Como integrante do sistema agroalimentar, as cadeias alimentares são um dos macrodeterminantes da Soberania e Segurança Alimentar e Nutricional (SSAN). Entretanto, os estudos dessas cadeias normalmente não as analisam sob esse enfoque. O objetivo geral da tese foi desenvolver um enfoque de SSAN para o mapeamento e análise de cadeias agroalimentares a partir do estudo de cadeias de frutas nativas da Mata Atlântica, especificamente o açaí juçara, o butiá e a guabiroba. A tese retrata a situação atual dessas cadeias, em boa medida protagonizadas por atores vinculados à agroecologia no sul do Brasil. Trata-se de uma pesquisa qualitativa, de caráter exploratório, cuja metodologia contou com a geração de informações primárias e análise documental. O elo do processamento, nesta tese central para o mapeamento das cadeias, guiou o trabalho de campo, que identificou unidades de processamento (UP) das três frutas nativas estudadas, nos Estados do Rio Grande do Sul e de Santa Catarina, na safra 2016/2017. Foram sistematizados dados gerados junto a responsáveis por trinta UPs que, somados a entrevistas com atores dos ambientes organizacional e institucional, e ao acompanhamento de eventos relacionados ao tema, compõem os dados analisados. A tese expõe dois conjuntos de resultados. O primeiro relacionado às cadeias mapeadas. Dentre as frutas pesquisadas, o açaí juçara é o mais produzido atualmente. Tanto nesta quanto na cadeia do butiá, há participação de unidades com e sem vínculo com a agroecologia, com portes e inserção em mercados bastante distintos. As não-vinculadas à agroecologia produziram maior volume de polpa na safra pesquisada. No caso da guabiroba, sua valorização comercial é ainda incipiente e feita somente por unidades vinculadas à agroecologia. Dificuldades e conflitos relacionados ao extrativismo, produção, processamento e mercados são distintos entre as cadeias de frutas estudadas. No caso do açaí juçara, conflitos por volume de fruta começam a emergir. Apesar dos desafios, arranjo exitoso que compõe a cadeia do açaí juçara vem construindo caminhos alternativos de consolidação, em dinâmicas que favorecem a realização da SSAN. A partir da análise da qualidade ampla e da qualidade exigida por lei, evidencia-se a necessidade de mudanças no ambiente institucional, tanto no aprimoramento de políticas públicas, quanto na racionalização e adequação da legislação sanitária, que devem, fundamentalmente, ser acompanhadas por fiscalização mais territorializada. O segundo conjunto de resultados diz respeito ao modelo teórico-metodológico proposto que inclui um sistema de dimensões, indicadores e parâmetros para o estudo de cadeias agroalimentares sob o enfoque da SSAN. Tal proposta inicia, mas não conclui, um caminho para modelos de avaliação de cadeias agroalimentares, cuja aplicação a outros casos permite compreender não somente aspectos econômicos e sociais normalmente priorizados nos estudos de cadeia, mas também, aspectos ambientais, nutricionais, culturais e políticos, inevitavelmente implicados em quaisquer processos agroalimentares. A validação do modelo requer, dentre outros passos, o estabelecimento de valores de referência para avaliação e o desenvolvimento de instrumentos que assegurem territorialização da análise, de modo que os resultados sejam capazes de demonstrar as interações entre as dimensões e, em termos de hierarquização de parâmetros e ações, reflitam as prioridades dos atores em cada arranjo local ou em cada território. As part of the food system, food chains are one of the determinants of Food and Nutrition’s Sovereignty and Security (FNSS). However, food chains’ studies normally don´t analyze them under this perspective. The main purpose of this thesis is to develop a FNSS approach to map and analyze food chains, built from the study of Atlantic Forest native fruits chains, specifically açai juçara palm, butia palm and guabiroba. The thesis presents the actual state of these chains, mostly developed by actors connected to agroecology in the south of Brazil. This was a qualitative research, with an exploratory approach. The methodology included primary information generation and documentary analysis. The processing phase, central to the thesis mapping of these chains, guided the field work, which identified processing unities of the three aimed fruits in the States of Rio Grande do Sul and Santa Catarina during the crop of 2016/2017. Data collected among thirty identified unities and interviews held with actors of the institutional and organizational spaces, as well as meetings related to the subject were analyzed. As a result, the thesis findings can be put in two groups. The first is related to the mapped chains. Among the three fruits, the production of açai juçara palm is the highest. Açai juçara and butia’s chains are integrated by unities with and without engagement to agroecology, with sizes and markets’ insertions quite different. Those units that are not agroecology engaged are responsible for the major part of the production of the pulp in the researched year. In the case of guabiroba, the process of adding commercial value is in it’s beginning and is done only by agroecological unities. Conflicts and difficulties related to extractivism, production, processing and markets are different among the fruits’ chains. In the case of açaí juçara, conflicts for quantity of fruit begin to appear. Despite the challenges, one successful arrangement of açai juçara’s chain in particular seems to be building alternative paths of consolidation, in relations favorable to achieving FNSS. Through the analysis of quality, in a broad perspective, and of the quality demanded by law, we reinforce the need of changes in the institutional space, including enhancement in food policy and shifts in sanitary regulation, that must me conducted at the same time of a more immersed inspection. The second group of findings is related to the methodological approach developed in the thesis, that includes a system of dimensions, indicators and parameters for studying food chains under FNSS perspective. This proposal initiates, but doesn’t finish, a path to an evaluation model of food chains, that, when applied to other food chains can be able to assess not only economical and social aspects, usually aimed on food chains’ studies, but also environmental, nutritional, cultural and political aspects, inevitably involved in any agrifood processes. The validation of the model demands, among other steps, the establishment of values of reference to the evaluation and the development of instruments that lead to the immersion of the analysis. This is crucial to achieve two important aspects of the searched approach: to demonstrate the interaction among the dimensions, and to identify the local actors’ priorities in terms of parameters and actions.