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The flying fox (Pteropus giganteus) also familiar with the name of the greater Indian fruit Bat belongs to the order Chiroptera and family Pteropodidae. Current research emphasis on the DNA barcoding of P. giganteus in Azad Jammu Kashmir. Bat sequences were amplified and PCR products were sequenced and examined by bioinformatics software. Congeneric and conspecific, nucleotide composition and K2P nucleotide deviation, haplotype diversity and the number of haplotypes were estimated. The analysis showed that all of the five studied samples of P. giganteus had low G contents (G 19.8%) than C (27.8%), A (25.1%) and T (27.3%) contents. The calculated haplotype diversity was 0.60% and the mean intraspecific K2P distance was 0.001% having a high number of transitional substitutions. The study suggested that P. giganteus (R=0.00) do not deviate from the neutral evolution. It was determined from the conclusion that this mtDNA gene is a better marker for identification of Bat species than nuclear genes due to its distinctive characteristics and may serve as a landmark for the identification of interconnected species at the molecular level and in the determination of population genetics. Resumo A raposa-voadora (Pteropus giganteus), também conhecida como morcego indiano, pertence à ordem dos Chiroptera e à família Pteropodidae. A presente pesquisa dá ênfase ao código de barras de DNA de P. giganteus em Azad Jammu e Caxemira. Sequências genéticas dos morcegos foram amplificadas, e os produtos de PCR foram sequenciados e examinados por software de bioinformática. De espécies congenérica e coespecífica, foram estimados composição nucleotídica e desvio de nucleotídeos K2P, diversidade de haplótipos e número de haplótipos. A análise mostrou que todas as cinco amostras estudadas de P. giganteus apresentaram baixos teores de G (19,8%) em comparação com C (27,8%), A (25,1%) e T (27,3%). A diversidade de haplótipos calculada foi de 0,60%, e a distância média intraespecífica de K2P foi de 0,001%, com um elevado número de substituições transicionais. O estudo sugeriu que P. giganteus (R = 0,00) não se desviou da evolução neutra. É possível concluir que o gene mtDNA é um marcador favorável para identificação de espécies de morcegos do que genes nucleares por causa de suas características distintivas e pode servir como um marco para a identificação de espécies interconectadas em nível molecular e para a determinação genética de populações.

CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Inselbergues são rochas monolíticas, de matriz granítica e/ou gnáissica, formadas a partir de escudos continentais cristalinos que detém alta diversidade de espécies. Muitas espécies pertencentes a família Velloziaceae que ocorrem formando tapetes nestes afloramentos rochosos estão bem adaptadas a condições ambientais adversas impostas por esses inselbergues, sendo restritas a essas comunidades rupícolas. Barbacenia pabstiana L.B.Sm. & Ayensu é uma espécie formadora de tapetes com distribuição restrita, tolerante à dessecação, em inselbergues do estado do Espírito Santo no sudeste do Brasil, com populações naturalmente fragmentadas. Neste trabalho utilizamos 12 fragmentos do marcador ISRR, utilizados em outras espécies pertencentes as famílias botânicas Velloziaceae, Orchidaceae e Bromelliaceae, ocorrentes nestes afloramentos rochosos, para avaliar a diversidade e estruturação genética de B. pabstiana. O número de lócus polimórficos variou de 70,86– 82,29%, a heterozigosidade esperada e o índice de Shannon não apresentaram diferenças significativas entre as populações, variando de 0,161–0,192 e 0,262–0,311, respectivamente. A população de Pedra da Lajinha apresentou os maiores valores de diversidade genética, e a análise de estruturação demonstra que esta população abriga diversidade de toda a variação genética encontrada na espécie. Assim sugerimos que esta população mereça especial atenção em futuras estratégias de conservação. Nossos resultados mostram alta similaridade gênica entre as populações distantes geograficamente sugerindo que o isolamento geográfico atual ainda não influenciou na estruturação genética das populações analisadas, e que estas populações estariam conectadas em períodos recentes. Este trabalho serve como auxílio em novos estudos sobre genética de populações em espécies pertencentes a família Velloziaceae, quanto a espécies de outras famílias botânicas presentes em afloramentos rochosos de inselbergues, a fim de nortear ações de conservação no futuro e promover novas investigações sobre processos de isolamento de populações. Palavras-chave: Inselbergues. Mata Atlântica. Tapetes de monocotiledôneas. Genética de populações. ISSR. Diversidade genética Inselbergs are monolithic rocks, of granitic and/or gneissic matrix, formed from continental crystalline shields that hold a high diversity of species. Many species belonging to the Velloziaceae family that occur forming mats on these rocky outcrops are well adapted to the adverse environmental conditions imposed by these inselbergs, being restricted to these rupicolous communities. Barbacenia pabstiana L.B.Sm. & Ayensu is a mat-forming species with restricted distribution, tolerant to desiccation, in inselbergs of the state of Espírito Santo in southeastern Brazil, with naturally fragmented populations. In this work we used 12 fragments of the ISRR marker, used in other species belonging to botanical families Velloziaceae, Orchidaceae and Bromelliaceae, occurring in these rocky outcrops, to evaluate the genetic diversity and structure of B. pabstiana. The number of polymorphic loci ranged from 70.86-82.29%, the expected heterozygosity and Shannon index showed no significant differences among populations, ranging from 0.161-0.192 and 0.262-0.311, respectively. The Pedra da Lajinha population showed the highest genetic diversity values, and the structure analysis demonstrates that this population harbors diversity of all the genetic variation found in the species. Thus we suggest that this population deserves special attention in future conservation strategies. Our results show high genetic similarity among geographically distant populations, suggesting that the current geographic isolation has not yet influenced the genetic structure of the populations analyzed, and that these populations would be connected in recent periods. This work will help in new studies on population genetics of species belonging to the family Velloziaceae, as well as species of other botanical families present on rocky outcrops of inselbergs, in order to guide future conservation actions and to promote new investigations on processes of population isolation. Keywords: Inselbergs. Atlantic Forest. Monocot mats. Population genetics. ISSR. Genetic diversity

