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Pneumocystis jirovecii ( P. jirovecii ) est un champignon atypique et transmissible à fort tropisme pulmonaire. La prévalence de P. jirovecii chez les patients atteints de mucoviscidose a été évaluée en Allemagne à 7,4 %, en Espagne à 21,6 % et au Brésil à 38,2 %. En revanche, les données concernant la prévalence de P. jirovecii chez les patients atteints de mucoviscidose en France restent parcellaires en particulier en Bretagne, région où la prévalence de la mucoviscidose est élevée. L’objectif de ce travail a été de déterminer la prévalence de la colonisation de P. jirovecii en Bretagne chez les patients mucoviscidosiques suivis dans les CRCM de Rennes et de Brest-Roscoff. Les expectorations de 86 patients (178 prélèvements) suivis à Rennes et 76 patients (146 prélèvements) suivis à Brest-Roscoff ont été analysées rétrospectivement. La détection de P. jirovecii a été réalisée à l’aide d’une PCR en temps réel ciblant le gène codant pour l’ARN de la grande sous-unité du ribosome de la mitochondrie. P. jirovecii a été détecté chez 3/86 patients (3,5 %) suivis à Rennes et 1/76 patients (1,3 %) suivis à Brest-Roscoff, soit une prévalence globale de 2,5 %. Ces résultats portant sur 2 centres bretons montrent que la prévalence de P. jirovecii chez les patients atteints de mucoviscidose en Bretagne est faible en comparaison de celle observée en Allemagne, en Espagne et au Brésil. Cette étude constitue l’étape préalable indispensable pour déterminer les facteurs de risque d’acquisition du champignon chez les patients mucoviscidosiques et expliquer ces différences de prévalence. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Introduction Les patients colonisés par Pneumocystis ont été récemment identifiés comme des sources potentielles d’acquisition nosocomiale de Pneumocystis (Le Gal et al., 2012). Nous avons aussi démontré récemment une excrétion aérienne de Pneumocystis par des rats immunocompétents infectés par Pneumocystis . Dans le cadre d’une étude multicentrique prospective, nous avons recherché la diffusion de l’ADN de P. jirovecii dans des échantillons d’air prélevés dans les chambres de patients colonisés par Pneumocystis . Méthodes Des patients présentant des prélèvements respiratoires avec une qPCR P. jirovecii positive mais pas de détection microscopique et un diagnostic alternatif retenu ont été inclus prospectivement dans les hôpitaux universitaires de Lille et Paris-Saint-Louis. Pour chaque patient inclus, deux échantillons d’air ont été prélevés à l’aide de l’impacteur Coriolis μ (Bertin Technologies) dans la chambre du patient à une distance de 1 m du patient et dans le couloir devant la porte de la chambre à une distance de 5 m du patient. L’extraction d’ADN a été effectuée à l’aide du QIAamp DNA mini kit (Qiagen) et une PCR en temps réel ciblant le gène mitochondrial de la grande sous-unité de l’ARNr ( mtLSU rRNA ) a été réalisée. Pour les prélèvements respiratoires et aériens positifs, un génotypage a été effectué sur le gène mtLSU rRNA . Résultats Dix-sept patients ont été inclus. La qPCR était positive dans le seul prélèvement d’air à 1 m pour 3 patients (17,6 %). Pour ces 3 patients, les génotypes mtLSU 1 et 2 ont été identifiés dans les prélèvements respiratoires de 2 et 1 patients, respectivement, et les génotypes étaient identiques pour le prélèvement respiratoire et le prélèvement d’air correspondant. La qPCR était négative dans le prélèvement d’air à 1 m pour les 14 patients restants et dans le prélèvement d’air à 5 m pour les 17 patients. Conclusion Cette étude montre l’existence d’une diffusion d’ADN de P. jirovecii dans l’air environnant de patients colonisés par Pneumocystis et apporte ainsi des arguments complémentaires en faveur du rôle des sujets colonisés dans la transmission de Pneumocystis . [ABSTRACT FROM AUTHOR]

