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22 results on '"Alizon, Samuel"'

2. Les lois de la contagion. Fake news, virus, tendances…

Author

Alizon, Samuel, Alizon, Samuel, Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)

Subjects
[SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.BID.SPT] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.GEN.GPO] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.EE.ECO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.EE.SANT] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

International audience; Commentaire du livre d'Adam Kucharski.

Published
2022

3. De Delta à Omicron, scénarios de tendances hospitalières pour l'hiver 2021-2022

Author

Alizon, Samuel, Sofonea, Mircea, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique, IRD - Institut de recherche pour le developpement, Université de Montpellier, Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE, ANR-20-COVI-0098,PHYEPI,Intégration de données de séquences et d'incidence pour analyser et contrôler les épidémies virales(2020), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Alizon, Samuel, Intégration de données de séquences et d'incidence pour analyser et contrôler les épidémies virales - - PHYEPI2020 - ANR-20-COVI-0098 - COVID-19 - VALID, and Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI)

Subjects
COVID19, virus, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.BID.SPT] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [SDV.BID.EVO] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.EE.ECO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.EE.SANT] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, évolution, modélisation, [SDV.MP.VIR] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, variants, [SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.EE.IEO] Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis, scénarios, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], soins intensifs, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.GEN.GPO] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [INFO.INFO-MO] Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Published
2021

4. Phylogénies d'infections et phylodynamique

Author

Alizon, Samuel, Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], phylogéographie, virus, phylodynamique, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], revue, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, évolution, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, modélisation, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

International audience; Au cours des deux dernières décennies s'est mise en place une sorte d'émulation mutuelle entre production de données de séquences génétiques microbiennes et analyses phylogénétiques, les unes encourageant le développement des autres. En effet, les phylogénies d'infections permettent de décrire la structure d'uneépidémie et sa propagation géographique. En retour, l'originalité de ce type de données, en particulier leur fort ancrage temporel, a ouvert de nouvelles dimensions pour les analyses phylogénétiques autour d'un champ connu sous le nom de phylodynamique. citation Alizon S (2020) Phylogénies d'infections et phylodynamique. In Comprendre l'évolution, approches mathématiques et informatiques. Didier G, Guindon S, ed. ISTE Editions.

Published
2021

5. Virulence evolution and COVID-19

Author

Alizon, Samuel, Michalakis, Yannis, Sofonea, Mircea, Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de recherche pour le développement (IRD), Université de Montpellier (UM), FRA., and Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], COVID-19, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, compromis adaptativ, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], théorie, virulence, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, evolution, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, évolution, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, theory, trade-off, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Published
2020

6. Les effets sexe spécifiques de COVID-19 en France et l’implication potentielle des déficits en G6PD

Author

Michalakis, Yannis, Sofonea, Mircea, Alizon, Samuel, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de recherche pour le développement (IRD), Université de Montpellier (UM), FRA., Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE, Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], COVID-19, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, mortality, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], virulence, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, sex, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, G6PD, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Published
2020

7. Can sex-specific effets of COVID-19 in France be explained by co-morbidities?

Author

Michalakis, Yannis, Sofonea, Mircea, Alizon, Samuel, Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de recherche pour le développement (IRD), Université de Montpellier (UM), FRA., and Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], co-morbidités, COVID-19, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, mortality, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], virulence, co-morbidities, Sexe, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, sex, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, mortalité, G6PD, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Published
2020

8. Analysis of the COVID-19 epidemic in France and control scenarios

Author

Alizon, Samuel, Sofonea, Mircea, Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de recherche pour le développement (IRD), Université de Montpellier (UM), FRA., Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE, Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, R0, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], COVID-19, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, incidence, épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, France, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, contrôle, modélisation, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Published
2020

