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Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:14:53Z No. of bitstreams: 1 Thamiris de Souza Dissertacao completa.pdf: 1295645 bytes, checksum: d02a9de8958dab35057294925d09e4ab (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:14:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Thamiris de Souza Dissertacao completa.pdf: 1295645 bytes, checksum: d02a9de8958dab35057294925d09e4ab (MD5) Previous issue date: 2017-07-26 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Functional changes in different types of adipose tissue are commonly present in obesity and have been referred as remodeling. Some fatty acids, such as polyunsaturated omega-3, were related to the consequences of obesity. The objective of the present study was to evaluate the effect of dietary supplementation with chia (Salvia hispanica L.) oil on the subcutaneous and visceral adipose tissue of obese animals at different stages of life. Male Swiss mice were divided into 4 groups at 21 days of age, fed diets up to 135 days: EU: control diet; H: high fat diet (45% Kcal of lipids); HC: animals of group H with supplementation of chia oil from 90 days; HCD:high fat diet with chia oil supplementation since weaning. Glucose tolerance; inflammatory markers; morphometry of epididymal adipose tissue; expression of genes and proteins involved in the remodeling of adipose tissue by qRT-PCR, western blotting and immunohistochemistry were evaluated. Chia oil supplementation caused changes in both groups. In HCD, food intake and serum leptin concentrations were reduced. In epididymal adipose tissue, supplementation promoted less adipocyte hypertrophy. In addition, it resulted in improved glycemic response and animals from the HCD group increased the mitochondrial load markers in the subcutaneous adipose tissue, suggesting the browning process. Obesity and supplementation did not promote changes related to angiogenesis or the presence of macrophages in epididymal adipose tissue. Thus, the results suggest that supplementation with chia oil may minimize the changes caused by obesity, mainly in the HCD group. Alterações funcionais nos diferentes tipos de tecido adiposo estão comumente presentes na obesidade e têm sido referidas como remodelamento. Alguns ácidos graxos, como poliinsaturados ômega-3, foram relacionados às consequências da obesidade. O objetivo do presente estudo foi avaliar o efeito da suplementação dietética com óleo de chia (Salvia hispanica L.) no tecido adiposo subcutâneo e visceral de animais obesos em diferentes fases da vida. Camundongos machos Swiss foram divididos em 4 grupos aos 21 dias de idade, sendo alimentados com as dietas até os 135 dias: EU: dieta controle; H: dieta hiperlipídica(45% Kcal de lipídeos); HC: animais do grupo H com suplementação do óleo de chia a partir dos 90 dias; HCDdieta hiperlipídica com suplementação desde o desmame. Foram avaliados tolerância à glicose; marcadores inflamatórios; morfometria do tecido adiposo epididimal; expressão de genes e proteínas envolvidos no remodelamento de tecido adiposo por qRT-PCR, western blotting e imunohistoquímica. A suplementação com óleo de chia ocasionou alterações em ambos os grupos. No HCD, a ingestão alimentar e a concentração sérica de leptina foram reduzidas. No tecido adiposo epididimal, a suplementação promoveu menor hipertrofia dos adipócitos. Além disso, resultou na melhorada resposta glicêmica e os animais do grupo HCD aumentaram os marcadores de carga mitocondrial no tecido adiposo subcutâneo, sugerindo a ocorrência do processo de browning. A obesidade e a suplementação não promoveram mudanças relacionadas à angiogênese ou à presença de macrófagos no tecido adiposo epididimal. Dessa forma, os resultados sugerem que a suplementação com óleo de chia pode minimizar as alterações causadas pela obesidade, principalmente no grupo HCD.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:15:01Z No. of bitstreams: 1 Marcos Vinicius de Lima Coelho Dissertacao completa.pdf: 6747500 bytes, checksum: c3fbd22cfd6e53fd5ff5166de5f7bba4 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:15:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcos Vinicius de Lima Coelho Dissertacao completa.pdf: 6747500 bytes, checksum: c3fbd22cfd6e53fd5ff5166de5f7bba4 (MD5) Previous issue date: 2017-03-22 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Polypteriformes is a basal group of Actinopterygii easily recognized by its elongated body, dorsal fin composed of 5 to 18 finlets, presence of gular plates, presence of ganoid scales, lung, upperjaw fixed to neurocranium and four gill arcs. This group is composed by 14 living species, all restricted to continental African waters. The aims of this study are: to redescribe the cranial osteology of 4 species of the Polypteridae family, to analyze the morphological differences of the finlets to test intra and interspecific variation and validate the diagnostic characters for taxonomy and systematics and to test protocols of DNA extraction in samples of a species of polypteriformes, with the goal to propose, in the future, the use of the same protocol in a phylogenetic study. Due to the large intraspecific numerical variations, extrascapulars and bones of the spiracular series were inefficient to separate taxa. The species of this study can be separated by the following characters: presence of dermosphenotic and dermohyal in P. senegalus, fusion of the dermosphenotic with frontal allied to the presence of dermohyal in P. delhezi, gular plates connecting only in their anterior portion allied with the absence of dermohyal in P. palmas, and the gular plates do not connect medially allied with the absence of subopercle in E. Calabaricus. Analysis of all the other species in the group is needed to confirm that the diagnostic characters suggested to the 4 species described here also separate them from the other species. Polypteriformes finlets do not have identical morphology in the same individual, which doubts the identification of fossil pinnulae, thus making necessary a revision of the previously proposed fossil species, as well as a morphometric study that characterizes the pinnulae of extant species. Finally, the 'salting-out' extraction protocol attested efficient for extracting DNA from Polypteridae samples, and will probably be applied in future phylogenetic studies on Polypteriformes. Os Polypteriformes constituem o grupo basal de Actinopterygii. São facilmente reconhecidos por seu corpo alongado, nadadeira dorsal composta por 5 a 18 pínulas, presença de placas gulares, presença de escamas ganóides, pulmão, maxila imóvel e quatro arcos branquiais. O grupo é composto atualmente por 14 espécies viventes, todas restritas a águas continentais africanas. O presente estudo tem como objetivo redescrever a osteologia craniana de 4 espécies da família Polypteridae, analisar as diferenças morfológicas das pínulas que compõem a nadadeira dorsal com o objetivo de testar variações a nível intra e interespecífico e a validação de caracteres diagnósticos viáveis para taxonomia e sistemática e testar protocolos de extração de DNA em amostras de uma espécie de Polypteriformes, com o intuito de propor, futuramente, a utilização dos mesmos em um estudo filogenético do grupo. Devido às grandes variações numéricas intraespecíficas, extra-escapulares e ossos da série espiracular se mostraram ineficientes para separar táxons. Podem-se separar as espécies deste estudo pelos seguintes caracteres: P. senegalus apresenta dermoesfenótico e dermohial, P. delhezi apresenta o dermoesfenótico fusionado ao frontal e dermohial, P. palmas apresenta placas gulares se conectando apenas em sua porção anterior e não apresenta dermohial e E. calabaricus apresenta placas gulares que não se conectam medialmente e não apresenta subopérculo. É necessária a análise de todas as outras espécies do grupo, a fim de confirmar se os caracteres que separam as 4 espécies deste estudo também as separam das demais. As pínulas de Polypteriformes não possuem morfologia idêntica em um mesmo indivíduo, o que põe em dúvida a identificação de pínulas fósseis fazendo, assim, ser necessária uma revisão das espécies fósseis, além de um estudo morfométrico que caracterize as pínulas de espécies atuais. Por fim, o protocolo de extração 'salting-out' se mostrou eficiente para a extração de DNA de amostras de Polypteriformes, e este será usado futuramente em um estudo filogenético do grupo.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:12:04Z No. of bitstreams: 1 Viviane Wallerstein Mignone Dantas Tese completa.pdf: 4961262 bytes, checksum: 9e8cb43e1a3d8ba2f75bdff3709e7899 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:12:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Viviane Wallerstein Mignone Dantas Tese completa.pdf: 4961262 bytes, checksum: 9e8cb43e1a3d8ba2f75bdff3709e7899 (MD5) Previous issue date: 2016-03-30 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico The initial steps of metastatic process involve cell adhesion molecules of the selectin family, followed by engagement of different integrin subfamilies. Transendothelial migration across the vessel barrier and the establishment of firm adhesion to the subendothelial matrix are additional steps to be concluded by metastatic tumor cells in order to succefully colonize a secondary tissue site. Cell surface heparan sulfate proteoglycans act as co-receptors for growth factors and cell adhesion molecules. Sulfated polyssaccharides such as heparin and its derivatives act both as potent inhibitors of selectins, and modulators of the biological activity of growth factors and its receptors. In the present work, was investigated the effects of sulfated polyssaccharides isolated from sea urchins (L. variegatus, S. franciscanus, S.pallidus, A. lixula and S. droebachiensis) in different aspects of cancer cell biology, with particular emphasis on FucSulfI, the sulfated fucan from L. variegatus. In Part I, the direct effect of FucSulfI on tumor cell lines was investigated. Among the various fucans tested, FucSulfI exibited the highest inhibitory effect on the adhesion of the prostate cancer cells DU-145 and PC-3, on both TNF-α-activated endotelial layers and extracelular matrix. FucSulf I was able to strongly inhibit tumor cell adhesion to P-selectin. FucSulfI inhibited transendothelial migration of both cell lines and also the MV3 human melanoma cell line. The sulfated fucan was able to significantly inhibit the proliferation of prostate, breast adenocarcinoma, and melanoma cell lines. The treatment of prostate cancer cells with FucSulfI for 48 hours downregulated the expression of neuropilin-1 and FAK, both involved in cell proliferation signaling pathways. Melanoma growth in vivo was also inhibited by FucSulf I.. In Part II, we focused on the effect of FucSulfI in angiogenic endotelial differentiation. This fucan decreased endotelial cell adhesion to fibronectin and gelatin, through direct binding to endotelial cell surface. Was observed that FucSulfI inhibited VEGF-dependent tubulogenesis in vitro, and decreased VEGFR2 phosphorylation, the main receptor tyrosine kinase mediating VEGF effects on endotelial cells. Additionally, soluble VEGF was able to bind to immobilized FucSulfI, suggesting that the mechanism of inhibition of VEGFR2 is probably related to the depletion and/or sequestration of VEGF away from its receptors on cell surface. In view of the significant effects of FucSulfI on cell adhesion, in Part III possible applications of this fucan in the field of tumor radioresistance were explored. It is known that the composition of extracellular matrix interferes with cellular resistance to cell-damaging agents such as drugs or ionising radiation. Was investigated the effect of FucSulfI in cell adhesion and radioresistance of MV3 melanoma cells. Results showed that the fucan inhibits tumor adhesion to fibronectin and activation of FAK. The treatment of MV3 cells with FucSulfI inhibited colony formation by 30%. When cells were submitted to radiation (2Gy) after the treatment with FucSulfI, colony formation was decreased by 80%. In conclusion, based on the data presented in this work, sulfated fucans emerge as promising molecules, displaying a large array of significant anti-tumoral and anti-endothelial activities that could potentially lead to their proposal as new drug candidates for cancer control. A metástase depende da capacidade de interação entre as células tumorais e o endotélio, mediadas por selectinas e integrinas. Após a adesão ao endotélio, as células precisam deixar a circulação para se estabelecer em um novo sítio. Nele, a proliferação celular pode ser estimulada por fatores de crescimento. Além disso, a adesão das células tumorais à matriz extracelular também pode controlar a proliferação, remodelamento do citoesqueleto, apoptose e expressão gênica. Heparans sulfato expressos na superfície celular atuam como correceptores de fatores de crescimento e de moléculas de adesão. Polissacarídeos sulfatados, como a heparina e seus derivados, podem atuar como inibidores de selectinas, além de interferirem na ligação de moléculas de adesão e fatores de crescimento com seus receptores. No presente trabalho, foi investigada a ação de polissacarídeos sulfatados fucanas - extraídos de diferentes espécies de ouriço-do-mar (L. variegatus, S. franciscanus, S.pallidus, A. lixula and S. droebachiensis) em diferentes aspectos da progressão tumoral, como: (i) interação entre as células tumorais e o endotélio e no crescimento tumoral in vitro e in vivo (ii) diferenciação angiogênica (iii) na radiorresistência de células tumorais. Investigou-se efeitos direto da fucana de L.variegatus (FucSulf I) sobre células tumorais. FucSulf1 teve maior potencial inibitório na adesão das linhagens humanas tumorais de próstata DU-145 e PC-3 ao endotélio ativado com TNF-α e à matriz subendotelial, na linhagem DU-145. A migração transendotelial das duas linhagens também foi inibida por FucSulf I. FucSulf I mostrou-se capaz de inibir a adesão à P-selectina, podendo assim contribuir para a diminuição da adesão celular. Foi mostrado que a FucSulf I diminui, a proliferação não só das linhagens tumorais de próstata mas também das de mama (MDA-MB-131) e de melanoma (murino B16-F10 e humano MV3), não apresentando efeito citotóxico. Foi observada a inibição da expressão do receptor neuropilina-1 e a diminuição da ativação da FAK nas linhagens tumorais de próstata tratadas com a FucSulf I, ambas proteínas envolvidas no controle de vias de proliferação celular. O crescimento da linhagem de melanoma B16-10 in vivo também foi fortemente inibido, em animais tratados com a FucSulf I. Na Parte II, os efeitos de FucSulf I nas células endoteliais primárias foram abordados. Foi observado que ela se liga à membrana celular e inibe a adesão dessas células à matriz. Além disso, a fucana se liga ao VEGF e impede a ativação do VEGFR2. A interferência na adesão celular, bem como a inibição da ativação do VEGFR2, pode contribuir para o efeito de FucSulf I na diferenciação endotelial angiogênica. Investigou-se os efeitos da FucSulf I na adesão celular e na radiorresistência da linhagem de melanoma MV3. A fucana inibe a adesão da MV3 à fibronectina assim como a ativação de FAK, envolvida também na regulação da adesão célula-matriz. A diminuição de pontos de contato com a matriz extracelular pode tornar as células mais radiossensíveis. A FucSulf I aumentou a radiossensibilidade da linhagem MV3, diminuindo a formação de colônias de células expostas à radiação. Sendo assim, fucanas sulfatadas podem fornecer um modelo para desenvolvimento de drogas candidatas para controle de câncer, baseadas tanto em suas propriedades tumorais diretas, como em sua potencial atuação sobre alvos do microambiente tumoral, como células endoteliais e moléculas da matriz extracelular.

