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The Ethiopian Highlands are divided by lowland biogeographic barriers, including the Blue Nile Valley (BNV) and Great Rift Valley (GRV). We show that the GRV is a more pronounced phylogeographic break than the BNV for 6 focal passerines. Previous research suggests that the BNV greatly shaped phylogeographic patterns in relatively sedentary montane taxa such as frogs and rodents, whereas the GRV shaped phylogeographic patterns in volant taxa such as birds. However, no previous research simultaneously compares the impact of each valley on phylogeographic patterns in birds, and as these barriers vary in geographic extent and topography, the relative extent of their effects on gene flow is unclear. Using whole-genome resequencing, we quantified genetic variation in 6 montane forest passerines in the Ethiopian Highlands and found that their phylogeographic patterns varied, with general trends distinct from those of taxa that were previously studied across the same barriers. Genetic variation was assessed by estimating genome-wide genetic diversity (H O), demographic history, phylogeographic structure, and phylogeographic concordance among taxa. Population pairs flanking the GRV showed higher F ST and more distinct population clusters in principal component analysis than those separated by the BNV. H O was broadly consistent across populations, excluding noticeable reductions in 2 populations (1 population each in 2 separate species). The overall phylogenetic signature and concordance across study taxa supported populations separated by the BNV as sister and populations southeast of the GRV as most distinct. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Myotis septentrionalis (Northern Long-eared Bat) has recently suffered a >90% decline in population size in North America due to white-nose syndrome (WNS). We assessed genetic diversity, population structure, current effective population size, and demographic history of M. septentrionalis distributed across the United States to determine baseline levels pre-WNS. We analyzed RADseq data from 81 individuals from Kentucky, Louisiana, Michigan, Minnesota, North Carolina, Oklahoma, and Wisconsin. Additionally, we examined population genetic structure using discriminant analysis of principal components, fastStructure, and STRUCTURE. We then estimated effective population size and demographic history using fastsimcoal2. Similar levels of genetic diversity were found across all samples. We found no population genetic structure in the varied analyses from these contemporary samples. The best model for demographic history estimated a rapid population expansion followed by a slower expansion approximately 340,000 years ago. The vagility of M. septentrionalis , along with male dispersal and random mating, may provide a buffer against serious bottleneck effects stemming from rapid population declines due to WNS. This research provides a baseline for tracking and monitoring the influence of WNS on genetic diversity such as potential reduced diversity or increased population structuring in the future. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Los bancos de germoplasma son sitios dedicados a la preservación del material biológico. Su objetivo final es lograr la conservación de la biodiversidad a corto, mediano o largo plazo, evitando la pérdida de la diversidad genética causada por factores ambientales, físicos, biológicos, o como consecuencia de las actividades humanas. La diversidad genética de especies vegetales de importancia para la agricultura y la alimentación es conservada en el marco de distintas instituciones, entre ellas, se destaca la Red de Recursos Fitogenéticos (Red-RRFF) del INTA (Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria). El objetivo de dicha red es conservar y utilizar especies en forma sustentable para distintas regiones agroecológicas del territorio nacional. El INTA cuenta con un Banco Base ubicado en Castelar (Buenos Aires) y 21 Bancos Activos distribuidos por todo el país. Los Bancos Activos conservan a corto y mediano plazo, colectan y regeneran entradas de germoplasma de diferentes especies. El Banco Base conserva a largo plazo duplicados de las colecciones de semillas de los bancos activos. Las actividades de caracterización y evaluación permiten conocer el grado de diversidad genética existente en las colecciones y aumentar el valor agregado a las mismas, en función del conocimiento sobre su comportamiento ante situaciones de estrés abiótico y/o biótico, calidad nutritiva, evaluaciones sensoriales, entre otras. Actualmente se avanza en herramientas para el ordenamiento y manejo de las colecciones y en la aplicación de un sitio web que facilite el acceso a la información sobre los RRFF disponibles, en la implementación de tratados internacionales ratificados por Argentina, y fundamentalmente, en gestionar el trabajo en común con otras instituciones y comunidades locales en la búsqueda de un Sistema Nacional de Recursos Genéticos.

Background: The assessment of genetic diversity, population structure, as well as within and across breed relationships using DNA markers is essential to develop conservation and genetic improvement programs. Objective: To assess the genetic diversity and population structure of Criollo Lechero Tropical (CLT) and Romosinuano (ROMO) cattle breeds in Mexico and compare them with other Criollo and Spanish breeds. Methods: The study included CLT and ROMO genotypes from the 65k Axiom©BovMDv3 array. Genomic data of Criollo and Spanish breeds were retrieved from a repository. Genetic diversity across breeds was evaluated by pairwise Wright's FST, principal components, and structure analysis. Results: Observed and expected heterozygosity, inbreeding coefficient, and effective population size (Ne) were 0.31, 0.30, -0.018 and 56 in CLT, and 0.32, 0.31, -0.023 and 99 in ROMO, respectively. Wright's FST indicated that both breeds are related to American Criollo and some Spanish cattle. ROMO cattle showed more significant Spanish ancestry than CLT. Conclusions: This study presents novel evidence indicating that, although the Ne of these breeds is small, they are still diverse and can be used as genetic reservoirs in conservation programs. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Introducción: Aedes aegypti es un insecto del grupo de los culícidos, preferencialmente antropofílico, que actúa como vector de algunos arbovirus, como del dengue, Zika y chikungunya y fiebre amarilla, con una amplia distribución a nivel de trópicos y subtrópicos y responsables de brotes epidémicos importantes en el Paraguay. La urbanización, la globalización y la falta de un control eficaz, favorecen su permanencia. Estudiar la diversidad genética de esta especie permitirá evaluar la dinámica de sus poblaciones y su adaptación a los cambios ambientales, para guiar su control. Objetivo: Estimar la diversidad genética de las poblaciones de Ae. aegypti de los departamentos Central y Cordillera del Paraguay utilizando marcadores de inter- repeticiones de secuencia simple (ISSR). Metodología: Se seleccionaron 40 mosquitos hembra, 20 del departamento Central y 20 del departamento de Cordillera correspondientes a la región del Chaco Húmedo, Paraguay, para la amplificación de los marcadores genéticos ISSR mediante PCR, utilizando los cebadores Rhea-4, ISSR-7, ISSR1 y Ae-ISSR-6. El grado de segregación de las poblaciones estudiadas con un AMOVA y la diferenciación entre ellas con el índice de fijación FST, fueron determinadas mediante el programa Arlequín versión 3.5.2.2. Resultados: Se identificaron 36 loci, 90,91 % de ellos polimórficos. La mayor parte de la diferenciación genética se debió a variaciones dentro de las poblaciones y el índice de fijación entre poblaciones (FST = 0.0432). Discusión: Es posible que la diversidad dentro de las poblaciones de Central y Cordillera se deba a las características heterogéneas en cuanto a urbanismo y semi-ruralidad y la existencia de ecotonos, donde circulan estas poblaciones. Los resultados revelaron una diferenciación genética interpoblacional moderada, indicativo de que no están completamente aisladas genéticamente.

Antecedentes: Lobelia villaregalis es una especie endémica y en peligro de extinción en Jalisco, México. Conocer la estructura y diversidad genética de las poblaciones de especies en riesgo puede contribuir a mejorar las estrategias para su conservación. Esta información no se ha generado para L. villaregalis. Preguntas: 1) ¿Presenta L. villaregalis niveles bajos de diversidad genética?, 2) ¿Existen diferencias genéticas entre sus poblaciones? Especies de estudio: Lobelia villaregalis T.J. Ayers (Campanulaceae: Lobelioideae), herbácea perenne. Sitio y años de estudio: Durante 2018-2020 se realizó trabajo de campo en el Área Natural Protegida Bosque La Primavera, Zapopan, Jalisco, para localizar nuevas poblaciones de la especie y recolectar material foliar. Métodos: Se evaluó la diversidad y estructura genética de 87 individuos en cinco poblaciones utilizando marcadores moleculares ISSR. Resultados: La diversidad genética promedio de L. villaregalis es baja (He = 0.057, P = 48.17 %, I = 0.110) así como la diversidad total (HT = 0.069). El análisis de varianza molecular mostró que la mayor parte de la variación genética (92 %) ocurrió dentro de las poblaciones. La prueba de Mantel indica que no hay correlación entre las distancias genéticas y las distancias geográficas para las cinco poblaciones estudiadas (R = 0.64, P = 0.18). Con el análisis de asignación genética se identificaron 4 grupos, sin embargo, no existe estructura genética (GST = 0.060). Conclusiones: Lobelia villaregalis requiere acciones urgentes de conservación para mantener la diversidad genética de todas sus poblaciones, dando máxima prioridad a tres de ellas.