9. Stochasticity and COVID-19 epidemics

Author

Bénéteau, Thomas, Elie, Baptiste, Alizon, Samuel, Sofonea, Mircea, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), TB est financé par la Ligue contre le Cancer, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Montpellier (UM), FRA., Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE, Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], extinction, probabilités, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], COVID-19, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, émergence, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], origine, stochasticité, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, épidémiologie, hasard, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, modélisation, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Published
2020

10. Modéliser l'épidémie de COVID-19 (résumé)

Author

Alizon, Samuel, Sofonea, Mircea, Michalakis, Yannis, Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de recherche pour le développement (IRD), Université de Montpellier (UM), FRA., Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE, Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), and Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], MESH: COVID-19, R0, épidémiologie, France, modélisation, incidence, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE; Préambule Ce rapport a servi de base à une discussion avec une commission de l'Office parlementaire d'évaluation des choix scientifiques et technologiques (OPECST). Nos rapports (http://covid-ete.ouvaton.org) sont à visée académique, fruit d'un travail de recherche fondamentale indépendant des autorités compétentes en matière de santé.

Published
2020

11. Phylodynamique du COVID-19 en France

Author

Danesh, Gonché, Elie, Baptiste, Alizon, Samuel, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fondation pour la recherche médicale, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Montpellier (UM), FRA., and Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], SARS-Cov-2, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], COVID-19, phylodynamique, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], génomique, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, épidémiologie, phylogénie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, France, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Published
2020

12. Modelling the COVID-19 epidemics: an SEAIR model

Author

Alizon, Samuel, Reyné, Bastien, Selinger, Christian, Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Perturbations & Virulence in Populations & Communities (MIVEGEC-Perturbations & Virulence in Populations & Communities ), Centre national de la recherche scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Montpellier, and Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, R0, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], COVID-19, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, modélisation, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Published
2020

13. Herd immunity & epidemic final size

Author

Sofonea, Mircea, Alizon, Samuel, Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Montpellier (UM), FRA., and Groupe de modélisation de l'équipe ETE

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, R0, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], COVID-19, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, immunité, modélisation, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Published
2020

14. Estimation du nombre de reproduction de l’épidémie de COVID-19 en France

Author

Danesh, Gonché, Alizon, Samuel, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre national de la recherche scientifique (CNRS), Institut de recherche pour le développement (IRD), Université de Montpellier (UM), FRA., and Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, R0, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], COVID-19, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, France, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, modélisation, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

Travail du groupe de modélisation de l'équipe ETE

Published
2020

15. Phylodynamics of viral infections

Author

Alizon, Samuel, Saulnier, Emma, Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], phylogénies, virus, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Phylodynamique, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

International audience; Phylodynamics is a recent field that aims at using genetic sequence data to estimate epidemiological parameters such as the viral population growth rate, the number of infections in the population or even their duration. Its main underlying assumption is that the way viruses spread leaves marks in their genome. In this review, we first introduce the originality of phylodynamics inferences compared to 'classical' phylogenetic approaches. Then, we present the novelty of using phylogenies of infections compared to species trees, while giving some directions to infer of such objects. We discuss the birth of phylodynamics and its first successes, in order to present some of the questions the approach can address. Finally, we highlight some future challenges for the field.; La facilité croissante avec laquelle les gènes, voire les génomes, viraux sont séquencés a entraîné l'essor d'une discipline appelée phylodynamique. Celle-ci vise à utiliser les données de séquences génétiques pour estimer des paramètres tels que le taux de croissance de la population virale, le nombre d'infections ou même leur durée moyenne. L'hypothèse de travail est que la manière dont les virus se propagent laisse des traces dans leur génome. Dans cette revue, nous introduisons d'abord l'origina-lité des inférences en phylodynamique par rapport aux approches « classiques » en phylogénétique. Puis, nous présentons la nouveauté qu'ont constitué les phylogénies d'infections virales par rapport aux phylogénies d'espèces tout en donnant des pistes pour inférer ces phylogénies. Ensuite, nous retraçons la naissance de la phylodynamique et ses premiers succès, afin de passer en revue les différentes questions auxquelles l'approche permet de répondre. Enfin, nous présentons quelques défis pour la discipline.