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-07T15:14:12Z No. of bitstreams: 1 Beathriz Godoy Vilela Barbosa Tese completa.pdf: 2653060 bytes, checksum: b90b2f1f60c1acbd89db306268682c1d (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-07T15:14:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Beathriz Godoy Vilela Barbosa Tese completa.pdf: 2653060 bytes, checksum: b90b2f1f60c1acbd89db306268682c1d (MD5) Previous issue date: 2015-03-30 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Contamination of the surfaces and the air from hospital environment is related to multirresistant (MDR) pathogens transmission, specially Gram-negative bacteria producing carbapenemases, wich represents an obstacle to the treatment and control of infections. This study evaluated the occurrence, the susceptibility to antimicrobial compounds and the presence of resistance genes from Gram-negative bacilli (GNB) isolated from the ICU of a university hospital. Between January and July of 2012, six air and surfaces samplings were conducted at selected sites from the ICU s environment. The GNB samples were identified through phenotypic and molecular techniques, Antibiotic susceptibility was determined by disc diffusion and the presence of extended spectrum β-lactamase (ESBL) genes (TEM, CTX) and carbapenemases genes (OXA, KPC) was studied by PCR. Non fermenters Gram-negative bacilli (NFGNB) were predominant at the air samples, notably occurring OXA-51 and OXA-23 Acinetobacter baumannii producers. KPC and ESBL positive K. pneumoniae and ESBL positive K. pneumoniae and Enterobacter cloacae Complex (ECC) were also isolated from the ICU air. The number of NFGNB and enterobacteria isolated from the surfaces was similar, with the presence of both A. baumannii and P. aeruginosa MDR, as well as KPC and ESBL producers K. pneumonie and ECC . The genome of an airborne and antibiotic susceptible Acinetobacter non-baumannii (Anb) carrying blaOXA-58 was sequenced. Several genes related to antibiotics and heavy metals resistance, virulence, persistence and mobile elements were found that may have contributed to its survival at the hospital environment, where this strain may be acting as a resistance reservoir. Microdillution for antibiotis and metals was performed and the strain was was resistant only to arsenic (MIC≥ 2048µg/mL) and copper (MIC= 256µg/mL). The methodologies applied for identification of species trough genome comparison and proteins profile (ANI, snpTree e MALDI-TOF MS) indicated that this strain represents a new species of Acinetobacter. The presence of MDR microrganisms at the hospital environment points out to the relevance of surface contamination and air transmition for infection control. The knowledge about Anb is highly important, as it may reveal resistance genes reservoirs and helps to elucidate resistance genes, inside and outside of the hospital environment. A contaminação de superfícies e do ar no ambiente hospitalar está associada à transmissão de patógenos multirresistentes (MDR)- em especial, bacilos Gram-negativos (BGN) produtores de carbapenemases- representando um obstáculo no tratamento e controle de infecções. Este estudo avaliou a ocorrência, sensibilidade a antimicrobianos e a presença de genes de resistência em amostras de BGN isoladas do ambiente do CTI de um hospital universitário. Entre janeiro e julho de 2012, foram realizadas seis coletas de ar e de superfícies em pontos selecionados do ambiente. As amostras de BGN isoladas foram identificadas por métodos fenotípicos e moleculares. O perfil de sensibilidade a antimicrobianos foi determinado por disco-difusão e os genes de β-lactamases de espectro estendido (TEM, CTX) e carbapenemases (OXA e KPC) foram pesquisados por PCR. No ar predominaram bacilos Gram-negativos não fermentadores (BGNNF), destacando-se cepas de Acinetobacter baumannii produtoras de OXA-51 e OXA-23. Dentre as enterobactérias, foram encontradas Klebsiella pneumoniae e Complexo Enterobacter cloacae (CEC) produtores de KPC e/ou ESBL. Nas superfícies, o número de BGNNF e enterobactérias foi equivalente, com ocorrência de A. baumannii e Pseudomonas aeruginosa MDR, além de K. pneumoniae e CEC produtores de KPC e ESBLs. O genoma de uma amostra de Acinetobacter não-baumannii (Anb) isolada do ar, sensível a antimicrobianos e portadora do gene blaOXA-58 foi sequenciado. Verificou-se a presença de genes de resistência a antimicrobianos e metais pesados, e genes relacionados a virulência, persistência e elementos móveis, que podem ter contribuído para sua sobrevivência no ambiente hospitalar, podendo atuar como reservatório de determinantes de resistência. O fenótipo de resistência a antimicrobianos e metais foi determinado por microdiluição e diluição seriada em placa. A cepa foi resistente a arsênico (CIM≥ 2048µg/mL) e cobre (CIM= 256µg/mL), indicando uma elevada exposição a esses metais na sua origem ambiental. Os métodos utilizados para identificação (ANI, snpTree e MALDI-TOF MS) desta cepa indicaram tratar-se de uma nova espécie de Acinetobacter. A presença de micro-organismos MDR no ambiente alerta para a importância das vias de transmissão aérea e por contaminação de superfícies no controle de infecções hospitalares. O conhecimento de espécies de Anb é importante, pois revela fontes de genes de resistência e ajuda a elucidar as características desse gênero, dentro e fora do hospital.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:16:35Z No. of bitstreams: 1 Natalia Mesquita de Brito Dissertacao completa.pdf: 2149438 bytes, checksum: 3ecab965a15f18afb4b372683fe45025 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:16:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Natalia Mesquita de Brito Dissertacao completa.pdf: 2149438 bytes, checksum: 3ecab965a15f18afb4b372683fe45025 (MD5) Previous issue date: 2015-03-12 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior The relationship between the inflammatory response and cancer has been extensively studied. In the tumor microenvironment, the primarily pro-inflammatory (M1) macrophages acquire an anti-inflammatory and pro-tumor (M2) characteristics, and are now called TAM (tumor-associated macrophage). Recent studies show that these TAMs are derived from LY6Chigh inflammatory monocytes that accumulate in tumors and renew the population of TAMs. During the tumor development, the spleen acts as an extra-medullar reservoir of monocytes, which can migrate to the tumor and differentiate into TAM. Our group demonstrated that lipoxins (LXs), a lipid mediators with pro-resolving and anti-inflammatory activity, change the phenotype of TAMs in vitro, restoring their cytotoxic properties and leading the tumor cell to apoptosis. However, the in vivo effects of LX on TAM should be better elucidated. The aim of this study is to investigate the effects of 15-epi-lipoxin A4 (ATL-1), on the modulation of murine TAMs in vitro and in vivo. Our data show that the treatment of TAMs derived from mice bone marrow (BMDM-TAM) with LX decreases, in vitro, the expression of CD206, arginase-1 and IL-10, three classical M2/TAM markers. The results are similar to those obtained with human TAMs, showing that LX modify TAM phenotype. Corroborate those data, we demonstrate in a murine melanoma model with established tumors (14 days), that, 7 days post-treatment, LX decreased, in vivo, the expression of the M2 markers in TAMs, and diminished the LY6Chigh population of mononuclear cells in spleen, blood and bone marrow. Additionally, the treatment with ATL-1 reduced the tumor angiogenesis, and increased the caspase-3 activity in tumor cells that undergo apoptosis. Finally, confirming our reports, we observed that, 7 day after the treatment, ATL-1 significantly decreased the weight and in the internal volume of the tumors. Together, our data show that LX is able to change the TAM profile in vivo, leading to decrement of tumor progression. This study highlights the important role of LX in tumor progression, suggesting that this lipid mediator may become a new tool in cancer control. A relação entre a resposta inflamatória e o câncer tem sido cada vez mais estudada. No microambiente tumoral, os macrófagos, primariamente pró-inflamatórios (M1), adquirem características anti-inflamatórias e pró-tumorais (M2-Like), e passam a ser denominados TAM (tumor-associated macrophage). Estudos recentes mostram que estes TAMs são provenientes de monócitos inflamatórios LY6Chigh, que se acumulam nos tumores e renovam a população dos TAMs. Além disso, no desenvolvimento tumoral, o baço atua como um reservatório extramedular de monócitos, os quais podem migrar para o tumor e diferenciarem-se em TAMs. Nosso grupo demonstrou que as lipoxinas (LXs), mediadores lipídicos com atividades pró-resolutivas e anti-inflamatórias, alteram o fenótipo de TAMs in vitro, restaurando suas propriedades citotóxicas, levando a apoptose de células tumorais. Entretanto, os efeitos in vivo da LX sobre TAMs ainda precisa ser melhor elucidado. O objetivo deste trabalho é investigar os efeitos da 15-epi-lipoxina A4 (ATL-1) na modulação in vivo e in vitro de TAMs murinos. Nossos resultados mostraram que, in vitro, a LX diminui a expressão dos marcadores do perfil M2 (CD206, Arginase-1 e IL-10) em TAMs derivados da medula óssea (BMDM-TAMs), confirmando os dados obtidos em células humanas, de que as LXs alteram o fenótipo de TAMs. Corroborando esses resultados, mostramos, em um modelo in vivo de melanoma, o tratamento com ATL-1 diminuiu a expressão desses marcadores nos macrófagos presentes em tumores bem estabelecidos. Além disso, o tratamento com ATL-1 diminuiu a população de células mononucleares LY6Chigh no baço, sangue e medula óssea desses animais. Observamos ainda, que o ATL-1 inibiu a angiogênese tumoral e induziu a atividade de caspase-3 em células tumorais, promovendo a apoptose destas células. Finalmente, 7 dias após o tratamento com ATL-1, observamos uma significativa diminuição do peso e do volume interno dos tumores. Em conjunto, nossos dados mostram que a LX é capaz de alterar o perfil dos TAMs in vivo, levando a diminuição do desenvolvimento tumoral. Este estudo destaca o papel da LX na progressão tumoral, sugerindo que este mediador lipídico pode se tornar uma nova ferramenta no controle do câncer.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:16:12Z No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_PUBLICADA_Juliana_Jannuzzi_Duclos_do_Rego.pdf: 7144923 bytes, checksum: c5380f1a3967299ad7bd4f131d614509 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:16:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_PUBLICADA_Juliana_Jannuzzi_Duclos_do_Rego.pdf: 7144923 bytes, checksum: c5380f1a3967299ad7bd4f131d614509 (MD5) Previous issue date: 2015-03-02 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico Genetic markers on Y chromosome, as microsatellites (Y-STRs) and single nucleotide polymorphisms (Y-SNPs) are used for the characterization of male lineages, since they are fully transmitted to next generations unless mutations occurs (Singh et al., 2011; Mitchell & Hammer, 1996; Butler, 2009). Therefore, these markers are widely applied in several situations, highlighting the constant use of Y-STRs in the field of forensic genetics because of their high capacity of discriminate lineages. Recently, 13 rapidly mutating markers were described due to their highly mutation rates in comparison to other common Y-chromosome STRs, being called as Rapidly Mutating Y-STR (RM-YSTR) (Ballantyne et al., 2010; Kayser et al., 2012). As a result of their high mutation rates, RM-YSTRs display high efficiency in discriminating paternally related males. The present work aimed to deepen the knowledge about population and mutational RM-YSTR loci characteristics in Rio de Janeiro sample, and then, contribute to other studies with this purpose in Brazilian population. Y chromosome 13 STRs analysis was realized in 258 males born in Rio de Janeiro state, grouped in 129 fathers/sons pairs. The extraction of DNA from biological samples was performed according to routine protocols from LDD-UERJ. Target sequences were amplified by three polimerase chain reactions (PCR) and the amplicons were separated through electrophoresis on automated sequencer ABI-3500 (Applied Biosystems). When mutations were detected, they were confirmed by sequencing. Among the investigated sample, RM-YSTR loci showed a discrimination capacity of 1,0 which means that all 129 analyzed individuals have different haplotypes for these markers, displaying frequencies of 0,0077 and haplotype diversity of 1,0. Moreover, high values of genetic diversities were obtained for the 13 markers. Distance genetic analysis and AMOVA values based on Fst results did not show population substructure and common ancestral traits. These results are associated with high mutation rates found, with an average rate about 2,11 x 10-2. RM-YSTR showed to be very discriminative at this mixed sample, besides proving to be more discriminative than other markers commonly used in population studies and forensic analysis. Thus, it is possible to conclude that RM-YSTR markers are promising to discriminate individuals of the same male strain and due to their high mutation rates and discrimination capacity, they are able to differentiate individuals better than other common markers. Nevertheless, for a better characterization of these loci in different populations more studies are needed. Marcadores genéticos presentes no cromossomo Y, como os microssatélites (Y-STRs) e polimorfismos de único nucleotídeo (Y-SNPs) são utilizados na caracterização de linhagens masculinas, visto que são transmitidos às gerações seguintes sem alterações, a menos que ocorram mutações (Singh et al., 2011; Mitchell & Hammer, 1996; Butler, 2009). Por isso, esses marcadores são amplamente empregados em diversas situações, destacando-se o uso constante dos Y-STRs na genética forense por apresentarem alta capacidade de discriminar linhagens. Recentemente, foram descritos 13 marcadores com taxas de mutação substancialmente superiores àquelas verificadas para loci STR do cromossomo Y, denominados Rapidly Mutating (RM) Y-STRs (Ballantyne et al., 2010; Kayser et al., 2012). Devido às taxas de mutação elevadas, os RM-YSTRs apresentam maior eficiência na discriminação entre indivíduos proximamente relacionados, pertencentes à mesma linhagem patrilínea. O presente trabalho buscou aprofundar o conhecimento acerca das características populacionais e mutacionais dos loci RM-YSTRs em amostra do Rio de Janeiro, contribuindo com estudos desta natureza na população brasileira. Realizou-se a análise de 13 loci do cromossomo Y em 258 indivíduos do sexo masculino, compondo 129 pares de pais e filhos, nascidos no estado do Rio de Janeiro. O DNA das amostras foi extraído, conforme os protocolos vigentes na rotina do LDD-UERJ. As sequências genéticas de interesse foram amplificadas pela técnica de reação em cadeira da polimerase (PCR) através da realização de três PCR multiplex, cujos produtos de amplificação foram separados por eletroforese em sequenciador automático ABI-3500 (Applied Biosystems). Para os pares pai/filho que apresentaram haplótipos mutados, empregou-se a técnica de sequenciamento para confirmação das mutações. Os loci RM-YSTR geraram um poder de discriminação de 1,0 na amostra analisada, o que significa que todos os 129 indivíduos da amostra populacional apresentaram haplótipos diferentes para tais marcadores, com frequências de 0,0077 e diversidade haplotípica igual a 1. Além disso, foram obtidos valores elevados de diversidade gênica para os 13 marcadores. A análise de distância genética e os resultados de AMOVA baseados nos valores de Fst demonstraram que os RM-YSTR não indicam subdivisão populacional e traços ancestrais comuns. Tais valores estão associados às elevadas taxas de mutação encontradas, cuja média foi de 2,11 x 10-2. Foi possível observar que os loci RM-YSTR são muito discriminativos na amostra miscigenada analisada, além de terem maior capacidade de diferenciar indivíduos do que outros conjuntos de marcadores normalmente usados em estudos populacionais e análises forenses. Sendo assim, é possível concluir que os marcadores RM-YSTR são promissores para discriminar indivíduos da mesma linhagem patrilínea, visto que devido às suas elevadas taxas mutacionais e poder de discriminação, são capazes de diferenciar indivíduos de maneira mais eficiente do que os outros conjuntos de STR. Porém, é necessário maior número de estudos para melhor caracterização destes loci em diferentes populações.