Search

Este documento está escrito en alemán, inglés, chino y español. ShadeMotion 5.1.41 est une application logicielle qui permet de calculer, n’importe où sur la Terre, le nombre d'heures d'ombre qui s’accumulent en chaque point (cellule) d'une parcelle du fait de la présence d’une certaine quantité d'arbres ayant des couronnes de formes et tailles différentes. L’analyse des configurations d’ombrage revêt une importance cruciale pour la conception et la gestion du patrimoine arboricole.

Theobroma cacao est un arbre originaire des régions tropicales humides d'Amérique latine. Il est cultivé pour ses fèves qui permettent la production de chocolat. Le Nacional, originaire d'Equateur, est une variété de cacao fin connue pour ses arômes floraux et épicées, appelée saveur "Arriba". Les mécanismes de la synthèse de ses arômes restent peu connus. Les travaux de cette thèse ont porté sur l'étude des déterminants génétiques et biochimiques des arômes des cacaos fins équatoriens afin d'initier de contribuer aux connaissances dans ce domaine.Une première partie de l'étude a été réalisée à partir d'une population de cacaoyer de type Nacional moderne, qui est la variété de Nacional actuellement cultivée. Des études d'associations ont été réalisées sur l'ensemble du génome (GWAS) et ont porté sur l'analyse des composés volatils relatifs aux arôme floraux et fruités (fruits frais et fruits secs) contenus dans les fèves, avant et après torréfaction, ainsi que, sur des résultats d'analyses sensorielles de liqueurs. Cette première étude a pu montrer que les arômes floraux du Nacional étaient principalement synthétisés grâce à deux voies de biosynthèse: celle des monoterpènes et la voie de dégradation du L-phénylalanine. Les résultats relatifs aux arômes fruités ont permis de mettre en lumière cinq voies métaboliques majeures: la voie de biosynthèse des monoterpènes, les voies de dégradations du L-phénylalanine, des sucres, des acides gras et des protéines. Des gènes candidats codant pour des enzymes impliqués dans ces voies métaboliques ont été identifiés dans les zones d'associations correspondantes.La variété Nacional moderne est issue de diverses générations de croisements entre des Trinitario (hybrides Amelonado/Criollo) et le Nacional ancestral, mettant ainsi en jeu 3 ancêtres contrastés. L'effet de cette étape de domestication récente sur les arômes de la variété Nacional moderne a été étudié. Grâce aux données de génotypage des trois ancêtres de référence et aux résultats des GWAS portant sur l'ensemble des caractères de qualité (composés volatils et non-volatils, analyses sensorielles), il a été possible de déterminer l'origine des allèles ayant un effet positif sur les arômes dans les différentes zones d'associations. Cette étude a montré que l'ensemble des ancêtres fondateurs ont apporté des allèles favorables à la synthèse d'arômes de qualité (floraux, fruités, …) mais aussi à la synthèse de défauts (amertume, astringence, …). Nous avons pu montrer que les zones d'associations en lien avec les arômes de qualité et celles avec les défauts n'étaient pas liées génétiquement. Il est donc possible de sélectionner les zones d'intérêts pour les arômes tout en contre-sélectionnant les zones apportant des défauts.La deuxième partie de cette étude a porté sur l'analyse des arômes d'une population de cacaoyers natifs d'Amazonie et issus de la zone d'origine de la variété Nacional ancestral. Dans cette étude, des analyses GWAS ont également été effectuées sur l'ensemble des caractères de qualité analysés précédemment. Quatre vingt dix sept gènes candidats sont communs aux deux populations analysées. De nouveaux composés volatils ainsi que de nouvelles zones d'associations ont également été détectées montrant ainsi une plus grande diversité et richesse aromatique de ces nouvelles ressources génétiques et leur intérêt pour la création de nouvelles variétés aromatiques adaptées à l'Amazonie.Enfin, une étude GWAS sur les composés non-volatils, les caractères sensoriels liés à l'amertume et à l'astringence, ainsi que la teneur en matière grasse et en protéines, a également été réalisée sur les deux populations. Des gènes candidats en lien avec la voie de biosynthèse de la caféine et celle des polyphénols, ou en lien avec la voie de biosynthèse des acides gras ont pu être observés dans les zones d'associations.

Le cacaoyer (Theobroma cacoyer L.) a son centre d'origine dans le bassin amazonien, au climat stable et humide, mais est cultivé en Afrique de l'Ouest, où les sécheresses atmosphériques et du sol sont des risques saisonniers récurrents dus aux vents de l'Harmattan. L'Harmattan modifie les précipitations et l'humidité et la température de l'air atteignent des niveaux stressants. En outre, le changement climatique entraîne une augmentation de la température qui accroîtra le pouvoir d'évaporation de l'atmosphère, augmentant potentiellement le stress sur le sol et l'atmosphère. Cela menacerait davantage la viabilité de la cacaoculture dans cette région. Pour toutes les parties prenantes de l'industrie cacaoyère, il est vital d'évaluer la viabilité et le potentiel de la culture du cacao par rapport aux événements de sécheresse à une échelle sous-saisonnière et en vue de l'adaptation au changement climatique. Afin d'évaluer la variation sous-saisonnière de la production, le stress hydrique (atmosphérique et du sol) et le flétrissement des cherelles ont été étudiés en utilisant des techniques de modélisation statistique telles que le BRT, le GAMM, le GLM et le regroupement hiérarchique des données. Nous avons suivi deux sous-parcelles de cacao, avec et sans irrigation, tout au long d'une saison d'Harmattan (2019 - 2020) et mesuré : (1) leur environnement (rayonnement (PAR) au-dessus et en dessous de la canopée, humidité du sol, température, humidité de l'air et précipitations) et (2) la santé et la productivité des arbres (vitesse de la sève, LAI et fructification). Les causes du flétrissement des cherelles ont été étudiées sur différents matériels génétiques au Costa Rica, en Guyane française et au Ghana. Cette étude a confirmé l'importance de la sécheresse du sol mais a également mis en évidence le rôle crucial du stress atmosphérique pour la transpiration du cacao. Les stress hydriques du sol et de l'atmosphère n'ont pas un effet synergique sur la transpiration, mais ils ont un effet sur la densité de la canopée, qui à son tour réduit la transpiration. Ainsi, l'augmentation de la sécheresse atmosphérique est susceptible d'avoir un impact négatif sur le cacaoyer en Afrique de l'Ouest, actuellement sous l'effet des vents d'Harmattan et dans le futur pour le changement climatique. Le cacaoyer a concentré sa production pendant la période non stressée en réponse au stress atmosphérique et au stress du sol pendant l'Harmattan. En conséquence, les arbres ont saturé la capacité source-puits et n'ont pas répondu à un climat favorable par une fructification abondante. L'irrigation n'a pas annulé les effets du stress, mais a permis aux arbres de mieux répartir la nouaison sur la saison, rendant la production plus résistante aux événements extrêmes. Pour tous les clones, un pic principal de flétrissement a été trouvé entre la 3e et la 5e semaine après la pollinisation, suivi d'un déclin régulier, contrairement aux études précédentes qui ont trouvé un second pic d'une ampleur similaire autour de la 9e et de la 11e semaine. Le flétrissement commence 3 semaines avant la symptomatologie, avec une baisse du taux de croissance relatif de la cerise. Les cherelles avec la croissance la plus lente étaient les plus susceptibles de se flétrir. De plus, la compétition entre les fruits s'est avérée être un facteur prédictif clé du flétrissement, notamment en raison des gousses en phase linéaire de croissance. En outre, la concurrence intergénérationnelle a augmenté le flétrissement total. Enfin, l'étude n'a pas trouvé de différence de flétrissement en fonction de la position des chérelles sur l'arbre. Le rôle de l'irrigation dans le flétrissement ne s'est pas non plus avéré significatif, probablement en raison du manque de données. Tous les résultats de l'étude ont été utilisés pour concevoir un modèle de physiologie du cacao capable de capturer le système de culture ouest-africain.

