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Le cancer du sein est une maladie complexe résultant de la prolifération non contrôlée des cellules mammaires. Plus de 70% des tumeurs mammaires expriment les récepteurs des oestrogènes (ER) et peuvent bénéficier d’hormonothérapies ciblées. Parmi les thérapies hormonales, on y retrouve des anti-oestrogènes tel que le Fulvestrant. Les mécanismes d’action de ERα ne sont pas encore tous connus, d’où l’importance d’étudier son interactome. Un TurboID a été effectué dans la lignée cellulaire ERα+ ZR75.1. Ceci a permis d’identifier de potentiels interacteurs de ERα en réponse à différents traitements (E2 vs Fulvestrant) : GATAD2B, une sous-unité du complexe répresseur NuRD, et AIP, un interacteur connu du récepteur d’aryl hydrocarbone (AHR). Ces deux complexes sont connus comme pouvant être impliqué dans la signalisation par ERα. Nous avons donc émis comme hypothèse que GATAD2B et AIP étaient des cofacteurs de ERα et pouvaient avoir un impact sur l’activité transcriptionnelle de ERα. Nos objectifs étaient de mieux comprendre la relation entre ces protéines et ERα. Nous avons d’abord validé la colocalisation et la proximité de ces protéines avec ERα dans les cellules ER+ ZR-75-1. Nous avons ensuite observé l’interaction de ERα avec GATAD2B et AIP. De plus, des analyses par ChIP-qPCR ont permis d’observer le recrutement de ces protéines aux EREs du promoteur de GREB1 et que ce recrutement pouvait être modulé par les ligands de ERα. Finalement, nous avons pu observer par RNAseq que l’inhibition de GATAD2B entraînait une surexpression de groupes de gènes impliquées dans la réponse oestrogénique ERα-dépendante. Ainsi, nos travaux suggèrent que GATAD2B et AIP sont des interacteurs de ERα dans les cellules ER+ ZR-75-1. De plus, les résultats préliminaires semblent indiquer que GATAD2B pourrait jouer un rôle dans la répression de l’activité transcriptionnelle de ERα en présence de Fulvestrant., Breast cancer is a complex and heterogenous disease resulting form the uncontrolled proliferation of breast cells. More than 70% of breast tumors express ERα and can benefit from targeted hormonotherapies. Among hormonal therapies, there are antiestrogens such as Fulvestrant. The mechanism of action of ERα signaling are still not all known and therefore, more studies need to be done to better understand Erα signaling pathways. With the aim to identify potential novel Erα interactors, a TurboID screening was done in ER+ cells, ZR-75-1. This screening led to the identification of GATAD2B, a sub-unit of the NuRD repressive complex, and AIP, a known interactor of AhR. Cross-signaling pathways between these two complexes and ERα are known. We hypothesized that GATAD2B and AIP were ERα cofactors could impact ERα transcriptional activity. Therefore, we aimed to better understand the relationship between these proteins and ERα. We first validated the colocalization and proximity of these proteins with ERα in ER+ ZR-75-1 cells. We then observed the interaction of ERα with GATAD2B and AIP. In addition, ChIP-seq experiments led to the observation of the recruitment of these proteins to the EREs of GREB1 promoter and that this recruitment could be modulated by ERα ligands. Finally, we were able to observe by RNAseq that the inhibition of GATAD2B leads to an overexpression of groups of genes involved in the ERα-dependent estrogen response. To conclude, our work suggests that GATAD2B and AIP are ERα interactors in ER+ ZR-75-1 cells. Additionally, preliminary results suggest that GATAD2B may play a role in suppressing ERα transcriptional activity in the presence of Fulvestrant.

