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Introducción: C. albicans junto con C. dubliniensis y C. africana, forman el Complejo Candida albicans. Estas especies están estrechamente relacionadas entre sí, lo que dificulta la diferenciación por métodos convencionales. Objetivos: Diferenciar por método molecular Candida albicans y Candida dubliniensis en aislamientos de pacientes ambulatorios y hospitalizados de Central, Paraguay y conocer el perfil de sensibilidad de los mismos. Metodología: Se incluyeron levaduras aisladas de materiales respiratorios, cavidad bucal, secreciones purulentas, sangre, orina y otros. Se realizó una PCR dúplex de punto final a los aislamientos que desarrollaron coloración verdosa en medio cromogénico (CONDA®, España). El ADN se extrajo utilizando el kit Wizard® Genomic DNA (Promega, EE. UU.) con algunas modificaciones. La sensibilidad a antifúngicos se determinó por VITEK® 2 a un subgrupo de aislamientos. Resultados: De 1065 aislamientos, 838 (78,7 %) fueron C. albicans y 3 (0,3 %) C. dubliniensis, estos últimos provenientes de cavidad bucal; los 224 restantes fueron negativos para ambas especies. El 94,4 % de 503 aislamientos de C. albicans fueron sensibles a fluconazol, 97,6 % a voriconazol, 99,4 % a anfotericina B, 100 % a caspofungina y micafungina. Los tres aislamientos de C. dubliniensis presentaron CIM de ? 0,5 µg/mL frente a fluconazol, ? 0,12 µg/mL a voriconazol y ? 0,25 µg/mL a anfotericina B. Conclusiones: La frecuencia de C. dubliniensis es baja con relación a otros estudios que informan valores de 1,5 a 32 %. Estos aislamientos no presentaron indicios de resistencia. C. albicans mostró buena sensibilidad a los antifúngicos ensayados.