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Les travaux du WP1 du projet ANR BRIDGE ont consisté dans un premier temps à réunir les documents cadres et spécifiques qui formalisent des politiques de données ou des composantes de la gouvernance pour les trois établissements IRD, CIRAD et INRAE;à analyser le contexte politique national, européen et international de la gouvernance des données de la recherche et enfin à établir une veille et à suivre des animations externes proposées au fil de l’eau (conférences, webinaires nationaux ou internationaux RDA, CODATA...) touchant au domaine. Un cadre de référence a ensuite été élaboré utilisant des travaux de la RDA Research Data Allianceet étudié pour évaluer sa pertinence dans le contexte de nos trois organismes de recherche.

Detail of the controlled vocabularies used by the Dataverse repositories of the ANR BRIDGE project members: CIRAD, INRAE and IRD at the beginning of the project.

Présentation du séminaire de clôture pour le Work Package 2 "Recommandation sur les entrepôts etles bonnes pratiques pour la FAIRISATION des jeux de données". Celle-ci présente les actions menées dans le Work Package durant le projet ainsi qu'un aperçu des recommandations pour la FAIRisation des entrepôts et jeux de données.

Ferritinemia is a basic analysis in the exploration of iron deficiency. However, its interpretation is difficult and limited due to the complexity of ferritin metabolism, which is still poorly understood, and its sensitivity to many factors, including inflammation. A more correct diagnostic approach can be obtained by combining ferritin measurement with other parameters, but at the expense of practicality. New markers should make it possible to refine the diagnosis of iron deficiency in the future.La ferritinémie est une analyse de première ligne dans l’exploration de la carence en fer. Son interprétation est toutefois difficile et limitée en raison de la complexité du métabolisme de la ferritine, encore mal connu, et de sa sensibilité à de très nombreux facteurs dont l’inflammation. Une approche diagnostique plus correcte peut être obtenue en la combinant avec d’autres paramètres, au détriment de la praticabilité toutefois. De nouveaux marqueurs devraient permettre d’affiner le diagnostic de la carence en fer dans le futur.

With a rate of death and poor functional outcome of nearly 50%, aneurysmal subarachnoid hemorrhage (SAH) represents a significant cause of morbidity and mortality in young adults. Patients are usually hospitalized in intensive care units to manage both early brain injury resulting from the initial bleeding, and delayed cerebral ischemia (DCI) occurring unpredictably in 30% of them 3 to 21 days later. In the last years, the proposed pathophysiological mechanisms of this dramatic complication, an arterial vasospasm, has been questioned by both clinical and preclinical studies pointing towards early microvascular defects. We hypothesize that early brain injuries inflicted to microvascular components lead to long-lasting microcirculatory defects and eventually to delayed cerebral ischemia. In order to evaluate early brain perfusion in SAH patients, we designed a monocentric prospective trial. 35 subjects at high risk for delayed ischemia will be included and undergo (F18)2-fluoro-2-désoxy-D-glucose positron emission tomography. Resulting microparametric maps will be quantitatively compared to early and late magnetic resonance imaging (MRI) scans to evaluate the relationship between early perfusion and DCI.To this day, 144 SAH patients were screened, 86 of them showed high risk for DCI, and 14 were included in the trial. Exclusion were equally due to medical contraindications to the examinations and unavailability of the imaging devices. Preliminary analysis of microparametric maps show that early brain injury identified on the MRI scans indeed presented with altered perfusion parameters. None of the patients were affected with DCI.We currently carry on patients screening to complete inclusions in this clinical trial, which is part of a larger translational research project. Basic research led in an animal model will allow high spatiotemporal resolution measurement of macro and microvascular functions, in order to decipher pathophysiological mechanisms of DCI from molecular and cellular events to clinical manifestations.; L’hémorragie sous-arachnoïdienne d’origine anévrismale (HSA) est un accident vasculaire cérébral grave du sujet jeune. Le pronostic à long terme est sombre, près de 50 % des patient.es évoluant vers le décès ou une situation de handicap sévère. Le saignement initial conditionne les lésions cérébrales précoces, motivant une prise en charge en unité de soins critiques, ainsi que le risque d’apparition de lésions ischémiques cérébrales retardées (ICR) 3 à 21 jours plus tard. Si l’ICR présente une incidence élevée de l’ordre de 30 % et double le risque d’évolution défavorable, sa physiopathologie est mal comprise. Longtemps considérée comme conséquence d’un vasospasme, les données d’études cliniques et précliniques orientent désormais vers une origine plurifactorielle gravitant autour d’atteintes microvasculaires. Ce travail vise à évaluer l’hypothèse d’une dysfonction microcirculatoire précoce aboutissant plus tardivement à la constitution d’ICR. Pour ce faire, nous avons mis en place une étude clinique prospective monocentrique permettant, chez 35 patient.es présentant une HSA à haut risque d’ICR, d’évaluer la perfusion cérébrale précoce après rupture d’anévrisme, en tirant partie de la tomographie dynamique par émission de positons au (F18)2-fluoro-2-désoxy-D-glucose. Les cartographies microparamètriques présentant la perfusion régionale peuvent ensuite être comparées de manière quantitative avec des cartographies lésionnelles précoces et tardives effectuées en imagerie par résonance magnétique nucléaire. Des résultats préliminaires sont présentés. À ce jour, 144 patient.es ont été évalué.es dans le cadre de l’étude. Parmi les 86 présentant une HSA à haut risque d’ICR, 14 ont été inclus.es. Les exclusions sont liées en proportion égales aux contre-indications médicales à la réalisation des examens et aux contraintes techniques liées aux disponibilités des appareils d’imagerie. L’analyse préliminaire des cartographies microparamétriques confirme la détection d’une altération de la perfusion cérébrale dans les régions corticales précocement lésées. Aucun.e patient.e inclus.e n’a présenté d’ICR. Ce travail se poursuit actuellement par de nouvelles inclusions. Il est complété par une étude préclinique dans un modèle murin, permettant d’étendre les mesures aux débits capillaires et dysfonctions cellulaires avec une haute résolution spatiale et temporelle. Nous proposons qu’une telle approche transversale permettra de tester et affiner les modèles physiopathologiques de la pathogénèse de l’ICR dans l’HSA.