Gonadotrope differentiation is a stepwise process taking place during pituitary development. The early step of this process is characterized by the expression of the NR5A1 transcription factor, also called SF-1. NR5A1 is a crucial factor for gonadotrope cell fate determination since it initiates the transcription of key gonadotrope genes such as the GnRH receptor and LH and FSH specific subunits. Alterations in Nr5a1 expression lead to hypogonadotropic hypogonadism and infertily. Despite the importance of NR5A1, the epigenetic mechanisms regulating its expression during early gonadotrope lineage specification are still poorly understood. We assessed genome-wide chromatin accessibility using ATAC-seq technique in three cell lines recapitulating gradual stages of gonadotrope differentiation and in vivo in developing pituitarie. We highlighted the transient recruitment of a yet undescribed enhancer during gonadotrope specification. Using CRISPR-Cas9 technology, we showed that this enhancer is mandatory for the emergence of Nr5a1 expression during gonadotrope specification. Furthermore, we demonstrated that the binding of estrogen receptor a (ERa) on this enhancer is essential for chromatin remodeling of Nr5a1 enhancer and promoter, leading to RNA polymerase recruitment and transcription of the gene. This study has thus identified the earliest regulatory sequence involved in gonadotrope lineage specification. Moreover, it highlights the key epigenetic role played by ERa in this differentiation process (Pacini V, et al. 2019). However, since ERa cannot bind chromatin when in closed conformation, the molecular mechanisms allowing ERa to activate Nr5a1 enhancer in gonadotrope cells remain to be determined. It has been described in several cellular models that ERa binding to DNA depends on a class of transcription factors called pioneer factors. Pioneer factors have the ability to bind closed chromatin and induce a local changes in chromatin accessibility, leading to the recruitment of ERa on its binding sites. The subsequent recruitment of ERa co-activators will then allow the activation of ERa-dependent transcriptional programs. The second objective of my thesis was thus to identify ERa pioneer factors and co-activators in differentiating gonadotrope cells. Using ChIP-seq assay, we identified all the ERa binding sites (cistrome) in the genome of immature gonadotrope cells. To identify ERa pioneer factors and/or co-activators, we determined, by bioinformatic analyses, the enrichment of transcription factor binding sites located in close proximity of ERa motifs. We conducted, in a parallel, the identification of ERa interactome by setting up a state-of-the-art technology based on proximal biotinylation of proteins (BioID) associated with protein quantification by SILAC and MS/MS. This study, still in current investigation in the lab, allowed me to identify ERa protein partners that are bona fide candidates as pioneer factors and co-activators. Results obtained from my PhD work should lead to a better understanding of epigenetic mechanisms regulating the initiation of Nr5a1 expression in gonadotrope cells and, in fine, of gonadotrope cell differentiation. Molecular actors that would be eventually identified may provide potential targets to set up new treatments for idiopathic infertility., La différenciation du lignage gonadotrope est un processus qui a lieu durant le développement embryonnaire de l'hypophyse. La spécification du lignage gonadotrope est caractérisée par l'apparition du facteur de transcription NR5A1, également appelé SF-1, marqueur le plus précoce du lignage gonadotrope. NR5A1 est crucial pour l'émergence du lignage gonadotrope puisqu'il permet d'initier l'expression des gènes codant le récepteur de la GnRH et les sous-unités des hormones gonadotropes, LH et FSH. Des défauts d'expression de Nr5a1 entraînent, de ce fait, des anomalies de la différenciation du lignage gonadotrope conduisant à un hypogonadisme hypogonadotrope et une stérilité des individus. Malgré l'importance de ce gène, les mécanismes épigénétiques régulant l'émergence de Nr5a1 lors de la différenciation du lignage gonadotrope restaient mal connus. Les identifier a été l'objet principal de mes travaux de thèse. Dans un premier temps, j'ai participé à l'identification de l'ensemble des régions régulatrices potentielles au sein du locus de Nr5a1 par la technique d'ATAC-seq en utilisant un modèle in vitro de différenciation des cellules gonadotropes murines. Cette étude a permis de révéler l'existence d'une séquence cis-régulatrice intronique de type enhancer, jusqu'alors inconnue. J'ai démontré par stratégie CRISPR-Cas9 que cet enhancer est strictement nécessaire à l'initiation de l'expression de Nr5a1 et que son activation dépend de la fixation du récepteur nucléaire des œstrogènes ERa. Le recrutement d'ERa sur l'enhancer est, en effet, essentiel pour entraîner le remodelage de la