Published
2017

16. Phylodynamique des infections virales

Author

Alizon, Samuel, Saulnier, Emma, Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre interdisciplinaire de recherche en biologie (CIRB), Labex MemoLife, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Collège de France (CdF (institution))-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique (MAB), Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], phylogénies, virus, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Phylodynamique, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, épidémiologie, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

International audience; Phylodynamics is a recent field that aims at using genetic sequence data to estimate epidemiological parameters such as the viral population growth rate, the number of infections in the population or even their duration. Its main underlying assumption is that the way viruses spread leaves marks in their genome. In this review, we first introduce the originality of phylodynamics inferences compared to 'classical' phylogenetic approaches. Then, we present the novelty of using phylogenies of infections compared to species trees, while giving some directions to infer of such objects. We discuss the birth of phylodynamics and its first successes, in order to present some of the questions the approach can address. Finally, we highlight some future challenges for the field.; La facilité croissante avec laquelle les gènes, voire les génomes, viraux sont séquencés a entraîné l'essor d'une discipline appelée phylodynamique. Celle-ci vise à utiliser les données de séquences génétiques pour estimer des paramètres tels que le taux de croissance de la population virale, le nombre d'infections ou même leur durée moyenne. L'hypothèse de travail est que la manière dont les virus se propagent laisse des traces dans leur génome. Dans cette revue, nous introduisons d'abord l'origina-lité des inférences en phylodynamique par rapport aux approches « classiques » en phylogénétique. Puis, nous présentons la nouveauté qu'ont constitué les phylogénies d'infections virales par rapport aux phylogénies d'espèces tout en donnant des pistes pour inférer ces phylogénies. Ensuite, nous retraçons la naissance de la phylodynamique et ses premiers succès, afin de passer en revue les différentes questions auxquelles l'approche permet de répondre. Enfin, nous présentons quelques défis pour la discipline.

Published
2017

17. L’être vivant dans son environnement

Author

Alizon, Samuel, Angelier, F., Bécard, Guillaume, Bezin, Laurent, Courchamp, F, Dutreuil, S., Guidi, L., Hibner, Urszula, Jebbar, Mohamed, Klatz, O., Heullier, F., Simonet, Pascal, Tost, J., Vergnolle, N., Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Interactions Microbiennes dans la Rhizosphère et les Racines, Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiologie intégrative, cellulaire et moléculaire (PICM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon, Ecologie Systématique et Evolution (ESE), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier (IGMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Laboratoire de microbiologie des environnements extrêmophiles (LM2E), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Ampère, Département Bioingénierie (BioIng), Ampère (AMPERE), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CNRS Editions, C. Jessus, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Villefranche-sur-mer (OOVM), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ampère, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SPI.NRJ]Engineering Sciences [physics]/Electric power, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2017

18. Ecologie de la santé

Author

Blanc, Stéphane, Gilles Boëtsch,, Hossaert-Mckey, Martine, Renaud, François, Thiebault, Stephanie, Broutin, Hélène, Macia, Enguerran, Mckey, Jennifer, Paupy, Christophe, Raymond, Michel, Rougeron, Virginie, Simard, Frédéric, Thomas, Frédéric, Vittecoq, Marion, Alizon, Samuel, Andremont, Antoine, Armand-Lefevre, Laurence, Bañuis, Anne-Laure, Bastien, Patrick, Becquart, Pierre, Bergouignan, Audrey, Boissier, Jérôme, Bollache, Loïc, Bravo, Ignacio, Chandre, Fabrice, Charpentier, Marie, Choisy, Marc, Cohen, Emmanuel, Duboz, Priscillia, Duron, Olivier, Fargette, Denis, Fouchet, David, Gandon, Sylvain, Godreuil, Sylvain, Hartmann, Alain, Hébrard, Eugénie, Héchard, Yann, Hervio-Heath, Dominique, Lambrechts, Louis, Liegeois, Florian, Mavingui, Patrick, Mitta, Guillaume, Monfort, Patrick, Morand, Serge, Mueller, Judith, Nazarre, Julie-Anne, Perchoux, Camille, Perino, Luc, Poirot, Clémence, Pontier, Dominique, Poulain, Jean-Pierre, Poulicard, Nils, Prugnolle, Franck, Quintana-Murci, Lluis, Roche, Benjamin, Samb, Abdoulaye, Simon, Chantal, Sterkers, Yvon, Tibère, Laurence, Valiente Moro, Claire, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, diagnostic, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, santé, vulgarisation, écologie
Abstract

