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The objectives of this work were to investigate the genetic structure of the Brazilian hair sheep breeds and to determine the origin of the Santa Inês breed. Molecular similarity was determined using Randomly Amplified Polymorphic DNA - Polymerase Chain Reaction markers in 238 individuals from five naturalized sheep breeds: Santa Inês (48 animals), Rabo Largo (48), Somali (48), Morada Nova (48) and Bergamasca (46), collected in Goiás, Sergipe, Bahia, and Ceará States as well as in the Federal District. Fifty-four loci were selected from 19 primers, after a pilot test using 140 primers. Qualitative analyses indicate diagnostic markers for all breeds. All breeds were significantly different from each other. Interbreed differences were explained by 14.92% of the total variation. Santa Inês clustered with Bergamasca (97% bootstrap) and with Rabo Largo, composing the third member of the group (81% bootstrap) while Morada Nova and Somali breeds clustered separately. Each breed should be considered as a separate management and conservation unit, and special care should be taken with Rabo Largo, Morada Nova and Somali breeds, represented by small herds in Brazil.Os objetivos deste trabalho foram identificar a origem racial de ovinos Santa Inês e avaliar a unicidade das populações das principais raças naturalizadas brasileiras de ovinos deslanado. Foi realizado um estudo dos padrões de semelhança molecular a partir de marcadores RAPD-PCR, utilizando-se 238 indivíduos dos Estados de Goiás, Sergipe, Bahia, e Ceará assim como do Distrito Federal, distribuídos entre as raças Santa Inês (48 animais), Bergamácia (46), Rabo Largo (48), Morada Nova (48) e Somali (48). Após triagem com 140 primers, foram selecionados 54 locos a partir de 19 primers e todas as raças apresentaram marcadores específicos. Análises qualitativas mostraram a presença de marcadores diagnóstico-específicos para todas as raças. As diferenças inter-raciais foram significativas e responsáveis por 14,92% da variação total observada. Na análise de agrupamento, a raça Santa Inês ficou próxima à Bergamácia (com 97% de valor bootstrap). A raça Rabo Largo apresentou maior similaridade com este grupo (com 81% bootstrap) do que as raças Morada Nova e Somali. Cada raça deve ser considerada como unidade de conservação e manejo, especialmente as raças Rabo Largo, Morada Nova e Somali, as quais apresentam as menores populações no País.