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O artigo analisa o quadro de trabalhadores do Ministério da Saúde e entidades vinculadas - agências reguladoras da saúde e Fundação Oswaldo Cruz - de 2000 a 2008, relacionando a evolução quantitativa e o perfil dos vínculos dos trabalhadores federais da saúde com os condicionantes históricos e as políticas para o funcionalismo. As estratégias metodológicas da pesquisa foram: revisão bibliográfica, análise documental e de dados primários e secundários. Os resultados sugerem que a partir de 2003 houve uma recomposição parcial de quadros na administração pública federal, por meio de concursos públicos. Tal movimento foi heterogêneo entre áreas, sendo que a saúde apresentou um aumento de servidores ativos inferior à média federal. Observaram-se diferenças na situação do quadro de trabalhadores do Ministério da Saúde e entidades vinculadas. O nível central do Ministério foi pouco beneficiado com a realização de concursos, mantendo baixa proporção de servidores e alta dependência de consultores, terceirizados e contratos temporários. As agências reguladoras da saúde receberam servidores concursados a partir de 2005, mas em 2008 ainda apresentavam trabalhadores com outros tipos de vínculos. Na Fiocruz, observou-se um incremento do número de servidores, porém um aumento maior dos terceirizados. Por fim, discutem-se os desafios de conformação de uma adequada força de trabalho no Ministério da Saúde e entidades vinculadas, visto que no Brasil a esfera federal mantém um papel estratégico para a consolidação do Sistema Único de Saúde.