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Several epidemics or pandemics of coronavirus-related infectious diseases have occurred in the last century. The three main health crises occurred in 2002/2003 with the emergence of SARS-CoV1, 2012 with the emergence of MERS-CoV and 2019/2021 with the emergence of SARS-CoV2. These three coronaviruses belong to the same subfamily of coronavirinae, have the same structure and many similarities in terms of characteristics, transmission and pathogenesis. To face these three coronaviruses, scientific teams have developed biomedical researches according to several strategies: use of molecules already known and used for another indication, development of new therapeutic molecules and new vaccines. To date, there is a therapeutic protocol of usual use against Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) but no really effective treatment against SARS-CoV1, MERS-CoV or SARS-CoV2. Several treatments are currently used against COVID-19 such as Ribavirin, Remdesevir, Lopinavir/Ritonavir and corticosteroids. Prospects for new treatments against COVID-19 such as monoclonal/polyclonal antibodies, interferons and protease inhibitors give hope. Scientific teams have been able to learn some lessons from past biomedical research to improve the fight against COVID-19. However, there are still some areas for improvement. Finally, biomedical research against SARS-CoV2 has many fast-track procedures around the world that theoretically allow sponsors to gain time to complete their research.; Plusieurs épidémies ou pandémies de maladies infectieuses liées aux coronavirus sont apparues ce dernier siècle. Les trois principales crises sanitaires sont apparues en 2002/2003 avec l’émergence SARS- CoV1, 2012 avec l’émergence du MERS-CoV et 2019/2021 avec l’émergence du SARS-CoV2. Ces trois coronavirus appartiennent à la même sous-famille des coronavirinae, présentent la même structure et de nombreuses similarités en termes de caractéristiques, de transmission et de pathogenèse. Pour faire face à ces trois coronavirus, les équipes scientifiques ont mis au point des recherches biomédicales selon plusieurs stratégies: utilisation de molécules déjà connues et utilisées dans une autre indication, développement de nouvelles molécules thérapeutiques et de nouveaux vaccins. A ce jour, il existe un protocole thérapeutique d’usage habituel contre le Syndrome Respiratoire Aiguë Sévère (SRAS) mais aucun traitement réellement efficace contre le SARS-CoV1, le MERS-CoV ou le SARS-CoV2. Plusieurs traitements sont actuellement utilisés contre la COVID-19 comme la Ribavirine, le Remdesevir, le Lopinavir/Ritonavir et les corticostéroïdes. Des perspectives de nouveaux traitements contre la COVID-19 comme les anticorps monoclonaux/polyclonaux, les interférons et les inhibiteurs de protéase donnent espoir. Les équipes scientifiques ont pu tirer certaines leçons des recherches biomédicales passées pour s’améliorer dans la lutte contre la COVID-19. Il existe cependant encore certains axes d’amélioration. Enfin, la recherche biomédicale contre le SARS-CoV2 connait de nombreuses procédures accélérées dans le monde qui permettent théoriquement aux promoteurs de gagner du temps pour mener à bien leurs recherches.

The FXRα receptor, described in 4 forms in humans, acts as an inducible transcription factor capable of binding to DNA as a heterodimer with the RXRα (Retinoid X Receptor α) to regulate the expression of target genes. By controlling gene transcription, the FXRα receptor is involved not only in the regulation of lipid and carbohydrate metabolism, but also in the synthesis, transport as well as detoxification of bile acids and their metabolites. This is an essential function since the loss of activity and/or expression of this receptor, as well as inappropriate increase in bile acid concentrations, are associated with proliferation and apoptosis disorders described to promote neoplastic transformation especially in the liver and colon. Recently, the work of our team and others has shown that the FXRα receptor is expressed in the human testis from the first trimester of pregnancy as well as in the mouse fetal testis, and that its activity controls the balance of germline stem cells in this tissue. The strong reduction of FXRα abundance in testicular germ cell tumors (TGCT) samples highlighted by the team as well as the identification of a new FXRα isoform present in the liver and other tissues such as the testis, raise questions about the participation of this factor in the molecular etiology of the disease.These elements are the basis of the scientific project which aims to: i) study the function of a new FXRα variant produced by the alternative splicing of a part of its DNA binding domain, and ii) determine if the alterations in expression and/or function of FXRα proteins affect the biology of germline stem cells (GSC) and participate to the molecular etiology of TGT.The results of the thesis work show that the FXRα1 variant spliced for its exon 5 (ΔEx5) is expressed in several human tissues and cell lines as well as in mice in similar a pattern than those described of FXR proteins. By the absence of part of its DNA-binding domain, this variant is no longer able to bind to its target sequence at the DNA level or to activate FXRα-dependent transcriptional networks. Furthermore, this FXRα variant appears to exert a slightly dominant negative effect on the transcriptional activity of FXRα1 while exhibiting different interaction capabilities for its partner RXRα to lead to the loss of permissiveness of this dimer to transduce a signal via a yet unknown structural mechanism. Collectively, the results presented in this thesis have highlighted a novel FXRα variant that has yet to be informed for its ability to fine-tune the adaptive and/or metabolic response induced by bile acids. However, these data will contribute to further improve our knowledge of how splice variants can fit FXRα functions in tissues and then shed light on the contribution of this receptor in the control of GSC biology with an impact on fertility disorders and TGT development., Le récepteur FXRα, décrit sous 4 formes chez l’homme, agit comme un facteur de transcription inductible capable de se lier à l’ADN sous la forme d’un hétérodimère avec le récepteur RXRα (Retinoid X Receptor α) pour réguler l’expression de gènes cibles. En contrôlant la transcription génique, le récepteur FXRα participe non seulement à la régulation du métabolisme des lipides et des glucides, mais aussi à la synthèse, au transport ainsi qu’à la détoxication des acides biliaires et de leurs métabolites. Il s’agit d’une fonction essentielle puisque la perte d’activité et/ou d’expression de ce récepteur, tout comme la hausse inappropriée des concentrations en acides biliaires, sont associées à des troubles de la prolifération et de l’apoptose décrits pour favoriser la transformation néoplasique notamment dans le foie et le colon. Récemment, les travaux de l’équipe et ceux d’autres laboratoires ont montré que le récepteur FXRα est exprimé dans le testicule humain dès le premier trimestre de la grossesse ainsi que dans les testicules fœtaux de souris, puis que son activité contrôle l’équilibre des cellules souches germinales dans ce tissu. La forte réduction de l’abondance de FXRα dans les échantillons de tumeurs germino-testiculaires (TGT) mise en évidence par l’équipe ainsi que l’identification d’une nouvelle isoforme de FXRα présente dans le foie et d’autres tissus comme le testicule, interrogent sur la participation de ce facteur à l’étiologie moléculaire de la maladie. Ces éléments fondent le projet scientifique qui vise à : i) étudier la fonction d’un nouveau variant de FXRα produit par l’épissage alternatif d’une partie de son domaine de liaison à l’ADN, et ii) de déterminer si les altérations d’expression et/ou de fonction des protéines FXRα affectent la biologie des cellules souches germinales (CSG) et participent à l’étiologie moléculaire des TGT.Les résultats du travail de thèse montrent que le variant FXRα1 excisé de son exon 5 (ΔEx5) est exprimé dans plusieurs tissus et lignées cellulaires humaines ainsi que chez la souris selon un profil superposable à celui des autres protéines FXRα. Par l’absence d’une partie de son domaine de liaison à l’ADN, ce variant n’est plus en mesure de se lier à sa séquence cible au niveau de l’ADN ni d’activer les réseaux transcriptionnels dépendants de FXRα. De plus, ce variant de FXRα semble exercer un léger effet dominant négatif sur l’activité transcriptionnelle de FXRα1 tout en présentant des capacités d’interaction différentes pour son partenaire RXRα pour mener à la perte de permissivité de ce dimère à transduire un signal via un mécanisme structurel encore inconnu. Collectivement, les résultats présentés dans ce mémoire ont mis en évidence un nouveau variant de FXRα qui reste encore à renseigner pour sa capacité à affiner la réponse adaptative et/ou métabolique induit par les acides biliaires. Toutefois, ces données contribueront à approfondir nos connaissances sur la façon dont les variants d’épissage peuvent adapter la fonction de FXRα dans les tissus, puis éclairer la participation de ce récepteur au contrôle de la biologie des CSG en lien avec les troubles de la fertilité et le développement des TGT.

