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Objectif : Les travailleuses du sexe (TS) sont un groupe à haut risque pour les infections sexuellement transmissibles dont le virus de l'hépatite B. L'objectif de cette étude est d'évaluer la prévalence du virus de l'hépatite B et les facteurs qui y sont associés chez les TS dans trois villes secondaires du Burkina Faso. Matériels et méthodes : Il s'est agi d'une étude transversale dans les localités de Koudougou, Ouahigouya et Tenkodogo, trois villes secondaires du Burkina Faso. Les TS ont été recrutées de février à mai 2014 par la méthode d'échantillonnage basé sur le répondant dans le cadre d'une étude de séroprévalence du VIH. Les échantillons de sérum archivés ont été testés à la recherche de l'antigène HBs. Les données ont été analysées en utilisant le logiciel STATA version 14.0. Résultats : Au total, 320 échantillons sériques de TS ont été testés à la recherche de l'antigène HBs. Les prévalences ajustées de l'Ag HBs étaient de 6,4% (95%IC : 3,4-11,8%) à Koudougou, 15,7% (95%IC : 09,5-25,0%) à Ouahigouya et 11,0% (95%IC : 6,8-17,2%) à Tenkodogo. Les facteurs associés à l'infection étaient l'âge élevé de l'enquêtée, le nombre élevé de clients par semaine, le statut positif au VIH, la non utilisation systématique du condom. Conclusion : La prévalence de l'hépatite B et les facteurs associés dans cette étude suggèrent la nécessité de sensibiliser davantage à l'utilisation systématique du préservatif et à la vaccination contre le VHB chez les populations à haut risque, telles que les professionnelles du sexe.