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:10:21Z No. of bitstreams: 1 Camila David Cupello Tese completa.pdf: 11100145 bytes, checksum: 07ff0fb13e23c1bd3038106e8a4cec1d (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:10:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Camila David Cupello Tese completa.pdf: 11100145 bytes, checksum: 07ff0fb13e23c1bd3038106e8a4cec1d (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico Lung is a gas exchange organ fundamental for the conquest of land by vertebrates. This organ is primitive in osteichthyans, as it is also present in the basal actinopterygians (polypteriforms) and in the major groups of sarcopterygians. Although anatomically well known, only recently a pulmonary system was formally described for fossil coelacanths (Brito et al., 2010). A vestigial lung apparatus was already mentioned by Millot et al. (1978) on the anatomical description of the first known living species of coelacanths (Latimeria chalumnae). However, the evolutionary history of this system in coelacanths still needs further anatomical, ontogenetic and palaeontological studies. This thesis has as main objective to understand the lung of coelacanths (extants and fossils) by comparing the different ontogenetic stages of this organ and associated structures; as well as to study the evolution of the pulmonary respiratory system and to test its homology in sarcopterygians and actinopterygians. Fossil coelacanths from various palaeontological collections have been examined for comparing the lung of numerous fossil genera and species. Concerning the extant coelacanth Latimeria chalumnae, three-dimensional reconstructions (from CT, MRI, and Synchrotron scans), histological analysis and dissections of the vestigial lung have been performed, and histological slides of air-breathing and buoyancy control organs of other osteichthyan taxa (actinopterygians and sarcopterygians) have been prepared for further comparison purpose. The results corroborate: the primitive state and the homology of the pulmonary complex in osteichthyans; the homology between the lung of fossil and extant coelacanths; the presence of a potentially functional lung in actinistians; the total loss of pulmonary respiration, the reduction of the lungs and the increase of the fatty organ in Latimeria as adaptations to deep waters; the buoyancy control function of the fatty organ of extant coelacanths. O pulmão é um órgão responsável pelas trocas gasosas e foi fundamental para a conquista do ambiente terrestre pelos vertebrados. Essa estrutura, primitiva para Osteichthyes, está presente em Actinopterygii e Sarcopterygii, sendo um caráter comum aos principais grupos de Sarcopterygii (Liem et al., 2001). Embora anatomicamente muito bem estudados, somente recentemente um sistema pulmonar foi formalmente descrito para celacantos fósseis (Brito et al., 2010). Um aparelho pulmonar vestigial já havia sido mencionado por Millot et al. (1978) na descrição anatômica da primeira espécie atual desse grupo (Latimeria chalumnae). No entanto, a história evolutiva deste complexo em celacantos ainda carece de estudos mais aprofundados em termos anatômicos, ontogenéticos e paleontológicos. A presente tese de doutorado possui como principais objetivos: compreender melhor o pulmão dos celacantos (atuais e fósseis), comparando os diferentes estágios ontogenéticos desse órgão e estruturas associadas; bem como estudar a evolução do sistema respiratório pulmonar e testar a sua homologia em Sarcopterygii e Actinopterygii. Celacantos fósseis de diversas coleções paleontológicas foram examinados para comparação do complexo anatômico pulmonar nos diferentes gêneros e espécies. Para o celacanto atual Latimeria chalumnae foram realizadas reconstruções tridimensionais (tomografia computadorizada, ressonância magnética e síncrotron), análises histológicas e dissecções. Foram confeccionadas, também, lâminas histológicas dos órgãos de respiração aérea e de controle de flutuabilidade de outros táxons (Actinopterygii e Sarcopterygii). Através dos resultados encontrados, foi sustentado: o estado primitivo e a homologia do complexo pulmonar em Osteichthys; a homologia entre o pulmão dos celacantos fósseis e atuais; a presença desse órgão potencialmente funcional em actinistians; a perda total da respiração pulmonar, a redução dos pulmões e o aumento do órgão de gordura em Latimeria; a função de controle de flutuabilidade do órgão de gordura dos celacantos atuais.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:16:11Z No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_PUBLICADA_Alipio_dos_Santos_Rocha.pdf: 1587485 bytes, checksum: 0775b4ba493ef622ff0b8f5c070e7be2 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:16:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_PUBLICADA_Alipio_dos_Santos_Rocha.pdf: 1587485 bytes, checksum: 0775b4ba493ef622ff0b8f5c070e7be2 (MD5) Previous issue date: 2015-02-06 The forensic genetics has an important role in the generation of evidence in cases of sexual assault, criminal paternity, identification of corpses and crime scenes investigation. The analysis of STRs has great power of discrimination, but it is a multi-stage methodology, complex, expensive and in many cases the genetic analysis is hampered by the low quantity and quality of evidence collected. This study aimed to develop and characterize a forensic samples screening methodology to examine high resolution melting profiles (HRM) of regions of the mitochondrial DNA, which is present in more copies and more resistant to degradation. Thus, we extracted DNA from 68 donors. These samples were sequenced and analyzed by HRM to seven mitochondrial DNA targets. Tests were also conducted to determine the influence of extraction method, concentration and DNA degradation level of HRM profile obtained for a sample. The results demonstrated the technical ability to exclude individuals with different sequences of comparative reference amplified in five regions. Can be analyzed together samples with varying concentration to the order of 100 times and extracted by different methods. Genetic material degradation conditions did not prevent obtaining high resolution melting profiles. The sensitivity of the technique was improved with the analysis of reduced size amplification products. In order to optimize the assay HRM analysis was tested in duplex PCR reactions. A pair of amplification provided HRM profiles consistent with results from amplification in reactions with only one of the targets. Through the joint analysis of the five regions, this approach aims to identify individuals not related to comparative references, reducing the number of samples to be analyzed by STRs, reducing costs and increasing the efficiency of the routine of forensic genetics laboratories. A genética forense tem grande importância na geração de provas em casos de violência sexual, paternidade criminal, identificação de cadáveres e investigação de evidências de locais de crime. A análise de STRs apresenta grande poder de discriminação, mas é uma metodologia multi-etapas, trabalhosa, cara e em muitos casos a análise genética é prejudicada pela baixa quantidade e qualidade das evidências coletadas. Este estudo teve como objetivo desenvolver e caracterizar uma metodologia de triagem de amostras forenses através da análise de perfis de dissociação em alta resolução (HRM) de regiões do DNA mitocondrial, o qual está presente em maior número de cópias e mais resistente a degradação. Para tanto, foram extraídos DNAs de 68 doadores. Estas amostras foram sequenciadas e analisadas por HRM para sete alvos no DNA mitocondrial. Também foram realizados ensaios para determinar a influência do método de extração, da concentração e nível de degradação do DNA no perfil de HRM obtido para uma amostra. Os resultados demonstraram a capacidade da técnica de excluir indivíduos com sequências diferentes da referência comparativa em cinco regiões amplificadas. Podem ser analisadas em conjunto, amostras de DNA com variação de concentração de até a ordem de 100 vezes e extraídas por diferentes metodologias. Condições de degradação de material genético não prejudicaram a obtenção de perfis de dissociação em alta resolução. A sensibilidade da técnica foi aprimorada com a análise de produtos de amplificação de tamanho reduzido. A fim de otimizar o ensaio foi testada a análise de HRM em reações de PCR duplex. Um dos pares de amplificação forneceu perfis de HRM compatíveis com resultados obtidos de reações com amplificação de apenas um dos alvos. Através da análise conjunta das cinco regiões, esta metodologia visa a identificação de indivíduos não relacionados com as referências comparativas, diminuindo o número de amostras a serem analisadas por STRs, reduzindo gastos e aumentando a eficiência da rotina de laboratórios de genética forense.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:12:11Z No. of bitstreams: 1 Amilcar Brum Barbosa Tese completa.pdf: 5067564 bytes, checksum: b3382335b9be7511e2eef185a4173c4f (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:12:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Amilcar Brum Barbosa Tese completa.pdf: 5067564 bytes, checksum: b3382335b9be7511e2eef185a4173c4f (MD5) Previous issue date: 2014-08-29 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Scolodontidae encompasses 14 genera of land snails widely distributed in the Neotropical region, although they are scarcely known. The goal of this study was to describe shells, external morphology, palial complex, reproductive system and radula of the scolodontid species from the State of Rio de Janeiro, in order to contribute to the systematic of the family. The species Happia vitrina (Wagner, 1827), Happia nana (Wagner, 1827), Prohappia besckei (Dunker, 1847), Tamayoa banghaasi (Thiele, 1927), Happiella aff. grata (Thiele, 1927), Guestieria sp., Entodina sp., Scolodonta aff. spirorbis (Deshayes, 1850), Wayampia sp., Miradiscops brasiliensis (Thiele, 1927) and Miradiscops sp. were analyzed. The cladistics analysis was carried out using Haplotrema sportella (Gould, 1846) as outgroup. The selected species, Happiella aff. grata, Entodina sp., Prohappia besckei, Happia vitrina, Tamayoa banghaasi e Guestieria sp., were studied by hand. For the other species, Zilchistrophia tridentata Weyrauch, 1960; Systrophiella eudiscus (Baker, 1925), Systrophia systropha (Albers, 1854); Scolodonta semperi (Döring, 1875); Wayampia lutea Tillier, 1981, Miradiscops opal (Pilsbry, 1920); Hirtudiscus comatus Hausdorf, 2003 e Drepanostomella tucma Hylton Scott, 1948, literature data were used. The data matrix was built with 14 taxa and 40 characters and it was run with the Traditional search algorithm of the software TNT version 1.1. The analysis produced two equally parsimonious trees (L = 120 steps, CI = 0.483 and RI = 0.415), that were compared. The family Scolodontidae was not monophyletic, since it lacks synapomorphies. The subfamilies Systrophiinae and Tamayoinae were not supported as monophyletic units. Systrophia + the clade (Zilchistrophia + Entodina) is defined by a not exclusive synapomorphy, the subdiscoidal shell. The clade (Zilchistrophia + Entodina) is supported by the following synapomorphy: crescent-shaped shell aperture with denticulated callum. Based on literature data, the sister group (Drepanostomella + Guestieria) possesses as not exclusive synapomorphies: nautiloid shell, thin growth lines, short kidney obliquely positioned in relation to the rectum. Hirtudiscus plus the sister group (Guestieria + Drepanostomella) form a clade sustained by one synapomorphy: presence of an incision at the peristomium parietal angle. In the second tree, the clade (Prohappia + (Tamayoa + (Scolodonta + (Happia + (Wayampia + (Miradiscops + (Systrophiella + (Hirtudiscus + (Guestieria + Drepanostomella))))))))) was recovered on the basis of the following not exclusive synapomorphies: aulacopod foot without truncature in the caudal end, ratio seminal vesicle/hermaphrodite duct between 1/5 and half, phallum more calibrous than epiphallum. In the first tree, this clade does not have the aulacopod foot without truncature in the caudal end as synapomorphy. The sister group (Scolodonta + Happia) possesses as not exclusive synapomorphy the presence of the suspensor muscle of vagina. Scolodontidae compreende 14 gêneros de gastrópodes terrestres com ampla distribuição pela região Neotropical, embora sejam pouco conhecidos. O objetivo deste estudo foi descrever as conchas, a morfologia externa, o complexo palial, o sistema reprodutor e a rádula das espécies de Scolodontidae do Estado do Rio de Janeiro, visando contribuir para a sistemática da família. Analisou-se Happia vitrina (Wagner, 1827), Happia nana (Wagner, 1827), Prohappia besckei (Dunker, 1847), Tamayoa banghaasi (Thiele, 1927), Happiella aff. grata (Thiele, 1927), Guestieria sp., Entodina sp., Scolodonta aff. spirorbis (Deshayes, 1850), Wayampia sp., Miradiscops brasiliensis (Thiele, 1927) e Miradiscops sp. Para a realização da análise cladística, selecionou-se como grupo externo Haplotrema sportella (Gould, 1846). As espécies selecionadas para a análise, estudadas diretamente, foram Happiella aff. grata, Entodina sp., Prohappia besckei, Happia vitrina, Tamayoa banghaasi e Guestieria sp. As outras espécies, cujos dados foram extraídos das descrições de diversos autores, foram Zilchistrophia tridentata Weyrauch, 1960, Systrophiella eudiscus (Baker, 1925), Systrophia systropha (Albers, 1854), Scolodonta semperi (Döring, 1875), Wayampia lutea Tillier, 1981, Miradiscops opal (Pilsbry, 1920); Hirtudiscus comatus Hausdorf, 2003 e Drepanostomella tucma Hylton-Scott, 1948. A matriz de dados com 14 táxons e 40 caracteres foi submetida ao algoritmo Traditional search do programa TNT versão 1.1, resultando em duas árvores igualmente parcimoniosas, com 120 passos, CI = 0,483 e RI = 0,415, que foram comparadas. A família Scolodontidae não formou um grupo monofilético, uma vez que não apresenta sinapomorfias, e as subfamílias Systrophiinae e Tamayoinae não foram suportadas como unidades monofiléticas. Systrophia + o clado (Zilchistrophia + Entodina) possui como sinapomorfia não exclusiva a concha subdiscoide. O clado (Zilchistrophia + Entodina) é suportado pela sinapomorfia inequívoca abertura em forma de meia-lua com calos denticulados. Corroborando hipóteses anteriores, o grupo-irmão (Drepanostomella + Guestieria) apresenta como sinapormorfias não exclusivas a concha nautiloide, linhas de crescimento sutis, rim curto e oblíquo em relação ao reto. Hirtudiscus mais o grupo-irmão (Guestieria + Drepanostomella) formam um clado suportado por uma sinapomorfia: presença de incisão do peristômio no ângulo parietal. Na segunda árvore, o grupo (Prohappia + (Tamayoa + (Scolodonta + (Happia + (Wayampia + (Miradiscops + (Systrophiella + (Hirtudiscus + (Guestieria + Drepanostomella))))))))) foi recuperado, tendo como sinapomorfias não exclusivas: pé aulacópode sem truncatura na extremidade caudal, proporção vesícula seminal/duto hermafrodita entre 1/5 e a metade, falo mais calibroso que o epifalo. Na primeira árvore, este grupo não possui como sinapomorfia pé aulacópode sem truncatura na extremidade caudal. O grupo-irmão (Scolodonta + Happia) possui como sinapomorfia não exclusiva a presença de músculo suspensor da vagina.