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International audience; Les diatomées benthiques ont, jusqu'à très récemment, été considérées comme des micro-organismes très ubiquistes en raison de leur petite taille et de leur forte densité de population. Selon cette théorie de «tout est partout, et l’environnement sélectionne», les conditions locales du milieu sont supposées jouer un rôle prépondérant dans l'assemblage local de ces espèces. Cependant, de récentes études tendent à montrer que des phénomènes plus stochastiques, liés aux processus régionaux et historiques, jouent également un rôle important dans la structure de ces communautés. Nous proposons ici d'étudier les patrons globaux d'assemblage des espèces de diatomées benthiques d'un point de vue taxonomique et fonctionnel à une échelle mondiale. Nous avons pour ceci utilisé des relevés taxonomiques effectués dans les rivières de France, de Finlande, des Etats-Unis, de Nouvelle-Zélande, des Antilles et de l'île de la Réunion, associés à un ensemble de variables environnementales locales, climatiques et spatiales. La composition taxonomique et fonctionnelle a été étudiée par des NMS («Non-metric multidimensional scaling») et des analyses canoniques de redondance (RDA) couplées à une partition de variance. Les richesses spécifiques et fonctionnelles ont également été traitées par des modèles linéaires à effets mixtes utilisant les variables environnementales climatiques et spatiales comme variables explicatives. La composition taxonomique est significativement différente entre les régions mais la composition fonctionnelle est beaucoup plus homogène, à l'exception des sites de Finlande qui montrent une communauté davantage composée d’espèces acidiphiles. Toutes les variables locales, climatiques et spatiales sont significativement associées à la composition taxonomique et fonctionnelle, mais le pH est la variable ressortant comme étant la plus importante. La partition de variance montre néanmoins que bien que les variables locales expliquent principalement la composition spécifique et fonctionnelle, les variables climatiques et spatiales jouent également un rôle important. Toutes les variables environnementales, climatiques et spatiales permettent également d'expliquer les richesses spécifiques et fonctionnelles. Ces résultats indiquent un rôle non négligeable des processus régionaux et historiques dans l'assemblage local des espèces. La composition fonctionnelle plus uniforme entre les régions suggère une forte réponse individuelle des espèces et l'influence de processus micro-évolutifs responsables d'une certaine redondance fonctionnelle des communautés.

National audience; Visant à restaurer la continuité écologique à l'échelle nationale, les trames vertes et bleues sont une mesure phare du grenelle de l'environnement et une composante essentielle de la politique environnementale française. Cette notion de trame verte et bleue est le résultat d'études basées sur des macro-organismes (visibles à l'oeil nu) qui ont démontré la sensibilité des populations de plantes ou d'animaux isolées dans un contexte de régression des habitats naturels. Certaines théories de biogéographie considèrent que, du fait de fortes capacités de dispersion et de gigantesques tailles de populations, les espèces de micro-organismes sont présentes sans restriction dans tous les environnements permettant leur développement. Or nos études à l'échelle de la France sur les communautés de diatomées benthiques montrent que celles-ci présentent une forte structure spatiale, liée aux dynamiques de dispersion et de colonisation des différentes espèces (Thèse de Marius Bottin, 2012). Les biofilms diatomiques sont donc affectés eux-aussi par ces notions de continuité écologique et de dynamiques de colonisation. En plus de la connaissance nécessaire pour comprendre l'impact de la restauration d'une continuité écologique sur le maintien de la biodiversité dans les biofilms, les diatomées apparaissent aussi comme un modèle biologique intéressant pour l'étude de ces phénomènes. En effet, ces organismes présentent de très rapides cycles de vie permettant l'élaboration de tests expérimentaux à l'échelle de plusieurs générations, et de très larges bases de données existent, utilisables pour la description de l'effet de la connectivité dans les milieux naturels. Des études à Irstea ont déjà eu lieu qui pourrait permettre d'alimenter les réflexions sur la trame bleue. Une de ces études a montré que la dynamique de récupération structurelle et fonctionnelle (potentiel photosynthétique) de communautés après une contamination toxique était facilitée par la migration d'espèces (Lambert et al, 2012 ; Morin et al, 2012). Une autre étude a montré que les dynamiques de colonisation à l'échelle de la France semblaient se structurer grâce à des communautés sources, alimentant et influençant fortement les communautés environnantes (Thèse de Marius Bottin, 2012). Nous discuterons de l'implication de ces résultats dans le cadre de la trame verte et bleue, ainsi que des éventuelles études complémentaires à conduire sur les biofilms diatomiques.

International audience; Depuis une quinzaine d’années, les diatomées sont utilisées en routine afin d'évaluer l'état écologique des hydrosystèmes. Toutefois les indices diatomiques classiques ne permettent pas de diagnostiquer finement les différents types de pollution, et intègrent mal les variations naturelles, temporelles ou spatiales des communautés. Le but de travail est d'utiliser les traits biologiques (résistance, résilience) et écologiques (affinités pour l’habitat) des diatomées afin de tester leur pertinence dans un diagnostic de qualité écologique.