especialmente, por el tiempo de incubación que puede tardar hasta 12 semanas y por la sensibilidad para determinar la presencia del microorganismo. Actualmente, se utilizan herramientas moleculares que permiten disminuir el tiempo de diagnóstico. Entre ellas está la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) que es una prueba rápida con buena sensibilidad y especificidad para la identificación de patógenos. Objetivo. Implementar la (PCR) como apoyo para el diagnóstico de la tuberculosis extrapulmonar y la micobacteriosis, para disminuir el tiempo en la obtención de resultados y contribuir a la instauración de tratamientos oportunos para estas patologías. Materiales y métodos. El estudio se llevó a cabo entre junio de 2005 y agosto de 2006. Se procesaron 57 muestras clínicas provenientes de 15 centros hospitalarios del país, analizadas por PCR para la secuencia de inserción IS6110 y para el gen hsp65. Se incluyeron datos clínicos del paciente, edad, sexo y prueba de VIH. Resultados. Los resultados de amplificación para PCR IS6110 fueron positivos en 6 pacientes, lo que sugiere tuberculosis extrapulmonar, y para PCR hsp65, en igual número, lo que sugiere un proceso de micobacteriosis. Se confirmó el diagnóstico de tuberculosis meníngea en 4 (6,9%) pacientes, seguida por tuberculosis en piel y tuberculosis miliar, cada una en un (1,7%) paciente. Se identificaron micobacterias no tuberculosas en 6 (10,3%) pacientes, así: 4 (7%) en esputo, 1 (1,75%) en secreción de abdomen y 1 (1,75%) en secreción de lesiones en piel. Un aislamiento de Mycobacterium chelonae de piel se asoció con un tratamiento previo con mesoterapia. No se encontró relación entre el estado de ¿portador de? VIH, con las patologías estudiadas. Discusión. Se presenta la PCR como una buena ayuda diagnóstica, específicamente, por la obtención de resultados en un lapso de 3 días.Introduction: The World Health Organization defines extrapulmonary tuberculosis as the disease located in any type of organ different from the lungs, and mycobacteriosis as the bacterial infection produced by environmental Mycobacteria. The diagnosis of extrapulmonary tuberculosis and mycobacteriosis is achieved fundamentally by culture and later identification of bacteria by biochemical tests, as well as by sputum smear for the first case. Culture presents limitations specially related with the time of incubation that can last up to 12 weeks and with the sensitivity to the presence of the microorganism. Currently, molecular tools allow a decrease in the time of diagnosis. Among these tools, the polymerase chain reaction (PCR) is a rapid test with good sensitivity and specificity for the identification of pathogenic Mycobacteria. Objective: To implement PCR as support to the diagnosis of extrapulmonary tuberculosis and mycobacteriosis to decrease the time in obtaining results and to contribute to the implementation of appropriate treatments for these diseases. Materials and methods: The study was carried out between June 2005 and August 2006. 57 clinical samples of 15 hospitals throughout the country were analyzed by PCR for the sequence of insertion of IS6110 and for the gene hsp65. Clinical information of the patients, age, sex, and VIH test were included. Results: Results of amplification for PCR IS6110 were positive in 6 patients suggesting extrapulmonary tuberculosis and for PCR hsp65 in an equivalent number, suggesting a process of mycobacteriosis. The study contributed to the diagnosis of meningeal tuberculosis in 4 (6.9%) patients, followed by skin tuberculosis and miliar tuberculosis each one with 1 (1.7%) patient. We identified ¿non- Mycobacteryum tuberculosis? ¿lNMT? in 6 (10.3%) cases, which were differentiated as follows: 4 (7%) patients in sputum, 1 (1.75 %) patient in secretion of abdomen and 1 (1,75 %) patient in secretion of skin injuries. Mycobacterium chelonae isolation of the skin was associated with cosmetic mesotherapy. No relation was found between VIH status and the studied pathologies. Discussion: This study shows PCR as a valuable diagnostic technique for patients, specifically for obtaining results within three days.