1. Integrated analysis of somatic mutations and focal copy-number changes identifies key genes and pathways in hepatocellular carcinoma
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Sandrine Imbeaud, Yannick Ladeiro, Julien Calderaro, Laura Pelletier, Françoise Degos, Eric Chevet, Charles Balabaud, Fabien Calvo, Eric Letouzé, Alexis Laurent, Paulette Bioulac-Sage, Giuliana Amaddeo, Mélanie Letexier, Jessica Zucman-Rossi, Cécile Guichard, Gabrielle Couchy, Bruno Clément, Ichrafe Ben Maad, Genomique Fonctionnelle des Tumeurs Solides, Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -IFR105-Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Labex Immuno-oncology, Centre de Recherche des Cordeliers ( CRC ), Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -École pratique des hautes études ( EPHE ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Université Paris Descartes - Paris 5 ( UPD5 ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -PRES Sorbonne Paris Cité-Faculté de Médecine, Service de Pathologie [Créteil], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-CHU Henri Mondor, Service de pathologie [Bordeaux], Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-CHU Bordeaux [Bordeaux]-Groupe hospitalier Pellegrin, Physiopathologie du cancer du foie, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), IntegraGen SA, Service d'hépatologie, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 ( UPD7 ) -Hôpital Beaujon, Microenvironnement et remodelage, Foie, métabolismes et cancer, Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Service de chirurgie digestive, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor, Cartes d'Identité des Tumeurs ( CIT ), Ligue Nationale Contre le Cancer (LNCC), Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] ( INC ), Service d'Hépato-Gastro Entérologie et Oncologie Digestive, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] ( HEGP ), This work was supported by the INCa with the ICGC project, the Ligue Nationale Contre le Cancer ('Cartes d'identité des tumeurs' program), the PAIR-CHC project NoFLIC (funded by INCa and Association pour la recherche contre le Cancer, ARC), the Réseau national CRB Foie and BioIntelligence. C.G., G.A., are supported by a fellowship from the INCa and ANRS respectively., Génomique Fonctionnelle des Tumeurs Solides (U1162), Université Paris 13 (UP13)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-PRES Sorbonne Paris Cité-Faculté de Médecine, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Henri Mondor, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Hôpital Beaujon [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor, Cartes d'Identité des Tumeurs (CIT), Institut National du Cancer [Boulogne Billancourt] (INC), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-PRES Sorbonne Paris Cité-Faculté de Médecine, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Henri Mondor [Créteil], and Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )
- Subjects
Genetics ,0303 health sciences ,Mutation ,Oncogene ,ARID1A ,Tumor suppressor gene ,Somatic cell ,Wnt signaling pathway ,[SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology ,Biology ,medicine.disease ,medicine.disease_cause ,3. Good health ,03 medical and health sciences ,0302 clinical medicine ,030220 oncology & carcinogenesis ,Hepatocellular carcinoma ,medicine ,Cancer research ,[ SDV.MHEP.HEG ] Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology ,Gene ,030304 developmental biology - Abstract
International audience; Hepatocellular carcinoma (HCC) is the most common primary liver malignancy. Here, we performed high-resolution copy-number analysis on 125 HCC tumors and whole-exome sequencing on 24 of these tumors. We identified 135 homozygous deletions and 994 somatic mutations of genes with predicted functional consequences. We found new recurrent alterations in four genes (ARID1A, RPS6KA3, NFE2L2 and IRF2) not previously described in HCC. Functional analyses showed tumor suppressor properties for IRF2, whose inactivation, exclusively found in hepatitis B virus (HBV)-related tumors, led to impaired TP53 function. In contrast, inactivation of chromatin remodelers was frequent and predominant in alcohol-related tumors. Moreover, association of mutations in specific genes (RPS6KA3-AXIN1 and NFE2L2-CTNNB1) suggested that Wnt/β-catenin signaling might cooperate in liver carcinogenesis with both oxidative stress metabolism and Ras/mitogen-activated protein kinase (MAPK) pathways. This study provides insight into the somatic mutational landscape in HCC and identifies interactions between mutations in oncogene and tumor suppressor gene mutations related to specific risk factors.
- Published
- 2012
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