The Kunming–Montreal Global Biodiversity Framework was adopted by parties to the Convention on Biological Diversity in December 2022. The aftermath of these negotiations provides an opportunity to draw lessons as to how ecological and evolutionary science can more effectively inform policy. We examined key challenges that limit effective engagement by scientists in the biodiversity policy process, drawing parallels with analogous challenges within global climate negotiations. Biodiversity is multifaceted, yet represents only one framing for nature's contributions to people, complicating the nexus between evidence and values in development of the framework's targets. Processes generating biodiversity and driving its loss are multiscalar, challenging development of an evidence base for globally standardized targets. We illustrated these challenges by contrasting development of 2 key elements of the framework. The genetic diversity element of the framework's target 4 is directly related to the framework's primary goals, but its complexity required development of novel engagement skills. The target for protected areas was easily communicated but more indirectly related to biodiversity outcomes; evidence from ecological and social science was essential to communicating the context and limitations of this relationship. Scientists can strengthen the effectiveness of global agreements and address challenges arising from complexity, scaling, capacity limitations, and the interplay of science and values, if they can prioritize communication, consensus‐building, and networking skills and engage throughout the process, from development of an evidence base to implementation. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

In high-latitude species with high dispersal ability, such as long-distance migratory birds, populations are often assumed to exhibit little genetic structure due to high gene flow or recent postglacial expansion. We sequenced over 120 low-coverage whole genomes from across the breeding range of a long-distance migratory bird, the Veery (Catharus fuscescens), revealing strong evidence for isolation by distance. Additionally, we found distinct genetic structure between boreal, western montane U.S. and southern Appalachian sampling regions. We suggest that population genetic structure in this highly migratory species is detectable with the high resolution afforded by whole-genomic data because, similar to many migratory birds, the Veery exhibits high breeding-site fidelity, which likely limits gene flow. Resolution of isolation by distance across the breeding range was sufficient to assign likely breeding origins of individuals sampled in this species' poorly understood South American nonbreeding range, demonstrating the potential to assess migratory connectivity in this species using genomic data. As the Veery's breeding range extends across both historically glaciated and unglaciated regions in North America, we also evaluated whether contemporary patterns of structure and genetic diversity are consistent with historical population isolation in glacial refugia. We found that patterns of genetic diversity did not support southern montane regions (southern Appalachians or western U.S. mountains) as glacial refugia. Overall, our findings suggest that isolation by distance yields subtle associations between genetic structure and geography across the breeding range of this highly vagile species even in the absence of obvious historical vicariance or contemporary barriers to dispersal. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Copyright of Revista Foco (Interdisciplinary Studies Journal) is the property of Revista Foco and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)

Coffea arabica es una de las especies más importantes a nivel económico, al producir una de las bebidas más consumidas en el mundo. Este estudio evaluó molecularmente algunas de las variedades de café cultivadas en el departamento del Valle del Cauca con el fin de que los resultados contribuyan a direccionar los planes de mejoramiento y fomentar la producción de café regional. Se muestrearon en 140 individuos correspondientes a cinco variedades de café y se usaron ocho marcadores microsatélite para hacer la caracterización molecular a partir de los estimadores de diversidad genética, un dendrograma basados en las distancias de Nei y un AMOVA. Se encontró una heterocigosidad promedio observada muy baja (0.004), sin embargo, la heterocigosidad promedio esperada junto con el número de haplotipos mostraron que a pesar de haber sido sometidas a programas de mejoramiento aún existe una gran diversidad genética en todas las variedades. Esto junto con el resultado del AMOVA, revelan que esta diversidad se encuentra alojada en diferentes tipos de homocigotos que provocan una gran variación al comparar los individuos dentro de cada variedad. Finalmente, las distancias de Nei muestran una diferenciación de la variedades siendo más parecidas aquellas con una mayor intensidad de selección artificial.

El objetivo fue conocer la estructura poblacional de los animales Holstein del sistema de lechería familiar, identificar posibles orígenes del material genético, conocer el grado de consanguinidad e identificar posibles huellas de selección en el genoma, que permitan vislumbrar las características que se han mejorado a través de los años. El estudio incluyó 270 animales genotipados con el chip GGP-50K®. Después del control de calidad de genotipos, se incluyeron 43,548 SNP autosómicos. Para conocer la estructura poblacional se realizaron análisis de mezclas y componentes principales (CP). Para conocer la consanguinidad genómica y detectar huellas de selección, se usó información de corridas de homocigosidad (ROH). El análisis de mezclas se realizó con el software Admixture, y los de CP, ROH y consanguinidad se realizaron con SVS-v7.6.8. El análisis de mezclas mostró evidencia de seis componentes, todos ligados a familias de sementales Holstein con diferente país de origen. Los CP no evidenciaron estratificación de la población por hato. El coeficiente de consanguinidad promedio fue de 0.59 ± 0.53 %. En las regiones del genoma con ROH más frecuentes en la población (≥20 animales), se han reportado numerosas asociaciones, QTL y genes relacionados con producción y composición de la leche, parámetros de fertilidad, susceptibilidad a enfermedades, conformación corporal, eficiencia alimenticia y algunas características de composición de la canal. Los resultados reflejan la existencia de una amplia diversidad genética en esta población y la posibilidad de realizar trabajos de mejoramiento genético a través de selección sin afectar los niveles de consanguinidad.

Introduction: The common bottlenose dolphin (Tursiops truncatus) is one of the most studied cetaceans worldwide; however, information about the genetic structure of wild populations is scarce in some regions like Central America and the Caribbean. There are two known genetic forms identified in the Caribbean based on mitochondrial DNA Control Region (mtDNA-CR) data: the 'inshore (or coastal) form' and the 'Worldwide distributed form'. In general, the inshore form refers to coastal and highly philopatric populations that show low genetic diversity. Worldwide distributed form refers to highly mobile populations with coastal and oceanic individuals that do not show philopatry and usually display high genetic diversity. Objective: To determine the preliminary genetic status of common bottlenose dolphins in La Guajira, Colombian Caribbean, using a hypervariable portion of mtDNA-CR. The obtained haplotypes were compared with samples collected in Panama (likely 'inshore form') and with haplotypes previously found in other areas of the Caribbean. Methods: In 2016, a total of 26 skin samples were obtained by remote biopsy system (PAXARMS) in two locations, La Guajira (Colombia, N=7) and Bocas del Toro (Panama, N=19). DNA was extracted, samples sexed, and a segment of mtDNA-CR (~550-750 bp) was amplified by PCR. The successfully amplified DNA sequences were manually reviewed and cleaned, and subsequently compared with 44 haplotypes previously reported for the Caribbean. Results: The mtDNA-CR sequences from Bocas del Toro shared the same unique inshore haplotype previously reported for this population, while the samples from La Guajira represented six novel haplotypes, five belonging to the Worldwide distributed form and one to the 'inshore form.' Population structure analysis revealed two phylogroups for the Caribbean (FST=0.1353, ΦST=0.3330) with high haplotype diversity: Panama(Bocas del Toro)- Bahamas-Cuba-Mexico (h=0.8489, p=4.2536 %) and Colombia-Costa Rica-Honduras-Puerto Rico (h=0.8837, π=4.2423 %). Conclusions: These findings support the results previously reported for common bottlenose dolphins in Bocas del Toro-Panama and reinforce the need to protect this vulnerable 'inshore' population by treating it as a unique population management unit. Mitochondrial DNA analysis of samples collected from La Guajira dolphins provide the first insight into the genetic diversity of common bottlenose dolphins in this region, indicating the presence of both inshore and Worldwide distributed genetic forms. The potential connectivity of this last form among La Guajira-Colombia, Costa Rica, and Honduras in Central America highlights the need for more genetic and ecological studies to determine the appropriate management units for this species in Central America and the Caribbean. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