La pourriture brune du cacaoyer, due à plusieurs Phytophthora spp., comme Phytophthora megakarya, est la maladie du cacaoyer la plus importante dans le monde et la principale maladie menaçant la production cacaoyère en Afrique. Les épidémies de pourriture brune sont responsables des pertes de rendement allant jusqu'à 80-90 % en absence de mesures de contrôle. Dans cette étude, il est démontré comment l'utilisation de la modélisation mathématique peut être utile dans la compréhension des mécanismes à l'origine des épidémies de pourriture brune et également dans l'identification des leviers d'actions sur lesquels on pourrait agir pour le contrôle des épidémies. Bien que la pourriture brune du cacaoyer ait été une préoccupation majeure pour les chercheurs et institutions ces dernières années, de nombreuses questions se posent encore concernant les facteurs qui régissent la dynamique de la maladie. Par exemple, l'importance relative des deux sources différentes d'inoculum (primaire et secondaire) et la dynamique de dispersion des spores ne sont pas bien comprises. Afin de répondre à ces questions, un modèle compartimental temporel et un modèle spatio-temporel ont été développés et étudiés. Les modèles construits ont permis d'étudier l'impact de la récolte sanitaire sur les épidémies de pourriture brune et d'évaluer l'impact de l'ombrage sur la dynamique du système. L'analyse du modèle temporel, a permis de mettre en évidence deux seuils épidémiologiques (un R0 spécifique du système étudié et un seuil global R0,g) liés aux paramètres du modèle et au mode d'infection. Les conditions de persistance et d'extinction des épidémies de pourriture brune dans le système ont été discutées en fonction du fait que les valeurs des seuils cités (R0 et R0,g) étaient respectivement supérieures ou inférieures à 1. Les simulations du modèle temporel ont attesté qu'une récolte sanitaire intense (40 à 60 % des cabosses infectées retirées du système tous les jours) et fréquente tous les 4 jours serait déterminante pour le contrôle de la pourriture brune en champ. Les données d'ombrage collectées dans la parcelle cacaoyère ont conduit à une meilleure qualité d'ajustement du modèle spatio-temporel et ont également permis d'identifier un plus grand nombre de cabosses infectées situées dans des zones de la parcelle avec des valeurs d'ombrage plus élevées. Les simulations numériques fournies ont permis d'illustrer l'évolution temporelle et spatio-temporelle de la maladie causée par Phytophthora megakarya dans une parcelle de cacaoyère. Pour affiner les simulations numériques du pathosystème, une approche mécano-statistique a été employée pour estimer les paramètres du modèle à partir d'observations réelles d'une parcelle spécifique de cacaoyers. Faisant suite à l'investigation sur l'impact des facteurs environnementaux sur le système, l'effet in vitro de la lumière (lié à l'ombrage) sur l'évolution de P. megakarya (croissance et sporulation) a également été évalué en laboratoire. Des conditions optimales d'éclairage et d'inhibition ont été identifiées pour la croissance et la sporulation de P. megakarya. Les résultats obtenus sont en accord général avec la littérature et les résultats précédents concernant les effets de l'ombrage sur le pathosystème. Des recommandations en termes de promotion de la culture du cacaoyer dans des systèmes moins ombragés peuvent être évidentes si ces résultats sont confirmés.

Este documento está escrito en alemán, inglés, portugues, chino y francés. ShadeMotion 5.1.41 est une application logicielle qui permet de calculer, n’importe où sur la Terre, le nombre d'heures d'ombre qui s’accumulent en chaque point (cellule) d'une parcelle du fait de la présence d’une certaine quantité d'arbres ayant des couronnes de formes et tailles différentes. L’analyse des configurations d’ombrage revêt une importance cruciale pour la conception et la gestion du patrimoine arboricole. CATIE - Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza, Turrialba, Costa Rica

L’objectif de cet article est d’analyser le fonctionnement des services de conseil agricole dans la certification du cacao. Le cadre conceptuel mobilise combine les apports des systemes d’innovation et de l’economie des services. La methodologie est basee sur une etude de cas des programmes de certification de deux importants exportateurs de la chaine d’approvisionnement de cacao en Cote d’Ivoire. Les resultats relevent que les services de conseil sont des dispositifs pluri-acteurs pilotes par les exportateurs grâce aux mecanismes de financement. Ils orientent a la fois des activites de front-office et de back-office des services de conseil, en fonction de leurs objectifs. Ces choix impactent les competences des conseillers des cooperatives, le contenu et la qualite du conseil. Les resultats soulignent les difficultes a apporter des changements dans le fonctionnement des dispositifs de conseil a cause de la faiblesse des cooperatives. A partir de cette analyse, des enseignements sont tires pour l’appui a des dispositifs de conseil de ce type.

L'article interroge en quoi le concept de Systeme Sectoriel d'Innovation (SSI) permet de comprendre et d'organiser des choix de politiques publiques sur la filiere cacao au Cameroun. Cette production centrale dans l'economie agricole du pays, a fait l'objet depuis 2002 de multiple « plans de relance » visant a accroitre significativement les rendements et la production de cacao grâce au transfert des connaissances scientifiques et techniques. A partir d'entretiens ouverts et de collecte de donnees quantitatives aupres d'acteurs cles, l'article caracterise le mode et la logique d'organisation du « systeme cacaoyer d'innovation ». L'analyse de la structuration de ce SSI revele des dysfonctionnements. Elle permet d'identifier les leviers potentiels pour une trajectoire d'innovation vers une augmentation durable et plus inclusive de la production.

International audience; L’agroforesterie, qui associe des arbres aux cacaoyers, apparaît comme une option crédible pour renouveler la cacaoculture en Afrique. La culture pure de cacaoyers, dominante, y est en effet à bout de souffle. Il est donc urgent d’identifier des solutions techniques pour stabiliser les zones cacaoyères, réduire la tension sur les forêts et s’adapter à l’évolution du climat. Un équilibre peut être trouvé entre les cacaoyers et un panachage d’arbres choisis par les agriculteurs pour leurs usages variés, tout en maintenant un rendement en cacao convenable sur le long terme. Cet équilibre assure aussi des services écologiques comme le stockage du carbone et la protection phytosanitaire. Des travaux récents menés au Cameroun montrent que le pilotage des cacaoyères agroforestières peut s’appuyer sur un indicateur simple, la mesure de la surface terrière des cacaoyers et celle des arbres associés. Cet indicateur pourrait être adopté pour la certification du cacao durable, tandis que la convergence constatée entre savoirs locaux et résultats scientifiques pourrait aider à co-construire les conseils techniques.

Au sein des systèmes agroforestiers tropicaux, de nombreuses interactions se déroulent dans et entre les environnements biotiques et abiotiques. Elles favorisent une régulation naturelle des bioagresseurs des cultures de ces systèmes. Afin d'exploiter au mieux cette régulation naturelle et de limiter les pertes de production, il est primordial de bien comprendre ces interactions. Ce chapitre présente une synthèse d'études de ces mécanismes de régulation, à partir de données empiriques sur des maladies et ravageurs dans des systèmes agroforestiers à base de caféiers, de cacaoyers et de mil au Cameroun, au Costa Rica, au Kenya et au Sénégal. En fonction des caractéristiques biologiques des bioagresseurs et de l'environnement dans lequel ils se développent, des approches multi échelles, de l'arbre au paysage, adaptées aux modelés étudies ont été utilisées pour évaluer les stratégies de régulation ascendante par les ressources "botton-up" et descendante par les ennemis naturels "top-down". Les approches développées ont permis d'évaluer l'effet de la composition et de l'organisation spatiale de la biodiversité associée au sein des systèmes agroforestiers sur les bioagresseurs, l'effet de l'ombrage sur le développement des bioagresseurs et l'effet de la biodiversité végétale associée aux échelles parcelle et paysage sur les communautés d'ennemis naturels et leur efficacité à réguler les bioagresseurs. Des approches expérimentales et intégratives, d'écologie des communautés et du paysage fondées notamment sur l'étude des traits fonctionnels se sont avérées nécessaires pour estimer au mieux les services de régulation.