Suite aux premiers cas d’infection de visons par le SARS-CoV-2 aux Pays-Bas, fin avril 2020, une surveillance clinique renforcée des quatre élevages français de visons a été mise en place par les DDcsPP dès le mois de mai. Une instruction technique DGAL/SDSPA/2020-342 du 08 juin 2020 est ensuite venue préciser les mesures de prévention et de surveillance de l’infection par le virus SARS-CoV-2 dans les élevages de visons et de furets en France. Dans le même temps, les services du ministère de la santé et des solidarités ont été alertés et les Agences régionales de santé (ARS) se sont rapprochées des exploitants de ces sites pourproposer des précautions sanitaires vis-à-vis du travail auprès de ces élevages.La surveillance évènementielle renforcée (basée sur la surveillance des signes cliniques) mise en place dans les élevages courant mai n’avait pas montré de signe de contamination des animaux par le SARS-CoV-2.L’Anses a été saisie une première fois le 24 juin 2020 par la DGAL sur les modalités de surveillance des élevages de visons français. Un premier avis du 1er juillet 2020 a été complété le 21 septembre 2020 , suite à l’information par la DGAL de l’impossibilité pratique de réaliser certains prélèvements sur visons vigiles.Dans le cadre d’un programme scientifique conduit par le laboratoire de l’Anses « Rage et faune sauvage » basé à Nancy, des analyses sérologiques et virologiques ont été réalisées mi-novembre 2020, à l’occasion des abattages d’animaux pour la production de fourrure. Le plan de prélèvement a été réalisé sur la base des préconisations de l’avis de l’Anses 2020-SA-0080, en vue d’établir le statut sanitaire des visons des quatre élevages. Le 20 novembre2020, l’un de ces quatre élevages, situé dans le département de l’Eure-et-Loir, s’est alors révélé infecté. Les résultats étaient positifs en sérologie et en RT-qPCR (reverse-transcription quantitative real-time polymerase chain reaction) témoignant d’une circulation virale en cours au sein du cheptel. L’ensemble des animaux de l’exploitation a été abattu en novembre 2020. Suite à la mise en œuvre de cette surveillance sérologique et virologique, les trois autresélevages français ont été trouvés indemnes de SARS-CoV-2 en novembre et décembre 2020. Les mesures de biosécurité renforcées et la surveillance évènementielle sont cependant maintenues dans ces trois élevages . Par ailleurs, l’analyse de séquençage du virus découvert dans l’élevage infecté a permis d’exclure un lien direct avec les variants du SARSCoV-2 identifiés aux Pays-Bas avant l’été 2020 et fin 2020 au Danemark, dans des élevagesde visons. Cette analyse de séquençage est compatible avec une transmission locale à partir d’humains infectés par le SARS-CoV-2 en France. Trois des 12 séquences obtenues montrent la cooccurrence d’une mutation synonyme dans l’ORF1ab et d’une substitution N501T dans la protéine spike, ces changements faisant partie de mutations dites récurrentes chez le vison.Dans ce contexte, l’Anses a été saisie par la DGAL et la DGS sur les questions suivantes :Question 1 : Dans le contexte sanitaire actuel, avec une circulation active du virus dans la population humaine, et vu la découverte récente d’un élevage positif sans aucune expression clinique, quelle surveillance faut-il mettre en œuvre dans les élevages de visons pour les mois à venir ? Des compléments aux recommandations du précédent avis rendu sur la surveillance des visons sont nécessaires au regard des nouvelles connaissances acquises liées à la surveillance en cours (éléments épidémiologiques et modalités de prélèvements). En fonction du dispositif de surveillance recommandé, le plan d’échantillonnage (unité épidémiologique, taille de l’échantillon, type de prélèvement, …) et le rythme de la surveillance devront être précisés. Les contraintes relatives à la manipulation des animaux pendant les prélèvements devront être prises en compte.Question 2 : Dans le cas où un élevage serait positif en sérologie mais sans mise en évidence de circulation virale (virologie négative), quel serait le risque sanitaire pour les compartiments humain et animal lié au fait de ne pas abattre les animaux ? Ces animaux peuvent-ils constituer un réservoir significatif du virus ?Question 3 : Quelles sont les conditions sanitaires de santé animale à mettre en place à l’introduction de visons extérieurs à l’élevage considéré dans les deux situations suivantes :- dans le cadre du fonctionnement normal d’un élevage non infecté ;- outre un nettoyage/désinfection standard qui semble suffisant dans ce cadre7 (à commenter ou moduler par l’Anses en tant que de besoin), même question dans le cadre du repeuplement d’un élevage après un abattage lié à la détection du virus SARS-Cov-2?Question 4 : En raison des mesures de biosécurité renforcées mises en place dans les élevages de visons, la principale source d’exposition des animaux au SARS-Cov-2 est liée au portage et activité de l’homme (nourrissage, soins, entretien des litières…) : de ce fait, quelle articulation mettre en place entre surveillances humaine et animale? L’existence de variations génétiques et leur portée de santé publique pourraient-elles être de nature à moduler la surveillance ? Quelle conduite tenir en cas de positivité (RT-PCR et/ou sérologie) vis-à-vis du SARS-Cov-2 dans un des « compartiment » humain ou animal et quelles en seraient les conséquences sur la surveillance de l’autre compartiment ?

Le SARS-CoV-2 est un virus enveloppé dont le génome est constitué d’ARN simple brin, de polarité positive d’environ 30 000 nucléotides. La protéine S (Spike) de surface se lie au récepteur cellulaire ACE2 qui est exprimé dans de nombreux tissus. Elle comprend deux sous-unités, S1 et S2, S1 contenant la région N-terminale (NTD) et le domaine de liaison au récepteur (RBD, receptor binding domain). Les mutations adaptatives du SARS-CoV-2 concernent principalement la protéine Spike et plus particulièrement les domaines RBD et NTD. Plusieurs de ces mutations ont été sélectionnées dans des lignages viraux indépendants ayant émergé dans différentes régions du globe. Ce phénomène est appelé convergence évolutive. Aujourd’hui, le variant Delta (δ) est progressivement remplacé par Omicron en France et dans le monde. Le variant Omicron B.1.1529, porteur d’une trentaine de mutations dans Spike, est détecté dès début novembre en Afrique du Sud, et au Botswana et se répand progressivement dans le reste du monde. D’autre part, le variant B.1.640 identifié au début du mois d’octobre en Bretagne et en Ile-de-France est également détecté de manière sporadique. La circulation continue du SARS-CoV-2 dans le monde, en particulier dans les pays où la vaccination n’est pas suffisamment étendue, fera inévitablement le lit de nouveaux variants nécessitant de renforcer la surveillance génotypique et phénotypique des virus circulants dans le monde.

