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L´évolution et les défis contemporains de la recherche pour la santé (RS) à Madagascar sont peu documentés. Notre objectif est de faire un état des lieux du Système National de Recherche pour la Santé (SNRS) dans le but de comprendre les facteurs qui influencent son développement. Nous avons mené une étude de cas qualitative, qui consistait en une revue documentaire et des entretiens semistructurés avec 38 informateurs clés. Nous avons effectué une analyse thématique et nous sommes inspirés des composantes du Baromètre des SNRS de l´OMS/AFRO pour structurer la présentation des résultats. À Madagascar, les institutions de RS opèrent sans un cadre législatif spécifique. Il existe toutefois un document de politique présentant les orientations nationales de la RS. Les ressources humaines sont insuffisantes, du fait de défis dans l´accès à la formation et la rétention des chercheurs. La collaboration internationale représente quasiment l´unique source de financement de la RS. Elle contribue également au renforcement des capacités humaines, institutionnelles mais ne favorise pas toujours l´adéquation entre la recherche effectuée et les besoins prioritaires du pays. Les efforts inaboutis de régulation et la modicité de l´investissement public dans la formation et la mise en œuvre de la recherche traduisent un engagement insuffisant des gouvernants pour la RS. La négociation de partenariats internationaux équitables, la disponibilité de financements publics, et l´alignement de la RS aux priorités nationales de santé constitueraient une base solide pour le développement du SNRS à Madagascar.

International audience; The study of the demographic and adaptive history of Homo sapiens has entered its golden age with the advent of genome-wide approaches. The analyses of genome diversity across different human populations have allowed us to better understand the ways in which our species rapidly dispersed around the world, how our ancestors admixed with archaic, now-extinct hominins, and the effects of natural selection on the diversity of the human genome. This work has, in turn, made it possible to increase our understanding of the genetic mechanisms by which humans have adapted to the wide range of environments they have encountered. These studies, combined with functional genomics approaches, have helped to identify genes and biological functions of key importance for host survival against pathogens and involved in the phenotypic variability of our species, including the risk to develop infectious, autoimmune and inflammatory diseases.; L'étude de l'histoire démographique et adaptative d'Homo sapiens est entrée dans son âge d'or avec l'arrivée des approches pan-génomiques. L'analyse de la variabilité du génome à travers différentes populations humaines a permis de mieux comprendre la façon dont notre espèce a peuplé la planète en un temps record, l'histoire du métissage de nos ancêtres avec d'autres hominidés, et l'influence de la sélection naturelle sur la diversité du génome humain. Ces travaux, à leur tour, ont permis de mieux appréhender les mécanismes génétiques par lesquels l'Homme a pu s'adapter au large éventail d'environnements dans lequel il vit. Ces études, combinées à des approches en génomique fonctionnelle, ont aidé à l'identification des gènes et des fonctions biologiques de première importance pour la survie de l'hôte face aux pathogènes et impliqués dans la variabilité phénotypique de notre espèce, y compris le risque de développer des maladies infectieuses, auto-immunes et inflammatoires.

International audience; The study of the demographic and adaptive history of Homo sapiens has entered its golden age with the advent of genome-wide approaches. The analyses of genome diversity across different human populations have allowed us to better understand the ways in which our species rapidly dispersed around the world, how our ancestors admixed with archaic, now-extinct hominins, and the effects of natural selection on the diversity of the human genome. This work has, in turn, made it possible to increase our understanding of the genetic mechanisms by which humans have adapted to the wide range of environments they have encountered. These studies, combined with functional genomics approaches, have helped to identify genes and biological functions of key importance for host survival against pathogens and involved in the phenotypic variability of our species, including the risk to develop infectious, autoimmune and inflammatory diseases.; L'étude de l'histoire démographique et adaptative d'Homo sapiens est entrée dans son âge d'or avec l'arrivée des approches pan-génomiques. L'analyse de la variabilité du génome à travers différentes populations humaines a permis de mieux comprendre la façon dont notre espèce a peuplé la planète en un temps record, l'histoire du métissage de nos ancêtres avec d'autres hominidés, et l'influence de la sélection naturelle sur la diversité du génome humain. Ces travaux, à leur tour, ont permis de mieux appréhender les mécanismes génétiques par lesquels l'Homme a pu s'adapter au large éventail d'environnements dans lequel il vit. Ces études, combinées à des approches en génomique fonctionnelle, ont aidé à l'identification des gènes et des fonctions biologiques de première importance pour la survie de l'hôte face aux pathogènes et impliqués dans la variabilité phénotypique de notre espèce, y compris le risque de développer des maladies infectieuses, auto-immunes et inflammatoires.