Quand l'écologie pose son diagnostic. L'actualité nous le rappelle sans cesse : les maladies comme le paludisme, le Sida, ébola ou zika sont difficiles à combattre, et les maladies chroniques de type cancer, diabète ou maladies cardio-vasculaires toujours plus meurtrières. Pour la première fois de son histoire, l'humanité voit même son espérance de vie diminuer. Pour comprendre les raisons de cette crise sanitaire, l'écologie scientifique pose un autre regard sur la santé qui prend en considération les transformations de l'environnement et l'évolution de nos modes de vie. Cette nouvelle approche évolutive et écologique des problèmes de santé tente d'élucider les mécanismes en jeu dans la transmission et l'émergence de nouveaux pathogènes, mais aussi dans la résistance toujours croissante aux antibiotiques. Elle permet de mesurer l'effet des facteurs environnementaux sur la santé : concentration urbaine et industrielle et nouveaux comportements induits en matière d'alimentation et d'activités physiques. Cet ouvrage rédigé par des spécialistes issus des laboratoires du CNRS ou associés fait le point sur les recherches en écologie de la santé. Il permet à chacun de comprendre pourquoi il est essentiel de remonter aux sources environnementales et comportementales de nos maux, et de ne pas se limiter aux symptômes.

Published
2017

20. C'est grave Dr Darwin ? L'évolution, les microbes et nous

Author

Alizon, Samuel, Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), and Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])

Subjects
[SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Microbiote, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], Biologie de l'évolution, Virulence, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], Vaccination, Coévolution, Résistance, Médecine évolutionniste, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, Santé publique, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Traitements, Virus, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Bactéries, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Maladies infectieuses, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Phylogénies, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

National audience; Comment de nouvelles maladies infectieuses apparaissent-elles et évoluent-elles ? Pourquoi certains antibiotiques cessent-ils d’être efficaces ? Les changements des modes de vie et les politiques de santé publique affectent-ils l’évolution des agents pathogènes ? Et dans quelle mesure l’espèce humaine est-elle façonnée par ses maladies ?La médecine évolutionniste permet d’éclairer ces questions. De fait, les micro-organismes offrent l’un des exemples les plus remarquables d’évolution rapide. Le virus du sida, survenu voici environ un siècle, a connu cinq fois plus de générations que l’homme moderne depuis son apparition il y a cent mille ans. La lutte est donc déséquilibrée, d’autant que nous sommes des milliards mais que les microbes sont des milliards de milliards.Les années 1980 ont sonné le glas de l’optimisme sanitaire avec la pandémie de sida et la généralisation des résistances aux antibiotiques. Depuis, ne cessent d’émerger des maladies infectieuses nouvelles (SRAS, grippe aviaire, ebola…) ou anciennes mais maintenant résistantes (tuberculose). En comprenant leur origine, on peut espérer les maîtriser et imaginer des traitements originaux. Mais la théorie de l’évolution parviendra-t-elle à influencer la pensée médicale ? Ce livre, d’une vive actualité, concerne, par-delà les étudiants et les professionnels de santé, un très large public.