Functional weakness of the limbs has an uncertain prognosis and little chance of recovery. Obese people in precarious situations may succeed in losing weight through an intensive lifestyle-based weight loss program. In patients with gonarthrosis, physiotherapy may decrease pain and disability when compared to injected corticosteroids. Patients suffering from an alcohol dependence syndrome can reduce their consumption with short-term consultations conducted by general practitioners. Fatigue and dyspnea are two frequent symptoms that may persist after the acute phase of the SARS-CoV-2 infection. PCR analysis for the detection of SARS-CoV-2 could be performed with the same degree of sensitivity on a nasopharyngeal or salivary swab.La faiblesse fonctionnelle des membres a un pronostic incertain et peu de probabilité de guérir. Les personnes souffrant d’obésité en situation de précarité peuvent réussir à perdre du poids par un programme intensif de perte pondérale soutenu par des changements du style de vie. Chez les patients atteints de gonarthrose, la physiothérapie peut diminuer la douleur et l’incapacité lorsqu’elle est comparée à des corticostéroïdes injectés. Les patients qui souffrent d’un syndrome de dépendance à l’alcool peuvent réduire leur consommation avec des consultations de courte durée effectuées par des médecins généralistes. La fatigue et la dyspnée sont deux des symptômes parmi les plus fréquents qui peuvent perdurer après la phase aiguë de l’infection par SARS-CoV-2. L’analyse de détection du SARS-CoV-2 par PCR pourrait être effectuée avec le même degré de sensibilité sur un prélèvement nasopharyngé ou salivaire.

Functional weakness of the limbs has an uncertain prognosis and little chance of recovery. Obese people in precarious situations may succeed in losing weight through an intensive lifestyle-based weight loss program. In patients with gonarthrosis, physiotherapy may decrease pain and disability when compared to injected corticosteroids. Patients suffering from an alcohol dependence syndrome can reduce their consumption with short-term consultations conducted by general practitioners. Fatigue and dyspnea are two frequent symptoms that may persist after the acute phase of the SARS-CoV-2 infection. PCR analysis for the detection of SARS-CoV-2 could be performed with the same degree of sensitivity on a nasopharyngeal or salivary swab.

Traversant le nord de la Toscane, Montaigne, en mai 1581, fut frappé par le bon état du réseau routier. Aucune autre région, note-t-il dans son journal, n’est pourvue d’autant de ponts d’aussi bonne qualité. Le long des routes, remarque-t-il aussi, on voit partout des bornes sur lesquelles est indiquée la longueur de la section dont chaque commune a la charge Ce jugement positif porté par un observateur perspicace qui avait pu juger les routes de Beaumont-sur-Oise à Bâle, puis de là, à Augsbo...