Humans are considered to have unique manual abilities in the animal kingdom. However, we still do not know what the real manual abilities of primates are, nor how they evolved. Are humans really unique? This dissertation aims to investigate the manipulative abilities in Hominids related to their hand anatomy and function, using an interdisciplinary framework combining behavioral, morphological, functional, and biomechanical approaches. To quantify the behavioral strategies and manipulative abilities in Hominids, I have conducted an ethological study on different captive great apes and on humans during the same complex tool use task. I used 3D geometric morphometrics and comparative approaches on the trapeziometacarpal complex combined with a musculo-skeletal model to better interpret the behavioral results and to test the link between hand morphometric and biomechanical constraints during tool use in Hominids. The results of this PhD show that great apes demonstrate dynamic manipulative abilities but that each species has its own specificities. More complex dynamic abilities, such as in-hand movements, are observed for bonobos and gorillas than for orangutans. The different lifestyles of the species may explain this variability. Moreover, during the complex tool use task, humans perform better than great apes and show specificities. The new integrative approach also clearly shows that the different manipulative abilities of Hominids cannot only be a consequence of the different morphologies of the trapeziometacarpal joint but also of the different mechanical constraints related to the overall hand morphometric. These results highlight the difficulty to infer manual abilities in fossils from some bone shape information, without taking into account the overall morphometric of the hand and its possible link with biomechanical constraints. This PhD thesis provides new information on the manual abilities of Hominids, on the different constraints surrounding these abilities, and new information to better understand the evolution of manual abilities in primates.; Au sein du règne animal, les humains sont considérés comme possédant des capacités manuelles uniques. Cependant, nous ne savons toujours pas quelles sont les réelles capacités manuelles des primates, ni comment elles ont évolué. Les humains sont-ils réellement uniques ? Cette thèse vise à étudier les capacités de manipulation chez des Hominidés en lien avec l’anatomie et la fonction de leur main, en utilisant une approche interdisciplinaire combinant différentes approches : comportementale, morphologique, fonctionnelle et biomécanique. Pour quantifier les stratégies comportementales et les capacités de manipulation chez des Hominidés, j’ai mené une étude éthologique sur différents grands singes captifs et sur les humains au cours d’une même tâche complexe d'utilisation d'outils. J’ai utilisé des approches comparatives de morphométrie géométrique 3D sur le complexe trapézio-métacarpien combiné avec un modèle musculo-squelettique pour mieux interpréter les résultats comportementaux et pour tester le lien entre la morphométrie de la main et les contraintes biomécaniques durant l’utilisation d’outils chez les Hominidés. Les résultats de cette thèse montrent que les grands singes manifestent des capacités dynamiques de manipulation, mais que chaque espèce a ses propres spécificités. Plus de capacités dynamiques complexes, comme les mouvements intra-manuels, sont observés pour les bonobos et les gorilles que pour les orangs-outans. Les différents modes de vie des espèces peuvent expliquer cette variabilité. En outre, au cours de la tâche complexe d’utilisation d’outils, les humains montrent une meilleure performance que les grands singes et montrent des spécificités. Cette nouvelle approche intégrative montre clairement aussi que les différentes capacités de manipulation des Hominidés ne peuvent pas seulement être une conséquence des différentes morphologies de l’articulation trapézio-métacarpienne, mais aussi des différentes contraintes mécaniques liées à la morphométrie globale de la main. Ces résultats mettent en évidence la difficulté de déduire les capacités manuelles d’espèces fossiles à partir de certaines informations provenant de la forme de l'os, sans tenir compte de la morphométrie globale de la main et de son lien possible avec les contraintes biomécaniques. Cette thèse fournit de nouvelles informations sur les capacités manuelles des Hominidés, sur les différentes contraintes entourant ces capacités, et de nouvelles informations afin de mieux comprendre l'évolution des capacités manuelles chez les primates.