The FXRα receptor, described in 4 forms in humans, acts as an inducible transcription factor capable of binding to DNA as a heterodimer with the RXRα (Retinoid X Receptor α) to regulate the expression of target genes. By controlling gene transcription, the FXRα receptor is involved not only in the regulation of lipid and carbohydrate metabolism, but also in the synthesis, transport as well as detoxification of bile acids and their metabolites. This is an essential function since the loss of activity and/or expression of this receptor, as well as inappropriate increase in bile acid concentrations, are associated with proliferation and apoptosis disorders described to promote neoplastic transformation especially in the liver and colon. Recently, the work of our team and others has shown that the FXRα receptor is expressed in the human testis from the first trimester of pregnancy as well as in the mouse fetal testis, and that its activity controls the balance of germline stem cells in this tissue. The strong reduction of FXRα abundance in testicular germ cell tumors (TGCT) samples highlighted by the team as well as the identification of a new FXRα isoform present in the liver and other tissues such as the testis, raise questions about the participation of this factor in the molecular etiology of the disease.These elements are the basis of the scientific project which aims to: i) study the function of a new FXRα variant produced by the alternative splicing of a part of its DNA binding domain, and ii) determine if the alterations in expression and/or function of FXRα proteins affect the biology of germline stem cells (GSC) and participate to the molecular etiology of TGT.The results of the thesis work show that the FXRα1 variant spliced for its exon 5 (ΔEx5) is expressed in several human tissues and cell lines as well as in mice in similar a pattern than those described of FXR proteins. By the absence of part of its DNA-binding domain, this variant is no longer able to bind to its target sequence at the DNA level or to activate FXRα-dependent transcriptional networks. Furthermore, this FXRα variant appears to exert a slightly dominant negative effect on the transcriptional activity of FXRα1 while exhibiting different interaction capabilities for its partner RXRα to lead to the loss of permissiveness of this dimer to transduce a signal via a yet unknown structural mechanism. Collectively, the results presented in this thesis have highlighted a novel FXRα variant that has yet to be informed for its ability to fine-tune the adaptive and/or metabolic response induced by bile acids. However, these data will contribute to further improve our knowledge of how splice variants can fit FXRα functions in tissues and then shed light on the contribution of this receptor in the control of GSC biology with an impact on fertility disorders and TGT development., Le récepteur FXRα, décrit sous 4 formes chez l’homme, agit comme un facteur de transcription inductible capable de se lier à l’ADN sous la forme d’un hétérodimère avec le récepteur RXRα (Retinoid X Receptor α) pour réguler l’expression de gènes cibles. En contrôlant la transcription génique, le récepteur FXRα participe non seulement à la régulation du métabolisme des lipides et des glucides, mais aussi à la synthèse, au transport ainsi qu’à la détoxication des acides biliaires et de leurs métabolites. Il s’agit d’une fonction essentielle puisque la perte d’activité et/ou d’expression de ce récepteur, tout comme la hausse inappropriée des concentrations en acides biliaires, sont associées à des troubles de la prolifération et de l’apoptose décrits pour favoriser la transformation néoplasique notamment dans le foie et le colon. Récemment, les travaux de l’équipe et ceux d’autres laboratoires ont montré que le récepteur FXRα est exprimé dans le testicule humain dès le premier trimestre de la grossesse ainsi que dans les testicules fœtaux de souris, puis que son activité contrôle l’équilibre des cellules souches germinales dans ce tissu. La forte réduction de l’abondance de FXRα dans les échantillons de tumeurs germino-testiculaires (TGT) mise en évidence par l’équipe ainsi que l’identification d’une nouvelle isoforme de FXRα présente dans le foie et d’autres tissus comme le testicule, interrogent sur la participation de ce facteur à l’étiologie moléculaire de la maladie. Ces éléments fondent le projet scientifique qui vise à : i) étudier la fonction d’un nouveau variant de FXRα produit par l’épissage alternatif d’une partie de son domaine de liaison à l’ADN, et ii) de déterminer si les altérations d’expression et/ou de fonction des protéines FXRα affectent la biologie des cellules souches germinales (CSG) et participent à l’étiologie moléculaire des TGT.Les résultats du travail de thèse montrent que le variant FXRα1 excisé de son exon 5 (ΔEx5) est exprimé dans plusieurs tissus et lignées cellulaires humaines ainsi que chez la souris selon un profil superposable à celui des autres protéines FXRα. Par l’absence d’une partie de son domaine de liaison à l’ADN, ce variant n’est plus en mesure de se lier à sa séquence cible au niveau de l’ADN ni d’activer les réseaux transcriptionnels dépendants de FXRα. De plus, ce variant de FXRα semble exercer un léger effet dominant négatif sur l’activité transcriptionnelle de FXRα1 tout en présentant des capacités d’interaction différentes pour son partenaire RXRα pour mener à la perte de permissivité de ce dimère à transduire un signal via un mécanisme structurel encore inconnu. Collectivement, les résultats présentés dans ce mémoire ont mis en évidence un nouveau variant de FXRα qui reste encore à renseigner pour sa capacité à affiner la réponse adaptative et/ou métabolique induit par les acides biliaires. Toutefois, ces données contribueront à approfondir nos connaissances sur la façon dont les variants d’épissage peuvent adapter la fonction de FXRα dans les tissus, puis éclairer la participation de ce récepteur au contrôle de la biologie des CSG en lien avec les troubles de la fertilité et le développement des TGT.

Introduction : l'arrivée du séquençage à haut débit dans la pratique clinique a révolutionné le diagnostic génétique et a lancé l'ère de la médecine génomique. Les exigences du diagnostic moléculaire a nécessité des efforts importants pour améliorer la qualité des données obtenues. Par exemple, des critères de qualité comportant notamment l’analyse de la « couverture » et de la « profondeur de lecture » de la séquence d’intérêt doivent être pris en compte dans l’interprétation des résultats. Un autre enjeu majeur est la problématique de l’interprétation des données de séquence obtenues, nécessitants des efforts nationales et internationales pour standardiser les façons d’interpréter les résultats. Enfin, devant le nombre de variants de signification inconnue identifiés par les tests de séquençage à haut débit, il y a un besoin d’établir des tests fonctionnels pour déterminer l’impact de ces variants sur le fonctionnement de la protéine ou sur l’épissage d’ARN messager.Méthodes : pour visualiser les données de couverture, nous avons développé et mis en place dans notre laboratoire un outil de visualisation de la couverture des panels diagnostics de gènes, CovReport. Nous avons ensuite effectué un travail de synthèse bibliographique pour mettre à jour les recommandations françaises pour l’interprétation des variants obtenu par séquençage à haut débit. Enfin, nous avons mis en place un test fonctionnel d’épissage in vitro par l’approche « minigènes » pour la majorité des exons de CAPN3, le gène responsable d’une forme majeure des dystrophies musculaires des ceintures.Résultats : Le logiciel CovReport, développé au sein de notre laboratoire, permet d'évaluer d'un seul clup d'œil la performance du test de séquençage pour aider le prescripteur dans la démarche diagnostique. Plus de 1500 tests diagnostiques de séquençage par panel de gènes au Laboratoire de génétique moléculaire (Hôpital Timone, l’AP-HM) ont été rendus avec l’aide de ce logiciel depuis juin 2018. Nous avons aussi émis des propositions pour la mise à jour des recommandations françaises en prenant en compte les nombreuses publications récentes avec des précisions pour les critères initiaux et de recommandations gène-spécifiques. La nouvelle version de ces recommandations est actuellement en cours de validation par les réseaux NGS-Diag et l’ANPGM avant d’être publiée et diffusée aux laboratoires de diagnostic génétique en France. Enfin, en utilisant le test fonctionnel développé, nous avons identifié des variants faux-sens avec un effet sur l’épissage du gène CAPN3. Les résultats de ce test ont permis de réévaluer la signification clinique de sept sur 24 variants testés.Conclusion : nos efforts dans la mise en place de la technologie de séquençage à haut débit à visée diagnostique, en coordination avec des initiatives nationales et internationales, permettent d’améliorer le diagnostic des maladies neuromusculaires et d’en diminuer l’errance diagnostique pour les patients atteints de ces maladies rares.

