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Fundamento: Fatores de risco definidos para HIV e tradicionais podem estar associados a um aumento de eventos cardiovasculares. Estudos recentes sugerem que a resposta imune humoral à LDL modificada pode estar associada ao processo de aterosclerose. Objetivos: Avaliar a presença de anti-LDL oxidada e de peptídeos derivados da Apolipoproteína B no sangue, bem como sua associação à função endotelial na infecção por HIV. Métodos: Este estudo incluiu consecutivamente sujeitos com idade, sexo e dados demográficos correspondentes em dois grupos: (1) indivíduos infectados com HIV e naïve para terapia antiviral e (2) indivíduos não infectados. A aterosclerose subclínica foi avaliada pela espessura íntima-média, utilizando-se a ultrassonografia das artérias carótidas. A função endotelial foi determinada pela dilatação mediada por fluxo (DMF) da artéria braquial por ultrassonografia. Os níveis de autoanticorpos (IgM, IgG) de lipoproteínas de baixa densidade antioxidadas (LDL-ox), fragmentos de peptídeos antiapolipoproteína B (peptídeos ApoB-D e 0033G-Cys), e citocina foram avaliados por meio de ELISA. Resultados: Os resultados deste estudo não mostraram diferenças na aterosclerose subclínica entre os grupos. Entretanto, os sujeitos infectados com HIV apresentaram uma DMF mais baixa, em comparação com os sujeitos não infectados. Portanto, os sujeitos infectados com HIV apresentaram níveis mais altos de citocinas inflamatórias, títulos de IgG anti-LDL-ox, e IgG anti-ApoB-D. Em contraste, títulos de IgM anti-ApoB-D foram mais baixos em indivíduos infectados com HIV e associados a funções endoteliais diminuídas. Conclusões: Os resultados deste estudo mostram que a infecção por HIV, em sujeitos naïve, está associada à disfunção endotelial e à diminuição de anticorpos naturais para antígenos Apo-B.