Diatomáceas são importantes constituintes do epifíton em ambientes costeiros. Estratégias de fixação conferem a estas algas vantagem adaptativa, no entanto, as mesmas estão sujeitas às variações ambientais, podendo responder com alterações da composição e estrutura da comunidade. Embora a relação entre epifíton e substrato seja pouco compreendida, a arquitetura do substrato parece influenciar na comunidade aderida. A composição, estrutura e variação sazonal de diatomáceas epifíticas foram avaliadas em ambientes de marismas no estuário da Lagoa dos Patos, sul do Brasil. Três sítios foram amostrados, Saco do Silveira, Ilha da Pólvora e São José do Norte, distantes 36, 18 e 9 km do oceano Atlântico, respectivamente. O epifíton aderido à Spartina alterniflora Loisel., Spartina densiflora densiflora Brogn., Scirpus maritimus L. e Juncus kraussii Hochst. foi removido dos substratos com lâmina metálica, oxidado e montado em lâminas permanentes para a análise das diatomáceas. Ao total cento e vinte e sete táxons foram encontrados, destacaram-se pelo maior número de espécies os gêneros Navicula Bory, Nitzschia Hassall e Tryblionella W. Smith. A sazonalidade, espacialidade, salinidade e tipo de substrato tiveram influência na composição e estrutura da comunidade. A maior distância da desembocadura do estuário proporcionou uma maior influência de águas continentais no sítio Saco do Silveira, resultando na formação de uma comunidade caracterizada pela presença de táxons dulciaquícolas. O período de inverno se caracterizou por maiores valores dos atributos da comunidade (riqueza, diversidade e equitabilidade). A maior complexidade da superfície de Scirpus maritimus proporcionou a formação de uma comunidade epifítica mais rica. A investigação taxonômica de Nitzschia e Tryblionella foi aprofundada, analisando-se também o microfitobentos da região. A espécie Nitzschia papillosa Bertolli et al. foi registrada pela primeira vez para a ciência, ocorrendo no epifíton e microfitobentos dos sítios Ilha da Pólvora e São José do Norte. A espécie possui formato linear-lanceolado, ápices cuneados e fíbulas irregularmente distribuídas como várias espécies do gênero, sua característica diagnóstica é a presença de excrecências de sílica arredondadas a quadradas situadas na costa transapical interna das valvas. O estudo do gênero Tryblionella revelou a presença de 11 espécies, duas foram registradas pela primeira vez para o Rio Grande do Sul e uma para o sul do Brasil. Além disso, duas espécies novas para a ciência são propostas, Tryblionella Bertolli et Torgan, espécie semelhante a T. debilis Arnott ex O’Meara em microscopia óptica, mas que apresenta costelas transapicais assimétricas em microscopia eletrônica, e Bertolli et al., espécie que apresenta um padrão de ornamentação na face valvar semelhante à trama de uma renda. As espécies de Tryblionella e N. papillosa ocorreram concomitantemente no epifíton e no microfitobentos, evidenciando a interação entre as duas comunidades, promovida pela dinâmica do ambiente. Diatoms are an important component of the epiphyton in coastal environments. The strategies of attachment provide adaptive advantages to these algae; however, they are susceptible to the environmental fluctuations, responding to them with changes in the community composition and structure. Although the relationship between epiphyton and substrate is poorly understood, the architecture of the substrate seems to influence the attached community. The composition, structure and seasonal variations of the epiphytic diatoms were evaluated in Patos Lagoon salt marshes. Three sampling sites were defined, Saco do Silveira, Ilha da Pólvora and São José do Norte, distant 36, 18 and 9 km from the Atlantic Ocean, respectively. The epiphyton attached to Spartina alterniflora Loisel., Spartina densiflora densiflora Brogn., Scirpus maritimus L. e Juncus kraussii Hochst. was scraped with metal blade, oxidized and mounted on permanent slides for the analysis of the diatoms. A total of a hundred and twenty seven taxa were found. The genus Navicula Bory, Nitzschia Hassall e Tryblionella W. Smith showed the highest number of species. The seasonality, spatiality, salinity and substrate influenced the composition and structures of the community. The higher distance of the estuary mouth provided a higher influence of continental waters in the site Saco do Silveira, resulting in a community characterized by freshwater taxa. The winter was characterized by higher values of the community attributes (richness, diversity and evenness). The more complex structure of S. maritimus surface provided the establishment of a richer community. The taxonomic investigation of Nitzschia and Tryblionella was more detailed, including the analysis of the microphytobenthos of the sites. The species Nitzschia papillosa Bertolli et al. was registered for the first time to science in Ilha da Pólvora and São José do Norte. The species has linear-lanceolate outline, cuneate apices and fibulae irregularly distributed, as many other species of the genus. Its main feature is the presence of rounded to squarer silica excrescences, situated on the transapical costae in the internal valve view. The study of the genus Tryblionella showed 11 species, two of them were registered for the first time in Rio Grande do Sul State and one in Southern Brazil. Besides that, two species new to science were proposed, Tryblionella Bertolli et Torgan, which is similar to T. debilis Arnott ex O’Meara in light microscopy, but present asymmetrical transapical ribs in scanning electron microscopy, and T. Bertolli et al. which presents an ornamentation pattern similar to a lace texture in the valve face. The species of Tryblionella and N. papillosa occurred concomitantly in the epiphyton and microphytobenthos, evidencing the interaction between both communities, promoted by the environment dynamics.