La transmission aérienne de P. jirovecii a été suspectée en raison de la survenue de cas groupés de pneumonie à Pneumocystis (PPC) en milieu hospitalier au cours des cinquante dernières années. Nous avons récemment apporté des données originales sur le rôle des patients atteints de PPC mais également des patients colonisés par P. jirovecii en tant que sources infectieuses potentielles dans le cadre d’infections nosocomiales. Parallèlement, P. jirovecii a été détecté et quantifié en milieu hospitalier dans l’air environnant des patients atteints de PPC. Ces données sont compatibles avec l’hypothèse que le champignon peut être exhalé par les patients infectés. Néanmoins, la détection de P. jirovecii dans l’environnement des patients colonisés n’a pas encore été étudiée. Notre objectif a été de détecter, quantifier et caractériser P. jirovecii dans l’air environnant des patients colonisés. Dix patients colonisés et 4 patients atteints de PPC suivis au CHU de Brest ont été inclus dans l’étude. Deux échantillons d’air ont été recueillis à 1 m et 5 m de chaque patient avec le Coriolis ® μ air sampler (Bertin, France). P. jirovecii a été détecté dans l’air et les échantillons pulmonaires par une qPCR ciblant le gène mtLSUrRNA . Le génotypage a été effectué sur le même gène. P. jirovecii a été détecté à 1 m dans 5 des 10 échantillons d’air des patients colonisés et dans 2 des 4 échantillons d’air des patients PPC. P. jirovecii a été détecté à 5 m dans 5 des 10 échantillons d’air des patients colonisés et dans 3 des 4 échantillons d’air des patients PPC. Les quantités d’ADN de P. jirovecii détectées dans les échantillons d’air des patients colonisés sont inférieures à celles détectées dans les échantillons d’air des patients PPC. Le génotypage de P. jirovecii a été possible pour 4 paires d’échantillons d’air – échantillons pulmonaires chez les patients colonisés, avec correspondance complète des génotypes dans 3 paires. Ces résultats apportent des données originales concernant la diffusion de P. jirovecii à partir de patients colonisés et des données supplémentaires concernant cette diffusion par des patients atteints de PPC. Nos observations soulignent le risque de transmission nosocomiale de P. jirovecii par voie aérienne à partir de patients porteurs du champignon, quelle que soit la présentation de leur infection (PPC ou colonisation). [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Les données concernant la diversité génotypique de Pneumocystis jirovecii ( P. jirovecii ) en France ont principalement été obtenues à partir d’isolats issus de patients vivant en Métropole. Aucune donnée n’est disponible à notre connaissance sur les caractéristiques génotypiques de P. jirovecii sur l’île de la Réunion. L’objectif de ce travail est d’apporter des données originales sur la diversité du champignon dans ce département ultramarin. Nous avons réalisé de façon rétrospective une analyse de plusieurs loci à partir d’isolats de P. jirovecii provenant de 9 patients immunodéprimés suivis à l’hôpital Saint-Pierre du CHU de la Réunion. Les loci codant pour l’ARN de la grande sous-unité du ribosome de la mitochondrie (mtLSU rRNA), le cytochrome b (CYB) et la superoxyde dismutase (SOD) ont été amplifiés puis séquencés. Les séquences obtenues ont été alignées et comparées aux séquences de référence. Ces données génotypiques ont ensuite été comparées à celles obtenues à partir des isolats de P. jirovecii de 10 patients suivis au CHRU de Brest. Les allèles mtLSU rRNA 1, 2, 3 et 4 et les allèles CYB1, CYB5 et CYB8 ont été identifiés dans les 2 populations de patients. En revanche, les allèles CYB2, CYB7 et 2 nouveaux allèles CYB ont été identifiés uniquement chez les patients réunionnais. Les allèles CYB3 et CYB6 ont été identifiés uniquement chez les patients brestois. Les allèles SOD1 et SOD2 ont été identifiés dans les 2 populations de patients. En revanche l’allèle SOD5 a été identifié uniquement dans la population réunionnaise. En conclusion, nous apportons les premières données génotypiques de P. jirovecii à la Réunion. Nous avons observé : – une grande diversité des génotypes de P. jirovecii dans ce département ultramarin ; – une communauté partielle des génotypes unilocus identifies à la Réunion et en France métropolitaine. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