The queen conch, Aliger gigas is a large marine gastropod mollusc that inhabits shallow seagrass meadows and sandplain habitats throughout the Caribbean. Owing to overfishing and degradation of the environment, it has become an endangered species in most of its habitat. Research on Cuban populations of A. gigas is scarce and mostly focused on conch exploitation. The present study assesses, for the first time, the genetic diversity and population structure of A. gigas from six locations on the Cuban platform, using five microsatellite loci. At most of the sampled locations, the observed heterozygosity was lower than expected and the F IS value was significantly positive, both of which suggest inbreeding. Also, we found evidence of bottlenecks for two of the locations with a deficit of heterozygotes. Although statistically significant, only 1.66% of the total variance was explained by genetic differentiation among populations, and discriminant analysis of principal components showed different degrees of overlapping between all locations. Accordingly, the results showed that there is an extensive and symmetrical exchange of genetic information. Sparse non-negative matrix factorization analysis determined the existence of three ancestral populations admixed across the sampled locations. Thus, our results suggest that A. gigas from the Cuban island platform could be a unique population, which is relevant for management and conservation strategies. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Copyright of Revista de Ciencias Agricolas is the property of University of Narino, Faculty of Agricultural Sciences and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)

Genetic diversity within species represents a fundamental yet underappreciated level of biodiversity. Because genetic diversity can indicate species resilience to changing climate, its measurement is relevant to many national and global conservation policy targets. Many studies produce large amounts of genome‐scale genetic diversity data for wild populations, but most (87%) do not include the associated spatial and temporal metadata necessary for them to be reused in monitoring programs or for acknowledging the sovereignty of nations or Indigenous peoples. We undertook a distributed datathon to quantify the availability of these missing metadata and to test the hypothesis that their availability decays with time. We also worked to remediate missing metadata by extracting them from associated published papers, online repositories, and direct communication with authors. Starting with 848 candidate genomic data sets (reduced representation and whole genome) from the International Nucleotide Sequence Database Collaboration, we determined that 561 contained mostly samples from wild populations. We successfully restored spatiotemporal metadata for 78% of these 561 data sets (n = 440 data sets with data on 45,105 individuals from 762 species in 17 phyla). Examining papers and online repositories was much more fruitful than contacting 351 authors, who replied to our email requests 45% of the time. Overall, 23% of our email queries to authors unearthed useful metadata. The probability of retrieving spatiotemporal metadata declined significantly as age of the data set increased. There was a 13.5% yearly decrease in metadata associated with published papers or online repositories and up to a 22% yearly decrease in metadata that were only available from authors. This rapid decay in metadata availability, mirrored in studies of other types of biological data, should motivate swift updates to data‐sharing policies and researcher practices to ensure that the valuable context provided by metadata is not lost to conservation science forever. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Because of its wide distribution and adaptation, the maize Ratón race (Zea mays L.) is an important component of the diversity in the state of Coahuila, Mexico. The objective of the present research was to perform a morphological characterization of 83 native populations of the Ratón race and identify a subset that will represent diversity. Populations were evaluated in replicated experiments at two different locations with two planting dates per location. Twentysix quantitative characters of the plant, tassel, ear and grain were recorded, and 14 additional characters (indices) were calculated as relationships among characters. Phenotypic diversity was examined by principal component and cluster analyses. Differences (p ≤ 0.01, p ≤ 0.05) among environments were found for 28 characters and (p ≤ 0.01) among populations for all characters, due to variation in environments and diversity among populations, respectively. Also, differences were found (p ≤ 0.01, p ≤ 0.05) in 38 of the 40 characters in the populations × environments interaction, as a differential response of the populations in the environments. Based on the repeatability index (r > 1.0), 10 characters and nine indices less influenced by the environment were selected for classification. The first two components explained 53.3 % of the total variation and it was established that the vegetative, ear and tassel characters were the most important in describing the variation; this allowed to identify a pattern of diversity associated with the area of adaptation of populations in low - intermediate - transition areas, which reveals that maize variation is closely related to altitude, and temperature and humidity gradients. Based on the dendrogram, a representative subset of the diversity of the Ratón race in Coahuila was obtained, made up of 13 of 83 populations (15.7 %). [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Human-mediated introductions and subsequent establishment and spread of nonnative species have the potential to create a founder effect in such populations, which typically results in low genetic diversity and potential for inbreeding. However, several exotic invasive species exhibit a "genetic paradox" in which they thrive and adapt to novel environments while also avoiding complications from low genetic diversity. Axis deer (Axis axis) were introduced into Texas, Hawaii, South America, Australia, and Croatia during the 19th and 20th centuries and successfully established large populations from a few founding individuals. Mitochondrial (Cytochrome- b , Cytb ; displacement loop, D-loop) and nuclear (10 microsatellites) markers were used to assess genetic diversity within and between axis deer populations in Texas and Hawaii and then compared to other introduced (Australia and Croatia) and native (India) populations. Overall, mtDNA divergence was 0.54% (Cytb) and 1.55% (D-loop) indicating high mitochondrial similarity within the species. Further, each invasive population was composed of only one or two mtDNA haplotypes. Microsatellite allele diversity also was low within and between populations in Texas and Hawaii resulting in monomorphic loci and Hardy–Weinberg equilibrium violations in both populations. The low genetic diversity in native Indian axis deer and within and between invasive populations suggests that the introduced populations experienced founder effects following introduction, and yet overcame this potential handicap by undergoing successful establishment and expansion. Axis deer appear to be another successful invasive species characterized by the genetic paradox where they exhibit genetic profiles that suggest inbreeding effects should be imminent, yet display no signs of inbreeding and are highly successful adapting to novel environments. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Descifrar los procesos demográficos entre poblaciones locales es particularmente importante para el manejo sostenible de las poblaciones naturales. En este estudio, se utilizaron marcadores nucleares y mitocondriales para estimar las tasas de inmigración y el tamaño efectivo de Farfantepenaeus notialis de los golfos de Ana María y Batabanó. Un fragmento de 385pb de la región no codificadora del ADNmt y 506 pb de las regiones flanqueantes de dos loci microsatélites (PnS03 y PNS18), fueron secuenciadas en individuos colectados durante los años 1999 y 2003. Los resultados confirmaron la subdivisión genética entre las poblaciones de ambos golfos y la alta diversidad genética de esta especie. Los estimados de inmigración entre localidades del Golfo de Ana María fueron altos y difirieron entre tipos de marcadores y años. El análisis demográfico evidenció que la especie experimentó una expansión súbita hace aproximadamente 51,000 años. Sin embargo, la población efectiva actual del Golfo de Ana María ha experimentado una reducción en su tamaño efectivo, mientras muestra una tasa de crecimiento positiva. En este sentido se establece la hipótesis de que el incremento de las migraciones en los últimos años ha influenciado los estimados de crecimiento mientras que no ha sido suficiente para contrabalancear la reducción del tamaño efectivo poblacional. Por otra parte, la población de golfo de Batabanó parece estable o se encuentra en decrecimiento según los estimados de g para ambos marcadores. Los resultados alertan acerca de la delicada situación demográfica que presenta uno de los mayores recursos pesqueros de Cuba.