My thesis project consisted in studying the mechanisms of the three-dimensional genome folding in eukaryotic cells. The organization of chromosomes is closely related to the regulation of many biological processes, such as gene expression control, DNA replication or genomic stability. The Hi-C "chromosome conformation capture" method, which allows the mapping of interactions between DNA regions, has revealed that the genome of many species is organized into domains enriched in chromatin interactions, the "Topologically Associating Domains" (TADs). TADs have emerged as major players of genome regulation by their ability to spatially define functional domains. However, chromosome conformation capture methods generate averaged interaction profiles that generally come from an ensemble of cells. Determining the nature and the folding of TADs in individual cells is therefore crucial to better understand the structure-function relationship of these domains. During my thesis, I used a combination of fluorescent DNA labeling and super-resolution microscopy to characterize the organization of chromosomes in single cells. In Drosophila, TADs coincide with the partitioning of the chromatin into distinct epigenetic domains. In this species, we could characterize the folding of the chromosomes into a series of discrete units that correspond to TADs, reflecting the mutual exclusion of transcriptionally active and inactive regions. These results indicate that Drosophila TADs form physical domains that characterize a higher-order layer of chromosome folding in individual cells. In mammals, the majority of TADs emerge through the action of the cohesin complex and the CCCTC-binding factor (CTCF) bound at their borders. The application of super-resolution imaging in mouse embryonic stem cells and neuronal progenitor cells revealed the high degree of cell-to-cell heterogeneity of TAD folding, ranging from condensed and globular objects to dispersed and stretched conformations. We were able to observe their organization into discrete subdomains which seem to represent a general property of the folding of the chromatin fiber at the nanoscale. Furthermore, our data indicate that the physical intermingling of the chromatin is highly favored within TADs in a large majority of cells. Depletion of CTCF abolishes the TAD-dependent spatial organization of the chromatin fiber, highlighting the role of this protein in generating physical barriers between adjacent TADs. Altogether, our results demonstrate that the dynamic folding of TAD is compatible with the establishment of chromosomal environments in which contacts are privileged, and thus reconcile the probabilistic nature of chromatin folding with the proposed role of TADs in the spatial definition of functional genomic units.; Mon projet de thèse a consisté à étudier les mécanismes du repliement tridimensionnel du génome dans les cellules eucaryotes. L’organisation des chromosomes est étroitement liée à la régulation de nombreuses fonctions biologiques, telles que le contrôle de l’expression génique, la réplication de l’ADN ou encore la stabilité génomique. La méthode de « chromosome conformation capture » Hi-C, qui permet la cartographie des interactions entre régions d’ADN, a révélé que chez de nombreuses espèces, le génome est organisé en domaines enrichis en interactions chromatiniennes, les « Topologically Associating Domains » (TADs). Les TADs sont apparus être des acteurs majeurs de la régulation du génome par leur capacité à définir spatialement des domaines fonctionnels. Cependant, les méthodes de chromosome conformation capture générèrent des profils d’interactions généralement moyennés à partir d’ensemble de cellules. Déterminer la nature du repliement des TADs en cellules individuelles est donc crucial pour comprendre la relation structure-fonction de ces domaines génomiques. Au cours de ma thèse, j’ai utilisé des techniques de marquage fluorescent d'ADN combinés à de la microscopie en super-résolution afin d’étudier l’organisation des chromosomes en cellules uniques. Chez la drosophile, les TADs coïncident avec le partitionnement de la chromatine en domaines épigénétiques distincts. Nous avons pu caractériser chez cette espèce que les chromosomes sont organisés en une série d’unités discrètes qui correspondent aux TADs, reflétant l’exclusion mutuelle de régions transcriptionnellement actives et inactives. Ces résultats indiquent que les TADs de drosophile forment des domaines physiques qui caractérisent un niveau d’organisation structurale des chromosomes en cellules uniques. Chez les mammifères, la majorité des TADs est formée grâce à l’action du complexe cohésine et à la présence de la protéine CCCTC-binding factor (CTCF) à leurs frontières. L'application de l'imagerie à super-résolution dans des cellules souches embryonnaires et des cellules progénitrices neuronales de souris nous a permis de caractériser l’hétérogénéité du repliement des TAD d’une cellule à l’autre. Nous avons notamment pu observer leur organisation en sous-domaines globulaires qui semblent représenter une propriété générale du repliement de la chromatine à l’échelle de la centaine de nanomètres. De plus, nos résultats indiquent que les interactions chromatiniennes sont fortement favorisées à l’intérieur des TADs dans la majorité des cellules. La déplétion de CTCF abolie l’organisation spatiale de la fibre de chromatine associée aux TAD, soulignant le rôle de cette protéine dans la génération de barrières physiques entre TAD adjacents. Ces données démontrent que le repliement dynamique des TAD est compatible avec l'établissement d'environnements chromosomiques dans lesquels les contacts sont privilégiés, et réconcilient ainsi la nature probabiliste du repliement de la chromatine avec le rôle proposé des TAD dans la définition spatiale d’unités génomiques fonctionnelles.

