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The objective of this work was to identify and validate single-nucleotide polymorphism (SNP) markers related to grain yield in rice (Oryza sativa) core collection. The genome-wide association studies (GWAS) methodology was applied for genotyping of 541 rice accessions by 167,470 SNPs. The grain yield of these accessions was estimated through the joint analysis of nine field experiments carried out in six Brazilian states. Fifteen SNPs were significantly associated with grain yield, and out of the ten SNPs converted to TaqMan assays, four discriminated the most productive accessions. These markers were used for the screening of rice accessions with favorable alleles. The selected accessions were, then, evaluated in field experiments in target environments, in order to select the most productive ones. This screening reduces the number of accessions evaluated experimentally, making it possible to prioritize those with higher productive potential, which allows of the increase of the number of replicates and, consequently, of the experimental accuracy. Resumo: O objetivo deste trabalho foi identificar e validar marcadores de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) relacionados à produtividade de grãos em coleção nuclear de arroz (Oryza sativa). A metodologia de estudos de associação genômica ampla (GWAS) foi aplicada à genotipagem de 541 genótipos por 167.470 SNPs. A produtividade de grãos desses acessos foi estimada por meio da análise conjunta de nove experimentos de campo, realizados em seis estados brasileiros. Quinze SNPs foram significativamente associados à produtividade de grãos e, dos dez SNPs que foram convertidos em ensaios TaqMan, quatro discriminaram os acessos com maior produtividade. Esses marcadores foram utilizados para identificar aceessos de arroz com os alelos favoráveis. Em seguida, os acessos selecionados foram avaliados em experimentos de campo, em ambientes-alvo, para identificar os mais produtivos. Essa triagem reduz o número de acessos avaliados experimentalmente, pois torna possível priorizar aqueles com maior potencial produtivo, o que permite aumentar o número de repetições e, consequentemente, a precisão experimental.

O objetivo deste trabalho foi identificar o modelo com melhor ajuste aos dados de produção de leite, gordura, proteína e sólidos totais para cabras leiteiras, bem como associar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) nos genes para κ-caseína (κ-CSN3) e β-lactoglobulina (β-LG) aos parâmetros das curvas de produção e qualidade do leite. Foram avaliados 4.160 registros de produção de leite, gordura, proteína e sólidos totais de cabras das raças Alpina, Saanen e mestiça, no Estado de Antioquia, na Colômbia. Os modelos não lineares com melhor ajuste à estrutura dos dados foram os de Nelder, para produção de leite, e de Cappio-Borlino, para qualidade do leite. As análises de associação mostraram efeito significativo do SNP κ-CSN3 sobre o pico de produção, a produção inicial e a persistência das características qualitativas do leite. Já o SNP β-LG apresentou efeito significativo sobre os picos de produção de leite e gordura, e sobre o tempo necessário para atingir o pico de produção de proteína. A identificação e a estimação da influência dos marcadores SNP avaliados sobre as curvas de lactação e a qualidade do leite podem contribuir para a seleção de caprinos leiteiros. The objective of this work was to identify the model that best fits production data of milk, fat, protein, and total solids for dairy goats, as well as to associate single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the genes for κ-casein (κ-CSN3) and β-lactoglobulin (β-LG) with parameters from lactation and milk-quality curves. A total of 4,160 production records of milk, fat, protein, and total solids from goats of the Alpine, Saanen, and crossbred breeds, in the state of Antioquia, Colombia, were evaluated. The nonlinear models with the best fit to data structure were Nelder's, for milk yield, and Cappio-Borlino's, for milk quality. Association analyzes showed significant effect of the SNP κ-CSN3 on production peak, initial production, and persistence of milk-quality traits. The SNP β-LG had significant effect on the peaks of milk and fat yield, and on the time required to reach the peak of protein yield. The identification and estimation of the influence of the evaluated SNP markers on lactation and milk-quality curves can contribute for dairy goat selection.