Introducción: El rescate de las razas criollas de frijol común es importante para preservar la biodiversidad y utilizar esta base genética en programas de mejoramiento de plantas. Hay pocos estudios sobre este tema en Costa Rica. Objetivo: Caracterizar las semillas de algunos frijoles criollos comunes en Guanacaste, Costa Rica. Métodos: De abril a agosto de 2013, recolectamos muestras de semillas de razas criollas de frijol común (Phaseolus vulgaris), también llamadas frijoles comunes criollos, en Nicoya y Hojancha, a través de visitas a agricultores locales. Trabajamos con Mantequilla, Nica, Revuelto, Sesenteno, Turrialba y Vaina Blanca. Resultados: Encontramos diferencias entre las variedades en variables cuantitativas y un ámbito de variación para el peso de 100 semillas (17,16-26,52 g) y para la longitud (9,78-10,97 mm), anchura (5,69-6,25 mm), espesor (3,96-4,81 mm), relación longitud/anchura (1,69-1,84), relación longitud/espesor (2,29-2,76) y relación anchura/espesor (1,25-1,55) de las semillas. Conclusión: En Nicoya y Hojancha, hay variaciones significativas entre y dentro de las variedades de semillas de frijol criollo nativas.

El virus de la necrosis pancreática infecciosa es uno de los agentes infecciosos más importantes de la industria trutícola y del salmón, dado que causa alta mortalidad en crías de primera alimentación. En México, es la única enfermedad viral que afecta a la trucha arcoíris, por lo tanto, información sobre la caracterización y origen genético de los asilados virales que circulan en nuestro país, ya han sido descritos, sin embargo, un análisis con el genoma completo no, motivo por el cual, el presente trabajo de investigación tiene por objetivo analizar el genoma completo del virus de la necrosis pancreática infecciosas que comúnmente circula en el país. A partir de las relaciones genéticas de un prototipo de este virus aislado en México en relación con otros aislados que circulan a nivel mundial, se encontró que el aislado mexicano del virus de la necrosis pancreática infecciosas pertenece al genogrupo I y es originado a partir de la cepa Buhl.

El objetivo de este estudio fue caracterizar morfológicamente cinco poblaciones de maíz nativo y estimar sus rendimientos, empleando prácticas agrícolas sin uso de agroquímicos. El estudio se realizó en el año 2021, en el municipio de Cintalapa, Chiapas, dentro del campo experimental del Centro Académico Regional de la Universidad Autónoma Agraria Antonio Narro. Las cinco poblaciones de maíz nativo fueron proporcionadas por campesinos de diferentes regiones de la entidad, con previo consentimiento informado. Las prácticas agrícolas consistieron en uso de extractos vegetales y jabón potásico con extracto de neem (Azadirachta indica) para la prevención y combate de plagas. Para la fertilización se aplicó lixiviado de lombriz roja californiana (Eisenia foetida) y guano de murciélago en su presentación comercial. Los caracteres morfológicos se evaluaron con un análisis estadístico descriptivo considerando: días de floración masculina y femenina, alturas de planta y mazorca, longitud y diámetro de la mazorca, y número de hileras por mazorca y número de granos por hilera. El rendimiento de grano se estimó mediante el peso de la mazorca cosechada de una muestra aleatoria de 20 plantas por población. Se identificaron diferencias numéricas de las variables estudiadas, lo que demuestra una diversidad genética existente. Las poblaciones que presentaron mayores rendimientos fueron Campeón y Olotillo, con 5,37 y 4,4 ton ha-1 (± 1,24), respectivamente. Los datos aportan información para diseñar estrategias de conservación de maíces nativos con manejo libre de agroquímicos.

El objetivo del presente trabajo fue obtener información preliminar acerca de la composición de haplotipos del ADN mitocóndrico (ADNmt) del manatí (Trichechus manatus) que habita en el archipiélago cubano. Se analizó un total de 13 individuos, 12 de Cuba y uno procedente de la Florida, EU. Las secuencias de un fragmento de 410 pb de la región de control del ADNmt (D-loop) permitieron identificar dos haplotipos. El haplotipo A1, único encontrado en la Florida (incluida la muestra aquí analizada), pero también presente en México, Puerto Rico y República Dominicana. Este haplotipo fue mayoritario (11 de los 12 individuos muestreados en Cuba). El segundo haplotipo fue el A3, referido anteriormente como endémico de Belice, se encontró en un individuo varado en Isabela de Sagua, al norte de Cuba. Los resultados preliminares,sobre la base de las muestras examinadas y el marcador analizado, brindan información importante sobre tres aspectos fundamentales de la biología del manatí: 1) En Cuba la diversidad genética del ADNmt puede ser baja, similar a lo encontrado en otras partes de su ámbito de distribución; 2) los individuos analizados forman parte del grupo constituido por la Florida y las Antillas Mayores; 3) los territorios de Belice y Cuba han intercambiado individuos en el presente o en un pasado relativamente reciente.

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The inclusion of T. diversifolia in diets based on tropical grasses has proven potential to improve nutrient availability in these diets, as well as enhance animal production in different productive conditions. However, recent studies have evidenced that there are better genotypes that could be selected to enhance the use of this species. This paper shows the principal results obtained in the determination of the genetic and phenotypic variability of T. diversifolia in materials collected in Colombia. Initially, a genetic assessment is presented permitting to identify seven outstanding genotypes as animal feed and with great genetic diversity. These materials have been spread to conduct studies for determining genotype-environment interaction in biomass yield, fermentative performance, chemical composition, and sexual propagation. The results evidence that T. diversifolia materials can be identified and selected for having better adaptation to specific conditions than others, better growth, higher offer of nutrients, and capacity of modifying the dynamic of fermentation in the rumen. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Introduction: Rhizophora mangle is considered an ecological niche for microorganisms with potentially novel and complex degrading enzymes. Objective: To characterize Vibrio populations using culture-dependent methods, using samples collected from sediments and water along a red mangrove transect composed of three sites. Methods: Strains were characterized according to their distribution, capacity to degrade of organic matter and other environmental parameters. Additionally the sequence diversity was assessed using 16S rRNA sequencing. Results: Bacterial densities were strongly associated with temperature and salinity. A total of 87 good-quality sequences representing the isolates from the three sites, were binned into eight OTUs (Operational taxonomic units). Taxonomic assignment indicated that the dominant members were Vibrionaceae. Beta diversity analyses showed that bacterial communities clustered by sample source rather than spatial distribution, and that alpha diversity was found to be higher in water than in sediment. Three percent of the strains from water samples could degrade carboxyl-methyl cellulose with the smallest enzymatic indexes compared to 4 % of the strains from sediment samples that showed the highest enzymatic indexes. Two strains identified as Vibrio agarivorans degraded cellulose and agarose, producing the highest enzymatic indexes. Conclusions: We found higher bacterial densities and diversity in the bacterial communities of the water samples compared to the sediment, with different OTUs including those similar to Ferrimonas, Providencia, or Shewanella which were not isolated in the sediment. Vibrio OTUs were shown to degrade cellulose in both sample types. The results of this study highlight the importance of red mangroves as Vibrio habitats and as reservoirs of potential enzyme sources with biotechnological applications. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Monogamy was considered to be the most common mating system in birds. However, molecular techniques revealed numerous cases of extra-pair fertilisations (EPFs) in most bird species as well as multiple partners during breeding season. In this study, we examined the population of the Common Kingfisher Alcedo atthis breeding along the Danube River system in Slovakia during three consecutive breeding seasons (2016-2018). We analysed 618 individuals – 70 adults and 548 nestlings from 87 broods. Overall, six nestlings (1.09%) from three different broods (3.45%) were fathered by other than the pair male. None of the nestlings had a mother other than the pair female. Besides that, we detected two simultaneously polygamous males (5.13%). In seven cases (9.72%) we revealed mate change between different broods: female change in three cases (4.17%) and male change in four cases (5.55%). The occurrence of extra-pair nestlings as well as polygamy was not associated with the synchronicity of breeding attempts at the beginning of the season, while the type of mating strategy seems to be associated with nest density. At the same time, male body condition was unrelated to the type of mating strategy in which he was engaged. Conversely, polygamous males had higher genetic diversity (observed heterozygosity) than monogamous ones. No difference in genetic diversity was found between monogamous and polygamous females. There was no difference in breeding success before and after the change of partner. In addition, polygamous individuals did not have more young than monogamous birds, suggesting that having more than one partner does not ensure greater breeding productivity. This is probably why polygamy remains a minority strategy in the Common Kingfisher.—Cepková, M., Melišková, M. & Rubáčová, L. (2023). Low extra-pair paternity and polygamy in the Common Kingfisher Alcedo atthis. Ardeola, 70: 41-58. La monogamia es considerada el sistema de apareamiento común en las aves. Sin embargo, análisis moleculares han revelado que, en la mayoría de las aves, pueden ocurrir casos de emparejamientos extrapareja, así como de intercambios de parejas durante o entre las temporadas de reproducción. En este estudio nos centramos en una población de martín pescador común localizada en el río Danubio (Eslovaquia) durante tres temporadas consecutivas de reproducción (2016-2018), analizando un total de 648 individuos correspondientes a 71 adultos y 577 polluelos de 92 nidadas. Los análisis mostraron que seis pollos (1,04%) de tres crías diferentes (3,26%) tenían un padre diferente, aunque ninguno de ellos tuvo una madre distinta. Además, detectamos dos machos polígamos simultáneamente (5,13%). Mientras que un macho se apareó con dos hembras, otro tuvo cuatro parejas. En siete casos (9,6%) encontramos evidencias de intercambio de pareja entre distintas crías, de las que en tres ocasiones (4,11%) se intercambiaron hembras y cuatro veces (5,48%) machos. En general, estos resultados indican que el martín pescador común es una especie social, genéticamente monógama, con una rara ocurrencia de pollos procedentes de emparejamientos extrapareja y poligamia, y en ningún caso procedentes de parasitismo de nido intraespecífico. Este sistema de emparejamiento viene en parte apoyado por el hecho de que, en esta especie, el cuidado parental es llevado a cabo tanto por parte de la hembra como del macho durante un período de reproducción generalmente extenso.—Cepková, M., Melišková, M. y Rubáčová, L. (2023). Baja paternidad extrapareja y poligamia en el martín pescador común Alcedo atthis. Ardeola, 70: 41-58. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Nuevos registros de sanguijuelas del género Limnatis (Hirudinea, Praobdellidae) en el Cáucaso meridional y Asia central: relaciones filogenéticas de las poblaciones eurasiáticas y africanas Las sanguijuelas del género Limnatis Moquin–Tandon, 1827 infestan las mucosas de varios mamíferos, incluidos los seres humanos y los ungulados domésticos. Se creía que la especie tipo del género, L. nilotica (Savigny, 1822), estaba presente en todo el paleártico occidental, desde África del norte hasta Oriente Medio y Asia central. Posteriormente, se observó que L. paluda (Tennent, 1859) es un especie ampliamente distribuida en Asia occidental. Sin embargo, no se han hecho estudios suficientes sobre el género Limnatis en la zona del Cáucaso meridional ni en buena parte de Asia central. Registramos L. paluda por primera vez en Azerbaiyán y Uzbekistán. La primera caracterización molecular de L. nilotica tuvo lugar allí. Las secuencias del gen citocromo oxidasa (COI) permitieron constatar que existe una profunda diferenciación genética (del 8 %) entre L. paluda, de Asia occidental, y L. nilotica, de África del norte (Marruecos). Ello corrobora la hipótesis basada en la morfología que se asignaba especies diferentes. La escasa diversidad genética de L. paluda se explica por la reciente colonización de territorios áridos de Asia occidental.

