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Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais. A videira é a frutífera economicamente mais importante no mundo e é cultivada para que seus frutos produzam uvas de mesa, suco, uvas passas e vinhos. A espécie Vitis vinifera L. é cultivada pelo mundo todo e muitas variedades importantes têm sido selecionadas durante os séculos. O inventário das variedades de videira descritas na literatura revela a existência de mais de 14000 variedades. Esta grande diversidade genética foi originada pela antiga prática da propagação vegetativa. A dispersão das variedades de videira ou populações de diferentes origens por meio da migração e do comércio conduziu a um grande número de sinônimos, homônimos e ambigüidades na identificação das variedades. Deste modo, a análise genética molecular, baseada no polimorfismo de DNA detectado em locos marcadores tem sido útil no estudo de diversidade genética das coleções de germoplasma facilitando a classificação correta de amostras, bem como a identificação de sinônimos e homônimos. A coleção de germoplasma de videira do Estado de Santa Catarina mantém plantas de videiras que necessitam ser identificadas e caracterizadas corretamente a fim de evitar duplicatas ou sinonímias. Este trabalho objetivou caracterizar e identificar as variedades de videira, das coleções públicas e privadas de Santa Catarina, por marcadores microssatélites. Foram utilizados cinco painéis de marcadores microssatélites (multiplex-seqüenciador) constituídos por primers marcados com fluorocromos para a genotipagem semi-automática em seqüenciador de DNA de 246 amostras de videira, coletados em 7 regiões do Estado de Santa Catarina. Dez locos marcadores distribuídos no genoma da videira foram genotipados utilizando os painéis multiplex e os dados utilizados para identificar variedades sinônimas, de origem desconhecida e erros de identificação, e criar um banco de dados referencial informatizado das variedades de videira (Vitis spp.) de Santa Catarina. Das 246 amostras genotipadas, 181 foram identificadas com segurança e o restante (n=65) por terem amplificado em menos de 6 locos SSRs, não foram identificadas, pois pouco ou nenhum dado referente ao tamanho dos alelos foi suficiente para identifica-lás com segurança. A análise com microssatélites das 181 amostras identificadas resultou em 68 perfis moleculares únicos (68 variedades diferentes), 10 casos de variedades sinônimas (entre as variedades coletadas em Santa Catarina quando comparadas com aquelas encontradas nos 'database' e literatura internacional), identificação de 10 amostras de origem genética desconhecida, 7 casos de erro de identificação e 7 casos de variabilidade intravarietal. Um grande número de alelos pôde ser detectado, o que comprovou a natureza multialélica deste tipo de marcador e a alta eficiência na caracterização e discriminação do germoplasma de Vitis sp. a nível de variedade, gerando fingerprintings únicos para um grande número de genótipos. A metodologia de genotipagem utilizando painéis de microssatélites marcados com fluorescência e genotipados em seqüenciador automático de DNA apresentada mostrou ser um procedimento eficiente, rápido e simples na detecção de polimorfismo SSRs.