Cette étude vise la mise en place de concepts opératoires destinés à préciser les notions jusqu’à présent largement intuitives de variation(s) et de variante(s) en phraséologie, liées entre autres au problème du figement. Nous nous bornerons ici à la sous-classe des phrases parémiques ou proverbiales, définies sur la base de propriétés repérables. L’étude sera menée dans le cadre de la théorie des matrices lexicales., This study aims at building operative concepts in order to define such notions as variation and variant in phraseology, used until now in a largely intuitive way, and linked to the main problem of idiomaticity. The study will be limited to the usual proverbs, a subclass defined on the basis of objective linguistic criteria and will be carried out within the framework of lexical patterns.

Type particulier de phrase, le proverbe se trouve par son statut d’unité codée, préconstruite, proche de certaines unités lexicales. Cette particularité pose le problème de l’interprétation des concepts de « variante » et de « variation » en parémiologie. La variante étant liée à une condition de substituabilité ne sera pertinente qu’en synchronie, à l’inverse de la variation inhérente à la diachronie. Enfin, la variante sera encore précisée pour traiter la synonymie entre proverbes., A proverb is a particular type of sentence which, being a coded and pre-constructed whole, is related to the rest of lexical units. However, as it may display certain variants, it raises the question of variation in paremiology. The concept of variant, which hinges on the proverb’s substitutability, is only relevant in synchrony, since variation is inherent to diachrony by definition. Variants will be examined in order to study synonymous proverbs.

This thesis aims to analyze the ability for a Spanish proverb to reproduce, by many signifiers, i.e. variants, while maintaining a same meaning. In order to establish better appreciation for the paremic system and its formal variation, we will present a crossover approach between an interlingual comparative study (Castilian and dialectal proverbs) and a contrastive analysis between three languages: Spanish, Catalan and Galician. We will consider the proverb as a form which depends on a lexical matrix, including a semantic and a syntactic invariant. By describing these fixed points, we can take up and propose an alternative to the proverb theory as a completely “frozen” signifier, and to evaluate formal alterations which a matrix allows. Thus, we propose a variational approach for this linguistical category, to establish a typology of formal and structural alterations and move towards the various dimensions in variation which can interact with paremia. There can be diachronic, diatopic, diastratic and diaphasic variations. The syntactic and semantic description for paremias, that have been identified in Castilian, regional, Catalan and Galician lexicographic books, highlights the existence of a common matrix to different languages. It thus allows to asses a relatively homogeneous paremic system in peninsular Latin languages. Through the prism of linguistical tools as implicative genericity, mediativity, or lexical and rhythmic matrices, the linguistic study of proverbs allows to establish their limits and freedoms.; La présente thèse a pour objectif d’analyser la capacité du proverbe espagnol à se reproduire en plusieurs signifiants, i.e. des variantes, tout en maintenant un même signifié. Afin de mieux saisir le fonctionnement du système parémique, et de sa variation formelle, nous proposons une approche croisée entre une étude comparative interlinguale (proverbes castillans et proverbes dialectaux) et une étude contrastive entre trois langues : l’espagnol, le catalan et le galicien. Nous proposons d’envisager le proverbe comme une forme dépendant d’une matrice lexicale, qui inclut un invariant sémantique et un invariant syntaxique. La description de ces points fixes permet de reprendre et poser une alternative à la théorie du proverbe comme un signifiant entièrement figé, et de mesurer les altérations formelles qu’une matrice accepte. Nous avançons ainsi une approche variationnelle de cette catégorie linguistique, dans le but d’établir une typologie des altérations formelles et structurelles et d’avancer vers les différentes dimensions de la variation qui peuvent interagir sur les parémies : diachronique, diatopique, diastratique et diaphasique. La description syntaxique et sémantique des parémies relevées dans des ouvrages lexicographiques castillans, régionaux, catalan et galicien permet de mettre en avant l’existence d’une matrice commune à différentes langues et d’apprécier ainsi un système parémique relativement homogène dans les langues romanes péninsulaires. L’étude linguistique du proverbe, au prisme d’outils linguistiques comme la généricité implicative, la médiativité, les matrices lexicales, rimiques et rythmiques, permet d’établir les limites et les libertés des proverbes.

Thèse présentée sous la forme d'une " Thèse Article "; Introduction : les syndromes progéroïdes “segmentaires” représentent un groupe de pathologies rares et souvent sévères qui ont été étudiées depuis le 19ème siècle. Ces syndromes progéroïdes sont dits “segmentaires” car seulement une partie des signes cliniques observés dans le vieillissement naturel sont accélérés. Méthodes : depuis 2015, le Laboratoire de Génétique Moléculaire de Marseille (APHM, Hôpital Timone Enfants) propose le diagnostic moléculaire des syndromes caractérisés par un vieillissement prématuré, incluant les laminopathies et les maladies associées, en utilisant un panel de 82 gènes impliqués dans ces syndromes. Nous avons analysé les résultats obtenus sur les 66 cas index analysés avec ce panel, de 2015 à 2018. Résultats : au total, nous avons identifié dans environ ¼ des cas des variants pathogènes ou probablement pathogènes (ACMG classes 5 ou 4 respectivement), parmi lesquels 9 n’avaient jamais été décrits auparavant. En prenant en compte l’indication clinique pour la réalisation de l’examen, le rendement diagnostic est de quasiment 60% pour les cas index adressés avec une suspicion clinique précise du point de vue nosologique, à l’exception des syndromes liés aux anomalies du tissu conjonctif, pour lesquels le diagnostic clinique est souvent plus complexe. Ces résultats nous ont permis de proposer un conseil génétique pour un quart des patients adressés et de réaliser quatre diagnostics prénataux pour 3 familles. Nous décrivons par ailleurs 16 variants de signification inconnue dont 3 ont été reclassés en bénin grâce à l’analyse de ségrégation familiale. Conclusions : le séquençage à haut débit par le biais du panel laminopathies/syndromes de vieillissement prématuré offre un diagnostic moléculaire large pour des pathologies rares et permet de délivrer un conseil génétique adapté dans environ ¼ des cas. Ce panel représente un premier niveau d’analyse intéressant avant que soit éventuellement proposé dans le futur le séquençage du génome entier chez les patients restés sans diagnostic moléculaire, par les plateformes nationales de séquençage à haut débit prévues dans le plan « Médecine France génomique 2025 ».

