Nativo do Cerrado brasileiro e com alta variabilidade morfológica, o cajuzinho-do-cerrado (Anacardium humile St. Hill.) apresenta frutos de grande aceitação pelas populações locais, os quais atraem por suas características peculiares, como tamanho, sabor único e potencial para uso sustentável por produtores e pela indústria. A produção de sementes limitada, acarretada pela baixa polinização e pela alta predação por animais e insetos, dificulta a propagação da espécie. O conhecimento da variabilidade genética do cajuzinho-do-cerrado é importante para maximizar o uso de seus recursos genéticos para futuros programas de melhoramento e de conservação da espécie. No presente trabalho, a variabilidade genética de 122 acessos de A. humile procedentes de 11 municípios (procedências) do Cerrado de Goiás e Mato Grosso, foi estimada por meio de marcadores RAPD. As similaridades genéticas foram estimadas a partir da matriz binária, tendo sido processadas análises de agrupamento e de dispersão gráfica a partir da matriz de distâncias. Os iniciadores com maior expressão foram OPA11 e 08. Os dez iniciadores utilizados geraram 157 bandas, sendo 156 polimórficas (99 %), com média de 15,6 bandas/ iniciadores. Grande variabilidade dentro de municípios foi detectada, sendo o polimorfismo superior a 90 %, exceto da procedência de Jataí-GO. A distância entre acessos variou de 0,138 a 0,561, com média de 0,370, sendo os menores valores registrados entre os acessos de Mineiros-GO, e Serranópolis-GO. Os acessos de Caiapônia-GO, e Santo Antônio do Descoberto-GO, foram os mais distantes geneticamente. A dissimilaridade total entre acessos variou de 0,103 a 0,796, com médias de 0,390. Os acessos 87 e 114 de Serranópolis-GO, e Santo Antônio do Descoberto-GO, respectivamente, foram os mais distantes geneticamente, demonstrando a importância dessas procedências no enriquecendo do banco de germoplasma da espécie. Native from the Brazilian cerrado and showing high morphological variability for fruit and size, the bushy cashew (Anacardium humile St. Hill.) produce fruits that are widely accepted by the local population, that are attracted because of its peculiar characteristics like size, unique flavor and potential for sustainable use by producers and industry. The limited production of seeds, caused by low pollination and high animal and insect predatory activity, makes the species propagation more difficult. The knowledge of the genetic variability of the bushy cashew is important to maximize the use of its genetic resources to future programs of improvement and conservation of the species. In this report, the genetic variability of 122 accesses of A. humile coming from 11 cities (origin) from the Cerrado of the states of Goiás and Mato Grosso was quantified through RAPD markers. The genetic similarities were estimated from the binary matrix, being processed cluster analysis and graphic dispersion from the distance matrix. The primers with bigger expression were OPA11 and 08. The ten primers used generated 157 bands, being 156 polymorphic (99%), with an average of 5.6 bands/ primer. It was detected a great variability in the towns, being the polymorphism higher than 90%, except the ones originated from Jataí-GO. The distance between the accesses ranged from 0.138 to 0.561, with an average of 0.370, being the lowest values registered between the accessions of Mineiros-GO and Serranópolis-GO. The accessions of Caiapônia-GO and Santo Antônio do Descoberto-GO were the most distant genetically. The total dissimilarity between the accesses ranged from 0.103 to 0.796, with averages of 0.390. The accesses 87 and 114 from Serranópolis-GO and Santo Antônio do Descoberto-GO, respectively, were the most distant genetically, showing the importance of these origins in the enrichment of the germplasm bank of the specie.