Le foie est un organe vital ayant une capacité de régénération exceptionnelle et un rôle crucial dans le fonctionnement de l’organisme. L’évaluation du volume du foie est un outil important pouvant être utilisé comme marqueur biologique de sévérité de maladies hépatiques. La volumétrie du foie est indiquée avant les hépatectomies majeures, l’embolisation de la veine porte et la transplantation. La méthode la plus répandue sur la base d'examens de tomodensitométrie (TDM) et d'imagerie par résonance magnétique (IRM) consiste à délimiter le contour du foie sur plusieurs coupes consécutives, un processus appelé la «segmentation». Nous présentons la conception et la stratégie de validation pour une méthode de segmentation semi-automatisée développée à notre institution. Notre méthode représente une approche basée sur un modèle utilisant l’interpolation variationnelle de forme ainsi que l’optimisation de maillages de Laplace. La méthode a été conçue afin d’être compatible avec la TDM ainsi que l' IRM. Nous avons évalué la répétabilité, la fiabilité ainsi que l’efficacité de notre méthode semi-automatisée de segmentation avec deux études transversales conçues rétrospectivement. Les résultats de nos études de validation suggèrent que la méthode de segmentation confère une fiabilité et répétabilité comparables à la segmentation manuelle. De plus, cette méthode diminue de façon significative le temps d’interaction, la rendant ainsi adaptée à la pratique clinique courante. D’autres études pourraient incorporer la volumétrie afin de déterminer des marqueurs biologiques de maladie hépatique basés sur le volume tels que la présence de stéatose, de fer, ou encore la mesure de fibrose par unité de volume., The liver is a vital abdominal organ known for its remarkable regenerative capacity and fundamental role in organism viability. Assessment of liver volume is an important tool which physicians use as a biomarker of disease severity. Liver volumetry is clinically indicated prior to major hepatectomy, portal vein embolization and transplantation. The most popular method to determine liver volume from computed tomography (CT) and magnetic resonance imaging (MRI) examinations involves contouring the liver on consecutive imaging slices, a process called “segmentation”. Segmentation can be performed either manually or in an automated fashion. We present the design concept and validation strategy for an innovative semiautomated liver segmentation method developed at our institution. Our method represents a model-based approach using variational shape interpolation and Laplacian mesh optimization techniques. It is independent of training data, requires limited user interactions and is robust to a variety of pathological cases. Further, it was designed for compatibility with both CT and MRI examinations. We evaluated the repeatability, agreement and efficiency of our semiautomated method in two retrospective cross-sectional studies. The results of our validation studies suggest that semiautomated liver segmentation can provide strong agreement and repeatability when compared to manual segmentation. Further, segmentation automation significantly shortens interaction time, thus making it suitable for daily clinical practice. Future studies may incorporate liver volumetry to determine volume-averaged biomarkers of liver disease, such as such as fat, iron or fibrosis measurements per unit volume. Segmental volumetry could also be assessed based on subsegmentation of vascular anatomy.

