1. Asocijacijska studija kardiometaboličkih tragova na razini cijelog epigenoma u populaciji jadranskih otoka
- Author
-
Niu, Liang, Langevin, Scott, Leung, Ricky, Zhang, Ge, Jandarov, Roman, Medvedovic, Mario, Ho, Shuk-Mei, Chen, Aimin, Šarac, Jelena, Carić, Tonko, Zajc Petranović, Matea, Havaš Auguštin, Dubravka, Bočkor, Luka, Missoni, Saša, Rudan, Pavao, and Ranjan, Deka
- Subjects
GWAS, EWAS, kardiometabolički tragovi, metilacijski uzorak, populacijaska genetika - Abstract
CILJ: Cjelogenomske asocijacijske studije (GWAS) dosada su identificirale stotine učestalih varijanti gena povezanih s kompleksnim tragovima, međutim te varijante mogu objasniti samo manji dio fenotipske raznolikosti. U posljednje vrijeme sve više pažnje usmjereno je na ulogu epigenetičke varijabilnosti u etiologiji kompleksnih bolesti. Otkrivanje temeljnih genetičkih i epigenetičkih čimbenika koji pridonose povećanom riziku razvoja kardiometaboličkih poremećaja može značajno pridonijeti razvoju novih strategija prevencije i terapije navedenih poremećaja. U ovom istraživanju proveli smo iscrpnu asocijacijsku studiju na razini cijelog epigenoma (EWAS) koristeći longitudinalne uzorke sakupljene u razmaku od 10 godina i integrirali ih s prethodno provedenom GWAS studijom metaboličkih tragova populacije istočnojadranskih otoka Hrvatske. Glavni cilj rada je utvrditi epigenetičke čimbenike koji stoje u podlozi nastanka kardiometaboličkih poremećaja u navedenoj populaciji. METODE: Postavili smo sljedeće hipoteze: (1) stabilne epigenetičke oznake definiraju razvojnu putanju kardiometaboličkih tragova ; (2) dinamične oznake koje se mijenjaju tijekom života ovisno o unutarnjim biološkim procesima i egzogenim stresorima pridonose razvoju kardiometaboličkih poremećaja kasnije u životu ; i (3) te epigenetičke oznake u interakciji sa genetičkom raznolikošću utječu na varijabilnost fenotipa. Za testiranje hipoteza iskoristili smo postojeću bazu od >1, 400 uzoraka koja sadrži fenotipske, okolišne, DNA i GWA podatke prikupljenu na otoku Hvaru 2007.-2008. godine te ponovo uzorkovali >700 osoba iz prethodne studije 10 godina kasnije (2017.). Također smo proveli EWAS koristeći novorazvijeni EPIC 850K BeadChip methylation array na uparenim uzorcima u dvije vremenske točke kako bi procijenili metilacijske uzorke i proveli integrativnu cjelogenomsku i cjeloepigenomsku analizu kako bi istražili njihov zajednički utjecaj na varijabilnost tragova pomoću pristupa sistemske biologije. REZULTATI: Nakon provođenja asocijacijske studije kardiometaboličkih tragova na razini cijelog epigenoma te integrativne cjelogenomske i cjeloepigenomske analize otkriven je relativno malen medijan beta-vrijednosti metilacijskih uzoraka tijekom10 godina. ZAKLJUČAK: Preliminarno istraživanje temeljeno na nasumično odabranih 112 parova (N=224) uzoraka pokazuju da je medijan beta-vrijednosti metilacijskih uzoraka tijekom 10 godina relativno malen što sugerira da su pronađene epigenetičke oznake stabilne značajke kardiometaboličkih tragova. Financirano od strane NIH, projekt broj R56HL128493.
- Published
- 2018