Les systèmes agroforestiers à base de cacaoyers du Centre-Cameroun présentent des niveaux de stockage de carbone (C), de conservation d'espèces d'arbres et de production de cacao intéressants. Les services de conservation et de stockage de carbone peuvent s'y révéler synergiques, mais ils semblent tous les deux antagonistes des niveaux de production supérieurs à une tonne/ha de fèves de cacao marchand. Le stockage de carbone peut néanmoins être découplé de la conservation car dans ces systèmes, il est principalement réalisé par de très grands arbres. Ainsi, un nombre réduit d'individus peut suffire à atteindre des stocks de 100 t C/ha. La conservation des espèces ligneuses apparaît, quant à elle, dépendante du niveau de multifonctionnalité que les agriculteurs attendent de leurs systèmes agroforestiers à base de cacaoyers. Par ailleurs, les systèmes ayant des niveaux de stockage de carbone élevés ou moyens semblent être en mesure de soutenir une production cacaoyère intéressante au-delà de 40 ans (0,75 à 1 t/ha cacao marchand). Les travaux présentés permettent de distinguer trois groupes de systèmes agroforestiers à base de cacaoyers : simples, peu durables et peu multifonctionnels, mais avec de bonnes capacités de production de cacao ; complexes, plus durables avec des niveaux de stockage de carbone et de production de cacao intéressants, mais peu de capacité de conservation ; très complexes avec de bons niveaux de stockage de C et de conservation, mais limités en production de cacao. Ces trois groupes, correspondant à des situations réelles, ils permettent de mieux cibler les intervalles dans lesquels des compromis entre services écosystémiques sont acceptables.

Dans ce travail, nous montrons que la structure spatiale des individus (arbres et cacaoyers) au sein d'agroforêts à cacaoyers influence l'intensité d'attaque de bioagresseurs des cacaoyers. À l'échelle de la parcelle, des organisations spatiales régulières ou aléatoires d'arbres forestiers réduisent les intensités d'attaques de la moniliose au Costa Rica et des mirides au Cameroun. À l'échelle de l'individu, le nombre de voisins cacaoyers (à 3,7 m) et fruitiers (à 4,3 m) influence négativement l'intensité d'attaque de la moniliose au Costa Rica. Nos résultats révèlent l'importance de la structure spatiale dans la description des agroforêts tropicaux et la compréhension des mécanismes influençant la régulation agroécologique des bioagresseurs au sein de ces systèmes complexes. La gestion de la structure spatiale des individus dans les systèmes agroforestiers pourrait ainsi constituer un levier intéressant pour le contrôle agroécologique des bioagresseurs.

La diversification spécifique des systèmes de culture est souvent associée à des progrès en matière de productivité globale, de production de services écosystémiques et de durabilité. Mais il convient d'évaluer dans quelle mesure cette hypothèse est vérifiée selon le contexte, la filière et la configuration des systèmes de culture. A partir de ce diagnostic, on peut envisager la conception de modalités de diversification qui répondent aux attentes des agriculteurs et des acteurs concernés. Cette démarche a été développée en République Dominicaine sur des systèmes agroforestiers (SAF) où des cacaoyers sont associés avec d'autres cultures, dont des espèces ligneuses. Environ 40 000 producteurs et leurs familles dépendent de la production de ces SAF pour vivre. Des études récentes ont montré la fragilité du secteur cacaoyer dominicain, qui n'intéresse plus les jeunes générations, notamment à cause d'un manque de rentabilité économique des SAF. L'enjeu pour le secteur est donc que des transformations des SAF et de leur gestion aient lieu pour rendre la cacaoculture économiquement attractive. Pour répondre à cet objectif, nous avons entrepris la conception de SAF innovants via (i) une démarche participative menée avec des acteurs locaux du secteur cacaoyer, et (ii) une démarche assistée par analyses statistiques. Pour la première, nous avons élaboré une méthode de co-conception s'articulant autour d'ateliers organisés avec quatre groupes dans deux régions différentes. Cette méthode permet d'aborder en collectif et de façon systémique la complexité des SAF pour mettre au point des innovations intégrées dans des prototypes (ou SAF innovants). La conception assistée par analyses statistiques se base sur un diagnostic agroéconomique partiel des SAF. Ce diagnostic a été réalisé via deux approches, mixte et in situ, pour analyser la diversité des SAF et de leurs performances respectivement à l'échelle d'un territoire et à l'échelle parcellaire. Avec l'approche mixte nous avons décrit les SAF dominicains au travers d'une typologie et avons analysé les performances agroéconomiques de chaque type. Avec l'approche in situ, nous avons étudié le fonctionnement des SAF à l'échelle de la parcelle, mais aussi à l'échelle de l'individu en évaluant la productivité des cacaoyers en fonction des espèces cultivées associées dans son voisinage direct. Cette analyse a débouché sur l'identification de règles d'agencement spatial qui ont permis de concevoir deux prototypes. Les deux approches de conception et leurs résultats respectifs ont été confrontés pour identifier les avantages de chacune et leurs complémentarités. Agriculteurs et scientifiques ont des grilles de lecture différentes du fonctionnement des SAF, et associer l'approche de conception par modèles statistiques à la conception participative ne pourrait être que bénéfique. Cette hybridation des savoirs permettrait sans aucun doute d'améliorer la pertinence des prototypes, avec une probabilité plus forte d'atteindre les objectifs économiques fixés.

Dans un contexte de reprise de la demande mondiale de matières premières et de redressement des cours, les marchés des produits tropicaux se distinguent par le marasme qui semble ne pas vouloir les abandonner. Les prix de l'énergie et des minerais repartent à la hausse, mais le cacao perd 30 % en 2017 et passe sous la barre des $ 2 000/tonne en fin d'année. L'arabica perd 8 %. Quand les cours ne baissent pas, ils stagnent, il en est ainsi du caoutchouc (le TSR20 gagne un petit pour cent), de l'huile de palme (+ 2 %). Les quelques produits tropicaux qui parviennent à redonner un peu de vigueur aux marchés sont le robusta (+ 14 %) ou le thé (hausse d'environ 20 %). Les craintes persistent d'un excès structurel de l'offre sur la demande. Le retour de la croissance en Europe et aux États-Unis survient au moment où la croissance de la zone Asie-Pacifique, certes élevée, se tasse quelque peu et se situe sous les niveaux anticipés en début d'année, en Inde et en Australie notamment. Dans un contexte de fragilité et d'incertitude sur l'ampleur des déséquilibres offre-demande, les succès relatifs de l'OPEP dans le contrôle de l'offre font des envieux. Plutôt que de miser sur une reprise de la demande qui jamais ne vient, pourquoi ne pas restreindre l'offre ? La question a été soulevée par certains opérateurs publics de la filière cacao, après que la Côte d ' Ivoire a fait, une nouvelle fois, la une. Après la mutinerie, en janvier 2017, de militaires réclamant le versement de leur solde, le gouvernement a abaissé le prix garanti des fèves de cacao de 1 100 FCFA à 700 FCFA le kilo pour la" petite récolte" qui débute en avril. Le voisin ghanéen, lui, n'a pas modifié ses prix. En refaisant surface, l'idée d'un "cartel du cacao" a suscité l'espoir qu'une réduction coordonnée de l'offre saurait interrompre la baisse, redresser durablement les cours et en distribuer les dividendes plus en amont de la filière

Les cacaoyères continuent de s'étendre et de remplacer les dernières forêts du pays. La décennie de crise politico-militaire en a prolongé le processus au dépend des aires protégées, contribuant à la chute du cours mondial en 2017. Simultanément, la Côte d'Ivoire perd sa " rente forêt ". Les coûts de production du cacao augmentent. Face aux changements écologiques, climatiques, techniques, sociaux et politiques associés à ces cycles du cacao, comment l'agriculture familiale innove et transforme+ elle les paysages, avec ou sans cacao ? Ces questions sont traitées empiriquement sur des échantillons de 40 à 200 exploitations sur 10 sites de la zone cacaoyère, faisant le point sur les changements techniques dans le contexte écologique et social mouvementé des décades 2000 et 2010. Les résultats se structurent en une " hexalogie " de dynamiques, résultante des interactions entre déroulement du cycle du cacao, prix, réseaux migratoires, crise politico-militaire et changement climatique, s'appliquant inégalement selon les régions. La diversification ou la reconversion du cacao vers l'anacarde, le développement des élevages et l'adoption de la fumure animale, contribuant à doubler les rendements des cacaoyères, démontre la capacité de l'agriculture familiale à innover plus efficacement que les structures publiques et privées. Mais comme tout progrès technique, ces innovations peuvent aussi contribuer à la chute du cours mondial.