Published
2016

21. Parasite virulence evolution : insights from embedded models

Author

Alizon, Samuel, Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Université Pierre et Marie Curie (Paris VI), and Minus van Baalen

Subjects
infections multiples, Trade-off, Médecine évolutionniste, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, [SDV.EE.ECO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Ecosystems, Immune response, Dynamique intra-hôte, Adaptive dynamics, Virulence evolution, Within-host dynamics, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, Evolutionary epidemiology, [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], Multiple infections, Compromis évolutifs, Nested model, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, Modèles emboîtés, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Evolutionary stable strategy, épidémiologie évolutive, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDV.EE.IEO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Symbiosis
Abstract

Parasite evolution is a major public health issue. The aim of this thesis is to understand micro-parasite virulence evolution through a theoretical approach based on within-host models linked to an epidemiological framework (also called embedded models). The host’s immune response exerts a major selection pressure on parasite virulence. In parasitology, most within-host models incorporate the immune system as a dynamical system, but in these models, the outcome of the infection generally is an a priori assumption. Nevertheless, these models offer new perspectives to study virulence evolution. Most studies assume that a parasite cannot increase its transmission rate without causing more harm to its host. However, the existence of such a trade-off relationship between transmission and virulence has been challenged. Using an embedded model, we study how a trade-off can emerge and what its characteristics are. Applying this framework to the case of vector-borne parasites, we work out how specific aspects of the parasites and interaction with its host affect the trade-off. Finally, we investigate the consequences of multiple infections on virulence evolution. The results of our study have public health implications as our models allow to predict possible consequences of anti-parasite treatments on virulence evolution. We suggest it would be reasonable to take these effects into account when elaborating public health policies to avoid an “arms race” between hosts and parasites.; L’évolution des parasites est un enjeu sanitaire majeur, qui a souvent été négligé. L’objet de cette thèse est de comprendre l’évolution de la virulence des micro-parasites grâce à une approche théorique basée sur des modèles intra-hôtes intégrés dans une dimension épidémiologique, aussi appelés modèles emboîtés. La réponse immunitaire de l’hôte exerce une pression de sélection majeure sur la virulence des parasites. En parasitologie, la plupart des modèles incluent le système immunitaire en tant que système dynamique mais dans ces modèles le résultat de l’infection est souvent une hypothèse a priori. Ces modèles ouvrent toutefois de nouvelles perspectives pour l’étude de l’évolution de la virulence.La plupart des études supposent qu’un parasite ne peut augmenter son taux de transmission sans nuire davantage à son hôte. Pourtant, l’existence d’une telle relation de compromis évolutif entre transmission et virulence est toujours remise en cause. Grâce à un modèle emboîté, nous étudions à quelles conditions un compromis évolutif peut émerger et quelles sont alors ses caractéristiques. En appliquant cette approche aux parasites à vecteur, nous montrons comment les aspects spécifiques du parasite et de son interaction avec l’hôte affectent le compromis. Finalement, nous étudions les conséquences des infections multiples sur l’évolution de la virulence.Les résultats de notre travail ont des implications sanitaires car nos modèles permettent de prévoir l’effet potentiel de traitements anti-parasitaires sur l’évolution de la virulence. Il serait judicieux de prendre en compte ces effets dans l’élaboration de politiques de santé afin d’éviter une « course aux armements » entre hôtes et parasites.

Published
2006

22. [Sars-CoV-2 genomic and phylodynamic analyses].

Author

Elie B and Alizon S

Abstract

In line with the recent Ebola and Zika virus epidemics, the Covid-19 pandemic has led to an avalanche of genomic data. These data made it possible to better understand the origin of this virus, to date its emergence in China, but also in France, and to analyse the spread of the epidemic using techniques from the emerging field of phylodynamics., (Copyright © 2020 Elsevier Masson SAS. All rights reserved.)

Published
2020
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