Nous vivons au temps de tout et de son contraire. Un temps fait de rapidite et de lenteur, d’archaisme et de science-fiction, d’artisanat et de grandes series, d’Occident et d’Orient, de purete et de violence […]. Des objets d’usage quotidien s’entremelent aux objets theoriques, a la virtuosite productive, a l’ordinateur, aux objets historiques, aux œuvres d’art. Empruntee au champ des arts plastiques, la notion de « multiple » reste-t-elle pertinente dans le cas de productions qui se definis...

Ce mémoire de recherche vise à comparer trois versions différentes d’adaptations de conte dans le théâtre contemporain, et tout particulièrement, celles du « Petit chaperon rouge ». C’est à travers une analyse dramaturgique des textes de Le petit chaperon rouge de Joël Pommerat (2005), Le petit chaperon Uf de Jean-Claude Grumberg (2005), et La véridique histoire du petit chaperon rouge de Gustave Akakpo (2015), que cette étude s’appuie. Suite à une recherche des thèmes communs de chaque œuvre et des éléments qui les différencient, nous observons une volonté de travailler sur l’inconscient collectif tout en transmettant des valeurs propres à chaque auteur. Des références liées au conte originel sont présentes à travers la narration, l'oralité ou le choix de garder certains motifs récurrents. Cependant, chaque pièce ouvre le conte du « Petit chaperon rouge » à de nouveaux horizons et de nouvelles modifications : un espace temporel lié à la Seconde Guerre mondiale, l’accentuation des liens familiaux et l’inversion de l’histoire.

L’infection au virus du papillome humain oncogénique (VPH-HR) est associée au développement du cancer du col de l’utérus. L’expression des oncogènes viraux E6 et E7, qui favorisent la progression vers le cancer, est régulée par la région de contrôle longue ou LCR qui contient des sites de liaison pour plusieurs facteurs de transcription cellulaires et pour le répresseur viral E2. L’expression des oncogènes E6 et E7 est souvent dérégulée dans les cancers du col de l’utérus, une résultante de l’intégration du génome viral qui détruit fréquemment le cadre de lecture du gène E2. Plusieurs isolats ou variantes du VPH de type 33 (VPH33) avec une séquence nucléotidique du LCR différente du prototype ont été identifiés dans des spécimens de femmes infectées par le VPH et présentant des lésions intraépithéliales au niveau du col utérin. Deux polymorphismes, une délétion de 79 pb et la transversion C7732G, ont été associés à la persistance de l’infection et à un plus grand risque de développer une lésion intraépithéliale de haut-grade, respectivement. L’effet fonctionnel des polymorphismes du LCR du VPH33 sur l’expression génique virale, en particulier de la délétion de 79 pb et de C7732G, n’a jamais été caractérisé. Dans une première étude, l’activité transcriptionnelle des variantes de LCR du VPH33 a été comparée à celle du prototype dans les lignées cellulaires C33A et HeLa par des études de gènes rapporteurs suite à leur introduction en amont du gène de la Renilla luciférase. Nos résultats indiquent que l’activité transcriptionnelle des variantes du LCR du VPH33 reflète leur classification phylogénétique; les variantes issues de la lignée A2 étant les plus actives dans les C33A que le prototype du groupe A1. Des analyses par mutagenèse dirigée ont établi que l’activité accrue des LCRs de ces variantes est due à plusieurs variations, incluant la délétion de 79 pb et C7732G, et dont leur effet individuel est assez modeste. Dans les cellules HeLa, les niveaux de transcription des variantes de la lignée A2 étaient similaires à ceux observés chez le prototype. Cet effet a été attribué à la variation A7879G qui induit la répression du LCR dans ces cellules. Ces résultats indiquent que la combinaison de plusieurs variations dites faibles altère significativement l’activité transcriptionnelle du LCR du VPH33. D’un autre côté, les résultats rapportés dans notre deuxième étude indiquent que la mutation d’un élément important pour la régulation de la transcription virale peut tout autant altérer l’activité du LCR. La variante rare LCR10 de la lignée B montre une activité transcriptionnelle accrue comparée au prototype. Des analyses par mutagenèse dirigée ont identifié la variation T7791C comme étant responsable de l’activité augmentée du LCR10. L’effet stimulateur de ce polymorphisme est dû au fait qu’un site répresseur pour le facteur cellulaire C/EBPβ est aboli, tel que déterminé par des essais de liaison à l’ADN in vitro et de gène rapporteur. Un deuxième site C/EBPβ a également été identifié, cette fois-ci, agissant comme activateur de l’expression génique. Finalement, dans une troisième étude, nous montrons que C/EBPβ est un régulateur commun de l’expression des gènes chez les VPHs oncogéniques. Effectivement, plusieurs sites C/EBPβ sont retrouvés dans la région amplificatrice du LCR des VPHs à haut-risque tel que déterminé par des prédictions basées sur des matrices d’énergie et de fréquence. Certains de ces éléments sont similaires aux sites répresseurs et activateurs retrouvés dans le VPH33. Dans l’ensemble, nos études démontrent l’importance de caractériser l’effet individuel des polymorphismes du LCR pour mieux comprendre les mécanismes de modulation de la transcription des VPHs. De plus, nous montrons que C/EBPβ joue un rôle central autant dans la répression que dans l’activation de l’expression des gènes viraux., The infection by the oncogenic human papillomavirus (HR-HPV) is associated with the development of cervical cancer. The expression of the E6 and E7 viral oncogenes favors progression towards cancer and is driven by the long control region (LCR) which contains binding sites for both cellular factors and the viral E2 protein. The expression of these oncogenes is often upregulated in cervical cancer due to the integration of the viral genome which frequently disrupts the open reading frame of the repressor E2 gene. Several isolates or variants of HPV type 33 (HPV33) with a slightly different nucleotide sequence were previously identified in clinical samples from women infected with HPV33 and presenting squamous intraepithelial lesions of the uterus. Two polymorphisms, a 79-bp deletion and the C7732G transversion, were previously associated with an increased risk of persistence of infection and of developing high-grade lesions, respectively. The functional effect of polymorphisms in the HPV33 LCR on viral gene expression has never been assessed in particular for the 79-bp deletion and C7732G. In the first study presented here, the transcriptional activity of the HPV33 LCR variants were compared to that of the prototype in C33A and HeLa cell lines using gene reporter assays following their introduction upstream of the Renilla luciferase. Our results indicate that the LCR activity of the variants reflects their phylogenetic classification. As such, variants from the A2-sublineage were the most active in C33A cells when compared to the A1-sublineage prototype. Mutational analysis showed that the increased in LCR activity was the result of several weakly-acting variations, including the 79-bp deletion and C7732G. In HeLa cells, the lower transcriptional activity of the A2 variants was caused by A7879G which induces repression of the LCR in these cells. These results show that the combination of weakly-acting variations in the LCR significantly alters viral gene expression. In the second study, we show that the mutation of important regulatory elements also significantly enhances the transcriptional activity of the LCR. The rare HPV33 LCR10 variant from the B lineage exhibits increased transcriptional activity compared to the prototype. Mutational analysis shows that the T7791C variation is responsible for this phenotype. The stimulating effect of this variation is caused by the disruption of a repressor C/EBPβ site as determined in an in vitro DNA-binding assay and gene reporter assays. A second site necessary this time for the activation of the LCR was also identified. Finally, in the third study, we show that C/EBPβ is a common regulator of the oncogenic HPV gene expression. Several C/EBPβ sites were found in the enhancer region of the LCR of these HPV types as determined by our prediction using both energy- and frequency-based matrices. Some of these sites were found to be similar to the repressor and activating sites in the HPV33 LCR. Taken together, our studies highlight the importance of characterizing individual variations in the LCR in order to improve our knowledge on the mechanisms involved in the regulation of viral gene expression. We also show that the activating and inhibitory functions of C/EBPβ are important for the modulation of viral transcription.