Adding plant diversity is increasingly presented as a mean to improve the sustainability of agrosystems. However, there is still a lack of knowledge on how plant functional diversity alters processes that support production. Because they cover a broad range of plant diversity, agroforestry systems in the tropics are a good case study to better understand the diversity-production relation. Agroforestry systems in the Talamanca region in Costa Rica are particularly interesting because among the cultivated plants they encompass, banana and cacao are two cash crops of major importance and for which production can easily be quantified and analyzed. Another specificity of these systems is that their vertical and horizontal organization is particularly diverse. Understanding how plant diversity and its organization alter the performances of these complex systems is particularly challenging and requires developing new approaches. The objectives of this thesis were to address the following questions: i) Which factors affect the relationship between plant diversity and productivity? ii) How plant diversity influences the global productivity of agroforestry systems? and iii) How the spatial structure of the plant community affects yields?First, a meta-analysis was carried out to address the diversity-production issue among a very broad range of systems world-wide. This analysis focused on how latitude, climate, and canopy structure modify the effect of plant richness on productivity of agricultural and natural ecosystems. It showed that the gain per unit of diversity added decreased as plant richness increased. Our findings also showed that the response of productivity to plant richness largely depends on the type of plants in the community, especially if the community includes trees.Then, we extensively studied the diversity and the productivity of 180 plots (100 m² each) located within 20 fields in the Talamanca region. A global evaluation of the productivity of these systems was possible with the estimation of the production of each plant during 1 year. This production was converted into income according to local market prices. While we observed a global positive effect of plant diversity on global income, this effect was contrasted according to the functional group considered (banana, cacao, other fruits, timber, and firewood). When considering the functional group separately, there was a positive effect of plant diversity for higher strata groups (other fruits, firewood, and timber) and a negative effect for lower strata groups (banana and cacao). This suggested that complementarity between plants was stronger than competition for those plants occupying the higher strata of the canopy but that competition was stronger than complementarity for plants occupying the lower strata of the canopy.The second part of the analysis of the Talamanca fields dataset focused on the effect of neighbouring plants on the production of banana and cacao plants. An individual-based analysis was developed to determine whether the number of neighbouring plants of a given functional groups explained the potential yield of each banana or cacao plant. We found that the distance at which other plants alters the yield of banana or cacao plants was greater for larger functional groups (fruit or wood trees) than for smaller ones (cacao trees or banana plants). Interestingly, higher strata trees had a smaller effect than lower strata trees, suggesting that moderate densities of tall trees could be compatible with high banana and cacao production. These findings were discussed in terms of complementary and competition with respect to the availability of light at higher and lower strata of the canopy. On an applied perspective, our results suggest that productivity could be maximized by a reasonably number of plant species, and then we proposed new direction to organize fields in order to maximize the production of cash crops while providing supplementary income for farmers and ecosystem services., L’ajout de diversité végétale est présenté comme un moyen d’améliorer la durabilité des agrosystèmes. Cependant, il y a encore des manques importants de connaissances sur l’effet de la diversité végétale sur les processus à la base de l’élaboration des rendements. Les systèmes agroforestiers tropicaux couvrent une large gamme de diversité végétale ; ce sont donc de bons modèles pour étudier la relation entre diversité et productivité. Les systèmes agroforestiers de la région de Talamanca au Costa Rica sont particulièrement intéressants car au sein de communautés végétales complexes. Ils comprennent des bananiers et des cacaoyers qui sont des cultures de rente importantes et dont la production peut facilement être quantifiée et analysée. Une autre spécificité de ces systèmes est qu’ils présentent des organisations spatiales particulièrement diverses. Analyser comment la diversité des plantes et son organisation influencent les performances de ces systèmes est particulièrement complexe et nécessite le développement de nouvelles approches. Les objectifs de cette thèse étaient d’étudier : i) quels facteurs affectent la relation entre diversité végétale et productivité ? ii) Comment la diversité végétale influence la productivité globale des systèmes agroforestiers ? et iii) Comment la structure spatiale des communautés de plantes cultivées influence leurs rendements ?Tout d’abord une méta-analyse a été menée afin d’étudier la relation entre diversité végétale et production dans une très large gamme de systèmes naturels et cultivés. Cette analyse a notamment traité du rôle de la latitude, du climat et de la structure de la canopée sur cette relation. Elle a montré que le gain lié à la diversité végétale tend à diminuer avec la magnitude de cette diversité. Nos résultats montrent également que la réponse de la productivité à la richesse spécifique en plantes dépend énormément du type de communauté considéré, notamment si la communauté comprend des arbres.Ensuite un réseau de 180 placettes situées dans 20 parcelles d’agriculteurs a été étudié dans la région de Talamanca. Pendant un an, la production de chaque plante a été évaluée. Cette production a ensuite été convertie en revenus en accord avec les prix du marché local. Alors qu’un effet positif de la diversité végétale cultivée a été observé sur le revenu globale (de chaque placette), cet effet était très contrasté si on le considérait séparément pour les différents groupes fonctionnels. Cet effet était positif pour les plantes des groupes appartenant aux strates hautes et négatif pour les plantes des groupes appartenant aux strates basses. Ces résultats suggèrent que la complémentarité entre plantes était plus forte pour les plantes des strates hautes et qu’inversement la compétition était plus forte dans les strates plus basses.La seconde phase de l’analyse des données de ce réseau de parcelles a visé à étudier l’effet du voisinage de chaque bananier ou cacaoyer sur leur production. Une approche d’analyse individu-centrée a été développée afin de déterminer si le nombre de voisins d’un groupe donné dans un rayon donné était un bon prédicteur de la croissance ou du rendement de chaque bananier ou cacaoyer. Les résultats montrent que la distance à laquelle la production d’un bananier ou d’un cacaoyer est affectée par ses voisins dépend de leur taille. De manière surprenante, les grands arbres ont eu un effet plus faible que les arbres plus petits. Cela suggère que des densités modérées de grands arbres pourraient être compatibles avec une production de bananiers et de cacaoyer avec un haut niveau de rendement. Ces résultats ont été discutés en termes de complémentarité et de compétition pour la lumière. Des pistes d’organisation sont proposées et discutées au regard de la maximisation des rendements des cultures de rente et des autres cultures mais aussi pour la provision de services écosystémiques au sens large.