Besides reviewing the unusual case of sex-ratio in the lemming and presenting alternative analyses of general models in which the shift in the usual sex-ratio 1:1 is determined by autosomal or sex-linked mutant alleles, three novel models are presented, in which the shift on the progeny sex-ratio depends on the number of copies of a mutant allele present in the parental pair. The analysis of these models with additive effects shows that: 1) autosomal mutations that alter the usual sex-ratio are eliminated from the population; 2) mutations occurring on the X chromosome lead to an evolutionary stable 1:1 sex-ratio only if the mutation favors the production of males; when the mutant allele favors the production of females, however, females will prevail in the population, with a frequency dependent impact on δ (the deviation from the usual 0.5 proportion) ; for most of the range of possible values of δ the stable but extraordinary sex-ratio will vary from 1 male : 1 female to 1 male : 3 females or 1 male : 2 females approximately depending whether the mutant allele is randomly inactivated or not.

Submitted by Marcos Vinicius Dantas de Queiroz (dantas.queiroz@unesp.br) on 2021-01-08T21:25:32Z No. of bitstreams: 1 tese_final_MVDQ_merged.pdf: 11628034 bytes, checksum: c96b957a612e0f2929e068450cf4d1b6 (MD5) Rejected by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br), reason: Prezado Marcos O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelos seguintes motivos: - Página de rosto: ao final da página falta constar a cidade de defesa. O correto é: Rio Claro - SP e na linha debaixo apenas o ano – 2020. - Ata de defesa: excluir do trabalho e adicionar a Folha de Aprovação, que deve ser solicitada à Seção de Pós-Graduação. - CAPES: A Portaria nº 206, de 04/09/2018 Dispõe sobre obrigatoriedade de citação da CAPES nos agradecimentos da seguinte forma: Art. 3º Deverão ser usadas as seguintes expressões, no idioma do trabalho (Não alterar, acrescentar ou excluir qualquer informação. A frase deve ser colocada idêntica ao que consta na Portaria): "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001" - Acesso aberto?: sua dissertação possui capítulos em formato de artigos.O periódico que você publicou ou vai publicar, aceita que já esteja disponibilizado o texto completo? Existe a opção de acesso aberto ou acesso restrito no Repositório Institucional e o acesso restrito existe 4 opções de prazo para disponibilizar o texto completo. - Entrada para o seu nome: Você colocou na ficha catalográfica e nos metadados do repositório, a entrada como "Dantas-Queiroz". Consultando o seu Lattes, verifiquei que você tem publicações tanto com essa entrada, como para Queiroz. Você pode utilizar a entrada pelo "Dantas-Queiroz" e aconselhamos que, quanto mais padronizada for a forma de referenciar os autores, mais fácil para os softwares contabilizarem as citações. Sendo assim, se você quiser utilizar essa entrada, seria importante você colocar na capa e na página de rosto, o sobrenome Dantas Queiroz com hífen e sem o "de", como se ele fosse um sobrenome composto, pois dessa forma, não gerará dúvidas para quem for referenciar a sua Tese de Doutorado. Maiores informações: http://ib.rc.unesp.br/Home/Biblioteca37/repositorio_fluxograma_unesp_rioclaro.jpg Em caso de dúvidas entre em contato pelos e-mails: repositoriounesp@reitoria.unesp.br e/ou stati.rc@unesp.br Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações destacadas. Agradecemos a compreensão. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2021-01-11T12:39:53Z (GMT) Submitted by Marcos Vinicius Dantas de Queiroz (dantas.queiroz@unesp.br) on 2021-01-12T01:24:01Z No. of bitstreams: 1 tese_final_MVDQ_merged.pdf: 11640896 bytes, checksum: 4462f9d5181238ea2c728973459f4fbf (MD5) Approved for entry into archive by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br) on 2021-01-13T12:38:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dantas-queiroz_mv_dr_rcla_par.pdf: 1530865 bytes, checksum: 541b264a4bb93b8011efb1f7cec71a9a (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-13T12:38:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dantas-queiroz_mv_dr_rcla_par.pdf: 1530865 bytes, checksum: 541b264a4bb93b8011efb1f7cec71a9a (MD5) Previous issue date: 2020-12-14 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) No Capítulo I, começamos a investigar o padrão genético de V. oligantha, selecionando algumas de suas populações para testar a compatibilidade de marcadores microssatélites já desenvolvidos para Bromeliaceae. Satisfatoriamente, conseguimos amplificar 24 loci, sendo 20 deles polimórficos. Assim sendo, selecionamos os dez loci mais polimórficos e genotipamos 229 indivíduos pertencentes a 14 populações para utilizarmos em nossas análises subsequentes. O Capítulo II trata da filogeografia de V. oligantha. Aos microssatélites nucleares obtidos, incluímos 95 indivíduos sequenciados usando dois marcadores plastidiais. Com esses dados em mãos, datamos a origem e a diversificação intraespecífica de V. oligantha, além de estimarmos a diversidade genética, a estrutura populacional e taxas de migração entre populações. Também modelamos a distribuição ancestral de V. oligantha utilizando Modelagem de Nicho Ecológico, inferindo possíveis corredores ancestrais entre as populações atualmente fragmentadas. Conseguimos notar uma alta estruturação genética, característica