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Studies of the efficiency vs. the cost of long-term biological monitoring strategies are particularly infrequent and needed in large rivers. We used recent studies concerning the long-term monitoring of fish and macroinvertebrates in the Rhône River to discuss the potential and limits of monitoring strategies in large rivers and other environments. A first study is a numerical analysis of the probability to detect changes in fish abundance after flow restoration in the river. A second study concerns the detection of "most expected" relationships in annual fish time series, such as fish cohort follow-ups. It involves a comparison of the Rhône results with those obtained in smaller rivers (where sampling is easier) or in the ocean (where sampling is even more difficult). Results indicate that the long-term biological strategies used in the Rhône River are efficient for detecting major inter-annual trends, but are limited for detecting annual events. Such studies apply to other systems than large rivers and we hope that they will contribute to an increased efficiency and a reduced cost of monitoring strategies., Les études comparant l'efficacité vs. le coût des suivis biologiques de long-terme sont peu fréquentes et particulièrement utiles en grandes rivières. Nous nous basons sur des analyses récentes des données collectées dans le cadre des suivis de poissons et de macroinvertébrés du fleuve Rhône pour discuter du potentiel et des limites des stratégies d'échantillonnage mise en place en grands fleuves et dans d'autres milieux. Une première étude concerne une analyse numérique de la probabilité de détecter des changements d'abondance (poissons, invertébrés) après des mesures de restauration des débits à l'aval des barrages. Une seconde étude concerne la détection des patterns les plus attendus dans les séries annuelles d'abondance de poissons, comme les suivis de cohortes. Cette étude compare les résultats du Rhône avec ceux obtenus sur de petits cours d'eau (où l'échantillonnage est meilleur) et en mer (plus difficile). Les résultats montrent que les échantillonnages en cours permettent de détecter les tendances interannuelles majeures, mais sont limités pour discuter des évènements à l'échelle annuelle. Ces études s'appliquent à d'autres systèmes que les grandes rivières et peuvent conduire à la mise en place de stratégies de suivi plus efficaces et moins coûteuses