The computer science project (SiSU) of the CNRS Science for the Environment Joint Research Unit designs decision support methods to help better management of complex environmental systems.This thesis work is part of this context. They aim to study the contributions of several types of computer methods to improve our knowledge of complex systems and thus provide assistance in their management in situations of high uncertainty. Indeed, complex environmental systems cannot always be known and modeled with precision. This is for example the case in fisheries biology where management methods must be proposed despite a lack of knowledge on the observed system, in our case study: the Corsican coastal fishery. Our first work focused on the calibration of models, i.e. the search for parameter values allowing our models to best represent the dynamics of the system. They have shown the limits of the usual approaches and the need to use probabilistic approaches based on large quantities of simulations. They bring a precious help for the acquisition of knowledge, in particular by delimiting sets of solutions. These sets can then be used in robust optimization methods, or even in adjustable robust optimization. These approaches allow not only to take into account the uncertainties, but also to quantify the reduction of uncertainty that new years of data can bring, in order to propose more and more precise strategies in the long term. Optimization can therefore be used effectively at the level of decision makers. However, the small-scale coastal fishery in Corsica is a system in which a large number of actors act with different behaviors that are difficult to predict and control. Optimization does not seem adapted to the study of this scale because of the quantity of parameters and the infinite number of stochastic transitions generated. For this, methods based on deep reinforcement learning have been proposed. These approaches allowed us to propose a model that manages both decision-makers and fishermen, the former seeking to reduce the ecological impact, the latter to maximize their gains. From this, we were able to show that little knowledge is sufficient for the maximization of the fishermen's gains. Moreover, this approach, coupled with optimization, allowed us to obtain efficient quota decisions. Finally, this system allowed us to study the impact of certain individual behaviors of maximizing gains to the detriment of respecting the recommendations of the decision makers. It then appeared that effective and adapted management policies can help to mitigate the ecological impact of a significant amount of these behaviors. Thus, we were able to contribute in a theoretical way to broaden the application domains of the theory of modeling and simulation, to propose a set of optimization and machine learning tools for the management of dynamic systems partially observable, but also applicative for the problem of fisheries management in Corsica., Le projet informatique (SiSU) de l’Unité Mixe de Recherche CNRS Science pour l’Environnement conçoit des méthodes d’aide à la décision pour aider à une meilleure gestion des systèmes complexes environnementaux. Ces travaux de thèse s’inscrivent dans ce contexte. Ils ont pour objectif d'étudier les apports de plusieurs types de méthodes informatiques afin d'améliorer nos connaissances sur les systèmes complexes et ainsi de fournir une aide à leur gestion en situation de fortes incertitudes. En effet, les systèmes complexes environnementaux ne peuvent pas toujours être connus et modélisés avec précision. C’est par exemple le cas en biologie halieutique où des méthodes de gestion doivent être proposées malgré un manque de connaissances sur le système observé, dans notre cas d’étude : la pêche côtière Corse. Nos premiers travaux ont porté sur la calibration de modèles, c’est-à-dire le recherche de valeurs de paramètres permettant à nos modèles de représenter au mieux la dynamique du système. Ils ont montré les limites des approches habituelles et la nécessité d’utiliser des approches probabilistes basées sur de grandes quantités de simulations. Elles apportent une aide précieuse quant à l’acquisition de connaissances, notamment en délimitant des ensembles de solutions. Ceux-ci peuvent alors être utilisés dans des méthodes d’optimisation robuste, voire d’optimisation robuste ajustable. Ces approches permettent non seulement de prendre en compte les incertitudes, mais également de quantifier la réduction d’incertitude que de nouvelles années de données pourront apporter, afin de proposer des stratégies de plus en plus précises à long terme. L’optimisation est donc utilisable efficacement à l’échelle des décideurs. Cependant, la petite pêche côtière Corse, est un système sur lequel agissent un grand nombre d’acteurs avec des comportements différents et difficilement prévisibles et contrôlables. L’optimisation ne semble pas adaptée à l’étude de cette échelle de par la quantité de paramètres et le nombre infini de transitions stochastiques engendrées. Pour cela, des méthodes basées sur l’apprentissage profond par renforcement ont été proposées. Ces approches nous ont permis dans un premier temps de proposer un modèle gérant à la fois décideurs et pêcheurs, les uns cherchant à réduire l’impact écologique, les autres à maximiser leurs gains. À partir de cela, nous avons pu montrer que de faibles connaissances suffisent pour la maximisation des gains des pêcheurs. De plus, cette approche, couplée à de l’optimisation, a permis d’obtenir des décisions d’instauration de quotas efficaces. Enfin, ce système nous a permis d’étudier l’impact de certains comportements individuels de maximisation des gains au détriment du respect des recommandations des décideurs. Il est alors apparu que des politiques de gestion efficaces et adaptées peuvent permettre de pallier l’impact écologique d’une quantité non négligeable de ces comportements. Ainsi, nous avons pu contribuer de manière théorique à élargir les domaines d’application de la théorie de la modélisation et de la simulation, proposer un ensemble d’outils d’optimisation et d’apprentissage automatique à la gestion de systèmes dynamiques partiellement observables, mais également applicative pour la problématique de la gestion de la pêche en Corse.