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:11:41Z No. of bitstreams: 1 Ghennie Tatiana Rodriguez Rey Tese completa.pdf: 3640911 bytes, checksum: 3fb969409aef5d6485fc0a14500244aa (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:11:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ghennie Tatiana Rodriguez Rey Tese completa.pdf: 3640911 bytes, checksum: 3fb969409aef5d6485fc0a14500244aa (MD5) Previous issue date: 2014-02-26 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior In the last years, two slipper lobsters, Scyllarides brasiliensis e S. deceptor, have become important contributors to in the lobster fisheries landings in the south-west Atlantic. Management strategies for fisheries species require understanding their connectivity and population dynamics. Thus, the aim of the first chapter of this thesis was to estimate the genetic diversity and population structure of those two lobster species along over 2800 km of the South American coast. For that, we used mitochondrial (cytochrome c oxidase I: COI; and the control region: RC) and nuclear markers (13 microsatellites loci developed in this thesis). Both species presented high levels of genetic variability (S. deceptor: N = 200, mtDNA: h > 0,841, π > 0,005; microsatellites: He = 0,685; S. brasiliensis: N = 211, He = 0,554) homogeneously distributed across localities (S. deceptor: ΦST < -0,004, ΦCT < 0,016, overall FST = 0,001, overall Dest = 0,003, FCT < 0,002, P > 0,05, K = 1; S. brasiliensis: overall FST = 0,004, overall Dest = 0,001, FCT < 0,004, P > 0,05, K = 1). The lack of population genetic structure in both species could be explained on the basis of biological traits, such as high fecundity and high dispersal potential of planktonic larvae, which promote high levels of connectivity between geographically distant populations. Moreover, the mitochondrial data indicate that the demographic history of S. deceptor was marked by population and geographical expansions, likely related to the suitable environmental conditions of interglacial periods during the late and middle Pleistocene. Several studies have shown that the presence of nuclear mitochondrial sequences (NuMts) and heteroplasmy limit the correct identification and amplification of mitochondrial markers. In phylogenetic and population studies, the inadverted presence of sequences from diverse origins violates the principle of orthology and can result in wrong evolutionary inferences. Thus, the aim of the second chapter of this thesis was to identify and characterize the NuMts and heteroplasmic sequences of three mitochondrial regions (COI, CR and the gene of the large ribosomal subunit: 16S) in four species of the genus Scyllarides (S. aequinoctialis, S. brasiliensis, S. deceptor e S. delfosi). Cloning and sequencing of genomic DNA and of enriched mtDNA extracts revealed that the genomes of these species may exhibit both NuMts (diverging by 0.6 and 17.6 % from mtDNA) and heteroplasmy (diverging by less than 0.2% from mtDNA prevalent). The NuMts possibly emerged from multiple independent integration events to the nucleus along the evolutionary history of the genus Scyllarides. Depending on their degree of similarity with the mtDNA, the presence of NuMts in phylogenetic analyses at genus level can cause overestimation of the number of species and affect the branch lengths and phylogenetic inferences among species. Nos últimos anos, duas espécies de lagostas sapateiras, Scyllarides brasiliensis e S. deceptor, vêm se destacando nos desembarques pesqueiros de lagostas do Atlântico Sul Ocidental. Para espécies comercialmente importantes, o desenvolvimento de estudos que permitam conhecer a variabilidade e entender a dinâmica populacional é fundamental. Assim, o objetivo do primeiro capítulo desta tese foi avaliar a diversidade genética e a estrutura populacional dessas duas lagostas ao longo de aprox. 2.800 km da costa da América do Sul. Para as análises, foram empregados marcadores mitocondriais (citocromo oxidase I: COI; e a região controle: RC) e marcadores nucleares (13 loci de microssatélites desenvolvidos nesta tese). As duas espécies apresentaram altos níveis de variabilidade (S. deceptor: N = 200, mtDNA: h > 0,841, π > 0,005; microssatélites: He = 0,685; S. brasiliensis: N = 211, He = 0,554), distribuídos homogeneamente entre as localidades (S. deceptor: ΦST < -0,004, ΦCT < 0,016, FST global = 0,001, Dest global = 0,003, FCT < 0,002, P > 0,05, K = 1; S. brasiliensis: FST global = 0,004, Dest global = 0,001, FCT < 0,004, P > 0,05, K = 1). A ausência de estruturação nas duas espécies pode estar relacionada a características biológicas que promovem a conectividade entre localidades geograficamente distantes, como alta fecundidade e alto potencial de dispersão das larvas planctônicas. Além disso, os dados mitocondriais sugerem que a história demográfica de S. deceptor foi marcada por eventos de expansão populacionais e geográficos possivelmente relacionados às condições ambientais favoráveis dos episódios interglaciais do Pleistoceno Médio-Tardio. Diversos estudos têm mostrado que os fenômenos de inserção de regiões mitocondriais no DNA nuclear (NuMts) e heteroplasmia limitam a correta amplificação e identificação dos marcadores mitocondriais. Em estudos filogenéticos e de genética de populações, a presença inadvertida de sequências de diversas origens viola o principio de ortologia, o que pode resultar em inferências evolutivas erradas. Assim, o objetivo do segundo capítulo desta tese foi identificar e caracterizar os possíveis NuMts e sequências heteroplásmicas de três regiões mitocondriais (COI, RC e o gene da subunidade maior do RNA ribossomal: 16S) em quatro espécies do gênero Scyllarides (S. aequinoctialis, S. brasiliensis, S. deceptor e S. delfosi). A clonagem e sequenciamento de extratos de DNA genômico e DNA enriquecido com mtDNA revelaram que os genomas destas espécies podem exibir NuMts (que divergem entre 0,6 e 17,6% do mtDNA) e heteroplasmia (que divergem < 0,2% do mtDNA prevalente). Os NuMts surgiram possivelmente de vários eventos independentes de integração ao núcleo ao longo da história evolutiva do gênero Scyllarides. Dependendo do seu grau de similaridade com o mtDNA, a presença de NuMts nas análises filogenéticas no nível de gênero pode causar superestimativa do número de espécies e alterações nos comprimentos dos ramos e nas relações filogenéticas entre espécies.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:12:07Z No. of bitstreams: 1 TESE_FINAL_PUBICADA_Cesar_Rogerio_Leal_do_Amaral.pdf: 36621056 bytes, checksum: c5dcdd23188a9327201cd02edac9edcf (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:12:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE_FINAL_PUBICADA_Cesar_Rogerio_Leal_do_Amaral.pdf: 36621056 bytes, checksum: c5dcdd23188a9327201cd02edac9edcf (MD5) Previous issue date: 2014-01-13 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico The Tetraodontidae comprises an Acantomorpha fish family popularly known as pufferfishes , with circumglobal distribution, and composed of 189 species grouped in 19 genera. Occurring in seas, estuaries and rivers between the tropical and temperate regions, they are mainly characterized by the characteristic four dental plates; by the capability to inflate their body in stressful situations; by the presence of the neurotoxin Tetrodotoxin / Saxitoxin in its tissues, being responsible for numerous cases of fatal poisoning in many countries including Brazil; and by having the smallest genome among vertebrates which puts them as models for the study of the genome evolution of the group. Aspects of the phylogeny and biogeography of Tetraodontidae were investigated based on molecular data where the results obtained on recent mitogenomics analysis were compared with results obtained from four separate databases based on the genes 12S, 16S, COI and ND1. Our results show the most comprehensive phylogenetic analysis of Tetraodontidae performed to date, representing one third of the diversity of the family, and they partially corroborate previous results, although they disagree about the monophyly of previously well-supported groups. Additionally, the results suggest a new Colomesus species from the Tocantins drainage, Brazil. Os Tetraodontidae compreendem uma família de peixes Acantomorpha popularmente conhecidos como baiacús, com distribuição circumglobal e composta por 189 espécies agrupadas em 19 gêneros. Ocorrendo em mares, estuários e rios entre as regiões tropicais e temperadas, são caracterizados, dentre outros aspectos, por apresentarem quatro placas dentárias características; por sua capacidade de inflar seu corpo em situações de stress; pela presença, em seus tecidos, das neurotoxinas Tetrodotoxina/Saxitoxina, sendo responsáveis por inúmeros casos de envenenamento fatal em vários países, incluindo o Brasil; além de apresentarem o menor genoma dentre os vertebrados o que os coloca como um dos modelos para o estudo da evolução do grupo. Aspectos da filogenia e biogeografia dos Tetraodontidae foram investigados com base em dados morfológicos e moleculares onde resultados recentes baseados em análises mitogenômicas foram comparados com resultados obtidos através da análise de quatro bases de dados distintas baseadas nos genes 12S, 16S, COI e ND1. Nossos resultados apresentam a mais abrangente análise filogenética dos Tetraodontidae realizada até o presente momento, representando um terço da diversidade total da família, e corroboram parcialmente resultados prévios, entretanto, divergem destes em relação ao monofiletismo de grupos anteriormente bem sustentados. Adicionalmente, os resultados sugerem uma nova espécie de Colomesus para a drenagem do Rio Tocantins, Brasil.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:11:34Z No. of bitstreams: 1 TESE_FINAL_PUBLICADA_Flavia_Alvim_Dutra_de_freitas.pdf: 6194971 bytes, checksum: 89bcf99dd96a562f0930e66cdb88299a (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:11:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE_FINAL_PUBLICADA_Flavia_Alvim_Dutra_de_freitas.pdf: 6194971 bytes, checksum: 89bcf99dd96a562f0930e66cdb88299a (MD5) Previous issue date: 2013-11-27 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro Multidrug resistant (MR) tuberculosis is a major threat to public health due to the greater complexity, cost and side effects of treatment. Few studies have described the molecular epidemiology of MR Mycobacterium tuberculosis isolates in Brazil. In this study, we investigated the genetic diversity and mutations associated with drug resistance of 99 MR and 7 non-MR isolates collected in a 8-year period from 12 Brazilian states. This investigation was performed by restriction fragment length polymorphism analysis of the IS6110 insertion element (IS6110-RFLP), spoligotyping and sequencing of the rpoB and katG genes that, when mutated, confer resistance to isoniazid and rifampin, respectively. Mutations in rpoB and katG were found in 90.9% and 93% of the MR isolates analyzed, respectively. For the rpoB gene, 91.9% of the mutations were found in the 81-bp RRDR region Fifty-one (51.5%), 23 (23.3%) and 11 (11.1%) MR isolates had mutations in codons 531, 526 and 516, respectively. In the katG gene, mutations were found in 93% of the MR isolates analyzed. Seven isolates had mutations only in the first region analyzed (katG1). Codon 315 of the second katG gene region analyzed (katG2) had mutations in 82.8% of the MR isolates, mostly being a Ser315Thr substitution. Mutations were found in 30.3% of the MR isolates in the katG1 region and the majority was a codon 4 deletion. Spoligotyping detected 5 different M. tuberculosis families (with their subfamilies) in the MR isolates in this study. The most common were: LAM (46%), T (17%) and H (12%). We observed that one of the families, the EAI5, carries mutations in codon 463 of the katG gene, which does not occur for the other isolates. In addition, among our isolates we identified an isolate belonging to the Beijing family (highly virulent), but this fact is not alarming since this was only one case. We described new alleles for the rpoB and katG genes. With the exception of the X2 family, we identified an initial region of the katG gene with high frequency of mutations in the MR isolates. IS6110-RFLP analysis demonstrated that 25 isolates formed 11 genotypic groups while 74 showed a unique pattern of bands. This high rate of polymorphism indicates independent acquisition of resistance among our isolates. Concerning the H family, an inversion in the frequency of mutations occurred in the rpoB gene with codon 516 being the most mutated one followed by codons 526 and 531. The results of this study provide useful data for better understanding the spectrum of mutations of the MR isolates from patients in Brazil. Our results are also useful for the development of diagnostic tests for MR tuberculosis and to aid in tracking global transmission of this disease. A tuberculose multirresistente (MR) a drogas é uma séria ameaça à saúde pública devido à maiores complexidade, custo e efeitos colaterais do tratamento. Poucos estudos descreveram a epidemiologia molecular de isolados de Mycobacterium tuberculosis MR no Brasil. Neste trabalho foi investigada a diversidade genética e mutações associadas à resistência a drogas de 99 isolados MR e 7 não MR coletados em um período de 8 anos e provenientes de 12 estados brasileiros. Esta investigação foi feita através da análise do polimorfismo de fragmentos de restrição do elemento de inserção IS6110 (IS6110-RFLP), spoligotyping e sequenciamento de regiões dos genes rpoB e katG que conferem resistência aos antibióticos rifampicina e isoniazida, respectivamente. Mutações nos genes katG e rpoB foram encontradas em 90,9% e 93% dos isolados MR analisados, respectivamente. Para o gene rpoB, 91,9% das mutações estavam contidas na região RRDR de 81-pb. Um total de 51 (51.5%), 23 (23.3%) e 11 (11.1%) isolados MR apresentaram mutações nos códons 531, 526 e 516, respectivamente. Com relação ao gene katG, foram encontradas mutações em 93% dos isolados MR analisados, sendo que 7 apresentaram mutações apenas na primeira região analisada (katG1). O codon 315 da segunda região analisada do gene katG (katG2) apresentou mutações em 82.8% dos isolados MR, sendo a maioria Ser315Thr. A região katG1 apresentou mutações em 30.3% dos isolados MR sendo a maioria deleção do códon 4. Pelo spoligotyping foi possível determinar que os isolados MR deste estudo pertencem a 5 diferentes famílias (com suas subfamílias) de M. tuberculosis circulantes no Brasil, onde as mais frequentemente encontradas foram: LAM (46%), T (17%) e H (12%). Nós observamos que uma das famílias, a EAI5, carrega mutações no códon 463 do gene katG, o que não ocorre para as demais. Além disso, entre nossos isolados foi identificada um isolado pertencente à cepa Beijing (extremamente virulenta), mas este fato não é alarmante já que se tratou de apenas um caso. Através de nossos dados foram descritos novos alelos mutados para os genes rpoB e katG. Com exceção da família X2, foi identificada uma região inicial do gene katG com alta frequência de mutações nos isolados MR. A análise por IS6110-RFLP revelou que 25 isolados formaram 11 grupos genotípicos enquanto 74 mostraram um padrão único de bandas. Esta alta taxa de polimorfismo indica aquisição independente de resistência entre nossos isolados. Para a família H, foi identificada uma inversão na freqüência de ocorrência de mutações no gene rpoB, sendo o códon 516 o mais mutado, seguido pelo 526 e 531. Os resultados deste estudo fornecem informações úteis para um melhor entendimento do espectro de mutações dos isolados MR de pacientes no Brasil. Nossos resultados também se tornam úteis no desenvolvimento de testes diagnósticos de tuberculose MR e para auxiliar no rastreamento da transmissão global desta doença.