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Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-07T15:13:33Z No. of bitstreams: 1 Gessica de Araujo Rocha Tese completa.pdf: 6587241 bytes, checksum: e520972ad8117b760d9750eba6c873cd (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-07T15:13:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gessica de Araujo Rocha Tese completa.pdf: 6587241 bytes, checksum: e520972ad8117b760d9750eba6c873cd (MD5) Previous issue date: 2017-11-28 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior The genus Acinetobacter, particularly the species A. baumannii, has emerged as a global public health problem, able to persist in the environment for a long time and presenting multidrug resistance to a wide range of antimicrobial. Interestingly this genus is unusual in Cystic Fibrosis (CF). One hypothesis raised by us is that the low frequency could be related, in part, with the colonization by other species of the genus, which are difficult to characterize laboratory and may be misidentified. Considering this, and the lack of wide ranging studies about the role of this microorganism in CF patients, this study aimed to identify the species of the genus Acinetobacter, to investigate the presence of resistance genes, determine the profile antimicrobial susceptibility and clonal relationship among samples obtained from CF patients treated at two centers of reference in Rio de Janeiro. Thirty-eight isolates of Acinetobacter spp. Isolated from 29 CF patients from June 2005 to March 2010, were identified by phenotypic methods and for four different molecular techniques. The profile of susceptibility to 11 antimicrobials used in clinical practice was performed by agar diffusion. Minimum Inhibitory Concentrations for tobramycin and polymyxin were determined by microdilution methods and diffusion gradient (E-test). The research β-lactamase resistance genes were performed by PCR and species genotyping was performed by PFGE. In this study, Acinetobacter spp. was more frequent in pediatric patients, with a high percentage of species A. not baumannii isolates. Of the different molecular techniques used to identification, the partial sequencing of the rpoB gene proved to be the most accurate method. Diverging from what is observed in the hospital samples, samples of CF patients in this study, including strains of A. Baumannii, showed high percentages of susceptibility to most antimicrobials, having only two multidrug resistance samples, both carry the gene blaOXA-23-like. Genes encoding CTX-M-15 and SHV-121 were first detected in A. baumannii and A. pitti isolated of patient with CF, all were resistant to cefepime or cefotaxime. There was clonal wide diversity among the samples. However, two clones of A. pittii, carrying blaCTX-M-15 and blaSHV-121, were shared by different patients in the same period. These results point to an epidemiological characteristic of this group of patients treated in reference centers included in the study, distinct from other hospitalized patients in the same centers. Alerting us to the clinical importance of the species A. not baumannii and its potential as a source of resistance genes silent transmission. O gênero Acinetobacter, particularmente a espécie A. baumannii, emergiu como um problema de saúde pública mundial, capaz de persistir no ambiente por longo tempo e de apresentar multirresistência a uma vasta gama de antimicrobianos. Curiosamente este gênero não é usual em Fibrose Cística (FC). Uma hipótese por nós levantada é que esta baixa frequência poderia estar relacionada, em parte, com a colonização por outras espécies do gênero, de difícil caracterização laboratorial e que podem ser subestimadas. Diante disto, e da ausência de estudos amplos sobre o papel deste microrganismo em pacientes com FC, este trabalho objetivou identificar as espécies do gênero Acinetobacter, investigar a presença de genes de resistência, determinar o perfil de suscetibilidade a antimicrobianos e a relação clonal entre as amostras obtidas de pacientes com FC atendidos em dois centros de referência no Rio de Janeiro. Trinta e oito amostras de Acinetobacter spp., isoladas de 29 pacientes com FC no período de junho de 2005 a março de 2010, foram identificadas por métodos fenotípicos e por quatro técnicas moleculares diferentes. O perfil de suscetibilidade a 11 antimicrobianos utilizados na prática clínica foi realizado por difusão em ágar. As Concentrações Inibitórias Minimas para tobramicina e polimixina foram determinadas pelos métodos de microdiluição e de gradiente de difusão (teste-E). A pesquisa dos genes de resistência para β-lactamase foi realizada por PCR e a genotipagem das espécies foi realizada por PFGE. Neste estudo Acinetobacter spp. foi mais frequente em pacientes pediátricos, sendo alto o percentual de espécies de A. não baumannii isoladas. Das diferentes técnicas moleculares de identificação utilizadas, o sequenciamento parcial do gene rpoB mostrou ser o método mais acurado. Discordando do que é observado nas amostras hospitalares, as amostras de pacientes com FC deste estudo, incluindo as amostras de A. baumannii, apresentaram percentuais elevados de suscetibilidade para a maior parte dos antimicrobianos testados, havendo somente duas amostras multirresistentes (MR), ambas portadoras do gene blaOXA-23-like. Os genes codificadores de CTX-M-15 e SHV-121 foram pela primeira vez detectados em A. baumannii e A. pittii de pacientes com FC, todas apresentaram resistência a cefepima ou cefotaxima. Houve uma grande diversidade clonal entre as amostras, porém, dois clones de A. pittii, portadores de genes blaCTX-M-15 e blaSHV-121, foram compartilhados por pacientes distintos no mesmo período. Estes resultados apontam para um perfil epidemiológico característico deste grupo de pacientes assistidos nos centros de referência incluídos no trabalho, distinto de outros pacientes hospitalizados nos mesmos centros. Nos alertando para a importância clínica de espécies de A. não baumannii, e do seu potencial como fonte silenciosa de transmissão de genes de resistência.