usual de organismos de ambientes naturalmente fragmentados; entretanto, a estruturação parece estar de acordo com o padrão biogeográfico, sugerindo assim como os processos microevolutivos envolvidos na diversificação de linhagens puderam resultar nos padrões de endemismo observados hoje no Espinhaço. Por fim, a modelagem de nicho ecológico confirma nossa suspeita de que, no Último Glacial Máximo (LGM), V. oligantha tinha uma adequabilidade muito maior, ocupando áreas mais baixas, conectando populações antes isoladas, conforme demonstramos nas análises de corredores. Para verificarmos mais a fundo o efeito das mudanças climáticas passadas na demografia e na diversificação das espécies das montanhas quartzíticas brasileiras (BQM), nós partimos para uma abordagem de filogeografia comparada, o pano de fundo do Capítulo III. Lá, buscamos na literatura organismos endêmicos destas montanhas e que tivessem dados genéticos depositados no Genbank. Também utilizamos os dados da própria V. oligantha e geramos mais sequências de duas espécies típicas das BQM mineiras e baianas: Euphorbia attastoma (Euphorbiaceae) e Neoregelia bahiana (Bromeliaceae). Ao final, além dessas três espécies, analisamos os dados das plantas Lychnophora ericoides e Richterago discoidea (Asteraceae), Tibouchina papyrus (Melastomataceae) e Vellozia auriculata (Velloziaceae) e também dois anuros, Bokermmanohyla saxicola (Hylidae) e Pleurodema alium (Leptodactylidae). Com estas nove espécies, verificamos a dinâmica populacional da comunidade, encontrando que grande parte delas passou por uma expansão síncrona durante o LGM, um sinal da força das mudanças climáticas na demografia nessas espécies endêmicas. Por outro lado, os dois anuros não seguiram este padrão, onde P. alium permaneceu constante enquanto B. saxicola teve um bottleneck durante o LGM. O padrão demográfico encontrado também se reflete na modelagem da adequabilidade de cada espécie para o presente e o LGM, com exceção de B. saxicola, que apresentou uma adequabilidade maior do que aquela estimada pelos nossos dados genéticos. Outra análise que fizemos foi comparar a diversificação interespecífica de espécies co-distribuídas do Espinhaço com os padrões biogeográficos para a região, onde encontramos um padrão congruente, mas ao adicionarmos espécies não exclusivas dali o cenário congruente se desfez. Dessa forma, os padrões de endemismo no Espinhaço parecem ser idiossincráticos, onde os processos microevolutivos ocorrentes ali modelaram os padrões biogeográficos existentes hoje. In Chapter I, we investigated the genetic patterns of V. oligantha, selecting some of its populations to test the compatibility of previously developed microsatellites. Satisfactorily, we amplified 24 loci, although 20 of them were polymorphic. Thus, we selected the top ten most polymorphic loci and genotyped 229 individuals belonging to 14 populations. Chapter II is about the phylogeography of V. oligantha. With the nuclear microsatellites, we added 95 sequenced individuals, using two plastidial markers. With both datasets, we dated the origin and intraspecific diversification of V. oligantha, estimated its genetic diversity, population structure, and migration rates among populations. We also modeled the ancient distribution of V. oligantha using Ecological Niche Modelling, using it to inferring possible ancient corridors between the extant fragmented populations. We found a high genetic structure, a usual trait of species with a natural fragmented distribution; however, the structure seems to follow the biogeographic pattern, suggesting how the microevolutionary processes could shape the current patterns of endemism of the Espinhaço Range. Finally, the niche modeling confirmed our suspicion that, in the Last Glacial Maximum (LGM), the suitability of V. oligantha was wider than the current one, where it occupied lowlands, connecting isolated populations, as we showed with the corridor analysis. To deeply investigate the role of ancient climatic changes in the demography and diversification of species from the Brazilian Quartzitic Mountains (BQM), we used a comparative phylogeographic approach, the background of Chapter III. We conducted a literature survey seeking for endemic organisms of the BQM with available genetic data. Besides the data of V. oligantha, we also yielded sequences for more two species: Euphorbia attastoma (Euphorbiaceae) and Neoregelia bahiana (Bromeliaceae). Besides these three plant species, we incorporated genetic data of Lychnophora ericoides and Richterago discoidea (Asteraceae), Tibouchina papyrus (Melastomataceae), and Vellozia auriculata (Velloziaceae) and two anuran species, Bokermmanohyla saxicola (Hylidae) and Pleurodema alium (Leptodactylidae). Thus, with these nine species, we investigated their population dynamics, finding that most of them had a synchronous population expansion over the LGM, a result that supports the strength of climatic oscillations on the demography of these endemic species. Besides, we also compared the lineage diversification with the biogeographic patterns found in the Espinhaço Range, where a congruent diversification pattern was found. However, when we compared species non-endemic of the Espinhaço, this congruent pattern is blurred, suggesting that microevolutionary processes of the Espinhaço-endemic species are idiosyncratic. CAPES: 001

