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Abstract Background Enhancers are non-coding DNA sequences, which when they are bound by specific proteins increase the level of gene transcription. Enhancers activate unique gene expression patterns within cells of different types or under different conditions. Enhancers are key contributors to gene regulation, and causative variants that affect quantitative traits in humans and mice have been located in enhancer regions. However, in the bovine genome, enhancers as well as other regulatory elements are not yet well defined. In this paper, we sought to improve the annotation of bovine enhancer regions by using publicly available mammalian enhancer information. To test if the identified putative bovine enhancer regions are enriched with functional variants that affect milk production traits, we performed genome-wide association studies using imputed whole-genome sequence data followed by meta-analysis and enrichment analysis. Results We produced a library of candidate bovine enhancer regions by using publicly available bovine ChIP-Seq enhancer data in combination with enhancer data that were identified based on sequence homology with human and mouse enhancer databases. We found that imputed whole-genome sequence variants associated with milk production traits in 16,581 dairy cattle were enriched with enhancer regions that were marked by bovine-liver H3K4me3 and H3K27ac histone modifications from both permutation tests and gene set enrichment analysis. Enhancer regions that were identified based on sequence homology with human and mouse enhancer regions were not as strongly enriched with trait-associated sequence variants as the bovine ChIP-Seq candidate enhancer regions. The bovine ChIP-Seq enriched enhancer regions were located near genes and quantitative trait loci that are associated with pregnancy, growth, disease resistance, meat quality and quantity, and milk quality and quantity traits in dairy and beef cattle. Conclusions Our results suggest that sequence variants within enhancer regions that are located in bovine non-coding genomic regions contribute to the variation in complex traits. The level of enrichment was higher in bovine-specific enhancer regions that were identified by detecting histone modifications H3K4me3 and H3K27ac in bovine liver tissues than in enhancer regions identified by sequence homology with human and mouse data. These results highlight the need to use bovine-specific experimental data for the identification of enhancer regions.

Ein rezenter Boden und zwei begrabene Paläoböden, Einheiten II-III-IV (oberer) und IV (unterer)-V, liefern wichtige Informationen über Paläoklima und Abflußverhältnisse in den Virunga-Bergen von trockeneren zu feuchteren paläoklimatischen Phasen des Spätglazials bis zu mittleren postglazialen Zeiten. Zusammenfassend betrachtet, weist die stratigraphische Abfolge zunächst auf eine Verwitterungsperiode des Festgesteins hin, der eine Phase folgt, in der tuffige Schichten abgelagert wurden. Die Zeit war von einer Verwitterung unter trockeneren und vielleicht kälteren Bedingungen begleitet. Später, während des letzten Glazials, kam es bei verstärkter Aktivität der Flüsse zur Sedimentation von Schwemmlandablagerungen, die von einer dünnen Tuff-Schicht überdeckt wurden. Diese Sedimente sind intensiver verwittert als die liegenden Schichten. Der rezente Boden zeigt eine vergleichsweise geringe Verwitterung mobiler Elemente, was darauf hindeutet, daß die Klimaverhältnisse im späten Mittel-Holozän und Spät-Holozän etwas trockener und vielleicht kühler waren als im Früh-Holozän. Die Geochemie der drei Böden zeigt eine bedeutende Abnahme von Na, Ca und K im mittleren Paläoböden im Vergleich zum älteren Paläoböden und zu den rezenten Böden. Eisen als ein wichtiger Indikator für das Paläoklima deutet daraufhin, daß die mittleren Einheiten II und III des oberen Paläobodens unter feuchteren Klimabedingungen als heute entstanden sind. Die Radiokarbon-Datierungen des mittleren Paläobodens zeigen, daß dieser Boden einer sub-aerischen Verwitterung vom Kalambo-Interstadial (» 25000 Jahre vor heute) bis zum Mittel-Holozän ausgesetzt war. Die gesamte Verwitterung im mittleren Abschnitt ist zu weit fortgeschritten und während des Holozäns entstanden. Die relativ hohe Konzentration von Th in den anstehenden Festgesteinen, Tuffen, Schwemmlandsedimenten und Hangrutschmassen zeigt, daß Th die Quelle der Radioaktivität ist, von der andere Autoren aus den Virunga-Bergen berichten.

Si Francine Barthe-Deloizy semble s’excuser, dans la première phrase de son introduction, de commettre « un livre de plus sur la nudité, le nu, le corps », les géographes qui la liront ne partageront certainement pas cette lassitude : leur réaction devrait bien plutôt s’apparenter à « enfin, une géographie du nu et du corps !». Peut-être par pudibonderie, ou peut-être parce que le géographe français aime à se penser comme pur esprit, notre discipline a longtemps ...