La notion de liang, commune aux langues tai, renvoie à une multiplicité de pratiques : nourrir, élever des animaux et des enfants, adopter, prendre soin de ses parents âgés et rendre un culte. Dans un premier temps, cet article propose d’explorer dans le contexte d’un village de riziculteurs t’ai dam du Nord Laos, le champ sémantique et les différentes pratiques auxquelles renvoie cette notion. Qu’il s’agisse des animaux, des humains ou des esprits, d’élevage, de soin ou de culte, liang implique toujours l’institution et le maintien d’une relation fondée sur le don, réel ou symbolique, de nourriture et appelant une certaine forme de réciprocité. La deuxième partie de l’article, consacré à trois études de cas relatant la difficulté à concevoir et à garder en vie des enfants, montrera que liang relève à la fois d’une aptitude, donnée ou acquise, et d’une valeur qui sont essentielles à la reproduction et bon déroulement du cycle de vie.Abstract : The notion of liang, common to all tai languages, denotes a multiplicity of practices : feeding, raising animals and children, adopting, taking care of one’s elders, worshiping spirits. Firstly, this article proposes to explore, in the context if a rice-growing t’ai dam village of Northern Laos, the semantic field and variety of practices concerned by this notion. Whichever the beneficiary (animal, human or spirit) and whatever the action (raising, taking care or worshiping), liang always imply the initiation and the preservation of a relationship founded on the gift, real of symbolic, of food. Besides, it requires one sort of another of reciprocity. The second part of the article will be devoted to three case studies narrating difficulties encountered in the conception and raising of children. It will show that liang is all at once a given or achieved aptitude and a value essential to the reproduction and to the continuation of the life cycle.

Bien que l’imagerie motrice positive ait été bien étudiée et est utilisée en réhabilitation, l’effet de l’imagerie motrice négative est beaucoup moins connu. Le but de cette recherche était de définir si l’intention et/ou l’imagerie motrice négative serait en mesure de réduire l’effet d’une stimulation magnétique transcrânienne (SMT) sur le cortex moteur. Vingt participants ont reçu trente stimulations de SMT dans trois situations différentes : En restant passif, en portant une attention particulière aux sensations dans leur main ou en tentant de réduire l’effet de la SMT. La moitié des participants ont utilisé une stratégie d’imagerie motrice, l’autre moitié leur intention. Dans les deux cas, l’amplitude dans la condition de modulation n’a pas été réduite de façon significative., Although positive motor imagery has been widely studied and is used in rehabilitation, the effect of negative motor imagery on our motor system is less well understood. Our goal was to ascertain whether intention and/or negative visual imagery is effective in decreasing the twitch resulting from transcranial magnetic stimulation (TMS) over the primary motor cortex. Twenty participants received 30 TMS stimulations in three different conditions: remaining passive, paying particular attention to the sensations in their hand, and attempting to modulate the amplitude of the resulting movement. To do this, half the participants used an imagery strategy, whereas the other half used an intention strategy. In both cases, amplitude in the modulation condition was not significantly reduced.

En utilisant la matière biologique comme outil et matériau de leurs productions, les bio-artistes reconfigurent la nature in vivo et réalisent en laboratoires des entités vivantes inédites. La manipulation et la transformation, des organismes naturels, qu’ils soient microscopiques (à l’état de cellules) ou non, permettent à ces artistes d’établir de nouveaux rapports entre l’homme et le milieu vivant, et rendent de plus en plus complexe le sens que nous accordons au mot « nature » ou à ses occurrences. Toutefois, les organismes vivants renaturés par les artistes sont autant d’incarnations du pire et/ou du meilleur des mondes. En marge de toute recherche appliquée à la médecine et à l’industrie, les altérités biologiques qui sortent des coulisses de la science pour être exposées dans le monde de l’art, anticipent non sans risque, les conséquences sociales et environnementales de l’artificialisation des mécanismes naturels de la vie. By using living matter as both a tool and material for their artwork, bio-artists reconfigure nature in vivo and create entirely new live entities in the laboratory. The manipulation and transformation of natural organisms – ranging in size from microscopic to macroscopic – affords artists the chance to establish new relationships between humans and their biotope, and impart greater complexity to the meaning of the word ‘nature’ and its occurrences. Yet live organisms ‘re-natured’ by artists are incarnations of both the best and the worst of all worlds. Found at the fringes of medical and industrial research, biological creations that emerge from the halls of science for exhibition in the art world presage the social and environmental consequences of taking technical control of the natural mechanisms of life. Utilizando la materia biológica como herramienta y material de sus producciones, los bio-artistas vuelven a configurar la naturaleza in vivo y realizan en laboratorios entitades vivas inéditas. La manipulación y la transformación de los organismos naturales que sean microscópicos (en estado de células) o no, permiten a estos artistas establecer nuevas conexiones entre el hombre y la biota, y hacen cada vez más complejo el sentido que damos a la palabra « naturaleza » o a sus ocurrencias. Sin embargo, los organismos vivos renaturalizados por los artistas son tantas encarnaciones del peor y/o del mejor de los mundos. Al margen de cualquier investigación aplicada a la medicina y a la industria, las alteridades biológicas que salen de los misterios de la ciencia para ser expuestas en el mundo del arte anticipan, no sin riesgo, las consecuencias sociales y medioambientales de la artificialización de los mecanismos naturales de la vida.