Juçara (Euterpe edulis Martius) is a palm species from the Atlantic Forest whose fruits are important as a source of food to several individuals from the fauna of the region. Despite its ecological importance, juçara is found in the list of endangered species, due to the fragmentation of the forests and the illegal extraction of the heart of palm. We aimed to evaluate the inter- and intra-populational genetic diversity of E. edulis based on fruit and seed traits in forest fragments of the Espírito Santo State in Brazil. The aim was to generate information to be used in E. edulis breeding programs, or in the delineation of more efficient management and reforestation strategies. The study was carried out in 20 forest fragments and 198 fruit plants were sampled. Positive genetic association was observed between the evaluated traits, with the longitudinal diameter of the fruit (LDF) and the seed mass (SM) greatly affecting fruit mass (FM). The existence of inter- and intra-populational genetic divergence was proved. The genetic divergence found in E. edulis suggests that there is genetic material that can be explored in breeding programs and this information may also contribute to management strategies that can increase the species genetic diversity. Juçara (Euterpe edulis Martius) é uma espécie de palmeira da Mata Atlântica, que é importante como fonte de alimento para vários indivíduos da fauna. Apesar de sua importância ecológica, juçara é encontrada na lista de espécies ameaçadas à extinção, devido à fragmentação florestal e à extração ilegal do palmito. Nós tivemos como objetivo avaliar a diversidade genética inter e intra populacional de E. edulis com base em caracteres de frutos e sementes, em fragmentos florestais do Estado do Espírito Santo no Brasil, com o objetivo de gerar informações a serem utilizadas nos programas de melhoramento de E. edulis ou na delimitação de estratégias de manejo e reflorestamento mais eficientes. O estudo foi realizado em 20 fragmentos florestais e 198 plantas frutíferas foram amostradas. Foi observada uma grande associação genética positiva entre os caracteres avaliados, com as características diâmetro longitudinal dos frutos (LDF) e massa de sementes (SM) apresentando efeitos maiores do que a massa característica da fruta (FM). A existência de divergência genética inter e intrapopulacional foi comprovada. A divergência genética encontrada neste trabalho para E. edulis sugere a presença de material genético que vale a pena ser explorado em programas de melhoramento e essa informação também pode contribuir com estratégias de manejo para aumentar a diversidade genética das espécies.

Os peixes de água doce constituem um grupo diversificado de organismos que abrange cerca de um quarto do total de espécies de vertebrados. Interessantemente, essa grande diversidade ocorre em uma fração pequena do volume de água habitável do planeta. Uma das causas desse fenômeno é o isolamento provocado pela fragmentação dos ambientes de água doce em drenagens isoladas entre si, o qual propicia diferenciação genética entre populações habitando diferentes bacias, possivelmente culminando em especiação alopátrica. No entanto, diversos estudos filogeográficos reportam casos de similaridade genética entre populações de diferentes bacias. Fenômenos climático ou geológicos, como as capturas de rio, são normalmente invocados para explicar esse padrão. Na captura de rio, a proximidade genética entre indivíduos de diferentes bacias é explicada através de um contato secundário entre populações previamente isoladas. No entanto, a manutenção de polimorfismos ancestrais pode ser tão plausível quanto um contato secundário, mas essas hipóteses raramente são testadas explicitamente através de um método estatístico. O objetivo do presente estudo foi avaliar o desempenho da metodologia de Computação Bayesiana Aproximada (ABC) para testar, com base em dados genéticos empíricos e simulados, cenários explícitos de contato secundário causado por capturas de rio contra cenários de polimorfismo compartilhado em peixes de água doce. Inicialmente, foram avaliadas as conclusões de um estudo da literatura sobre os padrões de estrutura genética entre bacias hidrográficas observados em Cnesterodon decemmaculatus (Cyprinodontiformes: Poeciliidae) sugeridos como possíveis casos de captura de rio. Posteriormente, foi realizado um estudo de simulação, a fim de avaliar o desempenho da metodologia ABC em distinguir entre cenários em diferentes condições, variando desde o uso de diferentes marcadores moleculares e estratégias de amostragem até diferentes parâmetros demográficos. Para o estudo com C. decemmaculatus, os resultados demonstraram que o mtDNA tem potencial para distinguir entre os cenários, tornando possível a escolha do cenário mais provável na maior parte dos casos avaliados - embora esse marcador apresente algumas limitações, especialmente quando a divergência entre as populações é recente. A partir do estudo de simulações, foi verificado que o uso de milhares de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) independentes é uma opção altamente recomendável quando comparado ao uso de um ou poucos lócus, ainda que sua análise na perspectiva de ABC demande um maior trabalho computacional. Porém, a identificação de cenários de contato secundário com divergência recente e/ou com baixo número de migrantes é desafiadora, mesmo com o uso de SNPs. Freshwater fish constitute a diversified group of organisms that account for about one quarter of the total number of vertebrate species. Interestingly, this great diversity is restricted to a small fraction of the habitable water volume in the planet. One of the causes for this phenomenon is the isolation caused by the fragmentation of freshwater environments into isolated drainages, which promotes genetic differentiation between populations inhabiting different hydrographic basins and possibly culminating in allopatric speciation. However, several phylogeographic studies report instances of great genetic similarity between populations from different basins. Climatic or geological phenomena, such as river capture, are usually invoked for explaining this pattern. Under a river capture, a close genetic relationship between individuals from different basins is due to a secondary contact between populations that were isolated until then. However, retention of ancestral polymorphisms can be as plausible as a secondary contact, but these hypotheses are rarely tested explicitly through the use of a statistical method. The aim of the present study was to evaluate the performance of the ABC for testing, based on empirical and simulated genetic data, hypotheses of secondary contact generated by river captures versus shared polymorphisms in freshwater fish. Initially, we evaluated the conclusions of a study from the literature about the patterns of genetic structure between basins observed in Cnesterodon decemmaculatus (Cyprinodontiformes: Poeciliidae), which were suggested as possible cases of river capture. In the following, we performed a simulation study in order to evaluate the performance of the ABC methodology in distinguishing between scenarios under different conditions, ranging from different molecular markers to different demographic parameters. In the study with C. decemmaculatus, results showed that mtDNA has potential for distinguishing between the scenarios, which made it possible to choose the most probable scenario in almost all cases evaluated, but also showed that this marker has some limitations, especially when population divergence is recent. From the simulations study, it was clear that the use of thousands of independent single nucleotide polymorphisms (SNPs) is a highly recommended option when compared to the use of one or few loci, even though its analysis under an ABC framework requires more computational work. However, the identification of secondary contact scenarios with recent divergence and/or with a low number of migrants is challenging, even using SNPs.