Depuis plusieurs années, les programmes de recherche chez le cacaoyer ont mis l'accent sur l'étude des bases génétiques des caractères agronomiques d'intérêt, notamment concernant la résistance aux maladies et la qualité des fèves de cacao, qui représentent deux attributs importants pour la cacaoculture et la production de chocolat. Ce travail présente, par l'exploration du transcriptome et du génome du cacaoyer, la constitution de ressources moléculaires et l'analyse des voies de biosynthèse impliquées dans plusieurs de ces caractères agronomiques d'intérêt. L'étude du transcriptome a permis l'identification de plusieurs dizaines de milliers de gènes exprimés dans divers organes et pour différentes conditions environnementales et ont fourni de nombreux marqueurs moléculaires qui ont été utilisés pour réaliser des cartes génétiques haute densité. Les informations apportées par ce travail ont permis d'engager le séquençage du génome de la variété Criollo du cacaoyer. Son analyse et son annotation ont apporté un ensemble d'informations biologiques cruciales, depuis le catalogue des gènes et éléments mobiles jusqu'aux aspects évolutifs qui a révélé une structure du génome peu remanié par rapport à l'ancêtre commun aux dicotylédones. Par la suite, les travaux que nous avons menés pour améliorer la séquence complète ont conduit à une réduction considérable de la fragmentation chromosomique observée dans la première version. Par ailleurs 97% de la séquence assemblée et 99% des gènes sont désormais ancrés sur les chromosomes du cacaoyer. Pour commencer à exploiter cette nouvelle séquence du génome, nous avons conduit une étude QTL à partir d'une descendance entre Trinitario implantée en Guyane, permettant de localiser les régions génomiques impliquées dans la variation de la couleur des fèves de cacao. En s'appuyant sur la version améliorée du génome du Criollo, nous avons identifié deux gènes potentiellement impliqués dans la voie de biosynthèse des anthocyanines et flavonoïdes dans la principale région génomique concernée. Un des deux gènes, situé proche du marqueur situé au pic du QTL et codant pour une chalcone synthase, semble être un gène candidat prometteur. L'étude comparative de sa structure dans le génome du Criollo (à fève blanche) et du génome de l'Amelonado (à fève violette) a mis en évidence des différences structurales pouvant être à l'origine d'une modification fonctionnelle. L'ensemble des résultats présentés dans ce travail de thèse apporte une connaissance et des outils variés qui peuvent être exploités par de multiples approches intégrées pour étudier la génétique du cacaoyer.

La Côte d'Ivoire, dans sa diversité de régions de forêt et de savane, et le Burkina Faso sont historiquement liés dans la construction de l'économie de plantation villageoise ivoirienne, fondée sur le binôme " café/cacao ". La terre de la première a toujours eu besoin du travail des habitants du second. Cette rencontre entre terre et travail a pu se réaliser avec peu de capital et sans capitalistes dans la sphère de production. Les familles d'origine ivoirienne et burkinabé, en majorité des migrants, constituent toujours l'ossature du secteur cacao. Au sein de la famille, les stratégies évoluent en réseaux, sur plusieurs espaces économiques. La contribution des femmes aux travaux dans les cacaoyères et champs de vivriers attenants est connue. Mais quel pourrait être l'importance et le rôle des femmes de planteurs qui resteraient ou retourneraient " au pays ", au " village d'origine " ? Cette question, apparemment peu étudiée, est traitée à travers des enquêtes dans les villages de migration cacaoyère en Côte d'Ivoire, donc auprès des planteurs et maris parlant de leur femme au village d'origine, complétées d'informations collectées auprès des co-épouses restées avec leur mari. Un échantillon de 209 planteurs migrants dont 117 se déclarant d'origine burkinabé, se répartit sur une douzaine de villages de part et d'autre du fleuve Sassandra. Le premier résultat est la fréquence du phénomène, pouvant atteindre 20% des ménages de migrants. En amont de ces résidences de femmes au village d'origine, les stratégies combinent des objectifs de solidarité et sécurité familiale, de scolarité, de maintien des réseaux. Mais ces femmes " au village " accompagnent aussi des investissements conséquents et diversifiés, aux déterminants structurels autour du cacao et du politique : chute du prix du cacao à partir de 1988, baisse des rendements des cacaoyères vieillissantes, crise politico-militaire, nouveaux enjeux fonciers. Ces profonds changements écologiques, économiques, politiques des années 2000 génèrent ou accélèrent le processus de " retour " des femmes au village d'origine, … et du boom spectaculaire de l'anacarde en Côte d'Ivoire. Les femmes y jouent un rôle important, par exemple dans les groupes se réclamant d'une origine Abron/Koulango, aux confins de la frontière Ghanéenne. Leur " retour " au village d'origine peut s'interpréter comme une migration post-cacaoyère, porteuse de diversification et d'investissement. Ces " femmes qui restent ou qui repartent " reflètent l'histoire, les jeux et enjeux de l'économie de plantation ivoirienne ou plutôt " ivoiro/ouest-africaine ", mais en écrivent aussi une nouvelle page.

Cette étude se situe dans le cadre de l'amélioration de la qualité du cacao de Côte d'Ivoire. Elle s'est intéressée à l'impact des traitements technologiques post-récolte sur la contamination du cacao en ochratoxine A (OTA). Afin d'y parvenir, des investigations ont été menées selon quatre approches. La première a été relative à l'évaluation de l'influence de chaque traitement technologique post-récolte sur la qualité marchande et la production d'OTA dans le cacao. Ensuite, il s'agit de définir un itinéraire technologique post-récolte incluant les meilleures pratiques technologiques en vue de limiter la croissance fongique et la production d'OTA dans le cacao. La troisième approche a concerné l'identification des espèces fongiques en général notamment ochratoxinogènes associées au cacao en relation avec la technologie post-récolte. Enfin, nous nous sommes intéressés à l'étude des interactions entre Aspergillus carbonarius productrice d'OTA et Rhizopus qui ne l'est pas. Les résultats obtenus ont montré que les cabosses abîmées, les longs délais d'écabossage et la fermentation des fèves dans des caisses en plastique produisent des taux de fèves défectueuses et de fèves moisies élevés pouvant parfois atteindre 55,67±7,17%. La mesure de la teneur moyenne en OTA dans le cacao obtenu des cabosses abîmées, le cacao écabossé après 7 jours et le cacao fermenté dans des caisses en plastique a révélé des teneurs s en OTA de 4-10 μg.kg-1. En revanche, la durée de fermentation et le support de séchage présentent peu d'effet sur la contamination du cacao en OTA. Par ailleurs, la combinaison de longs délais d'écabossage et la fermentation du cacao dans des caisses en plastique ont eu un effet de cumul sur la production d'OTA. Les techniques de la microbiologie classique ont montré que les moisissures isolées appartiennent aux genres Aspergillus, Aureobasidium, Chrysonilia, Mucor, Penicillium et Rhizopus. Le genre Aspergillus constitue la mycoflore dominante avec huit espèces identifiées dont A. niger et A. carbonarius. Bien que les techniques moléculaires (PCR-DGGE) aient montré des différences dans la diversité fongique du cacao en fonction des traitements post-récolte avec un nombre supérieur d'espèces fongiques, les moisissures ochratoxinogènes identifiées sont similaires à celles détectées par la microbiologie classique. La mise en relation des traitements technologiques et la présence de ces souches avec la teneur en OTA du cacao montre deux interactions significatives dont l'une entre la présence d'A. carbonarius et la méthode de fermentation dans des caisses en plastique et l'autre entre la présence d'A. carbonarius et/ou niger et le procédé de fermentation sans brassage des fèves. Par ailleurs, la co-inoculation d'A. carbonarus et de Rhizopus sp. a retardé et même diminué fortement la production d'OTA dans le cacao lorsque Rhizopus est majoritaire. Si A. carbonarius est majoritaire, l'OTA est produite mais Rhizopus sp. semble la consommer après. Ces résultats semblent prometteurs pour envisager des solutions biologiques contre la contamination du cacao en OTA.