La présente étude porte sur les mécanismes d’autoreformulation dans le roman La Jalousie d’A. Robbe-Grillet. Les deux premières sections sont consacrées aux multiples micro-variations observables dans les descriptions réitérées de deux scènes particulières (la réparation d’un pont au fond de la vallée et l’apéritif sur la terrasse) et aux effets, sur un lecteur soucieux de cohérence référentielle, des subtiles déformations à l’œuvre. La troisième section s’attache à la stratégie d’écriture revendiquée par l’auteur, qui s’inscrit dans le courant du Nouveau Roman ; il est montré que le jeu incessant des altérations/bifurcations, qui brouille les repères spatio-temporels et désoriente ainsi le lecteur, vise précisément à produire un kaléidoscope d’images (remémorées, rêvées ou fantasmées) constituant autant d’instantanés de conscience. This article deals with the reformulation devices at work in the novel Jealousy by A. Robbe-Grillet. The first two sections of the article are devoted to the numerous micro-variations which occur in the description of two particular scenes (namely workmen restoring a bridge down in the valley, and protagonists having drinks on the terrace) and to the effects of those subtle textual deformations on a reader looking for referential coherence. The third section focuses on the writing strategy of the author, which partakes in the “Nouveau Roman” trend; it is shown that the constant distortions/bifurcations, which confuse the reader’s spatio-temporal landmarks, are precisely intended to build up kaleidoscopic images (whether memories, dreams or fantasies) amounting to momentary states of consciousness.

Dirigé par le regretté David Trotter, ce volume est le quatrième d’une collection ambitieuse de « Manuels de linguistique romane » qui en comprend pour l’instant 28, parus ou à paraître (https://www.degruyter.com/view/serial/203451 : page consultée le 29 décembre 2016), mais qui en prévoit 60 (p. V). Elle a pour but de couvrir tous les domaines de la linguistique et de la philologie romanes au sens traditionnel du terme : étude philologique et linguistique des variétés romanes médiévales, et ...

– This article deals with the reformulation devices at work in the novel Jealousy by Robbe-Grillet. The first two sections of the article are devoted to the numerous micro-variations which occur in the description of two particular scenes (namely workmen restoring a bridge down in the valley, and protagonists having drinks on the terrace) and to the effects of those subtle textual deformations on a reader looking for referential coherence. The third section focuses on the writing strategy of the author, which partakes in the « Nouveau Roman » trend; it is shown that the constant distortions/bifurcations, which confuse the reader’s spatio-temporal landmarks, is precisely intended to build up kaleidoscopic images (whether memories, dreams or fantasies) amounting to momentary states of consciousness., – La présente étude porte sur les mécanismes d'auto-reformulation dans le roman La Jalousie de Robbe-Grillet. Les deux premières sections sont consacrées aux multiples micro-variations observables dans les descriptions réitérées de deux scènes particulières (la réparation d'un pont au fond de la vallée et l'apéritif sur la terrasse) et aux effets, sur un lecteur soucieux de cohérence référentielle, des subtiles déformations à l'oeuvre. La troisième section s'attache à la stratégie d'écriture revendiquée par l'auteur, qui s'inscrit dans le courant du Nouveau Roman ; il est montré que le jeu incessant des altérations/bifurcations, qui brouille les repères spatio-temporels et désoriente ainsi le lecteur, vise précisément à produire un kaléidoscope d'images (remémorées, rêvées ou fantasmées) constituant autant d'instantanés de conscience.

La grippe, sous sa forme saisonnière, est considérée comme une maladie anodine. Pourtant, elle est responsable de 250.000 à 500.000 décès chaque année dans le monde. Mais, qu’en est-il lorsque cette grippe échappe à tout contrôle, lorsque l’épidémie se transforme en pandémie ? Dans un premier temps, nous présentons les virus de la grippe au point de vue de la morphologie et de la physiopathologie, ainsi que les signes cliniques et traitements existant vis-à-vis de cette infection virale. Nous verrons qu’il n’existe pas un mais de très nombreux virus de la grippe, ce qui explique qu’il est possible de contracter une grippe plusieurs fois dans sa vie. Dans la seconde partie, nous nous intéressons aux pandémies grippales depuis la préhistoire jusqu’à la dernière en date. Nous verrons plus particulièrement les pandémies du XXe et du XXIe siècle : la grippe espagnole de 1918, la grippe asiatique de 1957, la grippe de Hong-Kong de 1968 et enfin la grippe A de 2009. Nous retraçons, pour ces pandémies, la circulation du virus, la symptomatologie, les traitements et mesures prises à chaque époque. Enfin, la dernière partie porte sur le rôle du pharmacien dans les plans actuels de pandémie. Ce rôle, surtout basé sur le conseil, est reporté dans différents contextes : en maison de retraite, à l’officine et dans une société de délivrance d’oxygène.

The thesis seeks to give an overall image concerning the linguistic situation of Cajun French of Louisiana. This regional variant of French is spoken by a minority group of speakers in this state. Given that the paper was created in the Czech academic community where Cajun French is virtually unknown, it tries to spark more interest in this topic. The first chapter presents the theoretical input to the outlined problem and Czech works dealing with Cajun French. The second chapter shows the basic facts about Louisiana, as well as the key events in its history. It examines the creation of Cajun French and characterizes its specific features. It also includes a mention of Cajun French reference books. The third chapter examines the legal status of the French language in Louisiana. Furthermore, the work sheds light on its French language policy, carried out mainly by a state agency called CODOFIL (the abbreviation comes from Council for the Development of French in Louisiana).The thesis later explains what the adherence to Francophonie would mean for this state. This is followed by an account of the relations entertained with Francophonie. The thesis later outlines the current linguistic situation and describes the possibilities of studying French in Louisiana.The presence of French on signage and in...

Thèse placée sous licence Creative Commons CC-by-nc-nd (Paternité-Pas d'utilisation commerciale-Pas de modification); We present an original anatomic study of the intrahepatic portal three, based on a 307 abdominal MSCT analysis. Portal vein division variations are frequent (23,45%) and easily recognizable on 3D MIP views. Their detection is imperative before an interventional procedure (portal vein embolization, TIPS creation) or a complex surgical procedure (partial liver resection, liver transplantation). This classification provides a guide to the operating technique and detect the contraindications: type 1 is favorable for all interventions; type 2 is less favorable: it doesn't represent a contraindication to interventional radiology procedure but it makes the surgical split of the liver more difficult; type 3 need changes in interventional and surgical procedures because ignoring it could lead to major complications; type 4 contraindicates any interventional technique on the liver.; Nous présentons une étude anatomique originale de l'arborisation portale intra-hépatique à partir de l'analyse de scanners abdominaux de 307 sujets. Les variations de division de la veine porte sont fréquentes (23,45%) et facilement identifiables sur des vues 3D MIP. Leur connaissance est impérative avant de décider d'un geste de radiologie interventionnelle (embolisation, réalisation de shunt porto-systémique) ou chirurgical (hépatectomie partielle, transplantation hépatique). La classification proposée permet d'orienter la technique et de repérer les contre-indications : le type 1 est favorable à tout geste technique ; le type 2 est moins favorable : il ne représente pas une contre-indication à l'embolisation mais complexifie la partition chirurgicale du foie ; le type 3 nécessite des modifications des procédures de radiologie interventionnelle et chirurgicales car sa méconnaissance expose à des complications dramatiques ; le type 4 contre-indique tout geste d'embolisation ou de partition du foie.