EnglishSamples of 168 mate trees (Ilex paraguariensis) from four natural populations of different states of Brazil (Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Parana and Mato Grosso do Sul) were analyzed for their variability in storage proteins seed, which were used to estimate the degree of differentiation among and within species, because are relatively stable during evolution. Data on band presence/absence from 80 different polypeptides were used to perform similarity coefficient of Jaccard. A high level of genetic variability was reported within sampled populations (SJ intra=0.374). Lower levels of diversity were observed between populations (SJ inter=0.308). Total genetic diversity of mate was Hsp=0.264 estimated by Shannon measure. Partition of that value disclosed that 95 % of the total diversity is within-population, and only 5% to between-populations. The phenogram based on King’s distances indicates a certain degree of geographic differentiation. This represents the first study on storage protein variability in I. paraguariensis and guides the choice of the specimens to increment germoplasm banks and genetic improvement programs. Key words: ‘chimarrao’; germoplasm banks; population genetics portuguesA variabilidade de proteinas de reserva das sementes foi analisada em 168 arvores de quatro populacoes naturais de erva-mate (Ilex paraguariensis) dos estados brasileiros Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Parana e Mato Grosso do Sul. Estes marcadores foram utilizados para estimar o grau de diferenciacao entre e dentro da especie porque sao relativamente estaveis ao longo da evolucao. Dados sobre presenca e ausencia de bandas de 80 diferentes polipeptidios foram utilizados para calcular o coeficiente de similaridade de Jaccard. Encontramos alto grau de variabilidade genetica dentro de cada uma das quatro populacoes de arvores (SJ intra=0.374). Menores niveis de diversidade foram observados entre as populacoes (SJ inter=0.308). A diversidade total da especie Ilex foi Hsp=0,264, estimada pela medida de Shannon. A particao deste valor revelou que 95% da diversidade total e intrapopulacional, enquanto somente 5% e entre populacoes. O fenograma, baseado nas distâncias de King, indica certo grau de diferenciacao geografica. Este trabalho representa o primeiro estudo de variabilidade em proteinas de reserva de I. paraguariensis e pode ser utilizado para orientar a escolha de especimes para compor bancos de germoplasma e programas de melhoramento genetico da especie. Palavras-chave: bancos de germoplasma; chimarrao; erva-mate; genetica de populacoes.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia de Fungos, Algas e Plantas, Florianópolis, 2019. As espécies são cruciais para a investigação biológica e outros campos além da pesquisa científica, mas os diferentes conceitos de espécies e seus respectivos critérios tornam a delimitação de espécies uma tarefa desafiadora. O conceito de espécie como linhagem geral (GLS) pode superar os problemas de delimitação de espécies ao aceitar os diferentes critérios de delimitação como linhas de evidência para o reconhecimento de espécies. Hydrocotyle compreende ervas anuais e perenes que têm chamado atenção devido ao seu impacto ecológico e potencial aplicação farmacológica, mas a delimitação de espécies de Hydrocotyle tem sido problemática por meios taxonômicos tradicionais, resultando em diferentes complexos de espécies. Hydrocotyle stella apresenta seis morfotipos que ocorrem ao longo de cadeias montanhosas dentro do domínio da Mata Atlântica brasileira, de modo que esses morfotipos poderiam ser linhagens ainda não reconhecidas. Adotando o GLS, nós avaliamos se os morfotipos de H. stella seriam ou não espécies, considerando o monofiletismo, a estruturação genética e a descontinuidade morfológica como evidências para o reconhecimento de espécies. Para tal, aplicamos inferência filogenética, genética populacional e morfometria a 12 populações de H. stella representando os seis morfotipos e as quatro cadeias de montanhas de principal ocorrência do complexo. A inferência filogenética baseada em ITS retornou um único grupo monofilético, composto por dois morfotipos diferentes, mas a topologia das árvores apresentou resolução baixa, tornando o monofiletismo inconclusivo. A genética populacional baseada em marcadores ISSR indicou que a maioria dos morfotipos não era geneticamente estruturada, mas estes compunham três grupos que apresentavam estrutura genética associada a regiões geográficas. A morfometria descartou a maioria dos morfotipos como morfologicamente descontínuos, mas indicou limites morfológicos consistentes entre os três grupos reconhecidos na genética populacional. Com base nisso, sugerimos uma reavaliação geral dos táxons infraespecíficos dentro do Hydrocotyle. Acima de tudo, sugerimos o reconhecimento de três espécies com base nos grupos sustentados pela genética populacional e morfometria, reduzindo a circunscrição de H. Stella. Abstract : Species are crucial to biological inquiry and other fields beyond scientific research, but the different species concepts and their respective criteria turn species delimitation a challenging task. The general lineage species concept (GLS) can overcome problems of species delimitation by accepting the different delimitation criteria as lines of evidence for species recognition. Hydrocotyle comprises annual and perennial herbs that have attained attention due to their ecological impact and potential pharmacological application, but delimitation of Hydrocotyle species has been problematic by traditional taxonomic means, resulting in different species complexes. Hydrocotyle stella displays six morphotypes that occur along mountain ranges within the Brazilian Atlantic forest domain, so such morphotypes could be underrated lineages. We adopted the GLS to assess whether H. stella morphotypes would be species or not, considering monophyly, genetic structure and morphological discontinuity as evidences for species recognition. For such, we applied phylogenetic inference, population genetics, and morphometrics to 12 populations of H. stella representing the six morphotypes and four mountain ranges of main occurrence. Phylogenetic inference based on ITS returned a single monophyletic group, which comprised two different morphotypes, but trees had overall low resolution, making monophyly inconclusive. Population genetics based on ISSR markers indicated that most morphotypes were not genetically structured, but they were rather nested within three groups displaying genetic structure, which was associated to geographic regions. Morphometrics dismissed most morphotypes as morphologically discontinuous, but it indicated consistent morphological boundaries among the three groups recognized in population genetics. Based on that, we suggested an overall revaluation of infraspecific taxa within Hydrocotyle. Foremost, we suggested the recognition of three species based on groups supported by population genetics and morphometrics, reducing H. stella circumscription.