En Guatemala, la producción del cultivo de papa se ve afectada por los nematodos Globodera rostochiensis y Globodera pallida. La capacidad de ambas especies para formar quistes complica su control y provoca el aumento de sus poblaciones. En Guatemala se reporta la presencia de ambas especies de nematodos por identificación morfológica, sin embargo, no se ha realizado una confirmación molecular. Este es el primer estudio para validar la presencia de ambas especies de nematodos por PCR múltiple y la determinación de la diversidad y estructura genética de las poblaciones utilizando marcadores moleculares. Se realizaron muestreos en cuatro departamentos productores de papa del país. La identificación por PCR se realizó con el cebador común ITS5 y los cebadores PITSr3 específico para G. rostochiensis y PITSp4 para G. pallida. La caracterización molecular se realizó con el marcador AFLP. Se confirmó la presencia de las dos especies de nematodos en los cuatro departamentos. Los índices de diversidad Shannon y heterocigosidad esperada revelaron mayor diversidad genética en G. rostochiensis (H = 0.311, He = 0.301) que en G. pallida (H = 0.035, He = 0.223). Los métodos NJ, DAPC y PCA exhibieron una débil estructura entre las poblaciones de ambas especies de nematodos. Los resultados sugieren un patrón de dispersión desde Quetzaltenango hacia el resto del país, atribuido a la comercialización de semilla contaminada con nematodos. Se sugiere promover programas de socialización sobre los beneficios del uso de semilla certificada, además de constantes monitoreos moleculares para un diagnóstico certero de ambas especies de nematodos.

Gonopterodendron sarmientoi —Palo Santo— es una especie forestal típica chaqueña, presente en bosques mixtos o formando densos bosques monotípicos (palosantales). Por pérdida de hábitat y alta explotación, G. sarmientoi se encuentra amenazada, lo que genera la necesidad de información orientada a futuros programas de manejo y conservación. El objetivo de este trabajo fue comparar, en toda el área de distribución de la especie, los palosantales (n=10) respecto a los bosques mixtos (n=14) en cuanto a composición de especies vegetales, atributos del sitio (tipo de suelo e índice verde de vegetación), diversidad genética derivada de marcadores neutrales y rasgos morfológicos de la hoja y el árbol. Los palosantales tuvieron menor cantidad de especies vegetales acompañantes (media 8; min. 1; máx. 14), en comparación con los bosques mixtos (media 10; min. 8; máx. 13); mayormente, las acompañantes fueron arbustivas. Los suelos en los palosantales presentaron alto contenido de arcilla, bajo carbono orgánico y bajo contenido de arena. Los sitios con menor disponibilidad de nutrientes se reportaron en los palosantales del centro-oeste de la distribución, en la triple frontera Argentina-Bolivia-Paraguay y en los palosantales sobre paleocauces del río Bermejo (Argentina). El índice verde confirmó la baja productividad de los palosantales (NDVI palosantales 0.38; NDVI bosques mixtos 0.51). Los palosantales no fueron genéticamente diferentes de los bosques mixtos (diversidad nucleotídica 0.00103 vs. 0.00120; índice de Shannon 0.89 vs. 1.02, respectivamente). Morfológicamente, los árboles de G. sarmientoi presentes en los palosantales fueron más pequeños y achaparrados que los presentes en los bosques mixtos. Los bosques de G. sarmientoi requieren líneas de investigación futuras que contemplen las singularidades de cada tipo de bosque que conforma la especie para la conservación de los recursos y servicios ecosistémicos que brindan.

Because the exact allele frequencies I x SB l sb i are not explicitly known, we calculated I V SB M sb i with the expected value of I w SB l sb i ( I x i ) under the equilibrium allele-frequency distribution I f SB l sb i for the respective locus I l i : 4 HT ht where the sum is over all allele-frequency bins I i i . [Extracted from the article]

Genetic load The genetic load was calculated for adult birds that died from 1976 to 21 December 2018: 1112 birds out of 1308 birds in the studbook. This masked load is the part of the genetic load that causes inbreeding depression during inbreeding, and it is also known as the "inbreeding load" (Crow, 1970), or "potential load" (Mathur & DeWoody, 2021). Both RAD-seq data and pedigree data were available for 109 IAA birds, and we detected a significant relationship between the pedigree-calculated inbreeding coefficient and the genome-wide heterozygosity (regression: I F i SB 1,108 sb = 45.02, I p i < 0.0001, adjusted I R i SP 2 sp = 29.0%) (Appendix S3g). Keywords: captive breeding; genetic diversity; genetic management; genetic rescue; Nesoenas mayeri; diversidad genética; manejo genético; reproducción en cautiverio; rescate genético EN captive breeding genetic diversity genetic management genetic rescue Nesoenas mayeri diversidad genética manejo genético reproducción en cautiverio rescate genético 1 13 13 08/01/22 20220801 NES 220801 INTRODUCTION The pink pigeon is an endemic species of Mauritius that experienced a population decline over several centuries due to habitat fragmentation and destruction and invasive species (Jones, 2013; Jones & Swinnerton, 1997). [Extracted from the article]

