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A microbiota e os genes funcionais ativamente envolvidos no processo de decomposição e utilização de grãos de pólen em pão de mel e no trato digestório de abelha ainda não são completamente compreendidos. O objetivo deste trabalho foi avaliar a estrutura e diversidade da comunidade de bactérias e Archaeas em amostrasde pão de mel e sistema digestório de abelhas africanizadas, bem como para prever os genes envolvido na bioprocessamento microbiano do pólen, usando a tecnologia de seqüenciamento de nova geração. Um total de 11 filos bacterianos foram encontrados dentro do sistema de digestório de abelhas e 10 filos bacterianos foram encontrado dentro pão de mel. Embora a comparação a nível de filo mostre mais filos em comum, a análise filogenética mais profunda mostrou maior variação de composição taxonômica. A família Enterobacteriaceae, Ricketsiaceae, Spiroplasmataceae e Bacillaceae, foram os principais grupos responsáveis por a especificidade do intestino de abelhas, enquanto as principais famílias responsáveis pela especificidade do pão de mel foram Neisseriaceae, Flavobacteriaceae, Acetobacteraceae e Lactobacillaceae. Em termos da estrutura da comunidade microbiana, a análise mostrou que as comunidades dos dois ambientes foram bastante diferentes umas das outras, com apenas 7% dos táxons a nível de espécies compartilhados entre o sitema digestório de abelhas e o pão de mel. Os resultados indicaram a presença de um elevado nível de especialização e uma microbiota intestinal bem adaptada dentro de cada abelha e do pão de mel.A comunidade associada ao pão de mel, apresentou maior abundância relativa de genes relacionados com a degradação de aminoácidos, carboidratos, e o metabolismo lipídico, sugerindo que biodegradação do pólen ocorre predominantemente pela microbiota associada ao pão de mel. Estes resultados sugerem uma complexa e importante relação entre nutrição de abelhas e suas comunidades microbianas. The microbiota and the functional genes actively involved in the process of breakdown and utilization of pollen grains in beebread and beeguts are not yet understood. The aim of this work was to assess the diversity and community structure of bacteria and archaea in Africanized honeybee guts and beebread as well as to predict the genes involved in the microbial bioprocessing of pollen using state of the art ‘post-light’ based sequencing technology. A total of 11 bacterial phyla were found within bee guts and 10 bacterial phyla were found within beebread. Although the phylum level comparison shows most phyla in common, a deeper phylogenetic analysis showed greater variation of taxonomic composition. The families Enterobacteriaceae, Ricketsiaceae, Spiroplasmataceae and Bacillaceae, were the main groups responsible for the specificity of the bee gut while the main families responsible for the specificity of the beebread were Neisseriaceae, Flavobacteriaceae, Acetobacteraceae and Lactobacillaceae. In terms of microbial community structure, the analysis showed that the communities from the two environments were quite different from each other with only 7 % of species-level taxa shared between beegut and beebread. The results indicated the presence of a highly specialized and well-adapted microbiota within each bee gut and beebread. The beebread community included a greater relative abundance of genes related to amino acid, carbohydrate, and lipid metabolism, suggesting that pollen biodegradation predominantly occurs in the beebread. These results suggests a complex and important relationship between honeybee nutrition and their microbial communities.