Studies of genetic diversity and structure are key elements in designing effective in situ and ex situ management plans, especially for species experiencing forest fragmentation. To investigate the level of genetic diversity in populations of Trichocentrum pumilum, eight polymorphic microsatellite loci were developed and used for genotyping 96 specimens from four disturbed populations. Low genetic diversity within populations was found (average number of alleles per locus ranging from 3.75 to 4.25, observed and expected heterozygosities from 0.238 to 0.333 and from 0.450 to 0.482, respectively). The fixation index () ranged from 0.35 to 0.47, with significant values for all populations. No genotypic disequilibrium was detected. A mixed breeding system was found through an apparent outcrossing rate estimate. Our results suggest that these microsatellite loci are suitable for genetic studies of this species, showing low within population genetic diversity and moderate structure for T. pumilum populations.

We report genome-wide ancient DNA from 49 individuals forming four parallel time transects in Belize, Brazil, the Central Andes, and the Southern Cone, each dating to at least ∼9,000 years ago. The common ancestral population radiated rapidly from just one of the two early branches that contributed to Native Americans today. We document two previously unappreciated streams of gene flow between North and South America. One affected the Central Andes by ∼4,200 years ago, while the other explains an affinity between the oldest North American genome associated with the Clovis culture and the oldest Central and South Americans from Chile, Brazil, and Belize. However, this was not the primary source for later South Americans, as the other ancient individuals derive from lineages without specific affinity to the Clovis-associated genome, suggesting a population replacement that began at least 9,000 years ago and was followed by substantial population continuity in multiple regions. A large-scale analysis of ancient genomes from Central and South America yields insights into the peopling of the Americas, including four southward population spreads and notable population continuity in much of South America after arrival.

CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico Uma das hipóteses mais discutidas para explicar a origem de uma biota amazônica tão rica, é a hipótese dos "rios como barreira", referindo-se à atuação dos principais rios amazônicos como barreira promotora do isolamento e diversificação das espécies. Utilizamos abordagem de filogeografia estatística para estudar a espécie de Myrmoderus ferrugineus, espécie amazônica endêmica de florestas terra-firme com duas subespécies morfologicamente pouco diferenciadas e separadas pelo rio Amazonas (M. f. ferrugineus e M f. elutus). Usamos dados filogeográficos para abordar os cenários de diversificação em M. ferrugineus: 1) o rio Amazonas não coincide com as grandes rupturas filogeográficas que separaram as populações de M. ferrugineus; 2) o rio Amazonas está correlacionado com a antiga estruturação filogeográfica dentro de M. ferrugineus, provavelmente resultante do estabelecimento do rio durante o Plio-Pleistoceno ou antes disso; e 3) o rio Amazonas correlaciona-se com uma divergência recente entre as populações de M. ferrugineus, provavelmente devido à dispersão e isolamento recente após o estabelecimento do rio durante o Plio-Pleistoceno. Sequenciamos 2 genes mitocondriais e 2 genes nucleares de 13 indivíduos de M. f. ferrugineus e 15 indivíduos de M. f. elutus para estimar filogenias concatenadas e multilocus coalescentes temporalmente calibradas. Testamos a ocorrência de bottlenecks na população passada, fluxo gênico e flutuações no tamanho efetivo populacional em M. f. ferrugineus e M. f. elutus. Nossos resultados recuperaram com um forte apoio estatístico para monofilia entre M. f. ferrugineus e M. f. elutus, seguido de forte estruturação populacional e ausência de fluxo gênico entre as subespécies. Porém, segundo os dois métodos independentes de datação coalescente, M. f. ferrugineus e M. f. elutus divergiram entre 2,5 e 75.000 anos atrás, bem depois do estabelecimento moderno para o rio Amazonas. Nossos resultados demonstraram que até mesmo táxons de florestas de terra firme com baixas habilidades de dispersão, como os Papa-formigas, foram capazes de estabelecer populações através do rio Amazonas depois de seu curso moderno ter se estabelecido. Se esse evento foi causado por dispersão ativa ou passiva mediada por eventos de captura de drenagem permanecem por incertos, embora o segundo cenário seja mais provável, considerando os atributos ecológicos da espécie. Antecipamos que eventos importantes de captura de drenagem envolvendo o curso médio do rio Amazonas poderiam ter ocorrido entre o Pleistoceno tardio até o Holoceno recente, favorecendo o cruzamento de várias linhagens previamente isoladas em bancos de rios opostos. One of the most debated hypotheses to explain the origin of such a rich Amazonian biota is the "river-barrier" hypothesis, which advocates that main Amazonian rivers acted as powerful barriers promoting isolation and species diversification. Herein, we used an statistical phylogeography approach to study the Ferruginous-backed Antbird species Myrmoderus ferrugineus, an Amazonian upland terra-firme forest endemic species with two known morphologically little differentiated subspecies separated by the mid-Amazon River (M. f. ferrugineus and M. f. elutus). We used the phylogeographic data to address the following alternative scenarios of diversification for M. ferrugineus: 1) the Amazon River does not coincide with major phylogeographic breaks separating M. ferrugineus populations; 2) the Amazon River is correlated with ancient phylogeographic structure within M. ferrugineus, probably resulting from the river's establishment during the Plio-Pleistocene or before that; and 3) the Amazon River correlates with a recent divergence between M. ferrugineus populations, probably due to recent dispersal and isolation after the river's establishment during the Plio-Pleistocene. We sequenced 2 MtDNA and 2 nuclear genes from 13 individuals of M. f. ferrugineus and 15 individuals of M. f. elutus to estimate concatenated and time-calibrated coalescent multilocus phylogenies. We also tested for the occurrence of past population bottlenecks, gene flow and effective population size fluctuations in M. f. ferrugineus and M. f. elutus. Our results retrieved with strong statistical support the monophyly between M. f. ferrugineus and M. f. elutus, and pointed to a scenario of strong population structure and absence of gene flow between these subspecies. However, according to two independent coalescent dating methods, M. f. ferrugineus and M. f. elutus diverged between 2.5 and 75,000 years ago, therefore well after the modern establishment of the Amazon River. Our results demonstrate that even upland terra-firme forest taxa with low dispersal abilities such as antbirds, have been have able to establish populations across the Amazon River after its modern course became established. Whether these events were caused by active or passive dispersal mediated by drainage capture events remain to be determined, although the second scenario is more likely considering the Ferruginous-backed Antbird ecological attributes. Therefore, we anticipate that important drainage capture events involving the middle Amazon River course could have taken place between the Late Pleistocene and as recent as the Holocene, favoring the crossing of several lineages previously isolated on opposite river banks.