chromatine, aussi bien au niveau de l'enhancer a que du promoteur de Nr5a1, ce qui permet in fine d'activer la transcription du gène. Cette étude a donc permis d'identifier l'élément régulateur le plus précocement impliqué dans la spécification du lignage gonadotrope et souligne, de plus, l'importance d'ERa dans la régulation épigénétique de ce processus de différenciation (Pacini V et al. 2019). Cependant, comme ERa ne peut pas se fixer sur l'ADN lorsque la chromatine n'est pas permissive, les mécanismes permettant son recrutement sur l'enhancer restent à être identifiés. Il a été décrit, dans des tissus non hypophysaires, qu'ERa est recruté à la chromatine par l'intermédiaire de facteurs de transcription particuliers : les facteurs pionniers. Ceux-ci sont capables de se fixer sur une chromatine réprimée et de la remodeler localement, permettant ainsi la fixation d'ERa sur ses séquences cibles. Le recrutement ultérieur de co-activateurs par ERa permet ensuite d'initier l'activation de ces séquences. Afin d'identifier à la fois les co-activateurs d'ERa et les facteurs pionniers dans les cellules gonadotropes immatures, j'ai caractérisé, par immunoprécipitation de la chromatine suivie de séquençage haut-débit, l'ensemble des séquences cibles d'ERa (cistrome) dans les cellules gonadotropes. Par une analyse bio-informatique, j'ai identifié, à proximité, des sites de fixation pour de potentiels facteurs pionniers. J'ai entrepris, en parallèle, l'identification de l'interactome protéique d'ERa en mettant en place au laboratoire une technique d'identification par biotinylation proximale (BioID) couplée à la stratégie de quantification protéique en SILAC. Cette étude, encore en cours au laboratoire, a permis d'identifier des partenaires candidats susceptibles d'être des facteurs pionniers ou des co-activateurs essentiels au recrutement d'éradication sur la chromatine ou à son activation, et donc importants dans les processus de différenciation du lignage gonadotrope. Les résultats obtenus pendant mes travaux de doctorat permettront de mieux comprendre les mécanismes épigénétiques à l'origine de l'expression du gène Nr5a1 dans le lignage gonadotrope et, in fine, de la différenciation de ce lignage. Les acteurs identifiés dans ces processus seront autant de nouvelles pistes pour mieux caractériser les hypogonadismes hypogonadotropes, souvent idiopathiques.

Η παρούσα διδακτορική διατριβή αποσκοπεί στη μελέτη ψυχρού μικρο-πλάσματος ατμοσφαιρικής πίεσης παραγόμενου από αντιδραστήρες εκκένωσης διηλεκτρικού φράγματος που οδηγούνται από παλμική ή ημιτονοειδή υψηλή τάση. Για τη δημιουργία του πλάσματος, χρησιμοποιούνται διάφορα ευγενή αέρια όπως το ήλιο και το αργό (κύρια αέρια) καθώς και προσμείξεις αυτών με άζωτο κι οξυγόνο. Με αυτό τον τρόπο επιτυγχάνεται η παραγωγή δραστικών σωματιδίων αζώτου κι οξυγόνου (RNS και ROS, αντίστοιχα), ενώ ταυτόχρονα μελετάται η δυνατότητα βελτίωσης της χημικής δραστικότητα τους πλάσματος. Η τελευταία είναι σημαντική για διάφορες εφαρμογές (π.χ. χημική ενεργοποίηση επιφανειών, αδρανοποίηση κυττάρων, αναγέννηση ιστών, κ.α.). Το πλάσμα μελετάται εξετάζοντας τα διάφορα ηλεκτρικά κι οπτικά χαρακτηριστικά του συναρτήσει πρωταρχικών παραμέτρων κάθε συστήματος, δηλαδή το πλάτος της τάσης, τη συχνότητα λειτουργίας, τη ροή του αερίου, τη διαμόρφωση των ηλεκτροδίων και το λόγο κατάτμησης της τάσης στην περίπτωση παλμικής κυματομορφής. Έτσι, εκτιμάται η φυσικο-χημική δραστικότητα του πλάσματος, ενώ την ίδια στιγμή καταδεικνύονται οι φυσικοί μηχανισμοί παραγωγής του καθώς και τρόποι βελτιστοποίησης της χημείας του. Τέλος, δοκιμάζεται η αποδοτικότητα του παραγόμενου πλάσματος σε σχέση με βιο-ιατρικές εφαρμογές μέσω επεξεργασίας διαφορετικών βιολογικών συστημάτων (βακτήρια, λιποσώματα, κύτταρα) αποτρέποντας ταυτόχρονα θερμικές βλάβες.; The present PhD thesis is devoted to the study of atmospheric pressure cold micro-plasmas produced in different Dielectric Barrier Discharge (DBD) reactors which are driven by pulsed or sinusoidal high voltages. Noble gases such as helium and argon are used as carrier gases, whereas admixtures with nitrogen and oxygen are studied as well. The formation of Reactive Nitrogen and Oxygen Species (RNS, ROS) is thus achieved, and the possibility of improving the chemical (re)activity of the plasmas is demonstrated. This is of interest in the treatment of inert or living materials (e.g. surface functionalization, cell inactivation, living tissue regeneration, etc.). Plasmas are characterized by recording electrical and optical features as a function of principal operational parameters, including voltage amplitude and frequency, gas flow rate, electrode configuration, and voltage duty cycle in the case of pulsed waveform. The physico-chemical (re)activity of the plasmas is thus evaluated, while at the same time mechanisms on the plasma generation and paths for chemistry optimization are unveiled. Finally, the efficiency of the plasma in