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:15:40Z No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_Andressa_da_Matta_Durans.pdf: 4134179 bytes, checksum: 76fa654acf2b479cee847e8c9d124181 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:15:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_Andressa_da_Matta_Durans.pdf: 4134179 bytes, checksum: 76fa654acf2b479cee847e8c9d124181 (MD5) Previous issue date: 2013-04-19 Chagas disease is a zoonosis caused by the flagellate protozoan Trypanosoma cruzi. An estimated 8 million people are infected with T. cruzi worldwide, mostly in Latin America. Traditional diagnostic tests are gradually being replaced by more innovative methods, such as rapid tests and Real Time PCR. The use of recombinant antigens in serology or rapid tests has been proposed in the 90 s, and several combinations were tested with sera from patients with different clinical forms in different regions in Latin America. Despite the gain in specificity, these tests showed lower sensitivity, frustrating expectations. This study aims to analyze the genetic variability of KMP11 and 1F8 genes coding for antigens commonly used in such experimental diagnostic. T. cruzi strains belonging to different taxonomic sub-groups and different regions were analyzed in order to assess the impact of antigenic variation in diagnostic tests. Maximizing sensitivity and avoiding cross-reactive epitopes for other pathogens should allow for the design of better rapid tests. In a first step, genomic DNA was extracted from the following strains: DM28c, Colombiana, Y, 3663, 4167, LL014 and CL Brener and we performed amplification of the 1F8 and KMP11 antigen encoding genes from these strains. Gene fragments were cloned, sequenced, and subcloned in expression vectors, followed by detection of the recombinant antigens. Using structural prediction and modeling, secondary and tertiary structures were analyzed the latter only for the 1F8 antigen, to visualize the differences in the amino acid sequences revealed from DNA sequencing. The results presented in this study show that the KMP11 T. cruzi antigen, has a very high similarity in amino acid sequence with T. rangeli, showing the need for antigenic mapping of this protein in all trypanosomatids that showed high similarity with the T. cruzi and T. rangeli, for the presence of specific epitopes of T. cruzi. The 1F8 antigen may be a useful tool in the diagnosis of Chagas disease and will need to know more about the antigenic determinants to further develop poly-epitope synthetic adapted from a larger number of possible antigens, obtaining the highest specificity and sensitivity in tests serological diagnosis and rapid test for Chagas disease.This study represents a crucial step for the optimization of recombinant antigens for the diagnosis of Chagas disease. A doença de Chagas é uma zoonose causada pelo protozoário flagelado Trypanosoma cruzi. Estima-se que 8 milhões de pessoas estão infectadas com o T. cruzi em todo o mundo, principalmente na América Latina. Testes tradicionais de diagnóstico estão sendo gradualmente substituídos por métodos inovadores. A utilização de antígenos recombinantes foi proposta nos anos 90, e várias combinações foram testadas com soros de pacientes com diferentes formas clínicas de diferentes regiões da América Latina. Apesar do ganho em especificidade, estes testes apresentaram menor sensibilidade, frustrando expectativas. Este estudo objetivou analisar a variabilidade genética dos genes KMP11 e 1F8 que codificam antígenos comumente utilizados em diagnóstico experimental. Cepas de T. cruzi pertencentes a diferentes sub-grupos taxonômicos e de diferentes regiões foram analisadas para avaliar o impacto da variação antigênica em testes de diagnóstico. Maximizando a sensibilidade, evitar reatividade cruzada com epítopos de outros agentes patogênicos deve permitir a concepção de melhores testes rápidos. Num primeiro passo, DNA genômico foi extraído das seguintes cepas: Dm28c, Colombiana, Y, 3663, 4167, LL014 e CL Brener e foi realizada a amplificação dos genes 1F8 e KMP11 que codificam antígenos a partir destas cepas. Em seguida foram realizadas a clonagem, sequenciamento, expressão e detecção dos antígenos recombinantes. Na etapa final, análises de estruturas secundárias e terciárias, a última apenas para o antígeno 1F8, visualizaram as diferenças nas sequências de aminoácidos obtidas a partir de sequenciamento de DNA. Os resultados apresentados neste estudo mostram que o antígeno KMP11 de T. cruzi possui uma similaridade na sequência de aminoácidos muito elevada com o T. rangeli, mostrando a necessidade de um mapeamento antigênico desta proteína em todos os tripanosomatídeos que apresentaram alta similaridade com o antígeno de T. cruzi, como o T. rangeli, para verificar a presença de epítopos específicos de T. cruzi. O antígeno 1F8 pode ser uma ferramenta útil no diagnóstico da doença de Chagas e que será necessário aprofundar os conhecimentos sobre os determinantes antigênicos para futuramente elaborar poli-epítopos sintéticos adaptados de um maior número possível de antígenos, obtendo a maior especificidade e sensibilidade nos testes de diagnóstico sorológico e de teste rápido da doença de Chagas. Este estudo representa um passo crucial para a otimização de antígenos recombinantes para o diagnóstico da doença de Chagas.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:10:56Z No. of bitstreams: 1 TESE Nathalia Cavaleiro 2013 versao final final.pdf: 6040191 bytes, checksum: 38826407ef29a7a6530b21c603972241 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:10:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE Nathalia Cavaleiro 2013 versao final final.pdf: 6040191 bytes, checksum: 38826407ef29a7a6530b21c603972241 (MD5) Previous issue date: 2013-03-28 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Crassostrea (Sacco, 1897) is the most important genus of cultivated oysters in the world and consisting of 34 species distributed by tropical and temperate regions of the globe. C. gasar and C. rhizophorae are the two native species which have wide distribution along the entire Brazilian coast up to the Caribbean. C. gasar also occurs on coast of Africa. Despite its extensive distribution and abundant availability, cultivation of those oysters in Brazil is incipient, and the correct delimitation of the existing stocks is still uncertain. The successful development of malacoculture which is recommended internationally as an environmentally sustainable form of aquaculture depends on the resolution of these issues. Thus, in order to genetically determinate their stocks in the Atlantic and to estimate their demographic history, two different molecular markers were employed: sequences of the mitochondrial DNA control region and species-specific microsatellite loci, developed in the present study. We have sequenced a fragment of the mitochondrial control region from a total of 930 individuals of C. gasar and C. rhizophorae collected in 32 localities including the Caribbean, French Guyana, Brazilian coast and Africa. We have also genotyped 1178 individuals of both species with 9 and 11 loci of microsatellites for C. gasar and C. rhizophorae, respectively. Genetic data were analyzed with different approaches (fixation (FST) and differentiation (Jost D) indices, analysis of molecular variance (AMOVA), spatial analysis of molecular variance (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), factorial correspondence analysis (AFC) and Bayesian attribution analysis (STRUCTURE)). The results indicated a general structure pattern, where two different stocks were detected for both species: north and south groups, where Rio de Janeiro would be the limited region between them. Higher values of fixation indices were found for C. gasar, indicating that this species would be more structured than C. rhizophorae. Demographic analyses showed a probable expansion of populations during the last glacial period and a probable American origin of African populations. All results suggested the existence of a barrier next to Rio de Janeiro, which could be Vitoria-Trindade chain and the upwelling in the region of Cabo Frio (RJ). These results will be useful to establish criteria for the selection of seeds for cultivation along the Brazilian coast which will allow proper management of stocks of oysters preventing its disappearance as in other reefs around the world. Crassostrea (Sacco, 1897) é o gênero mais importante do mundo de ostras de cultivo e consiste de 34 espécies distribuídas pelas regiões tropicais e temperadas do globo. C. gasar e C. rhizophorae são as duas espécies nativas que estão distribuídas ao longo de toda a costa do Brasil até o Caribe. C. gasar também ocorre na costa da Africa. Ainda que sua distribuição seja extensa e com disponibilidade abundante, o cultivo de ostras nativas no Brasil ainda é incipiente e a delimitação correta dos estoques mantém-se incerta. O sucesso do desenvolvimento da malacocultura, que é recomendada internacionalmente como forma sustentável de aquicultura, depende da resolução desses problemas. Assim, com o objetivo de determinar geneticamente seus estoques no Atlântico como também estimar sua história demográfica, dois diferentes marcadores moleculares foram empregados: sequências de DNA da região controle mitocondrial e loci de microssatélites espécie-especifícos, desenvolvidos no presente estudo. Foram sequenciados fragmentos da região controle de um total de 930 indivíduos de C. gasar e C. rhizophorae coletados em 32 localidades que incluíram o Caribe, a Guiana Francesa, a costa brasileira e a África. Também foram realizadas genotipagens de 1178 indivíduos, e ambas as espécies, com 9 e 11 loci de microssatélites para C. gasar e C. rhizophorae, respectivamente. Os dados genéticos foram analisados através de diferentes abordagens (índices de estruturação (FST) e de (Jost D), análise molecular de variância (AMOVA), análise espacial molecular de variância (SAMOVA), Bayesian Skyline Plots (BSP), análise fatorial de correspondência (AFC) e análise de atribuição Bayesiana (STRUCTURE)). Os resultados indicaram um padrão geral de estruturação, onde dois diferentes estoques foram detectados para ambas as espécies: grupos do norte e do sul, onde o Rio de Janeiro seria a região limitante entre os dois estoques. Os maiores valores dos índices de estruturação foram encontrados para C. gasar, indicando que esta espécie estaria mais estruturada do que C. rhizophorae. As análises demográficas indicaram uma provável expansão das populações durante o ultimo período glacial e uma possível origem americana das populações africanas. Todos os resultados sugeriram a existência de uma barreira geográfica próxima ao Rio de Janeiro, que poderia ser a cadeia de Vitória-Trindade e o fenômeno de ressurgência que ocorre em Cabo Frio (RJ). Esses resultados serão de grande utilidade para estabelecer critérios para seleção de sementes para cultivo ao longo da costa do Brasil que permitirá o manejo adequado dos estoques ostreícolas, prevenindo seu desaparecimento como já ocorrido em outros recifes no mundo.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:10:47Z No. of bitstreams: 1 Tese_JuliaLosadaTourinho.pdf: 4450204 bytes, checksum: 59bddd101b602af659ea900ee7954db9 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:10:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_JuliaLosadaTourinho.pdf: 4450204 bytes, checksum: 59bddd101b602af659ea900ee7954db9 (MD5) Previous issue date: 2013-03-27 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Panulirus argus (Latreille, 1804) is one of the main lobster species in the Atlantic, and one of the largest fisheries in the western Atlantic, with a high commercial value. The heavy exploitation of the species results in much pressure on its populations. Recently, it was discovered that under the name P. argus there are two cryptic species that occur in allopatry, one in the Caribbean and the other on the coast of Brazil. This thesis studies the population genetic structure of those two species with the purpose of providing more information to delimitate stocks for fisheries management, and for understanding the historical processes that have shaped their evolutionary demographic histories. For this, we analysed two mitochondrial markers (control region and the Cytochrome Oxidase I gene) and microsatellite markers of individuals from 7 localities in the Caribbean (Florida, Bahamas, Turks and Caicos, Puerto Rico, Cuba, Colombia, and Venezuela) and 11 States of Brazil (Pará, Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Pernambuco, Alagoas, Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro, and São Paulo). Within each species two different mitochondrial lineages were observed. They occurred throughout their distributions, and it is hypothesized that they were formed from a vicariance event with secondary contact or are the result of a genetic bottleneck followed by expansion. The lineages of P. cf. argus from Brazil were only observed in the mitochondrial control region and were separated approximately 233-288 thousand years ago, and each lineage underwent expansion at different times: the first expanded 100,000 years ago and the second 50,000 years ago. The lineages of the Caribbean species were found for the two mitochondrial markers. They were separated about 1 million years ago and have had the same expansion time, 50,000 years. Microsatellites revealed no population subdivision for either species, but the molecular markers together suggest a differential gene flow between localities exposed to different currents. Since these lobsters are heavily exploited, it is important to be conservative when defining their fishing stocks. For the species from Brazil, two fishing stocks are suggested, the first from Pará to Bahia States and the second from Southern Bahia to São Paulo State. For the species of the Caribbean, our data give support to the four stocks suggested by FAO (North, South, North Central and South Central). Panulirus argus (Latreille, 1804) é uma das principais espécies de lagosta no Atlântico, sendo um dos maiores recursos pesqueiros do Atlântico Ocidental, onde apresenta um alto valor comercial. A forte explotação da espécie resulta em uma grande pressão sobre suas populações. Recentemente, foi descoberto que sob o binômio P. argus estão contidas duas espécies crípticas que ocorrem em alopatria, uma na região do Caribe e outra na costa brasileira. Esta tese tem como objetivo estudar como se estruturam geneticamente as populações dessas duas espécies, com o propósito de fornecer mais informações para a determinação de estoques e um correto manejo das espécies, e analisar os processos históricos evolutivos que moldaram suas histórias demográficas. Para tal, foram estudados dois marcadores mitocondriais (região controle e o gene da Citocromo Oxidase I) e loci de microssatélites de indivíduos de 7 regiões do Caribe (Florida, Bahamas, Turks e Caicos, Porto Rico, Cuba, Colômbia e Venezuela) e 11 estados do Brasil (Pará, Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Pernambuco, Alagoas, Bahia, Espírito Santo, Rio de Janeiro e São Paulo). Dentro de cada espécie foram observadas duas linhagens mitocondriais diferentes, que co-ocorriam, de maneira homogênea, ao longo de suas distribuições. Hipotetiso que essas linhagens foram formadas a partir de um evento de vicariância com contato secundário ou como consequência de um efeito gargalo seguido de expansão. As duas linhagens são evidentes nas sequências da região controle mitocondrial, mas no gene da COI foram evidentes apenas em P. cf. argus do Caribe. As linhagens do Brasil se separaram há aproximadamente 233 - 288 mil anos e cada uma sofreu expansão em tempos diferentes, a primeira se expandiu há 100 mil anos e a segunda linhagem há 50 mil anos. As linhagens do Caribe se separaram cerca de 1 milhão de anos atrás e possuem o mesmo tempo de expansão, 50 mil anos. Os microssatélites não revelaram subdivisão populacional para nenhuma das duas espécies, porém os marcadores, juntos, sugeriram um fluxo gênico diferenciado entre localidades expostas a diferentes correntes marítimas. Considerando que essas lagostas são intensamente explotadas, é importante ser cuidadoso no momento de definir estoques pesqueiros. Para a espécie do Brasil, dois estoques pesqueiros foram sugeridos, o primeiro do Pará à Bahia e o segundo do sul da Bahia a São Paulo. Para a espécie do Caribe, foi mantida e reforçada a hipótese de quatro estoques sugerida pela FAO (Norte, Sul, Centro-Norte e Centro-Sul).

