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Este artículo analiza las cuestiones sobre la ciencia del alma y sobre la inmortalidad del alma en dos comentarios del siglo XVI al De anima de Aristóteles que subsisten en manuscritos sobre la enseñanza de la filosofía en Coimbra. Las posiciones de los dos comentadores aquí analizados – Pedro da Fonseca (attr.) y Cristóvão Gil – son totalmente opuestas, tanto en lo que respecta a la tradición de los comentarios al De anima de Aristóteles que siguen como a las teorías sobre el alma que asumen. Centrándose en fuentes poco conocidas, esta estudio saca a la luz algunos aspectos novedosos sobre la enseñanza de la filosofía en Coimbra en el siglo XVI, con el objetivo de contribuir a comprender mejor las transformaciones del aristotelismo en esta época y el contexto intelectual en el que se produjeron . This paper analyzes the questions on the science and the immortality of the soul in two 16th-century commentaries on Aristotle’s De anima which subsist in manuscript form from the teaching of philosophy in Coimbra. The positions of the two commentators – Pedro da Fonseca (attr.) and Cristóvão Gil – are totally opposed in relation to both the commentary tradition on Aristotle’s De anima they follow and the theories on the soul they assume. Focusing on less-known sources, this study brings to light some innovative aspects of the teaching of philosophy in Coimbra in the 16th century, aiming at contributing to a better understanding of both the transformations of Aristotelianism at the time and the intellectual context in which theses transformations were produced