Les E. coli entérotoxinogènes (ETEC) sont souvent la cause de diarrhée post-sevrage chez le porc. Deux types d’entérotoxines sont retrouvées chez les ETEC, soit les thermolabiles, comme la toxine LT, et les thermostables, comme EAST-1, STa et STb. Cette dernière est composée de 48 acides aminés et est impliquée dans la pathologie causée par les ETEC. Pour la première fois un variant de la toxine STb fut découvert dans une étude. Nous avons alors émis l’hypothèse qu’il y a présence de variants dans la population de souches ETEC du Québec. Dans les 100 souches STb+ analysées, 23 possédaient le gène de la toxine avec une variation dans la séquence génétique : l’asparagine était présente en position 12 remplaçant ainsi l’histidine. Une corrélation entre la présence du variant et la présence de facteurs de virulence retrouvés dans ces 100 souches ETEC étudiées a été effectuée. Ce variant semble fortement associé à la toxine STa puisque toutes les souches variantes ont hybridé avec le gène codant pour cette dernière. Étant donné sa présence répandue dans la population de souches ETEC du Québec, nous avons de plus émis l’hypothèse que ce variant a des caractéristiques biologiques altérées par rapport à la toxine sauvage. L’analyse par dichroïsme circulaire a montré que le variant et la toxine sauvage ont une structure secondaire ainsi qu’une stabilité similaires. Par la suite, l’attachement au récepteur de la toxine, le sulfatide, a été étudié par résonnance plasmonique de surface (biacore). Le variant a une affinité au sulfatide légèrement réduite comparativement à la toxine sauvage. Puisque l’internalisation de la toxine fut observée dans une étude précédente et qu’elle semble liée à la toxicité, nous avons comparé l’internalisation du variant et de la toxine sauvage à l’intérieur des cellules IPEC-J2. L’internalisation du variant dans les cellules est légèrement supérieure à l’internalisation de la toxine sauvage. Ces résultats suggèrent que le variant est biochimiquement et structurellement comparable à la toxine sauvage., Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) are a major cause of post-weaning diarrhea. STb is one of two heat-stable toxins produced by ETEC and is mostly associated with pathogenic porcine isolates. For the first time, a variant of the toxin was observed in a study in 2003. Our hypothesis is that STb variants are present in ETEC strains from Quebec. To screen for alterations at the gene level, a collection of 100 STb+ ETEC strains isolated from diseased pigs was randomly selected and analyzed. A total of 23 strains had a change from His12 to Asn. An association between the presence of the variant and virulence factors present in those strains was done. These strains were also positive for STa. Since this variant seems to be widely distributed in Quebec, we hypothesize that the variant has different biological properties compared to the wild-type STb. First, the secondary structure of the variant and wild-type toxin and their thermal stability was determined by circular dichroism. Both show similar structures and thermal stability. In addition, the binding affinity with the toxin receptor, the sulfatide, was determined by surface plasmon resonance. The affinity of the wild-type for the sulfatide is slightly superior to the variant. Finally, the internalization inside IPEC-J2 cells of the variant was compared to the wild-type. The variant is able to internalize more cells than the wild-type. Altogether, these results suggest that both the variant and the wild-type toxin are biochemically and structurally similar.

Equine [bêta]-casein ([bêta]-CN) and [alpha]s1-casein ([alpha]s1-CN) have a variable phosphorylation degree and are good models for the study of the influence of phosphorylation degree and peptide sequence on chelation of caseinophosphopeptides (CPP) with minerals of nutritional interest. Before considering such study, structure of caseins must be precisely determined. Our work has been devoted to the characterization of post-transcriptional and post-translational variants of [alpha]s1-CN and [bêta]-CN. Concerning [alpha]s1-CN, the full-length protein, three alternative splicing variants involving exons 7 and 14 and four variants involving cryptic splice site resulting in deletion of residue Gln91 have been identified in mare's milk after chromatographic fractionation and mass spectrometric analysis. The phosphorylation degree of these variants varies between 2 and 8 phosphate groups. Finally, 36 isoforms of [alpha]s1-CN have been identified. Isolation of each phosphorylation variant (having 3 to 7 phosphate groups) of [bêta]-CN by chromatography, and characterization of modified forms of [bêta]-CN by non enzymatic deamidation of residue Asn135 permits the establishment of bidimensional cartography of [bêta]-CN with precision. After hydrolysis by trypsin, CPP of each phosphorylation variant have been prepared by affinity chromatography to titanium dioxide, a recent technology, which allowed to locate by mass tandem spectrometry the phosphorylated sites of [bêta]-CN (Ser9, Ser10, Thr12, Ser18, Ser23, Ser24, Ser25). It was shown that the phosphorylation of [bêta]-CN is not a random process but follows a sequential way, La caséine [bêta] (CN-[bêta]) et la caséine [alpha]s1 (CN-[alpha]s1) du lait de jument possèdent un taux variable de phosphorylation et sont de bons modèles d'étude de l'influence du degré de phosphorylation et de la séquence peptidique sur la chélation de caséinophosphopeptides (CPP) avec des minéraux d'intérêt nutritionnel. Avant d'envisager une telle étude, la structure des caséines doit être déterminée précisément. Notre travail a été consacré à la caractérisation de variants post-transcriptionnels et post-traductionnels de CN-[alpha]s1 et de CN-[bêta]. Après fractionnement chromatographique et analyse par spectrométrie de masse, la CN-[alpha]s1 entière, trois variants d'épissage alternatif des exons 7 et 14 de la CN-[alpha]s1 et quatre variants délétés du résidu Gln91, résultat de l'utilisation d'un site d'épissage cryptique, ont été identifiés dans le lait équin. Nous avons montré que le degré de phosphorylation de ces isoformes varie de 2 à 8 groupes phosphates. Au total, 36 isoformes différentes de CN-[alpha]s1 ont été caractérisées. La cartographie bidimensionnelle de la CN-[bêta] a été établie avec précision après avoir isolé par chromatographie chacun des variants de phosphorylation (possédant de 3 à 7 groupes phosphates) et après avoir caractérisé les formes de CN-[bêta] modifiées par désamidation non enzymatique du résidu Asn135. Des CPP trypsiques de chaque variant de phosphorylation ont été préparés avec une technique récente de chromatographie d'affinité au dioxyde de titane, ce qui a permis de localiser par spectrométrie de masse en tandem les sites phosphorylés de la CN-[bêta] (Ser9, Ser10, Thr12, Ser18, Ser23, Ser24, Ser25) et de montrer que la phosphorylation de la CN-[bêta] n'est pas aléatoire mais séquentielle