No norte do estado de Minas Gerais, existe um ecótono formado pela união de três formações vegetais, a Mata Atlântica, o Cerrado e a Caatinga. Esta região está ameaçada pela extração excessiva de madeira e destruição de habitat. Várias espécies de árvores tropicais nativas desta área de ecótono estão em perigo de extinção devido à sobre-exploração e perda de habitat. Cedrela fissilis é uma espécie de árvore nativa do Brasil e distribuída em florestas sazonais e matas ciliares no norte de Minas Gerais. Neste estudo, analisou-se a localização genealógica de uma população do Norte de Minas (PAN) em relação com as duas linhagens conhecidos (leste e oeste) de C.fissilis e, o estudo da estrutura genética e estimativas do sistema reprodutivo. Para obter tecido germinativo de sementes, adequado para extração de DNA, foram testados três métodos de desinfecção, quatro meios de cultura e um substrato comercial para plantas. Os resultados mostraram que a aplicação de técnicas in vitro com desinfecção aumentou germinação por um fator de 3 a 5 vezes, com respeito a não utilização de técnicas in vitro e a dupla desinfecção aumentou o fator de germinação 1,7 no que diz respeito à desinfecção simples. Encontramos altos valores de diversidade genética que diferenciaram a PAN das linhagens Leste e Oeste; assim, pode ser considerado como uma nova fonte de variabilidade dentro de C. fissilis. Os resultados confirmaram C. fissilis como espécie de reprodução cruzada com pequena proporção de autofecundação. PAN apresentou acasalamento entre parentes e população estruturada entre progênies como consequência de desvios do acasalamento ao acaso. Concluímos que as restrições no fluxo genético entre árvores reprodutivas levaram aos altos níveis de diferenciação genéticas observadas na população de PAN. In northern Minas Gerais state, there is an ecotone formed by the junction of three vegetation formations, Atlantic dry forest, Cerrado, and Caatinga. This region is threatened by over-logging and habitat destruction. Several tropical tree species native to this ecotone are endangered by extinction, subject to overexploitation and habitat loss. Cedrela fissilis is a tropical tree species native to Brazil and distributed in seasonal forests and gallery forests of northern Minas Gerais. In this study, we analyzed the genealogical placement of a population from northern Minas Gerais (PAN) related to the two known lineages (East and West) of C. fissilis and carry out genetic structure and mating system analyses of its offspring. To obtain tissue from seedling suitable for DNA extraction we tested three disinfection methods, four culture media and a commercial substrate for plants. The results showed that the application of in- vitro techniques jointly with disinfection increased the germination by a factor from 3 to 5 with respect to the non-use of in-vitro techniques, and the double disinfection increased the germination by a factor of 1.7 respect of the simple disinfection. We found high values of genetic diversity that differentiate from both the East and West lineages; thus, PAN can be considered as a new source of variability within C. fissilis. The results confirmed that C. fissilis is as an outcrossed species with some proportion of selfing. PAN presented mating among relatives, and population structure among offspring as a consequence of deviations from random mating. We concluded that restrictions to gene-flow among reproductive trees lead to the high levels of genetic differentiation observed in PAN.

In spite of many genetic studies that contributed for a deep knowledge about the peopling of the Americas, no consensus has emerged about important parameters such as the effective size of the Native Americans founder population. Previous estimates based on genomic datasets may have been biased by the use of admixed individuals from Latino populations, while other recent studies using samples from Native American individuals relied on approximated analytical approaches. In this study we use resequencing data for nine independent regions in a set of Native American and Siberian individuals and a full-likelihood approach based on isolation-with-migration scenarios accounting for recent flow between Asian and Native American populations. Our results suggest that, in agreement with previous studies, the effective size of the Native American population was small, most likely in the order of a few hundred individuals, with point estimates close to 250 individuals, even though credible intervals include a number as large as ~4,000 individuals. Recognizing the size of the genetic bottleneck during the peopling of the Americas is important for determining the extent of genetic markers needed to characterize Native American populations in genome- wide studies and to evaluate the adaptive potential of genetic variants in this population.