O objetivo deste trabalho foi identificar, por meio da análise de mapeamento associativo, os marcadores moleculares relacionados à produtividade do arroz de terras altas e aos seus caracteres componentes. Foram usadas 113 linhagens e cultivares de arroz de terras altas, da Coleção Nuclear de Arroz da Embrapa, com reduzido vínculo genético entre si. Os seguintes caracteres componentes da produtividade foram avaliados: número de panículas por metro, número de grãos por panícula e peso de 100 grãos. Dos 115 marcadores utilizados, 25 (21,7%) associaram-se significativamente a um ou mais caracteres. Entre os 29 SSR ("simple sequence repeats") colocalizados em QTL ("quantitative trait loci") de produtividade de arroz, 12 foram associados aos caracteres avaliados e considerados como candidatos para uso na seleção assistida por marcadores. Os marcadores NP914540, Q6ZGD1 e Q69JE3, associados ao número de grãos por panícula, ainda não foram anotados no arroz e podem constituir o ponto de partida para estudos de genômica funcional. Entre os marcadores derivados de sequências transcritas, NP914526 e NP914533 destacam-se por pertencer a rotas metabólicas relacionadas ao aumento do potencial produtivo de arroz. The objective of this work was to identify, through analysis of associative mapping, the molecular markers related to upland rice yield and its component traits. One hundred thirteen lines and cultivars of upland rice, with reduced admixture, from the Rice Core Collection of Embrapa, were used. The following yield component traits were evaluated: number of panicles per meter, number of grains per panicle, and weight of 100 grains. Out of the 115 used markers, 25 (21.7%) were significantly associated with one or more traits. Among the 29 SSR (simple sequence repeats) co-located in yield QTL (quantitative trait loci) in rice, 12 were associated with the evaluated traits and considered candidates for use in marker-assisted selection. The markers NP914540, Q6ZGD1, and Q69JE3, associated with the number of grains per panicle, are not yet annotated in rice and should constitute the starting point for functional genomics studies. Among the markers derived from transcribed sequences, NP914526 and NP914533 stand out for belonging to metabolic pathways related to increased yield potential of rice.

The objective of this work was to identify major and minor-effect quantitative trait loci (QTL) for resistance to races 3, 9, and 14 of soybean cyst nematode (SCN) in Hartwig cultivar; to map new resistance QTLs for these races; and to check for the existence of epistatic interactions between QTLs. Cultivar Hartwig is an important resistance source to SCN. Recombinant inbred lines (RIL) obtained from a cross between 'Hartwig' (resistant) and Y23 (susceptible) were evaluated regarding resistance to the three races. New genomic regions for resistance to SCN were identified by microsatellites. Four QTLs, which explained between 12 and 34% of phenotypic variance, were detected for resistance to race 3 in linkage groups (LG) A2, G, J, and M. The QTL in LG G is also important for resistance to race 9. Epistatic interactions were detected between loci, which indicate resistance to races 9 and 14. There are high and low-effect resistance QTLs to SCN. O objetivo deste trabalho foi identificar locos associados a características quantitativas (QTL) de efeito maior e menor para a resistência às raças 3, 9 e 14 do nematoide do cisto da soja (NCS) na cultivar Hartwig, mapear novos QTLs de resistência para estas raças e verificar a existência de interações epistáticas entre QTLs. A cultivar Hartwig é uma importante fonte de resistência ao NCS. Linhagens endogâmicas recombinantes (LER) obtidas do cruzamento entre 'Hartwig' (resistente) e Y23 (suscetível) foram avaliadas quanto à resistência às três raças. Novas regiões genômicas de resistência ao NCS foram identificadas por microssatélites. Quatro QTLs, que explicaram entre 12 e 34% da variância fenotípica, foram detectados para a resistência à raça 3 nos grupos de ligação (GL) A2, G, J e M. O QTL no GL G também é importante para a resistência à raça 9. Interações epistáticas foram detectadas entre loci, o que indica resistência às raças 9 e 14. Há QTLs de maior