Abdominal aortic aneurysm (AAA) is defined as a dilatation of the abdominal aorta exceeding the normal diameter by more than 50%. The standard and widely used approach to assess AAA size is by measuring the maximal diameter (Dmax). Currently, the main predictors of rupture risk are the Dmax, sex, and the expansion rate of the aneurysm. Yet, Dmax has some limitations. AAAs of vastly different shapes may have the same maximal diameter. Dmax lacks sensitivity for rupture risk, especially among smaller AAAs. Thus, there is a need to evaluate the susceptibility of a given AAA to rupture on a patient-specific basis. We present the design concept and workflow of the AAA segmentation software developed at our institution. We describe the previous validation steps in which we evaluated the reproducibility of manual Dmax, compared software Dmax against manual Dmax, validated reproducibility of software Dmax and volume in cross-sectional and longitudinal studies for detection of AAA growth, and evaluated the reproducibility of software measurements in unenhanced computed tomographic angiography (CTA) and in the presence of stent-graft. In order to define new geometric features associated with rupture, we performed a case-control study in which we compared 63 cases with ruptured or symptomatic AAA and 94 controls with asymptomatic AAA. Univariate logistic regression analysis revealed 14 geometric indices associated with AAA rupture. In the multivariate logistic regression analysis, adjusting for Dmax and sex, the AAA with a higher bulge location and higher mean averaged surface area were associated with AAA rupture. Our preliminary results suggest that incorporating geometrical indices obtained by segmentation of CT shows a trend toward improvement of the classification accuracy of AAA with high rupture risk at CT over a traditional model based on Dmax and sex alone. Larger longitudinal studies are needed to verify the validity of the proposed model. Addition of flow and biomechanical simulations should be investigated to improve rupture risk prediction based on AAA modeling., Un anévrysme de l'aorte abdominale (AAA) est défini par une dilatation de plus de 50% par rapport au diamètre normal. La méthode standard et largement répandue pour mesurer la dimension d'un AAA consiste à mesurer le diamètre maximal (Dmax). Présentement, les principaux prédicteurs de risque de rupture sont le Dmax, le sexe et le taux d'expansion d'un anévrysme. Toutefois, le Dmax a certaines limitations. Des AAAs de formes très différentes peuvent avoir le même diamètre maximal. Le Dmax manque de sensibilité pour détecter le risque de rupture, en particulier pour les petits anévrysmes. Par conséquent, il y a un besoin d'évaluer de manière spécifique et individuelle la susceptibilité de rupture d'un AAA. Nous présentons le concept et le flux de travail d'un logiciel de segmentation des AAAs développé à notre institution. Nous décrivons les étapes antérieures de validation: évaluation de la reproductibilité du Dmax manuel, comparaison de Dmax par logiciel avec Dmax manuel, validation de la reproductibilité du Dmax et volume par logiciel dans des études transversale et longitudinale pour la détection de croissance et évaluation de la reproductibilité de mesures sur angiographie par tomodensitométrie et en présence d'endoprothèse. En vue d’identifier de nouveaux paramètres géométrique associés avec le risque de rupture, nous avons réalisé une étude cas-témoin comparant 63 cas avec AAA rompu ou symptomatique et 94 contrôles avec AAA asymptomatique. Une analyse de régression logistique univariée a identifié 14 indices géométriques associés avec une rupture de AAA. Dans l'analyse de régression logistique multivariée, en ajustant pour le Dmax et le sexe, les AAA avec un bombement plus haut situé et une surface moyenne plus élevée étaient associés à une rupture. Nos résultats préliminaires suggèrent que l'inclusion d'indices géométriques obtenus par segmentation de tomodensitométrie tend à améliorer la classification de AAA avec un risque de rupture par rapport à un modèle traditionnel seulement basé sur le Dmax et le sexe. De plus larges études longitudinales sont requises pour vérifier la validité du modèle proposé. Des simulations de flux et biomécaniques devraient être envisagées pour améliorer la prédiction du risque de rupture basée sur la modélisation d'anévrysmes., This thesis was created in Word and converted to PDF using Mac OS X 10.7.5 Quartz PDFContext.