Le recyclage des résidus interfilières

Malgré des caractéristiques organoleptiques très appréciées par les chocolatiers, la grande majorité des productions de cacao malgaches est achetée en " cacao standard " aux petits paysannats. Seules les plantations industrielles mettent en marché du cacao de qualité supérieure. Le cacao de Madagascar figure parmi les rares cacaos fins de la planète. Peu d'études concernant la filière cacaoyère malgache ont été réalisées. Ce travail a pour but de mettre en lumière des liens pouvant exister entre les modes de transformation post-récolte des divers producteurs de fèves de cacao et leur qualité sensorielle. Deux études conduites dans le Sambirano en 2013 dans le cadre du réseau de coopération scientifique en océan Indien QualiREG1 ont permis de faire un point sur les vergers cacaoyers et sur les procédés de transformation dans les différentes zones du Sambirano et les différentes structures de production du petit paysan à la plantation industrielle. Ces études remettent en cause les affirmations communément publiées que le verger cacaoyer est en déclin et que le cacao du Sambirano se dégrade par manque d'encadrement et de compétence des petits producteurs. Elles montrent en effet l'intérêt des familles rurales pour le produit cacao puisque ces dernières sans appui technique ni aide financière cultivent et rénovent à leur rythme les cacaoyères par la mise en oeuvre de dispositifs de plantation et de pratiques culturales comparables à ceux des compagnies industrielles. Les échantillons provenant de divers producteurs de la région du Sambirano (Madagascar) ont été comparés du point de vue biochimique et sensoriel. Les analyses sensorielles et chimiques ont confirmé la qualité des cacaos malgaches et ont montré que les procédés de transformation du cacao mis en oeuvre par les paysans, principalement en sacs, permettent d'obtenir des produits de qualités biochimique et sensorielle équivalentes à celle du procédé suivi par les industriels, lorsque la durée de fermentation est de 5 à 6 jours L'augmentation d'année en année des produits de moindre qualité quel que soit le type d'exploitation découle non d'une méconnaissance par les paysans mais de fécondations croisées entre Forastero et Trinitario et d'une forte demande en cacao standard pour laquelle les producteurs et les collecteurs réduisent la durée de fermentation. Il convient d'enrayer cette dégradation continue par la distribution massive d'un matériel végétal Trinitario à amande claire. Ce constat milite pour une relance de la sélection variétale qui devra être suivie de la distribution de matériel végétal quantitativement et qualitativement performant. Dans cette optique, la création de champs semenciers biclonaux et des essais de multiplication végétative par greffe- bouturage et embryogenèse somatique ont été démarrés dans le cadre des travaux du projet PARRUR QUALIKKO.

La regeneration des vieux vergers de cacaoyers ( Theobrama cacao L.) est une des strategies mises en place en Cote d’Ivoire pour assurer une production durable de cacao. Une etude a ete conduite en vue d’elaborer un guide pour realiser un diagnostic rapide et adequat des vergers et prendre la bonne decision de regeneration, en optant judicieusement pour la rehabilitation ou la replantation. Un echantillon de 90 plantations de cacaoyers rehabilitees et de 75 autres replantees a ete enquete dans 12 departements representatifs des trois principales zones de production de cacao du pays. Des donnees ont ete collectees sur les caracteristiques agronomiques majeures de ces cacaoyeres. Il s’est agi de la variete de cacaoyer, la superficie de la plantation, l’âge, le rendement, la densite de plantation, le nombre d’arbre d’ombrage permanent et le niveau des degâts des insectes et des maladies. Les resultats ont montre que les criteres discriminants des vergers regeneres sont l’âge, la densite de plantation et le rendement. Leurs valeurs moyennes sont comprises entre 25 et 30 ans pour l’âge, 800 et 1 000 arbres ha -1 pour la densite et entre 250 et 400 kg ha -1 an -1 pour la production. A partir de ces trois criteres et de leurs valeurs moyennes, un guide a ete elabore pour le diagnostic des vergers de cacaoyers et la prise de decision. Selon ce guide, les vieilles plantations de cacaoyers (plus de 25 ans), degradees et improductives doivent etre replantes. Cependant, les cacaoyeres plus jeunes ayant des densites de plantation et des rendements plus eleves que les valeurs moyennes ci-dessus devraient etre rehabilitees. Mots Cles : Diagnostic, rehabilitation, replantation, Theobroma cacao

L'agroforesterie devrait être un des principaux outils de l'agriculture climato intelligente puisqu'elle permet de concilier production durable, adaptation et atténuation du changement climatique. Durant ces dernières décennies, la cacaoculture et la caféiculture ont été responsables de la disparition de plus de 30 millions d'hectares de forêts primaires et secondaires et donc cl' émissions de gaz à effet de serre, mais constituent aussi un important potentiel d'atténuation via les 20 millions d'hectares actuellement en production et dont seulement une partie est conduite en agroforesterie. Ces plantations agroforestières apparaissent comme des modes de production potentiellement stables dans le temps et résilients par rapport au changement climatique et à la variabilité des cours des produits agricoles, en combinant des services écologiques et des productions diversifiées. Ce chapitre illustre ces aspects au travers de résultats de recherches sur trois continents et propose des recommandations sur la conduite de ces systèmes et sur les politiques publiques, de l'exploitation au territoire.

La certification et les écolabels sont des formes de gouvernance privée pour prendre en compte les questions de développement durable. Ces dispositifs encouragent de "bonnes" pratiques environnementales et sociales, dont nombre s'apparentent aux approches d'atténuation et d'adaptation au changement climatique. Pour comprendre leur efficacité dans ce rôle, nous présentons ces dispositifs en rappelant qu'il s'agit à la fois de standards de bonnes pratiques apriori censés informer et guider les acteurs dans leurs choix, et d'outils de marchés incitatifs (prime, prix minimum, etc.) pour modifier les pratiques de production. Malgré leurs atouts, les standards volontaires de durabilité se révèlent être des outils ambigus pour relever les défis du changement climatique.

En Côte d'Ivoire, les planteurs de cacao découvrent l'engrais vers 1985 et la fiente de poulet vers 2000. Cet article explique pourquoi les adoptions de fertilisants sont tardives, en quoi elles constituent de véritables innovations. La méthode repose sur la reconstitution de l'histoire de l'innovation de 1979 à 2015, s'appuyant sur plusieurs enquêtes ponctuelles et un observatoire permanent des exploitations cacaoyères. La non-adoption de l'engrais jusqu'en 1980/90 s'explique par les faibles coûts d'accès à la terre et à la forêt. L'engrais n'a alors aucun intérêt. Les débuts de l'adoption de l'engrais cacao relèvent d'une innovation " boserupienne " : l'engrais est un " médicament " pour sauver les plantations vieillis-santes. Puis les achats d'engrais s'effondrent avec la chute du prix du cacao et le doublement du prix de l'engrais. La montée en puissance des migrants d'origine burkinabé joue également un rôle. Pour les mêmes raisons, les planteurs innovent vers des fumures ani-males. En 2015, la hausse du prix du cacao fait progres-ser les deux fertilisants mais la fiente de poulet annonce une transition écologique et sociale irréversible.

International audience; In order to meet growing demand for chocolate products, numerous initiatives have been launched over the last 10 years with a view to increasing cocoa production. These initiatives continue to promote the input-intensive model advocated since the 1960s, even though this model has reached its agronomic, socio-economic, and environmental limits. Hence the proposal to learn from agroforestry in order to develop the current model: introducing fruit and forest tree species into cocoa plantations contributes to the agro-ecological intensification of cocoa production, while improving flexibility and resilience, which are essential to smallholder farmers, who grow 95% of the world’s cocoa.; Para satisfacer el incremento en el consumo de productos con chocolate, se tomaron varias iniciativas en la última decena para aumentar la producción de cacao. Esas iniciativas siguen promoviendo el modelo intensivo en insumos recomendado desde los años 1960, aun si este modelo ha alcanzado sus límites agronómicos, socio-económicos y ambientales. A raíz de esto se elaboró la propuesta de inspirarse de la Agroforestería para influenciar la evolución del modelo actual: introducir árboles frutales y maderables en las plantaciones de cacao contribuye a la intensificación agroecológica del cultivo del cacao, aportando al mismo tiempo la flexibilidad y la resiliencia necesarias a los pequeños agricultores quienes producen el 95% del cacao en el mundo.; Pour satisfaire la consommation croissante de produits chocolatés, de nombreuses initiatives ont été lancées depuis une décennie afin d’augmenter la production de cacao. Ces initiatives continuent de promouvoir le modèle intensif en intrants préconisé depuis les années 1960, alors que ce modèle a atteint ses limites agronomiques, socio-économiques et environnementales. D’où la proposition de s’inspirer de l’agroforesterie pour faire évoluer le modèle actuel : introduire des arbres fruitiers et forestiers dans les cacaoyères contribue à l’intensification agroécologique de la cacaoculture, tout en apportant souplesse et résilience, nécessaires aux petits agriculteurs, qui produisent 95 % du cacao mondial.