O isolamento e a identificação de microrganismos em leite cru se tornam interessantes do ponto de vista de saúde pública, pois dependendo das espécies isoladas, ações direcionadas podem ser tomadas visando a melhoria de sua qualidade. A deterioração do leite é conseqüência sobretudo do crescimento de microrganismos psicrotróficos, que produzem lipases e proteases termoestáveis que não são desnaturadas durante o processo de pasteurização, conferindo sabores e odores rançoso e amargo, respectivamente. Assim, o objetivo deste trabalho foi isolar e identificar os principais gêneros de bactérias pertencentes à família Enterobacteriaceae, Gram-negativas oxidase positiva, gêneros Staphylococcus e Enterococcus, bem como atividade de lipases e proteases de 16 propriedades rurais do município de Boa Esperança-MG. As bactérias Gram-negativas foram isoladas em ágar eosina azul de metileno (EMB) e ágar Entérico Hektoen. Estafilococos foram isolados em ágar Baird-Parker e Enterococcus em ágar KF. Colônias de interesse foram coletadas e submetidas à coloração de Gram, e às provas de catalase e oxidase. Após esses procedimentos, os isolados selecionados foram identificados utilizando-se Bactray I, II e III; Api 20 Strep; e provas sugeridas pelo Bergey's Manual of Determinative Bacteriology. A identificação sorológica de Enterococcus foi realizada utilizando-se Prolex. O leite oriundo das 16 propriedades continha cepas de microrganismos fecais como Escherichia coli e Enterococcus do grupo D de Lancefield. Bactérias Gram-negativas oxidase positiva foram identificadas em cinco propriedades. Staphylococcus foram encontrados em 10 propriedades. O leite coletado nas fazendas investigadas possui microrganismos que comprometem sua qualidade. Todos os grupos de microrganismos testados revelaram atividades de lipase e protease. Isolation and identification of microorganisms in raw milk is interesting from the viewpoint of public health, since, depending on the species isolated, directed actions may be taken to improve milk quality. Milk deterioration is mainly the result of the growth of psychrotrophic microorganisms that produce heat-resistant lipases and proteases which are not denatured during pasteurization, conferring rancid and sour flavors, respectively. Thus, this work aimed at isolating and identifying the main genera of bacteria belonging to the Enterobacteriaceae family, oxidase-positive Gram-negative, Staphylococcus and Enterococcus genera, as well as determining lipase and protease activity in 16 rural farms in Boa Esperança-MG, Brazil. The Gram-negative bacteria were isolated in Eosin Methylene Blue (EMB) and Hektoen Enteric agar media. Staphylococci were isolated in Baird-Parker agar and Enterococcus in KF agar. Colonies of interest were collected and submitted to Gram stain and to catalase and oxidase tests. Following these procedures, the isolates selected were identified using Bactray I, II and III; Api 20 Strep and tests suggested by Bergey's Manual of Determinative Bacteriology. Sorological identification of Enterococcus was carried out using Prolex. Milk from the 16 rural properties contained strains of fecal microorganisms, such as Escherichia coli and Enterococcus from the Lancefield D group. Oxidase-positive Gram-negative bacteria were identified in five farms. Staphylococcus was found in 10 farms. Milk collected from the farms investigated contained microorganisms that compromise its quality. All the microorganism groups tested showed lipase and protease activities.