La primo-infection à Pneumocystis jirovecii ( P. jirovecii ) survient avec une incidence élevée chez le nourrisson sans déficit immunitaire pendant les deux premières années de vie. Néanmoins, les données sur les caractéristiques génotypiques de P. jirovecii dans cette population de patients demeurent parcellaires. Dans ce contexte, l’objectif de ce travail a été d’identifier les génotypes multilocus (MLG) de P. jirovecii chez 26 nourrissons immunocompétents développant une primo-infection. Ces génotypes ont été comparés à ceux identifiés de façon contemporaine chez 10 patients adultes immunodéprimés développant une pneumonie à Pneumocystis (PPC), ces deux populations étant suivies au sein du CHRU de Brest. Des extraits d’ADN de P. jirovecii provenant de ces deux populations ont été amplifiés puis séquencés sur 3 loci, le gène codant pour l’ARN de la grande sous-unité du ribosome de la mitochondrie (mtLSU rRNA), le cytochrome b (CYB) et la superoxyde dismutase (SOD). Les séquences obtenues ont été alignées et comparées aux séquences de référence. Dix-sept MLG différents ont été identifiés ; 9 chez les enfants développant une primo-infection et 8 chez les adultes développant une PPC. Le génotypage multilocus a permis de répartir les patients en deux groupes selon leur âge et la présentation clinique. En effet aucun des MLG identifiés dans un des 2 groupes n’a été identifié dans l’autre groupe. Ces résultats suggèrent que : – les enfants et les adultes sont infectés par des souches de P. jirovecii différentes ; – les cycles d’acquisition et de transmission de P. jirovecii dans ces deux populations pourraient être indépendants. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

L’humidité est un des défauts les plus fréquents de l’habitat et génère une prolifération des moisissures dont les effets allergiques, infectieux et toxiques sur la santé sont documentés. Cependant les données françaises relatives au recensement et à la concentration des moisissures dans l’habitat restent limitées. L’étude « FongiPic » a pour objectifs de caractériser la contamination fongique dans les logements de patients allergiques en Picardie. Au cours de cette étude prospective, une enquête environnementale a été réalisée dans 32 logements de patients présentant des manifestations allergiques respiratoires pour lesquelles un lien avec l’environnement domestique était suspecté et dans 25 logements contrôles. Cette enquête a comporté l’évaluation de la concentration en CO 2 , de l’humidité relative et de la température ainsi que l’identification et la détermination de la concentration fongique totale dans des prélèvements d’air collectés avec le Coriolis m (Bertin Technologies) à l’extérieur et à l’intérieur du logement. La concentration a été estimée par le dénombrement des colonies en culture, par une technique de PCR quantitative et par le dosage du β-1,3-D-glucane. Une analyse statistique a été réalisée. La concentration en CO 2 est significativement plus élevée dans les logements de patients allergiques que dans les logements contrôles (816 vs 575 ppm ; p < 0,05). Dix-neuf et 17 genres fongiques ont été identifiés dans les logements de patients allergiques et les logements contrôles respectivement. Les genres les plus fréquents sont Aspergillus , Penicillium et Cladosporium , sans qu’il n’y ait de différence significative de leur fréquence d’isolement entre les deux groupes. En revanche, Aspergillus versicolor est plus fréquent dans les logements de patients allergiques que dans les logements contrôles (25/32 vs 11/25 logements, p < 0,05). Il n’y a pas de différence significative de la concentration fongique totale. Parmi les moisissures identifiées, A. versicolor et Wallemia sebi présentent des concentrations significativement plus élevées dans les logements de patients allergiques (45 vs 16,5 UFC/m 3 pour A. versicolor et 18 vs 0,5 UFC/m 3 pour W. sebi ). Cette étude apporte les premiers éléments sur l’exposition aux moisissures domestiques des patients allergiques en Picardie. [ABSTRACT FROM AUTHOR]