International audience; In order to meet growing demand for chocolate products, numerous initiatives have been launched over the last 10 years with a view to increasing cocoa production. These initiatives continue to promote the input-intensive model advocated since the 1960s, even though this model has reached its agronomic, socio-economic, and environmental limits. Hence the proposal to learn from agroforestry in order to develop the current model: introducing fruit and forest tree species into cocoa plantations contributes to the agro-ecological intensification of cocoa production, while improving flexibility and resilience, which are essential to smallholder farmers, who grow 95% of the world’s cocoa.; Para satisfacer el incremento en el consumo de productos con chocolate, se tomaron varias iniciativas en la última decena para aumentar la producción de cacao. Esas iniciativas siguen promoviendo el modelo intensivo en insumos recomendado desde los años 1960, aun si este modelo ha alcanzado sus límites agronómicos, socio-económicos y ambientales. A raíz de esto se elaboró la propuesta de inspirarse de la Agroforestería para influenciar la evolución del modelo actual: introducir árboles frutales y maderables en las plantaciones de cacao contribuye a la intensificación agroecológica del cultivo del cacao, aportando al mismo tiempo la flexibilidad y la resiliencia necesarias a los pequeños agricultores quienes producen el 95% del cacao en el mundo.; Pour satisfaire la consommation croissante de produits chocolatés, de nombreuses initiatives ont été lancées depuis une décennie afin d’augmenter la production de cacao. Ces initiatives continuent de promouvoir le modèle intensif en intrants préconisé depuis les années 1960, alors que ce modèle a atteint ses limites agronomiques, socio-économiques et environnementales. D’où la proposition de s’inspirer de l’agroforesterie pour faire évoluer le modèle actuel : introduire des arbres fruitiers et forestiers dans les cacaoyères contribue à l’intensification agroécologique de la cacaoculture, tout en apportant souplesse et résilience, nécessaires aux petits agriculteurs, qui produisent 95 % du cacao mondial.

Cette étude a été effectuée dans le but de caractériser la diversité moléculaire du CSSV (Cacao swollen shoot disease) et les aspects épidémiologiques de la maladie du swollen shoot du cacaoyer en Côte d'Ivoire. L'approche méthodologique a consisté à collecter des échantillons de feuilles de cacaoyers infectés par le CSSV dans la cacaoyère ivoirienne. L'ADN total a été extrait des échantillons collectés et le CSSV y a été recherché par un diagnostic PCR avec des amorces spécifiques issues de l'ORF3 du génome du CSSV. L'ADN viral détecté a été séquencé et une analyse phylogénétique a été effectuée. En plus, seize essais épidémiologiques ont été installés dans des foyers de la maladie en milieu paysan et des données relatives aux symptômes, aux dégâts et à l'influence de la maladie sur la production et la qualité des fèves ont été collectées à intervalle régulier suivies d'une analyse statistique. Les résultats ont montré que la détection du CSSV par PCR a été améliorée avec les amorces ORF3A F/R ayant permis la détection du virus dans 90% des parcelles échantillonnées. Les analyses phylogénétiques ont mis en évidence quatre groupes majeurs d'isolats de CSSV (B, D, E et F) dont trois nouveaux (D, E, et F) distincts des groupes A, B et C déjà connus. Aucun isolat des groupes A et C n'a été identifié. Les groupes du CSSV ont été inégalement répartis dans les régions échantillonnées à part le groupe B qui a été le plus ubiquiste. Les manifestations de la maladie au champ ont différées d'une localité à l'autre et que seuls, les symptômes de bandes rouges sur les jeunes feuilles ont été les plus constants. Les pertes de production de cacao ont été estimées et une réduction de paramètres de production a été mise en évidence sur les cacaoyers proches du foyer. La situation du swollen shoot en Côte d'Ivoire nécessite des mesures transitoires de lutte en attendant la sélection de variétés de cacaoyers résistants.

La production cacaoyère camerounaise est issue de systèmes agroforestiers complexes. Après une longue période de stagnation entre 1963 et 1993, cette production a doublé entre 1993 et 2013. Quels sont les exploitants agricoles qui portent ces dynamiques d'accroissement de la production cacaoyère ? Sur quels moyens de production et stratégies se sont-ils appuyés pour parvenir à relancer cette filière et à en doubler la production sur une aussi courte période ? Pour contribuer à apporter des éléments de réponse à ces questions, des entretiens semi-directifs ont été conduits auprès de 82 planteurs représentatifs de la diversité du principal bassin de production, dans la région Centre. Les résultats obtenus montrent que l'essor de la production cacaoyère de la zone étudiée repose en grande partie sur la montée en puissance des formes patronale et capitaliste de la production agricole. Ces planteurs d'un genre nouveau investissent d'importants volumes de capitaux financiers d'origine urbaine dans la création de grandes plantations dans les zones de fronts pionniers. Ces résultats incitent à analyser l'évolution de ces systèmes agroforestiers en portant une plus grande attention qu'auparavant aux interactions entre les différentes formes de production (familiale, patronale, capitaliste) et entre les trajectoires d'accumulation en capital qui se développent en milieu rural et en milieu urbain.

Pour satisfaire la consommation croissante de produits chocolatés, de nombreuses initiatives ont été lancées depuis une décennie afin d'augmenter la production de cacao. Ces initiatives continuent de promouvoir le modèle intensif en intrants préconisé depuis les années 1960, alors que ce modèle a atteint ses limites agronomiques, socio-économiques et environnementales. D'où la proposition de s'inspirer de l'agroforesterie pour faire évoluer le modèle actuel : introduire des arbres fruitiers et forestiers dans les cacaoyères contribue à l'intensification agroécologique de la cacaoculture, tout en apportant souplesse et résilience, nécessaires aux petits agriculteurs, qui produisent 95 % du cacao mondial.

En zone tropicale humide, la valeur des systèmes agroforestiers pour les agriculteurs est souvent difficile à évaluer. À partir d'un inventaire floristique réalisé dans 14 cacao - yères agroforestières du Centre-Cameroun, l'article propose leur évaluation participative basée sur la méthode de distribution des cailloux mobilisée pour quantifier la valeur accordée par les agriculteurs à chaque espèce en fonction des usages attribués. Au total, 86 espèces ligneuses ont été inventoriées. Les cinq espèces les plus fréquentes ont été le safoutier, Dacryodes edulis, avec 18 % des arbres inventoriés, l'avocatier, Persea americana, avec 11 %, le fraké, Terminalia superba, avec 10 %, le figuier, Ficus mucoso, avec 5 %, et Albizia adianthifolia, avec 3 %. Vingt-deux espèces (26 %) n'ont eu aucun usage pour les agriculteurs qui ont défini sept usages différents pour les autres espèces inventoriées. Parmi ces espèces, la valeur d'usage la plus élevée a été attribuée au cacaoyer (20 %). Ensuite, par ordre décroissant, les cinq espèces qui ont eu les valeurs d'usage les plus élevées ont été l'ayous, Triplochyton scleroxylon, le sapelli, Entandrophragma cylindricum, le safoutier, Dacryodes edulis, le palmier à huile, Elaeis guineensis, et le manguier, Mangifera indica. Le profil d'usage des cacaoyères a montré qu'elles sont principalement pilotées par les agriculteurs pour la vente de produits ligneux et non ligneux, l'autoconsommation de produits non ligneux et de produits médicinaux. Les résultats indiquent que les innovations techniques visant à améliorer les systèmes agroforestiers cacaoyers doivent tenir compte de leur complexité et de leur plurifonctionnalité.