Equine [bêta]-casein ([bêta]-CN) and [alpha]s1-casein ([alpha]s1-CN) have a variable phosphorylation degree and are good models for the study of the influence of phosphorylation degree and peptide sequence on chelation of caseinophosphopeptides (CPP) with minerals of nutritional interest. Before considering such study, structure of caseins must be precisely determined. Our work has been devoted to the characterization of post-transcriptional and post-translational variants of [alpha]s1-CN and [bêta]-CN. Concerning [alpha]s1-CN, the full-length protein, three alternative splicing variants involving exons 7 and 14 and four variants involving cryptic splice site resulting in deletion of residue Gln91 have been identified in mare's milk after chromatographic fractionation and mass spectrometric analysis. The phosphorylation degree of these variants varies between 2 and 8 phosphate groups. Finally, 36 isoforms of [alpha]s1-CN have been identified. Isolation of each phosphorylation variant (having 3 to 7 phosphate groups) of [bêta]-CN by chromatography, and characterization of modified forms of [bêta]-CN by non enzymatic deamidation of residue Asn135 permits the establishment of bidimensional cartography of [bêta]-CN with precision. After hydrolysis by trypsin, CPP of each phosphorylation variant have been prepared by affinity chromatography to titanium dioxide, a recent technology, which allowed to locate by mass tandem spectrometry the phosphorylated sites of [bêta]-CN (Ser9, Ser10, Thr12, Ser18, Ser23, Ser24, Ser25). It was shown that the phosphorylation of [bêta]-CN is not a random process but follows a sequential way, La caséine [bêta] (CN-[bêta]) et la caséine [alpha]s1 (CN-[alpha]s1) du lait de jument possèdent un taux variable de phosphorylation et sont de bons modèles d'étude de l'influence du degré de phosphorylation et de la séquence peptidique sur la chélation de caséinophosphopeptides (CPP) avec des minéraux d'intérêt nutritionnel. Avant d'envisager une telle étude, la structure des caséines doit être déterminée précisément. Notre travail a été consacré à la caractérisation de variants post-transcriptionnels et post-traductionnels de CN-[alpha]s1 et de CN-[bêta]. Après fractionnement chromatographique et analyse par spectrométrie de masse, la CN-[alpha]s1 entière, trois variants d'épissage alternatif des exons 7 et 14 de la CN-[alpha]s1 et quatre variants délétés du résidu Gln91, résultat de l'utilisation d'un site d'épissage cryptique, ont été identifiés dans le lait équin. Nous avons montré que le degré de phosphorylation de ces isoformes varie de 2 à 8 groupes phosphates. Au total, 36 isoformes différentes de CN-[alpha]s1 ont été caractérisées. La cartographie bidimensionnelle de la CN-[bêta] a été établie avec précision après avoir isolé par chromatographie chacun des variants de phosphorylation (possédant de 3 à 7 groupes phosphates) et après avoir caractérisé les formes de CN-[bêta] modifiées par désamidation non enzymatique du résidu Asn135. Des CPP trypsiques de chaque variant de phosphorylation ont été préparés avec une technique récente de chromatographie d'affinité au dioxyde de titane, ce qui a permis de localiser par spectrométrie de masse en tandem les sites phosphorylés de la CN-[bêta] (Ser9, Ser10, Thr12, Ser18, Ser23, Ser24, Ser25) et de montrer que la phosphorylation de la CN-[bêta] n'est pas aléatoire mais séquentielle

Each spermatozoon not only transmits the paternal genome, but also epigenetic information, closely related to the genome structural organization, or “epigenome”. Despite its crucial involvement in embryonic development, epigenome reprogramming during germ cells post-meiotic differentiation, or spermiogenesis, is a very poorly known process. It involves a global chromatin restructuration, characterized by extraction of most histones and their replacement by sperm-specific proteins. Based on the study of post meiotic cells, this work shows an original dialogue between post-translational histone modifications, and the presence of new histone variants associated with pericentric heterochromatin. Epigenetic reprogramming of imprinting control regions is also analyzed. Moreover, new functions have been attributed to several chaperones, mainly HSP70.2, Npm3 and NAP1L4, which are involved in chromatin incorporation of histone variants and basic proteins during the late steps of spermiogenesis.Altogether, a coordinated action of several chromatin reorganization pathways leads to the setting of a new epigenome, which will be transmitted to the zygote., Chaque spermatozoïde transmet non seulement le génome paternel, mais également une information épigénétique, portée par l'organisation structurale du génome, ou épigénome. Malgré son importance lors du développement embryonnaire, peu de données décrivent l'épigénome transmis par le gamète mâle. Ce travail étudie la reprogrammation de l'épigénome lors de la différenciation post-méiotique des cellules germinales males, ou spermiogenèse. Ce processus implique une restructuration globale de la chromatine caractérisée par l'enlèvement de la majorité des histones, associées à l'ADN dans les cellules somatiques, et leur remplacement par des protéines nucléaires spécifiques du gamète male. Ce travail met en évidence dans les cellules post-méiotiques, un dialogue original entre les modifications post-traductionnelles des histones et la présence de nouveaux variants d'histones associés à l'hétérochromatine péricentrique. La reprogrammation épigénétique des régions de contrôle de l'empreinte parentale a également été analysée. De plus, de nouvelles fonctions ont été mises en évidence pour plusieurs protéines chaperones, notamment HSP70.2, Npm3 et NAP1L4, qui seraient impliquées dans l'incorporation de variants d'histones ou de protéines basiques spécifiques lors des étapes tardives de la spermiogenèse.Ainsi, l'action coordonnée de plusieurs voies de réorganisation de la chromatine participe à la mise en place de l'épigénome transmis par les spermatozoïdes.

Un important déficit en méthylation de l'ADN a été démontré précédemment dans différents tissus provenant de palmiers à huile (Elaeis guineensis Jacq.) issus de l'embryogenèse somatique et manifestant la variation somaclonale "mantled". Au cours de la présente étude, nous avons, dans un premier temps, cherché à confirmer l'association entre hypométhylation et anomalie phénotypique en induisant une déméthylation du génome au moyen de substances chimiques utilisées en cancérologie (5-azacytidine, 5-aza-2'-désoxycytidine, S-adénosylméthionine). Nous avons également porté nos investigations à une échelle plus fine, en ciblant des séquences spécifiques, dont les perturbations des profils de méthylation sont susceptibles de rendre compte du phénotype variant. Pour cela, deux techniques différentes de recherche de marqueurs moléculaires, basées sur des différentiels de profils de méthylation au niveau de sites Mspl/Hpall, ont été mises en oeuvre. Nous avons ainsi criblé des sondes ADNc de palmier à huile sur leur capacité à discriminer entre les deux phénotypes de cals embryogènes, par methylation-sensitive-RFLP/Southern blot (MS-RFLP). Chez une population de régénérants adultes des deux phénotypes, nous avons effectué une comparaison à grande échelle du statut de méthylation des sites CCGG, par methylation-sensitive amplification polymorphism (MSAP). Puis, afin de cartographier plus finement le statut de méthylation des différents marqueurs d'intérêt ainsi mis en évidence, nous avons entrepris de mettre au point la réaction de conversion des cytosines non méthylées par le bisulfite de sodium. Les dysfonctionnements des gènes d'ADN-méthyltransférases sont fréquemment impliqués dans l'apparition d'anomalies du développement. Dans le but d'examiner la possible implication de ces gènes dans le phénotype variant, nous avons cherché à isoler des représentants de la principale famille structurale, METI, chez le palmier à huile. Les différentes approches développées au cours de cette thèse sont susceptibles de converger vers l'élaboration d'un test de détection précoce de la variation somaclonale "mantled".