Search

Despite decades of intensive search for compounds that modulate the activity of particular protein targets, a large proportion of the human kinome remains as yet undrugged. Effective approaches are therefore required to map the massive space of unexplored compound–kinase interactions for novel and potent activities. Here, we carry out a crowdsourced benchmarking of predictive algorithms for kinase inhibitor potencies across multiple kinase families tested on unpublished bioactivity data. We find the top-performing predictions are based on various models, including kernel learning, gradient boosting and deep learning, and their ensemble leads to a predictive accuracy exceeding that of single-dose kinase activity assays. We design experiments based on the model predictions and identify unexpected activities even for under-studied kinases, thereby accelerating experimental mapping efforts. The open-source prediction algorithms together with the bioactivities between 95 compounds and 295 kinases provide a resource for benchmarking prediction algorithms and for extending the druggable kinome.

Često se navodi da takozvana promjena platforme (engl. platform switch, PS) pomaže boljem cijeljenju mekog tkiva te poboljšava klinički ishod. No, rijetki su znanstveni dokazi za tu tvrdnju. Svrha ovog istraživanja bila je procijeniti razlike u histološkom nalazu između PS-veze implantata i nadogradnje te ravne veze (engl. flat-to-flat, FTF). Dvadeset i šest konsekutivnih pacijenata dobilo je fiksne protetske nadomjestke (FPD-e) na 43 implantata (Ospol AB, Malmö, Švedska, promjer implantata 4, 0 mm, duljine 10, 12 i 15 mm). Većina usadaka (36, 83, 7 %) nadomještala je pojedinačne zube u lateralnim dijelovima gornje (41, 2 %) i donje čeljusti (58, 8 %). Tri mjeseca nakon postavljanja implantata bila je obavljena biopsija mekog tkiva (2×2 mm). Nakon toga su svi implantati opskrbljeni FPD-om. Tijekom oseointegracije svi su pacijenti svaki mjesec dolazili na kontrole. Rendgenska analiza razine kosti dodatno je provedena tijekom fiksacije FPD-a. Histološka analiza pokazala je sličan sastav vezivnoga i epitelnog tkiva oko PS- i FTF-veza. Kod uzoraka s PS-om nije bilo upalnog inflitrata, a neki od uzoraka FTF-a pokazivali su neke upalne stanice. Uzorci PS-a imali su dobro definirane zupce pile i vidljiv sloj vezivnoga tkiva. Čini se da PS-veza predstavlja isto tako pouzdanu vezu kao FTF kad je riječ o cijeljenju i oblikovanju mekog tkiva oko implantata postavljenih jednofaznim postupkom. Ovo istraživanje poduprlo je Ministarstvo znanosti, obrazovanja i športa Republike Hrvatske, broj projekta 065-06504450-0440