My thesis project consisted in studying the mechanisms of the three-dimensional genome folding in eukaryotic cells. The organization of chromosomes is closely related to the regulation of many biological processes, such as gene expression control, DNA replication or genomic stability. The Hi-C "chromosome conformation capture" method, which allows the mapping of interactions between DNA regions, has revealed that the genome of many species is organized into domains enriched in chromatin interactions, the "Topologically Associating Domains" (TADs). TADs have emerged as major players of genome regulation by their ability to spatially define functional domains. However, chromosome conformation capture methods generate averaged interaction profiles that generally come from an ensemble of cells. Determining the nature and the folding of TADs in individual cells is therefore crucial to better understand the structure-function relationship of these domains. During my thesis, I used a combination of fluorescent DNA labeling and super-resolution microscopy to characterize the organization of chromosomes in single cells. In Drosophila, TADs coincide with the partitioning of the chromatin into distinct epigenetic domains. In this species, we could characterize the folding of the chromosomes into a series of discrete units that correspond to TADs, reflecting the mutual exclusion of transcriptionally active and inactive regions. These results indicate that Drosophila TADs form physical domains that characterize a higher-order layer of chromosome folding in individual cells. In mammals, the majority of TADs emerge through the action of the cohesin complex and the CCCTC-binding factor (CTCF) bound at their borders. The application of super-resolution imaging in mouse embryonic stem cells and neuronal progenitor cells revealed the high degree of cell-to-cell heterogeneity of TAD folding, ranging from condensed and globular objects to dispersed and stretched conformations. We were able to observe their organization into discrete subdomains which seem to represent a general property of the folding of the chromatin fiber at the nanoscale. Furthermore, our data indicate that the physical intermingling of the chromatin is highly favored within TADs in a large majority of cells. Depletion of CTCF abolishes the TAD-dependent spatial organization of the chromatin fiber, highlighting the role of this protein in generating physical barriers between adjacent TADs. Altogether, our results demonstrate that the dynamic folding of TAD is compatible with the establishment of chromosomal environments in which contacts are privileged, and thus reconcile the probabilistic nature of chromatin folding with the proposed role of TADs in the spatial definition of functional genomic units.; Mon projet de thèse a consisté à étudier les mécanismes du repliement tridimensionnel du génome dans les cellules eucaryotes. L’organisation des chromosomes est étroitement liée à la régulation de nombreuses fonctions biologiques, telles que le contrôle de l’expression génique, la réplication de l’ADN ou encore la stabilité génomique. La méthode de « chromosome conformation capture » Hi-C, qui permet la cartographie des interactions entre régions d’ADN, a révélé que chez de nombreuses espèces, le génome est organisé en domaines enrichis en interactions chromatiniennes, les « Topologically Associating Domains » (TADs). Les TADs sont apparus être des acteurs majeurs de la régulation du génome par leur capacité à définir spatialement des domaines fonctionnels. Cependant, les méthodes de chromosome conformation capture générèrent des profils d’interactions généralement moyennés à partir d’ensemble de cellules. Déterminer la nature du repliement des TADs en cellules individuelles est donc crucial pour comprendre la relation structure-fonction de ces domaines génomiques. Au cours de ma thèse, j’ai utilisé des techniques de marquage fluorescent d'ADN combinés à de la microscopie en super-résolution afin d’étudier l’organisation des chromosomes en cellules uniques. Chez la drosophile, les TADs coïncident avec le partitionnement de la chromatine en domaines épigénétiques distincts. Nous avons pu caractériser chez cette espèce que les chromosomes sont organisés en une série d’unités discrètes qui correspondent aux TADs, reflétant l’exclusion mutuelle de régions transcriptionnellement actives et inactives. Ces résultats indiquent que les TADs de drosophile forment des domaines physiques qui caractérisent un niveau d’organisation structurale des chromosomes en cellules uniques. Chez les mammifères, la majorité des TADs est formée grâce à l’action du complexe cohésine et à la présence de la protéine CCCTC-binding factor (CTCF) à leurs frontières. L'application de l'imagerie à super-résolution dans des cellules souches embryonnaires et des cellules progénitrices neuronales de souris nous a permis de caractériser l’hétérogénéité du repliement des TAD d’une cellule à l’autre. Nous avons notamment pu observer leur organisation en sous-domaines globulaires qui semblent représenter une propriété générale du repliement de la chromatine à l’échelle de la centaine de nanomètres. De plus, nos résultats indiquent que les interactions chromatiniennes sont fortement favorisées à l’intérieur des TADs dans la majorité des cellules. La déplétion de CTCF abolie l’organisation spatiale de la fibre de chromatine associée aux TAD, soulignant le rôle de cette protéine dans la génération de barrières physiques entre TAD adjacents. Ces données démontrent que le repliement dynamique des TAD est compatible avec l'établissement d'environnements chromosomiques dans lesquels les contacts sont privilégiés, et réconcilient ainsi la nature probabiliste du repliement de la chromatine avec le rôle proposé des TAD dans la définition spatiale d’unités génomiques fonctionnelles.