Copyright of Revista Colombiana de Ciencias Hortícolas is the property of Revista Colombiana de Ciencias Horticolas and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)

Objetivo. Caracterizar dos polimorfismos genéticos tipo SNP en los genes GLI1 (rs411868094) y IL20RA (rs419463995) candidatos a la resistencia contra parásitos gastrointestinales en dos biotipos de ovinos de pelo colombiano. Materiales y métodos. Del banco de ADN del laboratorio de Genética Animal de la Universidad de Sucre, se analizaron 167 muestras de ovino de pelo colombiano (OPC), pertenecientes a los biotipos Etíope (n=94) y Sudán (n=73), mediante PCR y secuenciamiento bidireccional dos SNPs en los genes GLI1 (T>G) y IL20RA (G>A). Se calcularon las frecuencias alélicas y genotípicas, la heterocigocidad observada (Ho) y esperada (He), el índice F y las desviaciones del equilibrio de Hardy-Weinberg (EHW) con el programa GENALEX versión 6.5. Resultados. Para el gen GLI1 para todo el OPC las frecuencias genotípicas promedio fueron 0.155±0.07, 0.370±0.07 y 0.475±0.07 para GG, GT y TT, respectivamente. En el biotipo Etíope, se encontraron las frecuencias más altas del genotipo GG. Para el gen IL20RA en todo el OPC, los genotipos AA y AG tuvieron similar frecuencia (0.465±0.03) y el genotipo GG mostró la frecuencia más baja (0.110±0.01). Conclusiones. Las variantes genéticas analizadas fueron polimórficas. Según los reportes de literatura, los alelos de interés por su mejor desempeño contra los parásitos gastrointestinales, tuvieron baja frecuencia en el gen GLI1, pero alta frecuencia en el IL20RA.

Las poblaciones de gallinas criollas en explotaciones en pequeña escala poseen una gran diversidad y son parte del reservorio genético avícola en México; además, constituyen una importante fuente de proteína para las familias del medio rural. Con el propósito de conocer la variabilidad genética de poblaciones de gallinas criollas en la región central de Oaxaca, se tomaron muestras de sangre de 109 gallinas criollas, provenientes de 17 poblaciones y de 30 gallinas Plymouth Rock como testigos. Se usaron 10 marcadores de tipo microsatélites, con los que se detectó un total de 109 alelos, con 10.9 ± 3.1 alelos por locus en promedio. La heterocigosidad observada (Ho) varió de 0.575 (San Lucas) a 0.750 (San Antonino 2) y la esperada (He) de 0.625 (Testigo) a 0.733 (Huixtepec 2). A nivel general se encontró un incremento en el número de heterocigotos evidenciado por un nivel de endogamia global (FIT) de 0.042; el índice FST de diferenciación entre poblaciones fue moderado (0.059) y la endogamia de individuos dentro de poblaciones (FIS) resultó negativa (-0.017), lo que indica un exceso de heterocigotos a ese nivel. El análisis de conglomerados agrupó a las poblaciones de Nazareno, ITVO, San Lucas y San Antonio, evidenciando que son poblaciones de gallinas criollas aisladas y diferenciadas genéticamente en algunas características. Esta información es importante para diseñar futuros programas de conservación, selección y multiplicación de esta especie a nivel de traspatio en la región central de Oaxaca, México.

The relationships between habitat amount and fragmentation level and functional connectivity and inbreeding remain unclear. Thus, we used genetic algorithms to optimize the transformation of habitat area and fragmentation variables into resistance surfaces to predict genetic structure and examined habitat area and fragmentation effects on inbreeding through a moving window and spatial autoregressive modeling approach. We applied these approaches to a wild giant panda population. The amount of habitat and its level of fragmentation had nonlinear effects on functional connectivity (gene flow) and inbreeding. Functional connectivity was highest when approximately 80% of the surrounding landscape was habitat. Although the relationship between habitat amount and inbreeding was also nonlinear, inbreeding increased as habitat increased until about 20% of the local landscape contained habitat, after which inbreeding decreased as habitat increased. Because habitat fragmentation also had nonlinear relationships with functional connectivity and inbreeding, we suggest these important responses cannot be effectively managed by minimizing or maximizing habitat or fragmentation. Our work offers insights for prioritization of protected areas. Article impact statement: Habitat amount and fragmentation have nonlinear effects on gene flow and inbreeding and are best managed at intermediate levels for pandas. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

La raza bovina de Lidia ha sido seleccionada desde el siglo XIII para participar en festejos sociales reconocidos bajo el término de “Tauromaquia”. En la actualidad forman parte de la identidad de las culturas regionales de varios países. En México, la raza se especializó a finales del siglo XIX cuando cuatro familias mexicanas importaron un número reducido de bovinos de España. De estas importaciones actualmente solo permanecen las líneas derivadas de las familias Llaguno y González. En la familia Llaguno se llevaron diferentes estrategias de reproducción. Antonio Llaguno cruzó los recién importados bovinos españoles entre sí; de dichas cruzas derivó la línea que actualmente es reconocida como “Pura”. Por otro lado, Julián Llaguno realizó cruzas entre hembras criollas con machos españoles, línea conocida como “Impura”. Por último, entre1996 y 1997, un grupo de ganaderos importó bovinos pertenecientes a ciertos encastes españoles como Domecq, Murube, Santa Coloma, entre otros. El objetivo del presente estudio fue investigar la diversidad genómica, estructura poblacional, niveles de endogamia y relaciones genéticas entre las poblaciones de Lidia mexicana, utilizando marcadores moleculares de tipo SNP. La población fue dividida en cinco grupos: Antonio Llaguno, Julián Llaguno, González, y dos grupos que incluían bien importaciones recientes de origen Domecq, o bien importaciones recientes de origen Santa Coloma. Los resultados permiten apreciar diferentes orígenes genéticos dentro de la familia Llaguno en función de su origen histórico: Antonio y Julián. En el resto de grupos también se observa una clara diferenciación genética. Este aislamiento genético entre poblaciones de Lidia mexicana es una característica de su singularidad.

El maní cultivado (Arachis hypogaea L.), es una especie de gran importancia económica, nativo de América del Sur. Se divide en dos subespecies y seis variedades botánicas. Genéticamente es alotetraploide, constituido por dos juegos genómicos duplicados. El empleo de marcadores microsatélites resulta más apropiado para realizar la caracterización genética de esta especie, puesto que permiten detectar un elevado nivel de polimorfismo. El objetivo del presente trabajo fue caracterizar la diversidad genética existente en las entradas de germoplasma de maní cultivado pertenecientes al Banco Activo de Germoplasma de Maní del Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Veinticinco entradas fueron genotipificadas con 23 marcadores microsatélites, de los cuales, 17 resultaron polimórficos. Se observaron 75 fragmentos polimórficos amplificados, con un promedio de 4,41 alelos por locus y un rango de 1 a 9 alelos. El contenido de información polimórfica osciló entre 0,15 y 0,58. El valor de la diversidad genética promedio fue de 0,165. Tanto el análisis de conglomerados como el de coordenadas principales evidenciaron dos grupos, uno formado por los materiales representantes de la subespecie fastigiata y otro por los de la subespecie hypogaea. Los resultados del análisis molecular de la varianza mostraron varianza tanto dentro como entre, las subespecies analizadas.