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:15:28Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Rose_26-04-13_versao final.pdf: 3453996 bytes, checksum: 1efb6b33ec85bc0bbb538d9d13b116d3 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:15:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Rose_26-04-13_versao final.pdf: 3453996 bytes, checksum: 1efb6b33ec85bc0bbb538d9d13b116d3 (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior The arrival of the first inhabitants approximately 15.000 years ago and Portuguese settlers and Africans slaves since the 15th century in successive migrations in South America, lead to the formation of a mixed population with considerable diverse background. It is remarkable that population heterogeneity derives from this migrations and from the indigenous amalgamation process after contacts between different ethnic groups, started with America´s colonization by Europeans. Despite of the high genetic heterogeneity, populations that majority keep the genetic identity from their most remote ancestors can still be found in Brazil. The purpose of this research was characterizing the ancestry of the population of Santa Isabel do Rio Negro, Amazonas, with strong Amerindian phenotypic features, and of the indigenous tribe Terena, from Mato Grosso do Sul. We studied paternal uniparental markers linked to no-recombinant region of Y chromosome and maternal markers present in the control region of mitochondrial DNA (mtDNA). Thirty one individuals from Santa Isabel do Rio Negro were genotyped for paternal inheritance. Genotype information of paternal markers from the Terena tribe was already available from a previously study. MtDNA markers were studied in 76 individuals from Santa Isabel do Rio Negro, both male and female, and in 51 male individuals from Terena tribe. Analysis of Y-SNPs markers allowed characterization of Q1a3a* haplogroup, typical of Amerindian, in 55% of Y chromosomes from individuals of Santa Isabel do Rio Negro . By mtDNA markers this study established that haplogroup A is the most common in both populations, occuring in 34% of individuals from Santa Isabel do Rio Negro and 42% of individuals from the Terena tribe. This observation suggests that regarding maternal ancestry, there is no occurrence of significant genetic differentiation among the two populations. On the other hand, Y chromosome analysis revealed occurrence of significant genetic distance between this populations, which can be a result of the difference among populations sample sizes, or can reflect differences between Amerindian s migratory routes previously to colonization. The result also shows that autoctones mitochondrial genomes were better preserved, and new Y chromosome haplogroups were introduced recently in Amerindian population. Therefore, it is, possible to conclude that Santa Isabel do Rio Negro population and Terena indigenous tribe show significant degree of Amerindian ancestry conservation, despite of the long historic contact with European and African, the others people formers the Brazilian population. A chegada dos primeiros habitantes há cerca de 15.000 anos e de colonos portugueses e escravos africanos, desde o século 15, em sucessivas migrações na América do Sul, levaram à formação de populações miscigenadas com raízes consideravelmente diversificadas. É notável a heterogeneidade populacional decorrente dessas migrações e do processo de amalgamento de indígenas a partir dos contatos entre os diferentes grupos étnicos, iniciados com a colonização da América pelos europeus. A despeito da elevada miscigenação, ainda se pode encontrar no Brasil populações que, majoritariamente, mantém a identidade genética dos seus ancestrais mais remotos. O objetivo desse estudo foi caracterizar a ancestralidade da população de Santa Isabel do Rio Negro, Amazonas, com fortes traços fenotípicos ameríndios, e da tribo indígena Terena de Mato Grosso do Sul. Para isto, foram estudados marcadores uniparentais paternos ligados à região não recombinante do cromossomo Y e maternos presentes na região controle do DNA mitocondrial (mtDNA). Em relação à herança paterna, foram genotipados 31 indivíduos de Santa Isabel do Rio Negro, sendo que os Terena já haviam sido estudados sob este aspecto. Quanto ao mtDNA, foram estudados 76 indivíduos de ambos os sexos e 51 Indivíduos do sexo masculino de Santa Isabel do Rio Negro e dos Terena, respectivamente. A análise de marcadores Y-SNPs possibilitou a caracterização de 55% dos cromossomos Y dos indivíduos de Santa Isabel do Rio Negro como pertencentes ao haplogrupo Q1a3a*, característico de ameríndio. Através do mtDNA, foi verificado que o haplogrupo A é o mais frequente nas duas populações, com percentuais de 34% e 42% em Santa Isabel do Rio Negro e na tribo Terena, respectivamente, observando-se no tocante à ancestralidade materna a não ocorrência de diferenciação genética significativa entre as duas populações. Por outro lado, a análise do cromossomo Y revelou a ocorrência de distância genética significativa entre elas, o que pode ser resultante da diferença entre os tamanhos das amostras populacionais ou refletir diferenças entre rotas migratórias dos ameríndios anteriormente à colonização. Os resultados mostram ainda que os genomas mitocondriais autóctones foram melhor preservados, e que novos haplogrupos do cromossomo Y foram introduzidos recentemente na população ameríndia. É, portanto, possível concluir que a população de Santa Isabel do Rio Negro e a tribo indígena Terena apresentam um significativo grau de conservação da ancestralidade ameríndia, apesar do longo histórico de contato com europeus e africanos, os outros povos formadores da população brasileira.

Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-07T15:16:33Z No. of bitstreams: 1 Orlando Carlos da Conceicao Neto Dissertacao completa.pdf: 1453970 bytes, checksum: ac0be66aa446c8d4274cfbf8c0aa00df (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-07T15:16:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Orlando Carlos da Conceicao Neto Dissertacao completa.pdf: 1453970 bytes, checksum: ac0be66aa446c8d4274cfbf8c0aa00df (MD5) Previous issue date: 2013-03-14 The Burkholderia cepacia complex (BCC) is a group of 17 closely related species that are associated with pulmonary deterioration and increased mortality in patients with Cystic Fibrosis (CF). These species differ from each other in prevalence, clinical status and virulence. Little is known about the profile of antimicrobial resistance. Once the infection, the therapeutic approach and the control measures currently adopted are based on BcC, without considering each particular species. The aim of this study was to determine the prevalence of BcC species in patients from two reference centers in Rio de Janeiro, as well as establishing antimicrobial resistance profiles and assess the molecular diversity among them. One hundred samples of BcC isolates from 38 CF patients from January 2010 to February 2012 were identified by phenotypic methods and by sequencing the recA gene. The MIC for amikacin, aztreonam, ceftazidime, trimethoprim /sulfamethoxazole and tobramycin were determined by microdilution species and genotyping was carried out by PFGE with the enzyme SpeI. B. vietnamiensis (44%) was the most prevalent species, followed by B. cenocepacia IIIA (36%), B. multivorans (10%), B. cenocepacia IIIB (1%) and B. stabilis (1%). Five percent of the samples were not identified. B. vietnamiensis was identified in over half of patients (58.3%). There were differences in susceptibility profiles among BcC species. B. cenocepacia IIIA showed the highest rates of antimicrobial resistance, particularly to trimethoprim/ sulfamethoxazole (80.5%), primary antimicrobial used to treat infections caused by BcC. Samples with MDR profiles were observed for all species, highlighting the profile A, simultaneously resistant to five antibiotics, observed in 58.8% of B.cenocepacia IIIA samples. The analysis of genetic polymorphism showed that despite B. vietnamiensis was the most prevalent species, the occurrence of nine clonal groups suggests that these strains acquisition has taken place from a common environmental source. For B. cenocepacia IIIA, 52.9% of the samples were assigned to the same clonal group (BcA), shared among nine patients treated at a single referral center. Eighty percent of these samples also showed resistance to all antimicrobials tested. The data show that, even with the use of molecular techniques, the identification of BcC on species level is difficult; that B. cenocepacia IIIA is characterized by higher levels of resistance to other species and that the cross transmission between individuals points to the need for the establishment of BcC surveillance in reference centers. O Complexo Burkholderia cepacia (CBc) é um grupo de 17 espécies intimamente relacionadas que estão associadas à deterioração pulmonar e aumento da mortalidade em pacientes com Fibrose Cística (FC). Essas espécies variam entre si em relação à prevalência, quadros clínicos e virulência. Pouco é conhecido em relação ao perfil de resistência aos antimicrobianos. Uma vez estabelecida a infecção, a abordagem terapêutica e as medidas de controle atualmente adotadas são baseadas no CBc, sem considerar cada espécie em particular. O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência das espécies do CBc em pacientes atendidos em dois centros de referência no Rio de Janeiro, bem como estabelecer perfis de resistência a antimicrobianos e avaliar a diversidade molecular entre as espécies. Cem amostras do CBc isoladas de 38 pacientes com FC no período de janeiro de 2010 a fevereiro de 2012 foram identificadas por métodos fenotípicos e pelo sequenciamento do gene recA. As CIMs para amicacina, aztreonam, ceftazidima, trimetoprim/sulfametoxazol e tobramicina foram determinadas por microdiluição e a genotipagem das espécies foi realizada por PFGE com a enzima SpeI. B. vietnamiensis (44%) foi a espécie mais prevalente, seguida de B. cenocepacia IIIA (36%), B. multivorans (10%), B. cenocepacia IIIB (1%) e B. stabilis (1%). Cinco por cento das amostras não foram identificadas. B. vietnamiensis foi identificada em mais da metade dos pacientes (58,3%). Foram observadas diferenças no perfil de susceptibilidade entre as espécies do CBc. B. cenocepacia IIIA foi a espécie que apresentou as maiores taxas de resistência aos antimicrobianos, sobretudo para trimetoprim/ sulfametoxazol (80,5%), principal antimicrobiano utilizado no tratamento de infecções causadas pelo CBc. Amostras com perfis MDR ocorreram em todas as espécies, destacando-se o perfil A, resistente simultaneamente aos cinco antimicrobianos, observado em 58,8% das amostras de B.cenocepacia IIIA. A análise do polimorfismo genético mostrou que, apesar de B. vietnamiensis ter sido a espécie mais prevalente, a ocorrência de nove grupos clonais sugere que a aquisição dessas cepas tenha se dado a partir de uma fonte ambiental comum. Para B. cenocepacia IIIA, 52,9% das amostras foram atribuídas a um mesmo grupo clonal (BcA), compartilhado entre nove pacientes atendidos em um mesmo centro de referência. Oitenta por cento dessas amostras apresentaram ainda resistência a todos os antimicrobianos testados. Os dados mostram que, mesmo com o emprego de técnicas moleculares, é difícil a identificação do CBc em nível de espécie; que B. cenocepacia IIIA é caracterizada por índices de resistência superiores às outras espécies e que a transmissão cruzada entre os indivíduos aponta para a necessidade do estabelecimento de medidas de vigilância do CBc nos centros de referência.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:15:34Z No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_Ester_de_Andrade_Barreto.pdf: 2787267 bytes, checksum: 14693f5574e6d46af7f6d274fc355270 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:15:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_Ester_de_Andrade_Barreto.pdf: 2787267 bytes, checksum: 14693f5574e6d46af7f6d274fc355270 (MD5) Previous issue date: 2013-03-07 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico The esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) represents 90% of cases of esophageal cancer in Brazil. The ESCC has late diagnosis, highly aggressive behavior and poor survival. ESCC is an interesting target to the study of mechanism involved in its carcinogenesis, in order to identify potential drug targets or biomarkers to help clinical practice. Changes in tumor cell energy metabolism appear to have a prominent role in malignant transformation. Tumor cells consume glucose avidly and produce lactic acid, even under normoxia. Among the factors that may contribute to the stimulation of glycolysis in tumor cells, there are changes in the glycolytic pathway enzymes such as: pyruvate kinase M1 and M2 (PKM2 and PKM1), hexokinase II (HKII), glucose transporter isoform 1, GLUT-1, and transcription factor induced by hypoxia (HIF1α), responsible for the transcription of proteins cited. The goal of the study is to evaluate the relationship between the expression of HIF1α, HK2, PKM2, PKM1 and GLUT-1 and clinicopathological data in ESCC. Biopsy of the esophagus in patients without esophageal disease were collected, who underwent endoscopy at University Hospital Pedro Ernesto (HUPE). Tissue samples were collected from 44 patients with a histologically confirmed diagnosis of ESCC recruted from Hospital Universitário Pedro Ernesto (HUPE-UERJ), and Instituto Nacional de Câncer (INCA). Tissue samples from healthy individuals submitted to endoscopic routine examination, not related to cancer or esophageal disorders, at HUPE-UERJ were also included in this study. The expression of proteins in tissues was evaluated by immunohistochemistry, while mRNA expression of GLUT-1 was also evaluated in the control samples. It was observed that the control samples express HK2, PKM1, PKM2, HIF1α layers of the esophageal epithelium. GLUT-1 and Ki-67 are seen only in the basal layer. Furthermore, expression of GLUT-1 mRNA did not correlate with disease etiological factors. In ESCC expression of HK2, PKM2 and GLUT-1 was seen in all tumors, and the expression of HIF1α and PKM1 