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L'analyse du polymorphisme de longueur des fragments de restriction d'ADN amplifie (PCR-RFLP) presente de nombreux avantages pour la caracterisation de la diversite microbienne: relative rapidite, faible cout, possibilite d'application a l'ensemlble ries taxons bacteriens, bonne reproductibilite, possibilite d'analyse simultanee d'un grand nombre de souches, interet au niveau taxonomique. Afin d'optimiser sort usage, nous avons cherche a determiner combien d'enzymes et lesquels etaient le plus approprie, en effectuant une analyse systematique par ordinateur de la capacite de 25 enzymes de restriction differentes a generer par PCR-RFLP, seules ou en combinaison, (les profils de digestion permettant la distinction d'especes proches taxonomiquement. La sous-unite 16S de l'ARN ribosomal (rrs; pour ribosomal RNA small subunit) a ete choisie pour simuler ces PCR-RFLP: elle correspond a la region la plus frequemment etudiee et permet en general une bonne discrimination au niveau de l'espece; de plus, de nombreuses sequences rrs sont disponibles dans les banques de donnees. L'etude a ete focalisee sur les rhizobia qui representent un bon modele de genres differents, entremeles avec d'autres genres tres proches taxonomiquement, et parce que leur importance en agriculture induit la necessite d'outils performants pour la caracterisation de grands nombres de nouveaux isolats. La digestion de 24 sequences rrs correspondant aux souches-types de differentes especes a ete simulee par ordinateur. Les profils de digestion obtenus pour les differentes sequences ont ete compares deux par deux afin de determiner le nombre de profils distincts generes par chaque enzyme individuellement. ou par les combinaisons systematiques de 2, 3, 4, 5, 6 ou 7 enzymes. Differentes combinaisons de 3, 4 ou 5 enzymes permettent la distinction entre les especes. La frequence a laquelle les differentes enzymes sont trouvees dans les i:ounfiinaisons discrimimantes ne correspond pas completement a leur pouvoir de discrimation individuel, mais a la complementarite qu'elles presentent lorsqu'ellas sont analysees ensemble. La combination des profils obtenus avec six enzymes, choisies parmi les sept puis frequentes dans les combinaisons discriminantes, permet en moyenne de distinguer plus de 99,5%, des sequences etudiees, quelle que soit la similarite entre ces sequences. L'utilisation d'au moins six de ces sept enzymes est suggeree afin d'assurer une bonne distinction des especes de rhizobia, connues et inconnues.

Afin d'étudier les possibilités offertes par l'hybridation interspécifique chez #Coffea canephora$, un croisement modèle entre deux espèces phylogénétiquement éloignées est étudié : #C. canephora$ (PSE) x #C. liberica$ var. #dewevrei$ (DEW), proche de #C. canephora$. La quantité d'ADN nucléaire des deux espèces est respectivement de 1,13 pg et de 1,43 pg. Elle peut s'expliquer par des différences de constitution chromosomique principalement au sein de séquences non codantes, essentiellement répétées. La construction d'une banque a été préférée à des méthodes plus sélectives de façon à couvrir le génome en entier. A partir d'une banque d'ADN génomique d'hybride F1 restreint aux site GATC, par l'endonucléase Sau3A, 193 clones contenant des séquences répétées ont été retenus, après rétrohybridation. Vingt deux sondes sont totalement séquencées, 5 partiellement. Elles sont riches en AT et montrent souvent des sites GATC internes. La plupart ne présente pas d'homologie avec les séquences connues. Trois sondes sont analysées de façon plus approfondie sur les espèces parentes PSE et DEW et sur 8 autres espèces choisies pour leur origine géographique et leur quantité d'ADN (#C. racemosa$, #C. sessiliflora$, #C. eugenioides$, #C. sp$ "#Moloundou$", #C. canephora$, #C. congensis$ et #C. heterocalyx$). La première est constituée de quatre séquences distinctes, dont une au moins répétée en tandem. La seconde révèle une forte homologie avec des séquences codant pour la reverse-transcriptase de rétrotransposon de type gypsy-like, tant au niveau nucléotidique qu'au niveau acides aminés. Elle est donc, le premier rétrotransposon découvert chez les caféiers. La dernière possède des profils RFLP sur l'ADN différents uniquement pour les deux espèces à forte quantité d'ADN. Il est primordial de poursuivre l'étude du rétrotransposon pour préciser son nombre de répétitions, sa structure fine et sa capacité à transposer... (D'après résumé d'auteur)

*INRA, Unite Centrale de Documentation, Jouy-en-Josas (FRA) Diffusion du document : INRA, Unite Centrale de Documentation, Jouy-en-Josas (FRA) Diplôme : BTS