Objetivo. Estimar la diversidad morfométrica, faneróptica y de cuatro genes dominantes en aves criollas de pescuezo desnudo (Gallus domesticus L. Subespecie nudicollis) de traspatio en la subregión Sabana, departamento de Sucre (Colombia). Materiales y métodos. En 650 aves adultas (480 gallinas y 170 gallos) de 10 localidades, se midieron 14 variables morfométricas, ocho fanerópticas y cuatro genes dominantes. Los datos fueron sometidos a análisis descriptivos. Mediante análsis de varianza y test de Ducan se compararon las aves entre localidades. Se evaluó la armonía morfoestructural a partir de las correlaciones entre las mediciones. Se estimaron las frecuencias de los genes Frizzled feather, silky feather, ptilopody y polydactyly, e influencia, sobre cuatro variables mofométricas. Las variables fanerópticas se evaluaron mediante frecuencias. Resultados. Los descriptores analizados mostraron superioridad de los gallos sobre las gallinas al igual que entre localidades (p< 0.001). El peso corporal y longitud del tarso, fueron diferenciadores sexuales (p< 0.001). Las frecuencias alélicas estimadas fueron bajas excepto para el gen Polydactyly, cuyas aves fueron significativamente más grandes (p< 0.001). Las características fanerópticas, describen un ave de plumaje normal, de color marrón, tarsos blancos, color de lóbulo rojo y ojo rojo-naranja, de cresta simple y tamaño pequeño-mediano en gallinas y mediano-grande en gallos. Conclusiones. Se encontró una población heterogénea con gran variabilidad fanerópticas, hay indicios de introgresión de razas especializadas. Las frecuencias de los genes dominantes fueron bajas, con mayor rendimiento para las características W, LC, PT, LP y LA en las aves con genotipo polydactyly.

Despite intensive management since the 1970s, recovery of the endangered northwestern Atlantic population of the Roseate Tern (Sterna dougallii dougallii) has not offset low productivity from a female-biased sex ratio, low adult survival, and habitat constriction. Now, >90% of individuals breed at three sites within 200 km from Long Island, NY, to Buzzards Bay, MA (warm-water subregion). To characterize the impact of historical bottlenecks, metapopulation structure, and demographic fluctuations on genetic variation, Roseate Terns from the warm-water (1870s, 1970s, 1997, 2016) and coldwater (Nova Scotia, Canada; 2018) subregions were genotyped at 8-16 microsatellites and 2-3 mitochondrial regions. Diversity declined in the warm-water subregion from the 1870s (expected heterozygosity [HE] = 0.44, allelic richness [AR] = 2.86) and 1970s (HE = 0.53, AR = 3.25) to 1997 (HE = 0.38, AR = 2.58). Genetic signatures of bottlenecks persisted in 1997 (P = <0.001-0.003) and 2016 (P = <0.001-0.005), but an increase in variation occurred by 2016 (HE = 0.50, AR = 2.85). Weak structure was detected between contemporary warm- and cold-water subregions (θ = 0.06) and within the warmwater subregion (θ = 0.04). Both demographic (3,439-3,821) and genetic (3,040) estimates suggested effective population size (Ne) stability over the last 100 years, despite large fluctuations in census size (4,000-8,662). Results suggest that 50 years of management (restoring habitat, preventing gull encroachment, controlling predators) at colony sites supported a small, stable Ne and maintained a hierarchical metapopulation that allowed gene flow to redistribute genetic variation throughout the northwest Atlantic. The metapopulation remains highly vulnerable to stochastic events but harbors resiliency and redundancy through gene flow and a stable Ne. For long-term persistence from a genetic perspective, managers must maintain the major source colonies, increase the availability of high-quality peripheral breeding sites, and protect concentrated nonbreeding sites that facilitate gene flow. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Introducción y objetivos: Una de las pocas especies de árboles adaptados a las condiciones ecológicamente limitantes del desierto de Atacama es Geoffroea decorticans, conocido como chañar. Es un valioso recurso multipropósito utilizado como alimento y producto medicinal. Sin embargo, aún no se han desarrollado marcadores de ADN codominantes específicos para esta especie que permitan realizar estudios genéticos en la especie. El objetivo del presente trabajo fue desarrollar y validar marcadores microsatélites (SSR) para G. decorticans, con el fin de analizar en el futuro su diversidad genética y estructura genética poblacional. M&M: Se buscaron marcadores SSR en el genoma de G. decorticans a partir del método Next-Generation Sequencing (NGS), y se validaron a través de treinta individuos distribuidos en diferentes localidades del norte de Chile. Resultados: Se identificó un total de ~144.117 loci de microsatélites y de ellos se usó un grupo de 41 pares de cebadores para la validación. Los fragmentos amplificados variaron de 106 pb a 225 pb, el número de alelos varió de 2 a 9, y el valor PIC de los 41 loci SSR osciló entre 0,32 y 0,86, con un promedio de 0,64. Conclusiones: Por primera vez se desarrollaron marcadores SSR putativamente neutros específicos de la especie G. decorticans con el fin de promover estudios genéticos para la conservación de la especie. El presente estudio provee 38 nuevos marcadores SSR polimórficos, los cuales podrían servir como una herramienta efectiva para estimar la diversidad genética, estructura genética y para ser empleados en programas de mejora.

Staphylococcus aureus es un patógeno reconocido como causa de mastitis en bovinos a nivel mundial, por lo cual el objetivo de este trabajo fue determinar la presencia de Staphylococcus aureus en la piel de pezón de la ubre bovina y relacionarlo a la presencia de mastitis, así como determinar los factores de virulencia y la diversidad genética de las cepas. En tres establos se tomaron muestras de 250 vacas de ordeña en dos temporadas del año, estiaje y lluvias. Además, se realizó la prueba de California. Staphylococcus aureus fue aislado en agar sal y manitol e identificado bioquímicamente y confirmado con la amplificación del gen femA. Para la identificación de los factores de virulencia se usaron los genes hlB, mec, saK, pvL, tsst-1, seA, seB, seC, seD y seE por PCR en punto final. Para la tipificación de S. aureus, se realizó la amplificación y restricción del gen coag. La frecuencia de S. aureus fue 13.4 %. No se encontró una relación estadística entre la presencia de S. aureus en la piel de la ubre bovina y el desarrollo de mastitis subclínica. El gen de la enterotoxina más frecuente en las cepas fue el de la enterotoxina A. Aunque el porcentaje de tipificación es bajo, se lograron identificar dos restrictotipos que agrupan cepas aisladas de diferentes vacas, lo cual evidencia la capacidad infectocontagiosa del microorganismo.

El objetivo fue presentar resultados generados en el Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias, sobre la caracterización productiva, genética y molecular del Criollo Coreño (C) de la Sierra Madre Occidental, así como los retos y perspectivas de investigación a corto, mediano y largo plazo. Se evaluaron 35 características de crecimiento, calidad de la canal, fertilidad y producción de leche, en bovinos C, Guzerat (G), CG y GC generados en cruzamiento dialélico, lo que reveló la influencia de la heterosis individual en la reproducción y producción de leche, así como de la heterosis materna en los kilogramos de becerro destetado por vaca en empadre. Los efectos genéticos directos y maternos no influyeron de manera relevante sobre las características analizadas. Se observó que toretes C alimentados con dietas energéticamente altas producen carne con perfiles favorables de ácidos grasos y canales de buena calidad, y que es factible utilizar dosis reducidas de FSH para la superovulación en vaquillas C sin afectar la producción de embriones. Los resultados señalan a las vacas GC como la mejor opción para producir becerros para engorda, entre los grupos genéticos evaluados. Los resultados muestran también que la población C mantiene niveles importantes de diversidad genética. Se recomienda, para las poblaciones mexicanas de bovino Criollo, realizar estudios de diversidad genética utilizando información genética molecular e integrar hatos para el registro sistemático de fenotipos relacionados con su productividad y adaptabilidad, y así poder identificar genes exclusivos de interés en esta población.

Introducción y Objetivos: El frijol ayocote (Phaseolus coccineus L.; 2n=2x=22), es una especie originaria de México que ha sido domesticada para consumo de su semilla, sin embargo existe poca difusión sobre sus cualidades, por lo que el objetivo del presente trabajo consistió en investigar y reunir sus aspectos más relevantes incluyendo: su centro de origen y domesticación, distribución geográfica, patrones de diversidad morfo-agronómica y genética, productividad, además de sus propiedades benéficas de consumo, cabe destacar que su distribución en América abarca desde el Sur de los Estados Unidos hasta el Norte de Argentina. M&M: Se consultaron diversas fuentes de información tanto impresas como digitales, las cuales incluyeron: bibliotecas, bases de datos en internet, manuales y reportes técnicos, además de entrevistas personales con expertos y productores. Resultados: Los resultados indican la situación actual del recurso genético del frijol ayocote tanto en México como en el mundo, donde se incluyen los distintos usos que se le ha dado a la especie por ejemplo su estudio en áreas tan diversas como producción de forrajes, biorremediación de suelos, resistencia a bajas temperaturas, hasta la introgresión con otras especies del mismo género. Conclusiones: Debido a las diversas características interesantes que tiene el frijol ayocote se sugiere desarrollar trabajos encaminados a caracterizar genética y morfoagronómicamente un mayor número de poblaciones de la especie, con el objetivo de generar variedades mejoradas de frijol común de acuerdo a sus zonas de producción a partir de germoplasma de P. coccineus.