was variable. We found that increased expression of HIF-1α correlates with lymph node invasion and differentiation, whereas the expression of HK2 is related to survival, and differentiation with PKM1. The clinical correlations found suggest that alterations in energy metabolism are an interesting subject of study for development of biomarkers that help clinical practice. O carcinoma epidermoide de esôfago (CEE) representa 90% dos casos de câncer de esôfago no Brasil. O CEE tem detecção tardia, um comportamento extremamente agressivo e baixa sobrevida, sendo, portanto, um alvo interessante para o estudo dos mecanismos envolvidos em sua carcinogênese, a fim de se identificar possíveis alvos terapêuticos ou marcadores moleculares que ajudem na prática clínica. Mudanças no metabolismo energético da célula tumoral parecem ter papel de destaque na transformação maligna. Sabe-se que células tumorais consomem glicose avidamente produzindo ácido lático, mesmo em condições de normóxia. Dentre os fatores que podem contribuir para o estímulo da glicólise em células tumorais destacam-se as alterações em enzimas da via glicolítica tais como: as piruvato-cinases M1 e M2 (PKM1 e PKM2), a hexocinase II (HKII), isofoma 1 do transportador de glicose, GLUT-1, e o fator de transcrição induzido por hipóxia (HIF1α), responsável pela transcrição das proteínas citadas. O objetivo do estudo é avaliar a relação entre a expressão de HIF1α, HK2, PKM2, PKM1 e GLUT-1 e dados clínico-patológicos no CEE. Para tal, foram avaliados tumores conservados em parafina de 44 pacientes com CEE matriculados no INCA e no Hospital das Clínicas de Porto Alegre. Além disso, foram coletadas amostras de biópsia de esôfago em 67 pacientes sem doença esofágica, que foram submetidos à endoscopia no Hospital Universitário Pedro Ernesto (HUPE). A expressão das proteínas foi avaliada nos tecidos por imuno-histoquímica, enquanto que a expressão do mRNA de GLUT-1 também foi avaliada nas amostras controle. Foi observado que as amostras controle expressam HK2, PKM1, PKM2, HIF1α nas camadas do epitélio esofágico. Já GLUT-1 e Ki-67 são vistos apenas na camada basal. Além disso, a expressão do mRNA de GLUT-1 não teve correlação com fatores etiológicos da doença. Em CEE a expressão de HK2, PKM2 e GLUT-1 foi vista em todos os tumores, já a expressão de HIF1α e PKM1 foi variável. Além disso, observou-se que maior expressão de HIF-1α apresenta correlação com invasão linfonodal e diferenciação, enquanto que a expressão de HK2 tem relação com sobrevida e PKM1 com diferenciação. As correlações clínicas encontradas sugerem que alterações no metabolismo energético é um alvo de estudo interessante para desenvolvimento de marcadores moleculares que auxiliem a prática clínica.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:16:39Z No. of bitstreams: 1 Rafael Silveira Amendola Dissertacao completa.pdf: 1777457 bytes, checksum: 112a0e3bbf05c822b0dd27bfa0fa3377 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:16:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rafael Silveira Amendola Dissertacao completa.pdf: 1777457 bytes, checksum: 112a0e3bbf05c822b0dd27bfa0fa3377 (MD5) Previous issue date: 2012-02-27 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ADAM comprise a family of secreted and transmembrane proteins involved in important physiological process such as cell adhesion and proteolysis. On the other hand, miltiple ADAM play a central role in the formation and progression of various diseases. The increased expression of ADAM9 is correlated with tumor development due to proteolytic activity mediated by metalloprotease domain. Although many studies address the proteolytic activity of members of this family, the role of the disintegrin-like domain remains unknown. The present study aims to investigate the effects of ADAM9D on the activation and chemotaxis of human neutrophils. We used an experimental model in which human neutrophils isolated from peripheral blood were stimulated in vitro to better understand the mechanisms by ADAM9D in the migration process. ADAM9D was able to promote neutrophil recruitment, and make them less responsive to classical chemotactic stimuli such as fMLP, IL-8 and LTB4. This effect seems to depend on expression of α5β1 integrin, αvβ3 and α9β1, since treatment of the cells with blocking antibodies inhibited migration in response to ADAM9D. Addionally, the treatment of neutrophil with a inhibitory G protein (pertussis toxin) or inhibitors of CXCR2 (SB225002 and repertaxina) also inhibited the migratory response. Taken together, our data suggest that ADAM9D induces migration of neutrophils through the PI3K/Akt pathway. In addition, the chemotactic effect seems to depend on the ADAM9D CXCR2 activation, suggesting a possible mechanism of transactivation present in this phenomenon. As ADAM compreendem uma família de proteínas transmembrana ou secretadas envolvidas em importantes processo fisiológicos como proteólise e adesão celular. Por outro lado, muitas ADAM exercem um papel central na formação e progressão de diversas patologias. O aumento da expressão de ADAM9 está correlacionada com o desenvolvimento de tumores devido a atividade proteolítica mediada pelo domínio metaloprotease. Embora muitos estudos abordem a atividade proteolítica dos membros desta família, o papel do domínio tipo desintegrina permanece desconhecido. O presente estudo visa investigar os efeitos da ADAM9D sobre a ativação e quimiotaxia de neutrófilos humanos Para isso, utilizamos um modelo experimental no qual neutrófilos humanos isolados do sangue periférico foram estimulados in vitro para melhor entender os mecanismos ativados pela ADAM9D no processo migratório. ADAM9D foi capaz de promover o recrutamento de neutrófilos, além de torná-los menos responsivos a estímulos quimiotáticos clássicos como fMLP, IL-8 e LTB4. Este efeito parece depender da expressão das integrinas α5β1 , α9β1 e αvβ3, uma vez que, o tratamento das células com anticorpos bloqueadores inibiu a migração em resposta a ADAM9D. Em adição, o tratamento de neutrófilos com um inibidor de proteína G (toxina pertussis) ou inibidores de CXCR2 (SB225002 e repertaxina) também inibiu a resposta migratória. Tomados em conjunto, nosso dados sugerem que a ADAM9D induz a migração de neutrófilos através da via da PI3K/Akt. Além disso, o efeito quimiotático da ADAM9D parece depender da ativação de CXCR2, sugerindo um possível mecanismo de transativação presente neste fenômeno.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:15:17Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao - biblioteca Final.pdf: 11865554 bytes, checksum: 9137a0c69d67dc54ee49288781275fb3 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:15:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao - biblioteca Final.pdf: 11865554 bytes, checksum: 9137a0c69d67dc54ee49288781275fb3 (MD5) Previous issue date: 2012-02-09 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro Parkinson s disease is the second most common neurodegenerative disorder, after Alzheimer s disease, with an incidence of 3.3% in Brazilian population over the age of 60 years. It s characterized by the degeneration of dopaminergic neurons within the substantia nigra pars compacta and the presence of intracellular protein inclusions called Lewy bodies in the surviving neurons. PD has a complex etiology which may involve gene-environment interactions and multiple susceptibility genes. In this context, loss-of-function mutations in the glucocerebrosidase gene (GBA) have been well-validated as important susceptibility factors for PD. This gene is located on 1q21 and comprises 11 exons that encode them lysosomal enzyme glucocerebrosidase. The main objective of our study was to investigate if alterations in the GBA gene constitute a predisposing factor for the development of PD in the Brazilian population. For this, a Brazilian cohort of 126 unrelated PD patients (24 familial and 102 sporadic cases; mean age: 66.4 ± 11.4) were screened for GBA mutations by complete sequencing of the gene s exons and some introns. Seven alterations and one recombinant allele, previously found in PD patients performed in other studies, were detected (K(-)27R, IVS2+1G>A, N370S, L444P, T369M, A456P, E326K e RecNciI), as well as, a variant never identified in PD patients (G325G) and one newly identified variant (W378C), in a total of 18 patients (14.3%). In addition, were found three intronic changes (c.454 +47 G>A, c.589- 86A>G and c.1225-34C>A), which are present in the database of SNPs, however, were not associated with any disease. Among all the variants identified, three are proven pathogenic (IVS2 +1 G>A, N370S and L444P) and were found in 5.5% of the sample and not detected in the control sample, indicating a significantly higher frequency of these mutations in patients with PD compared to controls (P = 0.0033). Our results, have strengthened the association between the GBA gene and PD in the Brazilian population, in addition to support the hypothesis that alterations in this gene represent a significant genetic susceptibility factor for the development of PD A doença de Parkinson (DP) é a segunda doença neurodegenerativa mais frequente, depois da doença de Alzheimer, com uma incidência de aproximadamente 3,3% na população brasileira acima dos 60 anos. Ela é caracterizada por uma perda dos neurônios dopaminérgicos da parte compacta da substância negra e pela presença de inclusões protéicas intracelulares denominadas corpúsculos de Lewy nos neurônios sobreviventes. A DP tem uma etiologia complexa que envolve interações genes-ambiente e múltiplos genes de susceptibilidade. Nesse contexto, mutações de perda de função no gene da glicocerebrosidase (GBA) têm sido bem validadas como importantes fatores de risco para a DP. Esse gene está localizado na região 1q21 e compreende 11 exons que codificam a enzima lisossômica glicocerebrosidase. O principal objetivo deste estudo foi investigar se alterações no gene GBA constituem um fator de predisposição para o desenvolvimento da DP na população brasileira. Para isso, um grupo de 126 pacientes brasileiros, não-aparentados, com DP (24 casos familiares e 102 isolados; idade média 66,4 ± 11,4) foram analisados para mutações no GBA através do seqüenciamento completo de todos os exons e alguns íntrons. Sete alterações e um alelo recombinante, anteriormente encontrados em pacientes com a DP analisados em outros estudos, foram detectados (K(-)27R, IVS2+1G>A, N370S, L444P, T369M, A456P, E326K e RecNciI), assim como, uma variante nunca antes identificada associada à DP (G325G) e uma nova mutação (W378C), num total de 18 pacientes (14,3%). Além disso, foram encontradas três alterações intrônicas (c.454+47G>A, c.589-86A>G e c.1225-34C>A), que constam do banco de SNPs, entretanto, não foram associadas a nenhuma doença. Dentre todas as variantes identificadas, três são comprovadamente patogênicas (IVS2+1G>A, L444P e N370S) e foram encontradas em 5,5% da amostra, não sendo detectadas na amostra controle, indicando uma freqüência significativamente alta dessas mutações em pacientes com DP quando comparadas aos controles (P=0,0033). Esses resultados reforçam a associação entre o gene GBA e a DP na população brasileira, além de apoiar a hipótese de que alterações nesse gene representam um importante fator de susceptibilidade ao desenvolvimento da DP

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:11:21Z No. of bitstreams: 1 Joao Alfredo de Moraes Gomes da Silva Tese completa.pdf: 2948203 bytes, checksum: e6b9b51af16cfaf30a54691d29056879 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:11:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joao Alfredo de Moraes Gomes da Silva Tese completa.pdf: 2948203 bytes, checksum: e6b9b51af16cfaf30a54691d29056879 (MD5) Previous issue date: 2011-12-09 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Cardiovascular diseases represent the major mortality reason in western countries. Among these diseases, atherosclerosis is the most prominent one, which is characterized by vascular smooth muscle cell (VSMC) accumulation. The pathological effect of VSMC in response to different stimuli is able to induce VSMC dysfunctions. Notably, this cardiovascular disease occurs mainly in sinuous vessels with turbulent blood flow, which may lead to hemolysis and consequent free heme accumulation. Furthermore, in atherogenesis the adhesion molecule, mainly integrins, were of crucial importance during the VSMC response. In this work our aim was to elucidate the effect of free heme in VSMC, as well the molecular mechanisms underlying this process. In a second part, we investigated the role of α1ß1 integrin in Angiotensin II (Ang II) effect on VSMC. We observed that free heme is able to induce VSMC proliferation in a Reactive Oxygen Species (ROS) derived from NADPHoxidase (NADPHox) dependent manner. Additionally, heme activates proliferation-relationed redox-sensitive signaling routes, such as MAPKinases and the transcription factor NFκB. It was also observed a critical crosstalk between NADPHox and heme oxygenase (HO) system, once heme induces HO-1 expression and VSMC pretreatment with HO inhibitors increased heme proliferative effect and ROS production. Accordingly, we observed that the counter-regulatory effect promoted by HO occurs due heme metabolites: biliverdin, bilirubin and carbon monoxide. Finally, when both NADPHox and HO system were blocked, heme had no effect on VSMC proliferation. In a second part, we observed that the chemotactic effect of Ang II on VSMC was abolished when the cells were pretreated with the α1ß1 integrin ligand, the disintegrin Obtustatin. Then, we observed that the Ang II effect on FAK activation and actin-ILK colocalization is integrin α1ß1 dependent, which possibly activates PKCα, once we observed that the ROS production induced by Ang II was inhibited by Obtustatin. We demonstrated by western blotting that ILK induction by Ang II is dependent of α1ß1 integrin and we also observed that Obtustatin inhibited the uncoupling of ILK to FAK, once Obtustatin blocked the FAK phosphorylation induced by Ang II (crucial process to ILK uncoupling). We also observed that Ang II induced, via α1ß1 