e menor efeito para a resistência ao NCS. Fil: Ferreira, Marcia Flores da Silva. Universidade Federal do Espírito Santo; Brasil Fil: Cervigni, Gerardo Domingo Lucio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Centro de Estudios Fotosintéticos y Bioquímicos (i); Argentina. Universidad Nacional de Rosario; Argentina Fil: Ferreira, Adésio. Universidade Federal do Espírito Santo; Brasil Fil: Schuster, Iván. Cooperativa Central de Pesquisa Agrícola; Brasil Fil: Santana, Fernanda Abreu. Universidade Federal de Viçosa; Brasil Fil: Pereira, Waldir Dias. Embrapa Soja; Brasil Fil: Barros, Everaldo Gonçalves de. Universidade Federal de Viçosa; Brasil Fil: Moreira, Maurilio Alves. Universidade Federal de Viçosa; Brasil

Submitted by Guilherme Lemeszenski (guilherme@nead.unesp.br) on 2013-08-22T18:47:03Z No. of bitstreams: 1 S0100-204X2008001100011.pdf: 459323 bytes, checksum: 403a66298348e36bcf39cefbebbf76dc (MD5) Made available in DSpace on 2013-08-22T18:47:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 S0100-204X2008001100011.pdf: 459323 bytes, checksum: 403a66298348e36bcf39cefbebbf76dc (MD5) Previous issue date: 2008-11-01 Made available in DSpace on 2013-09-30T17:58:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S0100-204X2008001100011.pdf: 459323 bytes, checksum: 403a66298348e36bcf39cefbebbf76dc (MD5) S0100-204X2008001100011.pdf.txt: 32015 bytes, checksum: 65b2ca63bff38e9194aa0918d1476e20 (MD5) Previous issue date: 2008-11-01 Submitted by Vitor Silverio Rodrigues (vitorsrodrigues@reitoria.unesp.br) on 2014-05-20T13:16:53Z No. of bitstreams: 2 S0100-204X2008001100011.pdf: 459323 bytes, checksum: 403a66298348e36bcf39cefbebbf76dc (MD5) S0100-204X2008001100011.pdf.txt: 32015 bytes, checksum: 65b2ca63bff38e9194aa0918d1476e20 (MD5) Made available in DSpace on 2014-05-20T13:16:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 S0100-204X2008001100011.pdf: 459323 bytes, checksum: 403a66298348e36bcf39cefbebbf76dc (MD5) S0100-204X2008001100011.pdf.txt: 32015 bytes, checksum: 65b2ca63bff38e9194aa0918d1476e20 (MD5) Previous issue date: 2008-11-01 O objetivo deste trabalho foi identificar novos marcadores microssatélites, ligados ao gene Rpp5 de resistência à ferrugem-da-soja, e validar os marcadores previamente mapeados, para que possam ser utilizados em programas de seleção assistida por marcadores moleculares (SAM). Para tanto, uma população F2 com 100 indivíduos, derivada do cruzamento entre a PI 200526 e a cultivar Coodetec 208, suscetível à ferrugem, foi artificialmente infectada e avaliada quanto à sua reação de resistência à ferrugem. Marcadores microssatélites foram testados nos genitores e em dois bulks contrastantes, para a identificação de marcadores ligados. Dois novos marcadores, potencialmente associados à resistência, foram testados em plantas individuais, e se constatou que eles estão ligados ao gene Rpp5 e estão presentes no grupo de ligação N da soja. A eficiência de seleção foi determinada em relação a todos os marcadores ligados ao gene Rpp5, e a combinação entre os marcadores Sat_275+Sat_280 foi de 100%. The main objective of this work was to identify new microsatellite markers, linked to the Rpp5 resistance gene to Asian soybean rust, and to validate previously mapped markers for use in marker-assisted selection (MAS) programs. To this end, a F2 population with 100 individuals, derived from crossing between PI 200526 and cultivar Coodetec 208, susceptible to rust, was artificially infected and evaluated for its reaction of resistance to rust. Microsatellite markers were tested on parents and in the two contrasting bulks to identifying linked markers. Two new markers, potentially associated with resistance, were tested in individual plants, and they were found to be linked to gene Rpp5 and to be present in the N linkage group of soybean. The selection efficiencies were determined for all markers linked to gene Rpp5, and the combination of the markers Sat_275+Sat_280 was 100%. Universidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de Produção Vegetal Faculdade de Tecnologia de Jaboticabal Tropical Melhoramento e Genética Ltda. Universidade Estadual Paulista Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias Departamento de Produção Vegetal