The isolation and characterization of 17 polymorphic microsatellite loci from the spiny lobster Panulirus echinatus (Decapoda: Palinuridae) by Illumina MiSeq sequencing is described... Made available in DSpace on 2018-12-05T00:00:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Isolationandcharacterizationofmicrosatellitemarkersinthespinylobster.pdf: 237196 bytes, checksum: 20ec742d4aabdd65e4f9bd9038b1a12f (MD5) Previous issue date: 2018-12-04

Made available in DSpace on 2018-11-26T16:16:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-01. Added 1 bitstream(s) on 2019-10-09T18:25:39Z : No. of bitstreams: 1 S1415-47572015000300338.pdf: 1342078 bytes, checksum: 665099dc2e21b1b8750ea6ed59a6c4e4 (MD5) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) The complete mitochondrial genome of the brown brocket deer Mazama gouazoubira and a set of polymorphic microsatellite markers were identified by 454-pyrosequencing. De novo genome assembly recovered 98% of the mitochondrial genome with a mean coverage of 9-fold. The mitogenome consisted of 16,356 base pairs that included 13 protein-coding genes, two ribosomal subunit genes, 22 transfer RNAs and the control region, as found in other deer. The genetic divergence between the mitogenome described here and a previously published report was similar to 0.5%, with the control region and ND5 gene showing the highest intraspecific variation. Seven polymorphic loci were characterized using 15 unrelated individuals; there was moderate genetic variation across most loci (mean of 5.6 alleles/locus, mean expected heterozygosity = 0.70), with only one locus deviating significantly from Hardy-Weinberg equilibrium, probably because of null alleles. Marker independence was confirmed with tests for linkage disequilibrium. The genetic variation of the mitogenome and characterization of microsatellite markers will provide useful tools for assessing the phylogeography and population genetic patterns in M. gouazoubira, particularly in the context of habitat fragmentation in South America. Univ Brasilia, Dept Genet & Morfol, Inst Ciencias Biol, BR-70910900 Brasilia, DF, Brazil Univ Estadual Paulista, Dept Zootecnia, Nucleo Pesquisa & Conservacao Cervideos, Jaboticabal, SP, Brazil Univ Estadual Paulista, Dept Zootecnia, Nucleo Pesquisa & Conservacao Cervideos, Jaboticabal, SP, Brazil FAPESP: 2010/50748-3 CNPq: 305419/2014-5

In Brazil, species of the genus Liriomyza are widely distributed and have economic importance as they cause damage to at least 14 plant families, especially Solanaceae, Cucurbitaceae, Asteraceae, and Fabaceae. Studies suggest existence of a species complex within this genus, based on the presence of morphological similarities among the species Liriomyza trifolii (Burgess), L. sativae Blanchard and L. huidobrensis (Blanchard). The present study aimed to use DNA barcoding to establish new distribution records of L. sativae in distinct regions in Brazil, determine intra- and inter-population genetic diversity, and reconstruct the phylogeny of Liriomyza species using the DNA barcode sequences. Identity values were between 97% and 99%, confirming that all the examined Brazilian populations belonged to the species L. sativae. Phylogenetic analyses indicated the presence of a single clade of L. sativae, composed of seven populations. Intra-population analysis on individuals of these populations indicated low levels of nucleotide and haplotype diversity. The haplotype network indicated presence of only 14 haplotypes distributed among the Brazilian populations. The genetic similarities shared by the Brazilian populations of L. sativae suggest that these populations are closely related. Genetic patterns observed among populations of L. sativae might be associated with bottleneck events or founder effect during establishment of this leafminer in Brazil. RESUMO No Brasil, as espécies do gênero Liriomyza têm importância econômica e são amplamente distribuídos no país, causando danos a pelo menos 14 famílias de plantas, especialmente Solanaceae, Cucurbitaceae, Asteraceae e Fabaceae. Estudos sugerem a existência de um complexo de espécies dentro deste gênero com base na presença de semelhança morfológica nas espécies Liriomyza trifolii (Burgess), L. sativae (Blanchard) e L. huidobrensis (Blanchard). Este estudo teve como objetivo empregar o DNA Barcode em novas áreas para estabelecer novos registros de Liriomyza sativae no Brasil e também a determinação da diversidade genética intra e interpopulacional, e reconstruir a filogenia das espécies Liriomyza utilizando sequências do DNA barcode. Os valores de identidade foram entre 97% a 99%, confirmando que as todas as populações brasileiras avaliadas pertencem à espécie L. sativae. A análise filogenética indicou a presença de um único clado de L. sativae composto pelas sete populações. A análise intrapopulacional indicou níveis baixos de diversidade nucleotidica e haplótipica de indivíduos dessas populações. A rede de haplótipos indicou a presença de apenas 14 haplótipos distribuídos entre populações brasileiras. As semelhanças genéticas compartilhadas pelas populações brasileiras de L. sativae sugere que essas populações estão intimamente relacionados. Os padrões genéticos observados em populações de L. sativae pode estar associada a eventos gargalos ou efeito fundador durante o estabelecimento deste minadora no Brasil.

Hemiodus orthonops is a small fish of the Hemiodontidae family, order Characiformes, with a maximum of 25 cm standard length. Until recently, H. orthonops was an endemic species from the Paraná-Paraguay basin and it was absent from the upper Paraná River basin. Since 2008, it has started to be collected in the upper Paraná River, representing up to 10% of catches. Two population samples of H. orthonops from two localities of the upper Parana River basin (Porto Camargo and Porto Figueira) were analyzed using the allozymes electrophoresis technique. Twenty-one enzymatic loci were detected. The population sample from Porto Camargo displayed a genetic variability (He = 0.1061) higher than that from Porto Figueira (He = 0.0580) and homozygote excess in both of them. The FST value (0.2081) indicated genetic structure. The excess of homozygotes in both samples was probably due to founder effect in the population.