integrin, AKT phosphorylation, and p21 expression reducement, probably via ILK. Corroborating these data we demonstrated that the pretreatment with Obt induced G1 phase arrest and diminishment of VSMC proliferation treated with AngII. Thus we showed that free heme induces VSMC activation via NADPHox, which is elegantly counter-regulated by HO-1. Furthermore, we suggest that α1ß1 integrin may be an important target molecule to the development of more effective therapeutic interventions in atherosclerosis. As doenças cardiovasculares representam a principal causa de morte nos países ocidentais. Dentre essas doenças, a aterosclerose é que mais se destaca, sendo caracterizada pelo acúmulo de células musculares lisas vasculares (CMLV). O efeito patológico das CMLV em resposta a diferentes estímulos pode acarretar em disfunções nestas células. É notável que a aterosclerose ocorra principalmente em vasos sinuosos onde ocorre um forte turbilhonamento do fluxo sanguíneo, que pode acarretar em hemólise e, consequentemente, acúmulo de heme livre. Além disso, no processo de aterogênese as moléculas de adesão, principalmente integrinas, são de crucial importância durante a resposta de CMLV. Nesse trabalho nosso objetivo inicial foi avaliar o efeito do heme livre nas funções de CMLV, bem como os mecanismos moleculares por trás desses efeitos. Em uma segunda parte, investigamos o envolvimento da integrina α1ß1 no efeito da Angiotensina II (Ang II) em CMLV. Nós observamos que o heme livre é capaz de induzir a proliferação e migração de CMLV via espécies reativas de oxigênio (ERO) provenientes da NADPHoxidase (NADPHox). Adicionalmente vimos que o heme ativa vias de sinalização redox-sensíveis relacionadas à proliferação celular, como MAPKinases e o fator de transcrição NFκB. Também observamos que há uma ligação entre a NADPHox e o sistema heme oxigenase (HO), uma vez que o heme induz a expressão de HO-1 e o pré-tratamento das CMLV com inibidores de HO levam ao aumento tanto o efeito proliferação quanto a indução de ERO promovidas pelo heme. Além disso, vimos que o efeito contra-regulatório promovido pela HO ocorre devido as metabolites do heme: biliverdina, bilirrubina e monóxido de carbono. Por último, quando bloqueamos tanto a NADPHox quanto o sistema HO o heme não teve efeito algum na proliferação de CMLV. Em um segundo estudo, observamos que o efeito da Ang II sobre a migração de CMLV foi inibido quando as células foram pré-tratadas com o ligante da integrina α1ß1, a desintegrina Obtustatina. A seguir observamos que o efeito da Ang II na ativação de FAK e na colocalização actina-ILK é dependente da integrina α1ß1, que possivelmente ativa PKCα, uma vez que vimos que a produção de ERO induzida por Ang II foi inibida pela Obtustatina. Vimos que a indução da expressão de ILK por Ang II em CMLV é dependente da integrina α1ß1 e também observamos que a Obtustatina inibibiu o desacoplamento de ILK da FAK, uma vez que a Obtustatina bloqueou a fosforilação de FAK induzida por Ang II (processo crucial para o desacoplamento da ILK). Nós também observamos que a Ang II induz, via integrina α1ß1, a fosforilação de AKT e a diminuição da expressão de p21, provavelmente via ILK. Corroborando estes dados, nós mostramos que o pré-tratamento com Obtustatina induziu um estacionamento na fase G0 e diminuição da proliferação de CMLV tratadas com Ang II. Portanto, mostramos nesse trabalho que o heme livre induz a ativação de CML via NADPHox, que é elegantemente contra-regulado pelo sistema HO. Além disso, sugerimos que a integrina α1ß1 pode ser um importante alvo molecular para o desenvolvimento de intervenções mais efetivas para a aterosclerose.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:11:03Z No. of bitstreams: 1 Nathalia de Oliveira Meireles da Costa Tese completa.pdf: 1840897 bytes, checksum: e9f0f00cf257615253f14283cbfca252 (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:11:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nathalia de Oliveira Meireles da Costa Tese completa.pdf: 1840897 bytes, checksum: e9f0f00cf257615253f14283cbfca252 (MD5) Previous issue date: 2011-02-22 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) is a highly frequent and fatal malignancy in the world. A peculiar characteristic of the high incidence areas of esophageal cancer is the large proportion of double mutations in TP53 gene, being, at least one of them, a G to A transition at CpG sites. These transitions result from GT mismatches caused by the spontaneous deamination of 5-methylcytosine at CpG sites. The DNA repair enzyme Thymine-DNA Glycosylase (TDG) is responsible for the first step in the removal of the thymidine from the GT mismatches at CpG sites. The high proportion of mutations at CpG sites in esophageal tumors in the high incidence areas suggests that the DNA repair pathway initiated by TDG might be impaired. The large number of double mutations, with one being at a CpG site, raised the possibility that the first mutation in TP53 reduces the activity of the TDG base excision repair pathway, increasing the chance of a second mutation event at a CpG site. In this way, the aim of this work was to analyze the effect of p53 on the expression and activity of TDG. The results achieved show that TDG expression is regulated by p53 in a variety of cells lines at the trancriptional level and induced by DNA damage in a p53-dependent manner. Furthermore, these results point out a possible role of active p53 in the nuclear migration and activity of TDG. The results further support the notion that TDG silencing increases the sensitivity to cell death induced by Methylmethane sulphonate when p53 is found in a wild-type, but not in a mutant form, and that TP53 mutation seems to affect TDG expression in primary ESCC. Together, these results suggest that p53 regulates TDG-mediated repair and that p53 inactivation in cancer cells may contribute to a mutator phenotype through loss of TDG function. O câncer de esôfago é uma malignidade altamente freqüente e letal. Uma característica específica das áreas de alta incidência de câncer de esôfago é a grande proporção de duplas mutações no gene TP53, sendo, ao menos uma delas, uma transição G para A em sítios CpG. Essas transições resultam de malpareamentos GT causados pela desaminação espontânea da 5-metilcitosina em ilhotas CpG. A enzima de reparo de DNA Timina-DNA Glicosilase (TDG) é responsável pelo primeiro passo na remoção da timina de malpareamentos GT em CpG. A alta proporção de mutações em sítios CpG em câncer de esôfago das áreas de alta incidência sugere que a via de reparo de DNA iniciada pela TDG pode estar prejudicada. A presença de duplas mutações, sendo ao menos uma delas em CpG, levantou a hipótese de que a primeira mutação no TP53 reduz a atividade da via de reparo iniciada pela TDG, que acarretaria a segunda mutação em sítios CpG. Dessa forma, o objetivo desse trabalho foi analisar o efeito da p53 sobre a expressão e atividade da TDG. Os resultados obtidos mostram que a expressão de TDG é regulada transcricionalmente pela p53 numa gama de linhagens celulares e é induzida pelo dano ao DNA, de forma p53-dependente. Além disto, os resultados apontam um possível papel da proteína p53 ativa na migração nuclear e atividade da TDG. Estes resultados ainda nos levam à conclusão de que o silenciamento de TDG aumenta a sensibilidade à morte celular induzida por MMS quando a p53 é encontrada na forma selvagem, mas não quando esta proteína é mutada, e de que o status mutacional de TP53 parece afetar a expressão de TDG em CEE primários. Juntos esses resultados sugerem que a p53 regula o reparo de DNA mediado pela TDG e que a inativação de p53 em células tumorais pode contribuir para a aquisição de um mutator phenotype.

Submitted by Boris INFORMAT (boris@uerj.br) on 2021-04-26T01:16:15Z No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_PUBLICADA_Flavia_Alvim_Dutra_de_Freitas.pdf: 4634211 bytes, checksum: 24e271f55a26f47d9612b3b73bbc35dc (MD5) Made available in DSpace on 2021-04-26T01:16:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_FINAL_PUBLICADA_Flavia_Alvim_Dutra_de_Freitas.pdf: 4634211 bytes, checksum: 24e271f55a26f47d9612b3b73bbc35dc (MD5) Previous issue date: 2009-11-25 Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro Tuberculosis (Tb) is the main cause of death in the world due to a infectious pathogenic agent. The standard treatment is chemotherapy: rifampicin (RMP), isoniazid (INH), and pyrazinamide (PZA). One of the most serious global problems is the increase in the occurrence of multidrug resistant M. tuberculosis (MTb) strains, resistant to, at least, INH and RMP. Resistance to INH and RMP generally occurs by gene mutations in the KatG and rpoB genes, respectively. There are two objectives in this thesis: 1- To analyze the type and frequencies of mutations in two different regions of the katG gene; 2- To determine the type and frequency of rpoB gene mutations. Two regions of the KatG gene and one of the rpoB gene were amplified by PCR, and sequenced to identify the mutations. For the analysis of the katG gene 101 strains were used. Among them, 4 were sensitive and showed no mutation (controls). Among the 97 remaining, in the first sequenced region of the katG gene, no mutations occurred in 67. Thirty cases had 33 nucleotide deletions, with 24 deletions at codon 4 (24.7%), which characterized a new allele. In region 2, 16 strains had no mutations - seven were associated with a lack of mutations in region 1. There were also 83 mutations, 73 in codon 315 (75.3%). Seven INH-resistant strains showed no mutations in any of the two regions analyzed. Mutations in region 2 allowed the diagnosis of INH resistance in 79 strains or 81.4%. Nine strains which showed no mutations in region 2 had mutations in region 1. This means that the analysis of this region allowed the increase in INH resistance diagnosis for 88 strains (90.7%), increasing the positive rate in 9.3%. In seven cases, there were no mutations associated with resistance in any of the regions. In the rpoB analysis 120 MTb strains were used. No mutations were found in 13 RMP resistant isolates. The codon with the highest mutation frequency was 531 (45.6%), followed by 526 (26%) and 516 (12.5%). In other eleven codons, a total of 18 mutations were found (15.2%), mainly at codons 511 (3.4%) and 513 (3.4%). None of the RMP sensitive isolates showed any mutations. In the State of Rio de Janeiro, the most frequent mutations were: 516 (5%), 526 (2.5%) and 531 (21.2%). Within the other states, the most frequent mutations were: 516 (2.5%), 526 (11%) and 531 (19.4%). The frequency of mutations at codons 516, 526 and 531 from the Rio de Janeiro isolates was compared with those found in other states. When Rio de Janeiro was removed from the analysis, the frequency of mutations at codons 531 and 526 for the other 15 states was similar. The statistical analysis shows that this data is significant (p = 0.002). However, when all states were analyzed together, the codon 531 is again the most frequently mutated. The analysis of the rpoB gene diagnosed RMP resistance in 89.17% of the strains. Our results confirm that, in Brazil, mutations in the RRDR of the rpoB gene are good predictors of RMP resistance. A tuberculose (Tb) é a principal causa de morte no mundo, por um agente infeccioso. O tratamento padrão é a quimioterapia: rifampicina (RMP), isoniazida (INH) e pirazinamida (PZA). O maior problema global da Tb é o aumento de cepas multirresistentes (resistência pelo menos à INH e à RMP) do Mycobacterium tuberculosis (MTb). A resistência à INH e RMP ocorre geralmente por mutação genética nos genes KatG e rpoB, respectivamente. Os objetivos deste trabalho foram: 1. Analisar os tipos e freqüências de mutações em duas regiões iniciais do gene katG do MTb. 2. Determinar os tipos e freqüências das mutações no gene rpoB. Duas regiões do gene katG e uma do gene rpoB foram amplificadas por PCR e seqüenciadas para o diagnóstico das mutações. Para a análise do gene katG foram utilizadas 101 cepas. Dentre estas, 4 eram sensíveis e não apresentaram mutação (controle). Das 97 cepas restantes, na primeira região seqüenciada do KatG, não ocorreram mutações em 67. Nas outras 30 cepas houve 33 deleções de nucleotídeos, sendo que 24 ocorreram no último nucleotídeo do códon 4 (24,7%), o que caracterizou um novo alelo. Na região 2, dentre as 97 cepas não houve mutação em 16 - sete estavam associadas a ausência de mutação na região 1. Ocorreram 83 mutações pontuais, sendo 75,3% no códon 315. Sete cepas resistentes a INH não apresentaram mutações em nenhuma das duas regiões analisadas. As mutações na região 2 permitiram o diagnóstico de resistência à INH em 79 cepas ou 81,4%. Nove cepas que não mostraram mutações na região 2 tiveram mutações na região 1. Logo, esta região permitiu o acréscimo do diagnóstico de resistência à INH para 88 cepas, aumentando a positividade em 9,3%. Em sete casos resistentes não houve mutação em ambas as regiões. Na análise do gene rpoB usamos 120 cepas de MTb. Nenhuma mutação foi encontrada em 13 isolados resistentes à RMP. O códon que apresentou maior freqüência de mutação foi o 531 (45.6%), seguido pelo 526 (26%) e 516 (12.5%). Em outros onze códons, foi encontrado um total de 18 mutações (15.2%), principalmente nos códons 511 (3.4%) e 513 (3.4%). Nenhum dos isolados sensíveis à RMP apresentou mutações. No Estado do Rio de Janeiro, as mutações mais freqüentes foram: 516 (5%), 526 (2.5 %) e 531 (21.2%). Dentre os outros estados, as mutações mais freqüentes foram: 516 (2.5 %), 526 (11%) e 531 (19.4%). A freqüência de mutações dos isolados do Rio de Janeiro foi comparada com a encontrada nos outros estados, mas quando o removemos da análise, a freqüência de mutações nos códons 531 e 526 para os outros 15 estados é semelhante. A análise estatística mostra que este dado é significativo (p=0.002). No entanto, quando todos os estados são analisados simultaneamente, o códon 531 é novamente o mais freqüentemente mutado. A análise do gene rpoB diagnosticou a resistência à rifampicina em 89,17% das cepas. Nossos resultados confirmam que, no Brasil, mutações na região RRDR do gene rpoB podem predizer resistência a RMP.