relation to biomedical applications is tested by treating different biological systems (bacteria, liposomes, cells) while preventing any thermal effect.; Cette thèse porte sur l'étude de micro-plasmas froids à la pression atmosphérique générés à partir de différents réacteurs des configurations basées sur le principe des Décharges à Barrière Diélectrique (DBD) et alimentés par des générateurs de tension impulsionnelle et sinusoïdale. Les plasmas sont formés dans des gaz nobles tels que l'hélium et l'argon (gaz vecteurs), et également dans des mélanges réalisés avec des gaz moléculaires tels que l'azote et l'oxygène afin de produire des Espèces Réactives de l’Azote et de l’Oxygène (ERA, ERO). La (ré)activité chimique du plasma est ainsi supposée être accrue, permettant le traitement de matériaux inertes ou vivants pour diverses applications (fonctionnalisation de surfaces, inactivation de cellules, régénération de tissus vivants, etc.). La caractérisation des plasmas étudiés est réalisée en enregistrant les aspects électriques et optiques en fonction des paramètres élémentaires, comme l’amplitude et la fréquence de la tension, le débit du gaz, la configuration des électrodes, et le rapport cyclique dans le cas du régime pulsé. Ainsi, la (ré)activité chimique des plasmas est évaluée tandis que au même temps les mécanismes de la génération des plasmas et les façons de l’optimisation de la chimie sont dévoilées. Finalement, nous examinons l'efficacité du plasma dans le domaine biomédical en traitant divers systèmes biologiques (bactéries, liposomes, cellules) sans effets thermiques.

The aim of this paper is to analyse the consistency of a political breaking off regarding with a contemporary order named as capitalistic, one of the features of which is to promote biographical discontinuities. Firstly, we are applying a sociological analysis highlighting the capture of time operated by capitalism, especially by mobilizing individuals to constitute their identity by segmentation. The "pointillist era", as called by Zygmunt Bauman, uses those elements and underlines the fact that contemporary subjectivities are forced to be placed in a Sisyphean self-realization competition, because these promises are inextricably related to their repeated failures which however, let them continue such a quest. In order to attempt thinking another era, we should shift the main focus and notice that the capital exploits human beings’ transindividuality by confining it to productive places. Thus, thinking another era will oblige us to consider the relationship between transindividual experience and political action. In the light of this short analyze, we will try to draw the dimensions of another type of era, that of politics., Cet article a pour objet d'interroger la consistance d'une rupture politique à l'égard d'un ordre contemporain qu'on nommera capitaliste et qui a pour caractéristique, entre autres, de promouvoir les discontinuités biographiques. Nous partons dans un premier temps d'analyses sociologiques mettant en avant la captation du temps que le capitalisme opère, notamment en mobilisant les individus dans la constitution de leur identité par la segmentation. Le « temps pointilliste » de Zygmunt Bauman reprend ces éléments et met en lumière le fait que les subjectivités contemporaines sont placées dans une course à la réalisation individuelle sisyphienne puisque ces promesses sont indémêlables de leur échec répété qui permet cependant de continuer une telle quête. Pour tenter de penser un autre temps, il nous faut déplacer la focale et constater que le capital exploite la transindividualité des êtres en la cantonnant à ses espaces productifs. Ainsi, penser un autre temps, en l'occurrence celui de la politique et des ruptures qu'il permet, va nous obliger à penser la relation entre expérience transindividuelle et agir politique. A l'aune de cette brève analyse, nous essayons de dégager les dimensions d'un autre temps, celui de la politique.

International audience; In a growing number of countries, governments and public agencies seek to systematically assess the scientific outputs of their universities and research institutions. Bibliometrics indicators and peer review are regularly used for this purpose, and their advantages and biases are discussed in a wide range of literature. This article examines how three different national organisations (AERES, ERA, ERIH) produce journal ratings as an alternative assessment tool, which is particularly targeted for social sciences and humanities. After setting out the organisational context in which these journal ratings emerged, the analysis highlights the main steps of their production, the criticism they received after publication, especially from journals, and the changes made during the ensuing revision process. The particular tensions of a tool designed as both a political instrument and a scientific apparatus are also discussed.