International audience

Le glutamate est le principal neurotransmetteur excitateur dans le système nerveux central. Les transporteurs vésiculaires du glutamate (VGLUTs) permettent l’accumulation du glutamate dans les vésicules synaptiques et sont les seuls marqueurs spécifiques des terminaisons glutamatergiques dont nous disposons à l’heure actuelle. Trois transporteurs vésiculaires du glutamate ont été identifiés : VGLUT1-3. Les VGLUTs sont très conservés aux niveaux structural et fonctionnel, mais ils sont répartis anatomiquement de façon quasi complémentaire. VGLUT1 et VGLUT2 sont exprimés par les neurones glutamatergiques classiques aux niveaux corticaux et sous-corticaux (respectivement). VGLUT3, quant à lui, est présent au niveau de neurones utilisant d’autres neurotransmetteurs que le glutamate : les interneurones cholinergiques du striatum et de l’accumbens, certaines sous-populations d’interneurones GABAergiques de l’hippocampe et du cortex et l’ensemble des neurones sérotoninergiques. VGLUT1-3 définissent donc trois sous-systèmes glutamatergiques distincts. La question centrale que je me suis posée au cours de cette thèse a été : quelles sont les implications fonctionnelles de chacun des VGLUTs ? Dans un premier temps, nous avons cherché à comprendre le rôle de VGLUT3 dans les neurones cholinergiques et sérotoninergiques. Pour aborder cette question, nous avons utilisé un modèle de souris génétiquement modifiées où le gène codant pour VGLUT3 a été invalidé par recombinaison homologue (souris vglut3-/-). Ma contribution à ce travail a été de déterminer si l’absence de ce gène entraînait (ou pas) des modifications d’expression d’enzymes intervenant dans la synthèse de neurotransmetteurs, des récepteurs et transporteurs des différents systèmes de neurotransmission. Pour mener à bien cette tâche j’ai appris à maîtriser les techniques d’élevage, de génotypage et d’anatomie semi-quantitatives des ARNm, des protéines et des sites de liaisons. L’ensemble de ce travail a permis de mettre en évidence la relative absence de processus d’adaptation neuronale suite à la délétion de VGLUT3. Ces données ont joué un rôle clef pour l’interprétation du phénotypage des souris vglut3-/-. Dans un deuxième temps, j’ai voulu déterminer si différentes pathologies humaines neurologiques ou psychiatriques s’accompagnaient de modifications de la transmission glutamatergique et par voie de conséquences de modulations de l’expression des VGLUTs. Dans ce but, j’ai utilisé d’une part des antisérums spécifiques des isoformes humaines de VGLUT1 et de VGLUT2 et d’autre part des échantillons de tissus post mortem humains de sujets contrôles ou de patients atteints par la maladie d’Alzheimer ou l’autisme. Ce projet m’a permis de mettre en évidence des modifications assez profondes et insoupçonnées de systèmes glutamatergiques dans la maladie d’Alzheimer. Enfin, j’ai récemment développé un antisérum qui permettra de quantifier VGLUT3 dans des échantillons cérébraux humains.