Background: Two biotypes of Aberdeen Angus cattle breed, known as Old Type and New Type, that differ in their origin and beef production are formally recognized. In Colombia, this breed has been commercialized for approximately 80 years. Studies on the origin, kinship and levels of genetic diversity of this breed in Colombian herds are scarce, yet important for planning crossing and management strategies. Objective: To measure the genetic diversity and structure of two Colombian herds of Old Type and New Type biotypes of Aberdeen Angus from Huila and Cundinamarca provinces and assess mitochondrial introgression with other breeds. Methods: A set of ten microsatellites and sequences of the Mitochondrial Control Region were characterized. Estimators of genetic diversity and population differentiation along with tests of population assignment were applied. Results: Nuclear loci were highly polymorphic as shown by the Polymorphic Information Content (0.599) and the Probability of Identity (1.896 10-08). Both populations were highly diverse and clearly differentiated into two groups corresponding to the Old Type and New Type phenotypes. In contrast, mitochondrial data failed to distinguish these two groups and showed extensive admixture. Conclusions: This study optimized a set of ten highly polymorphic nuclear markers that may be used for parentage and population genetic studies of Aberdeen Angus. Genetic differentiation in these loci agreed with phenotypic differences of the Old and New Types. However, mitochondrial data indicated ancestry of multiple European breeds in the origin of Colombian Aberdeen Angus. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

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El presente estudio evalua el gen de cloroplasto rbcL y la región espaciadora no codificante psbA-trnH de Arracacia xanthorrhiza como posible secuencia de código de barra. Se colectó material vegetal de A. xanthorrhiza en huertos de las provincias de Pichincha, Tungurahua y Cotopaxi, las cuales fueron sembradas en condiciones homogéneas en la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad Técnica. El análisis del locus rbcL identificó los cinco materiales de A. xanthorrhiza con entre 97 y 99% de homología. La alineación de secuencias del locus rbcL y de psbA-trnH permitió diferenciar dos grupos, el primer grupo con SJ, QU, PP y B, observándose poca diversidad entre ellos, mientras que el segundo grupo está conformado por el material CH cultivado a 3260 m de altitud. En el segundo árbol, se demostró la divergencia entre los materiales colectados en diferentes provincias de la Sierra ecuatoriana, separándolos de acuerdo a su localidad, así como al color de la pulpa de la raíz. La región intergénica no codificadora (psbA-trnH) permitió identificar y obtener la diversidad genética de materiales cultivados de A. xanthorrhiza, provenientes de diversas zonas geográficas de la sierra ecuatoriana, con características morfológicas distintivas. Adicionalmente, esta secuencia pudo diferenciar a A. xanthorrhiza de otras especies de la familia Apiaceae, con lo cual se recomienda como código de barra.

Molecular biology techniques have been used in order to obtain specific species genetic markers, find polymorphic differences and provide the necessary information for the identification of nucleotide sequences related to pathogenicity factors in species related to biological control. At present, biological control is considered indispensable in the strategies of sustainable agriculture with agroecological base in crops, growing interest in Colombia such as cocoa (Theobroma cacao L.). Molecularly analyze different strains of antagonistic fungi with biotechnological potential in order to elucidate genomic similarities and the search for DNA fragments related to pathogenicity factors. The technique of RAPD (Randomized Amplified Polymorphic DNA) was standardized, using 10 primers, and the pr1 gene was amplified using the PCR technique using 6 pairs of primers. An initial classification of the population of antagonistic fungi was achieved and the diversity of the isolates was also demonstrated. In addition, three genes of the Beauveria bassiana, Trichoderma yunnanense and Purpureocillium lilacinus strains were amplified, which were found to encode a family of proteases designed to exert antagonistic activity against a wide range of hosts. It can be inferred that the strains under study are good initial candidates for the formulation of biopreparations destined to the biological control of plague organisms in crops of agricultural interest in the region, due to the fact that traits and genes were found that will allow to exert a wide antagonistic action. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Arrow cane (Gynerium sagittatum Aubl.) is a Poaceae associated to human development of the ancient Zenú culture present nowadays in the flat lands of Córdoba and Sucre department in the Colombian north Coast. Despite its importance, arrow cane is not cultivated in large scale and extraction from natural populations is the most common way for plant exploitation with negative environmental and economic consequences for the aboriginal communities. A research program based on biotechnology was implemented to generate information related to plant genetic diversity, plant propagation and genetic resource conservation in order to provide knowledge to contribute to implement technical crop development to minimize the impact of artisans' activity on the environment and increase sustainability on fiber source for craftsmanship. Accessions from different zones of the Colombian territory were characterized using morphological and molecular markers founding low genetic diversity. Cultivars UC121, "Criolla", "Criolla 1", Costera and "Martinera" were in vitro established and micropropagation results indicated that large quantities of high quality, fully adapted, homogeneous plants can be produced from any cultivar. In vitro cultured arrow cane plants can be stored by means of slow growth or modified structures such as micro rhizomes developed in vitro. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Habitat fragmentation and the associated landscape connectivity loss can reduce gene flow among populations, which could lead to a decrease in genetic variability, and an increase in the extinction risk of a species. The main goal of this study was to provide genetic diversity and population structure data for Pampas foxes from the southern Argentine Espinal ecoregion. Through the analyses of 30 tissue samples collected during 2013-2018, we were able to genotype 23 individuals at 18 microsatellite loci. Results indicate high diversity values, and exhibiting an average of 10 alleles per locus (min= 6, max= 13), 0.71 (range= 0.35-0.91) of mean observed heterozygosity and 0.83 (min= 0.61, max= 0.91) of mean expected heterozygosity. Bayesian analyses suggest no population structure. Finally, we did not detect a pattern of isolation by distance. The high habitat adaptability and the generalist feeding behavior of Pampas fox may explain our findings, which are in agreement with the general patterns described for other fox species. The panel of microsatellites employed in this study proved to be suitable for Pampas fox genotyping and it can be used in further genetic assessments needed to validate and expand our understanding of its population genetics. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Con el objetivo de determinar la variabilidad genética de accesiones de Chenopodium quinoa Willd. “quinua” del Banco de Germoplasma del INIA - Ayacucho, se analizaron 29 accesiones, las cuales fueron caracterizadas utilizando marcadores moleculares AFLP. La calidad del ADN extraído mediante el método de Doyle & Doyle modificado, fue óptima para todas las muestras, obteniéndose concentraciones en un rango de 100 – 400 ng/μl. En la estandarización de la técnica AFLP se determinó que las concentraciones entre 100 y 200 ng/μl de ADN digerido fueron adecuadas para desarrollar de manera eficiente la técnica de AFLP, además se determinó que los productos de preamplificación que permitieron perfiles de amplificación de mayor resolución fueron las concentraciones con una relación de 1:4. Un total de 7 combinaciones de iniciadores generaron 220 bandas de ADN, siendo 201 loci polimórficos. Los datos moleculares agruparon las accesiones en siete grupos a una similitud de 0,81 unidades ultramétricas, de los cuales un grupo está constituido por 23 accesiones y las seis restantes conformadas por una sola accesión. Se encontró que la variancia genética promedio fue de 0,306 ± 0,011, con un índice de información de Shannon de 0,463 ± 0,015, estos resultados mostraron que en las 29 accesiones de quinua presenta un alto grado de variabilidad genética y no existe ninguna accesión duplicada. El estudio determina la relación genética y es fundamental para plantear estrategias de mejoramiento genético y conservación de la quinua.