Search

Kromosomaalseid toksiin-antitoksiin süsteeme ja profaage peetakse bakteri faagikaitsemehhanismideks. Profaagid kaitsevad bakterit endasarnaste faagide eest, kuid toksiin-antitoksiin süsteemide roll faagiresistentsuses pole veel selge. Sellest lähtuvalt oli käesoleva töö eesmärgiks välja selgitada, kas kromosomaalsetel toksiin-antitoksiin süsteemidel ja profaagidel on mõju Pseudomonas putida faagiresistentsusele. Tulemused näitasid: (1) profaagid suurendavad P. putida faagiresistentsust Vända F1, Vända F2, Erra S1 ja Erra M1 faagidega nakatamisel; (2) P. putida kromosomaalsed toksiin-antitoksiin süsteemid pole faaginakkuse korral kasulikud, vaid pigem kulukad (Erra M1) või ei avalda faaginakkuse korral mingit mõju (Vända F1, Vända F2, Erra S1, Erra jõgi, Emajõgi).

Arvatakse, et kromosomaalsed toksiin-antitoksiin (TA) süsteemid on bakteritele olulised erinevate keskkonna-stressidega toimetulekuks. Aktiivseid valke kodeerivate genoomsete TA süsteemide rohkus viitab, et kromosomaalsed TA süsteemid peaksid bakterile kasulikud olema, samas pole tihti operoni deleteerimisel bakterile mingit negatiivset mõju täheldatud. Käesoleva uurimistöö eesmärgiks oli testida hüpoteesi, et kromosomaalsed TA süsteemid on bakterile P. putida kulukad. Samuti selgitasin mõningate P. putida toksiinide toksilisuse määra konkurentsikatses. Tulemused näitasid: (1) toksiin-antitoksiin süsteemid ei ole bakterile otseselt vajalikud, kuid pole talle ka koormaks. Kuna toksiin-antitoksiin süsteemid ei ole bakterile kulukad võib järeldada, et ka valikusurve nende süsteemide genoomist eemaldamiseks on nõrk; (2) P. putida toksiinid MazF, RelE ja HicA-1 on inaktiivsed; (3) P. putida toksiin MqsR on aktiivne.

Modifikatsioonid tRNA-s võivad mõjutada translatsiooni täpsust. Pseudouridiinid on ühed enim levinud modifikatsioonid RNA-s. Valesti transleeritud valgud võivad aktiveerida SOS-vastuse, kuna vigade tekkimine translatsioonil on juhuslik, võivad tekkida vead ka DNA replikatsiooni ja parandamisega seotud valkudesse, mille funktsiooni häirumise tulemusena võib tekkida üheahelalist DNA-d või jäävad replikatsiooni käigus DNA-sse tekkinud vead parandamata. TruA ja RluA on pseudouridiini süntaasid, mis sünteesivad pseudouridiini tRNA-sse, antikoodoni lähedusse. Varasemalt on meie laboris näidatud mutatsioonisageduse suurenemist Pseudomonas putida tüvedes, kus on puudu TruA ja RluA. Käesolevas töös uurisin kas truA ja rluA geeni puudumine põhjustab P. putida rakkudes SOS vastust, mis omakorda võiks olla suurenenud mutantide tekkesageduse põhjuseks

Toksiin-antitoksiin süsteemid on bakterites laialt levinud kahekomponendilised moodulid, mida seostatakse üldise stressivastuse regulatsiooni, faagivastase kaitse ja biofilmi moodustamisega. Toksiin-antitoksiin süsteemid mõjutavad raku kasvu toksiini aktiivsuse vahendusel. Normaalse kasvu juures on toksiin seotud temale vastava antitoksiiniga ja toksiini aktiivsus on seeläbi neutraliseeritud. Üks Pseudomonas putida toksiin-antitoksiin süsteemidest on GraTA, kus GraA on antitoksiin ja GraT on toksiin. GraT aktiveerimiseks lagundatakse GraA toksiin-antitoksiin süsteemidele ebatavaliselt endoproteolüütiliselt. Käesolevas töös otsisin transposoonmutageneesiga geeni, mis kodeerib GraA-d lagundavat proteaasi. Kuna mul ei õnnestunud ühtegi sellist geeni identifitseerida, viitab see, et GraA-d lagundav proteaas on rakule elutähtis. Siiski õnnestus uudsete leidudena identifitseerida GacS/GacA süsteemi ja energiametabolismi seosed GraTA regulatsiooniga.

RNA modifitseerimine on universaalne ja konserveerunud protsess. Erinevad modifikatsioonid stabiliseerivad RNA struktuuri, suurendavad translatsiooni efektiivsust ja täpsust ning võimaldavad isegi alternatiivset koodonkasutust. Kõige sagedasem RNA modifikatsioon on pseudouridiin. Meie laboris on varasemalt leitud seos tRNA antikoodoni läheduses paiknevate pseudouridiinide ja mutatsioonisageduse vahel bakteris Pseudomonas putida. RluA on pseudouridiini süntaas, mis sünteesib pseudouridiine rRNA-sse ning tRNA antikoodoni lähedusse. Käesolevas töös uurisime RluA sünteesitavate pseudouridiinide seost mutatsioonisagedusega Pseudomonas putidas.

Ligipääs piiratud kuni 27.05.2016, 2016-05-27

Ligipääs piiratud kuni 27.05.2016, 2016-05-27

Ligipääs piiratud kuni 27.05.2016, 2016-05-27