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Los arrecifes coralinos mesofóticos hacen parte del objeto de conservación del Parque Nacional Natural Corales de Profundidad (PNNCPR). Un paso fundamental para el manejo de un área protegida es la caracterización de su riqueza específica, y uno de los grupos taxonómicos importantes en ambientes arrecifales son los foraminíferos bentónicos. Debido a que no existen investigaciones de este tipo para el PNNCPR, se consideró estudiar los géneros de foraminíferos bentónicos de las zonas mesofótica superior y media, y explorar una posible relación de dicha composición con sus ámbitos geográficos y batimétricos, así como con cambios ambientales. Los resultados permitieron concluir que una submuestra de 50 individuos con conchillas en buen estado, tomadas de diez muestras de 10 g, fue suficiente para estimar la composición de géneros presentes en la zona. La riqueza de géneros encontrada fue de 53, siendo Amphistegina, Quinqueloculina y Triloculina los que presentaron mayor frecuencia de aparición. No se encontraron diferencias significativas entre el conjunto de géneros de foraminíferos bentónicos de los estratos de profundidad superior (34-60 m) y medio (61-90 m). El conjunto de foraminíferos bentónicos del sector Bajo Calamarí difiere significativamente del encontrado en la localidad de Bajo Frijol. El análisis conjunto de la similaridad de muestras mediante clasificación y ordenación permitió identificar tres grupos congruentes con el sitio de muestreo, la época del año y el año de recolecta. El grupo de foraminíferos heterótrofos (Quinqueloculina, Triloculina, Cibicides, Discorbis, Rosalina, Poroeponides y Textularia) fue el más frecuente, seguido por el de los foraminíferos simbiontes (Amphistegina) y oportunistas (Elphidium). Los resultados obtenidos permiten sugerir que los foraminíferos bentónicos mesofóticos tienen potencial de ser bioindicadores para el programa de monitoreo del PNNCPR.