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La investigación tuvo como objetivo aislar el micelio secundario de Auricularia spp y Pleurotus spp procedente de tres áreas naturales de la región San Martín, así como evaluar el crecimiento en medio agar papa dextrosa y en sustratos estériles a base de residuos agroindustriales. Se obtuvieron 10 aislamientos de micelios secundarios a través de carpóforos desinfectados de Pleurotus spp y otros 10 aislamientos de carpóforos desinfectados de Auricularia spp. La mayor velocidad de crecimiento en Auricularia spp fue de 62,5 µm h-1 (A1) y de 75 µm h-1 (B10) para Pleurotus spp. En una segunda parte del experimento se produjo semilla de las cepas nativas más veloces en granos de maíz esterilizado durante un periodo de incubación de 40 días. La semilla fue inoculada en sustratos estériles a base de residuos agroindustriales. Las cepas A1 de Auricularia spp y B10 de Pleurotus spp desarrollaron mejor en sustrato a base de residuos de pulpa de café, logrando una eficiencia biológica de 30,33% y 18,20%, respectivamente. Se concluye que las cepas nativas A1 y B10 de hongos comestibles pueden ser utilizadas en la propagación de semilla y producción de hongos comestibles, brindando al agricultor una alternativa complementaria de alto valor nutritivo.