La forêt d'Afrique centrale subit depuis plusieurs années une pression accrue qui résulte de la combinaison de divers facteurs. Alors que l'exploitation forestière sous aménagement durable constituait le mode dominant de gestion de l'espace forestier depuis de nombreuses décennies, plusieurs activités concurrentes prennent une ampleur grandissante. C'est notamment le cas des agricultures industrielle et paysanne. Au Cameroun, à moyen terme, ce sont 10 concessions forestières, 14 réserves forestières et 6 parcs nationaux qui seront potentiellement impactés par l'extension des plantations agroindustrielles existant aujourd'hui. L'ampleur est plus faible au Congo avec seulement deux projets significatifs de promotion de la cacaoculture et de développement des palmiers à huile. De nombreux acteurs sont favorables à l'extension des cultures, même au détriment des forêts. Une des raisons qui expliquent cet engouement tient à la rentabilité financière de ce mode d'usage des terres : l'exploitation d'un hectare de forêt apparaît comme une activité largement moins rentable que la plupart des cultures de rente. Au cours actuel de la tonne de carbone sur les marchés internationaux, la mise en oeuvre d'un dispositif REDD+ dans les concessions ne modifie que marginalement la rentabilité financière de l'aménagement forestier : le mécanisme de REDD+ ne constitue pas aujourd'hui une approche permettant aux concessions forestières de mieux résister à ce type de pression agricole.

An agroecological way to improve the provision of ecosystem services in agroecosystems consists in combining several plant species in the same plot. In this context, tropical agroforests, characterized by high plant diversity, are subject of an increasing interest. This work focuses on natural pest and disease regulation service in complex agroecosystems. Our hypothesis was that complex agroforest structures (composition and spatial structure) influence pest and disease attack intensity of the main crop. Host composition in agroforest has an impact on pest and disease due to resource dilution or amplification. Plant spatial structure (vertical and horizontal) in agroforest has an impact on pest and disease through its impact on microclimatic variations. Moreover, resource and microcli- matic variations interact under natural condition. Indeed, microclimatic variations can affect the vegetative growth of the host plant and thereby the amount of resource for pest and disease. However, the relative importance of host composition effects on pest and disease intensity due to resource dilution or amplification, and plant spatial structure effects due to microclimatic variations, is still unknown. Our objectives were (1) to characterize plant composition and spatial structure in cacao agroforests and (2) to quantify their interactions with pest and disease attack intensity on a plot scale. The study was conducted on two cacao diseases and one pest chosen for their contrasting spread and development characteristics : in Costa Rica, Frosty Pod Rot (FPR) intensity was studied in cacao agroforests in the Talamanca region ; in Cameroon, Black Pod (BP) intensity and mirid density were studied in cacao agroforests in the Centre region. Firstly, we characterized host composition and shade tree spatial structure in cacao agroforests. In Costa Rica, a diversity of forest tree spatial structures was identified ranging from significant aggregation to significant regularity depending on agroforest plots probably due to a management intensity gradient between plots. In Cameroon, we also identified a diversity of spatial structure between stands of the same plot. Indeed, forest trees are randomly distributed or aggregated while fruit trees are randomly or regularly distributed across the plot which suggests a difference in management intensity between these two stands. Secondly, we identified and classified host composition, amount of sensitive tissue and spatial structure characteristics of the associated plants, according to their explanatory power in explaining FPR intensity, BP intensity and mirid density in cacao agroforests. FPR intensity and mirid density decrease with a decreasing in sensitive tissues amounts and when forest trees are regularly or randomly distributed rather than aggregated or in low density at the plot scale. In another hand, FPR intensity decreases with an increasing in cacao tree density and BP intensity decreases with an increasing in cacao tree abundance which is in contrast to the resource dilution assumption. Overall, our results showed that the amount of sensitive tissue rather than the host composition variables explained the increase in pest and disease in complex agroecosystems. Moreover, the spatial structure of forest trees, never described in our level of accuracy, was a crucial characteristic of agroforests in explaining pest and disease regulation. Spatial structure optimization could be a way of agroecological management of FPR intensity and mirid density in cacao agroforests. In the context of agroecology, this work improves our understanding of ecological mechanisms involved in natural pest and disease regulation in cacao agroforests on a plot scale and opens prospects for their agroecological management.; Une voie agroécologique pour améliorer la fourniture des services écosystémiques dans les agroécosystèmes est d'associer plusieurs espèces végétales au sein d'une même parcelle. Dans ce contexte, les agroforêts tropicales, caractérisées par une forte diversité végétale, sont un modèle d'étude d'intérêt croissant. Dans ce travail qui porte sur le service de régulation des bioagresseurs, notre hypothèse est que la structure des agroforêts influence la régulation naturelle des bioagresseurs de la culture principale. La composition en plante hôte de l'agroforêt est susceptible d'influencer les bioagresseurs via les variations de la ressource. La structure spatiale de la végétation est susceptible d'influencer les bioagresseurs via les variations des conditions microclimatiques. Enfin, les variations de la ressource et du microclimat ne sont pas des mécanismes indépendants puisqu'un microclimat favorable à la croissance de la plante hôte du bioagresseur peut augmenter la quantité des tissus sensibles et donc la ressource pour ce bioagresseur. Pourtant, l'importance relative de l'effet de la composition et de la structure spatiale de la végétation des agroforêts sur l'intensité l'attaque des bioagresseurs a rarement été étudiée. Les objectifs de ce travail de thèse sont (1) de caractériser la composition et la structure spatiale des peuplements végétaux d'agroforêts à cacaoyers et (2) de quantifier leurs interactions avec l'intensité d'attaque de biogresseurs du cacaoyer. Ce travail est appliqué à trois bioagresseurs du cacaoyer : au Costa Rica, la moniliose sur un réseau de parcelles installé dans la région de Talamanca ; au Cameroun, la pourriture brune des cabosses et les mirides sur un réseau de parcelles installé dans la région Centre. Premièrement, nous avons caractérisé la composition et la structure spatiale de la végétation des agroforêts à cacaoyers du Costa Rica et du Cameroun. Au Costa Rica, nous avons identifié une diversité de structure spatiale des arbres forestiers entre parcelles, allant de l'agrégation à la régularité ce qui semble indiquer un gradient croissant de gestion entre ces parcelles. Au Cameroun, nous avons également observé une diversité de structure spatiale entre peuplement d'une même parcelle. En effet, les arbres forestiers sont aléatoirement distribués ou agrégés alors que les arbres fruitiers sont aléatoirement ou régulièrement distribués à l'échelle de la parcelle ce qui semble indiquer une différence d'intensité de gestion entre ces deux peuplements. Deuxièmement, nous avons hiérarchisé les caractéristiques de composition en hôte, de quantité de tissus sensibles et de structure spatiale de la végétation des agroforêts qui influencent l'intensité (i) de la moniliose (ii) de la pourriture brune et (iii) des mirides. L'intensité de la moniliose et la densité en mirides diminuent lorsque les quantités de tis- sus sensibles diminuent et lorsque les arbres forestiers sont aléatoirement ou régulièrement distribués plutôt qu'agrégés ou en faible densité à l'échelle de la parcelle. D'autre part, l'intensité de la moniliose diminue lorsque la densité en cacaoyers augmente et l'intensité de la pourriture brune diminue lorsque l'abondance en cacaoyers augmente, ces résultats étant contraires aux hypothèses de diminution et de dilution de la ressource. Globalement, nos résultats indiquent donc que les variations de la ressource liées aux variations de la composition en hôte ne sont pas le principal effet qui explique la présence des bioagresseurs dans les agroforêts complexes. La structure spatiale des arbres d'ombrage, encore jamais décrite à notre niveau de précision, joue un rôle déterminant et son optimisation pourrait être un moyen de lutte agroécologique contre la moniliose et les mirides du cacaoyer. Dans le cadre de l'agroécologie, ce travail nous a permis d'améliorer notre compréhension des mécanismes écologiques impliqués dans la régulation des bioagresseurs du cacaoyer à l'échelle de la parcelle et ouvre des perspectives pour leur gestion agroécologique.

Agroforesterie cacao: durabilité et environnement - Yaoundé Cameroun - 21-22 octobre 2012