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Pterodon emarginatus Vogel, conhecida popularmente como sucupira-branca, possui características que possibilitam a sua exploração como recurso madeireiro, ornamental e medicinal. Conhecer a variabilidade genética nas populações naturais de um recurso genético vegetal é importante para a definição de estratégias para o seu uso e conservação. O presente estudo teve como objetivo conhecer a diversidade genética de populações naturais P. emarginatus no Cerrado, para fins de uso e conservação. Foram coletados 302 indivíduos, provenientes de 13 populações do Cerrado. Esses indivíduos foram analisados com 10 marcadores microssatélites. A detecção dos genótipos foi realizada pelo emprego do analisador genético ABI-3500 (Applied Biosystems). A qualidade dos locos foi avaliada com base em estimativas de probabilidade de identidade e da probabilidade de exclusão de paternidade, no programa Identity4. As análises de diversidade e estrutura genética populacional foram realizadas nos programas GDA e pelo pacote hierfstat, em ambiente R. Foi realizada a análise de agrupamento por método bayesiano, com o uso do programa STRUCUTRE. Foi estimada a divergência genética (FST par a par) e o teste de Mantel, com o uso dos pacotes hierfstat e Vegan em ambiente R. A presença de descontinuidade genética foi verificada com a aplicação do algoritmo de Monmonier. A identificação de populações prioritárias para conservação foi realizada pelo algoritmo Greedy, em ambiente R. A bateria de locos se mostrou adequada para a análises de discriminação individual e para estudos genético populacionais, uma vez que a probabilidade de identidade foi baixa (PI = 2,4109 x 10-11) e a exclusão de paternidade foi alta (Q = 0,9998). Foram identificados 15,9 alelos em média, por loco. A heterozigosidade observada (0,521) foi menor do que a heterozigosidade esperada (0,654). As populações exibiram estrutura genética populacional significativa (θp = 0,104), com presença de endogamia decorrente do sistema reprodutivo (f = 0,207). A endogamia do conjunto de populações também foi alta e significativa (F = 0,290). Foram detectados seis grupos genéticos pela análise Bayesiana. Não foram detectadas relações entre a distância genética e geográfica. As populações de Araguaçu-TO e Porangatu-GO apresentaram descontinuidade genética com quatro populações. Não foi possível estabelecer um número mínimo de populações prioritárias para conservação, pois há a necessidade de se conservar todas elas (13) para se amostrar todos os alelos identificados no presente estudo. Este estudo revela que as populações naturais de P. emarginatus apresentam alta diversidade genética, porém esta diversidade está estruturada nessas populações que, ainda, apresentam endogamia decorrente do sistema reprodutivo. Além disso, a divergência genética não é explicada pela distância geográfica e as populações apresentam baixa redundância de riqueza alélica. Tais resultados implicam na necessidade de um maior esforço amostral, tanto de indivíduos, quanto de populações, em trabalhos que visem a conservação e uso da espécie. Pterodon emarginatus Vogel, popularly known as white sucupira, has characteristics that allow its exploitation as a timber, ornamental and medicinal resource. Knowing the genetic variability in natural populations of a plant genetic resource is important for defining strategies for its use and conservation. The present study had as objective to know the genetic diversity of natural populations of P. emarginatus in the Brazilian cerrado, for use and conservation purposes. 302 individuals were collected, from 13 Brazilian cerrado populations. These individuals were analyzed using 10 microsatellite markers. The detection of the genotypes was performed using the ABI-3500 genetic analyzer (Applied Biosystems). The quality of the loci was evaluated based on estimates of probability of identity and probability of exclusion of paternity, in the Identity4 program. The analyzes of diversity and genetic population structure were performed in the GDA programs and by the hierfstat package, in environment R. The cluster analysis was performed by the Bayesian method, using the STRUCUTRE program. The genetic divergence (pairwise FST) and the Mantel test were estimated, using the hierfstat and Vegan packages in environment R. The presence of genetic discontinuity was verified with the application of the Monmonier algorithm. The identification of priority populations for conservation was performed by the Greedy algorithm, in an R environment. The battery of loci proved to be adequate for the analysis of individual discrimination and for population genetic studies, since the probability of identity was low (PI = 2, 4109 x 10-11) and the exclusion of paternity was high (Q = 0.9999). An average of 15.9 alleles were identified per locus. The observed heterozygosity (0.521) was less than the expected heterozygosity (0.654). The populations exhibited a significant population genetic structure (θp = 0.104), with the presence of inbreeding due to the reproductive system (f = 0.207). The inbreeding of the population group was also high and significant (F = 0.290). Six groups were detected by Bayesian analysis. No relationship was detected between genetic and geographical distance. The populations of Araguaçu TO and Porangatu GO showed genetic discontinuity with four other populations. It was not possible to establish a minimum number of priority populations for conservation, as there is a need to conserve all of them (13) in order to sample all the alleles identified in the present study. This study reveals that the natural populations of P. emarginatus have high genetic diversity, but this diversity .is structured among populations and that there is inbreeding within populations due to the reproductive system. In addition, the genetic divergence is not explained by the geographical distance and the populations have a low redundancy of allelic richness. Such results imply the need for a greater sampling effort, both of individuals and populations, in works aimed at the conservation and use of the species. Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES

Submitted by JULIANA BELTRAMIN DE BIASI (jubbiasi@gmail.com) on 2018-09-21T21:41:08Z No. of bitstreams: 1 Tese_-Juliana-Beltramin-De-Biasi_FINAL.pdf: 1476738 bytes, checksum: 33b9188b4140ef9f9884ff60b466c05b (MD5) Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-09-25T16:10:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 biasi_jb_dr_bot_par.pdf: 925540 bytes, checksum: d7f64f52383d98e0a4866413df83e95e (MD5) Made available in DSpace on 2018-09-25T16:10:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 biasi_jb_dr_bot_par.pdf: 925540 bytes, checksum: d7f64f52383d98e0a4866413df83e95e (MD5) Previous issue date: 2018-07-26 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Tubarões são organismos amplamente reconhecidos como predadores de topo de cadeia e sua distribuição geográfica associada à capacidade migratória em diversas espécies, principalmente pelágicas, tornam as avaliações e monitorias de suas populações uma tarefa complexa. O tubarão-azul, Prionace glauca, é uma espécie globalmente distribuída e altamente migradora, classificado como “Quase Ameaçado” na Lista Vermelha de Espécies Ameaçadas da IUCN. No entanto, ao longo de sua história, P. glauca vem sendo frequentemente associado a capturas da pesca industrial e, seus registros recentes, apontam declínios relevantes em suas populações em algumas localidades. Dentre o conhecimento necessário para a gestão adequada e conservação de espécies amplamente exploradas, podemos ressaltar que as informações sobre a variabilidade genética e dinâmica populacional são de grande valia, principalmente quando se trata de uma espécie de elevada capacidade de dispersão. Assim, este estudo é o primeiro a caracterizar a biodiversidade molecular e a estrutura populacional desta espécie globalmente, a partir de 534 indivíduos provenientes de diferentes localidades nos oceanos Atlântico, Índico e Pacífico. Utilizando a região controle de DNA mitocondrial (CR), encontramos 43 haplótipos com diversidade Hd=0,778, diversidade de nucleotídeos de π=0,005 e índice de estrutura populacional global de ΦST=0,054 (P=0,0001). Estes resultados indicam que P. glauca está entre as espécies de tubarões com os maiores índices de variabilidade genética e um alto fluxo gênico entre todos os oceanos, com baixa delimitação geográfica e moderada estrutura populacional. Para fins de conservação e aplicação na gestão pesqueira, os índices de diversidade genética e o conhecimento da estruturação populacional, podem ser utilizados como parâmetro em avaliações periódicas, visando a manutenção e o auxílio na caracterização de áreas prioritárias para a espécie Sharks are organisms widely recognised as top-chain predators and their geographic distribution associated with migratory capacity in several species, mainly pelagic, make evaluations and monitoring of their populations a complex task. The blue shark (Prionace glauca) is a globally distributed and highly migratory species, classified as "Near Threatened" on the IUCN Red List of Threatened Species. However, throughout its history, P. glauca has been frequently associated with industrial fisheries catches, and its recent records indicate relative declines in their populations in some localities. Among the knowledge necessary for the proper management and conservation of widely exploited species, we can highlight the information about genetic variability and population dynamics are of great value, especially when it is a species of high dispersion capacity. Thus, this study is the first to characterise the molecular biodiversity and population structure of this species globally, from 534 individuals from different locations in the Atlantic, Indian and Pacific Oceans. Using the mitochondrial DNA control region (CR), we found 43 haplotypes with diversity Hd = 0.778, nucleotide diversity of π = 0.005 and a global population structure index of ΦST = 0.054 (P = 0.0001). These results indicate that P. glauca is among the species of sharks with the highest indexes of genetic variability and high gene flow among the oceans, with low geographic delimitation and moderate population structure. For purposes of conservation and application in fisheries management, the indexes of genetic diversity can be used as a parameter in periodic evaluations aiming their maintenance, and the knowledge of the population structure can help in the characterisation of priority areas for the species.

Submitted by RICARDO QUITERIO SARTORI null (ricardoquiterio@gmail.com) on 2018-03-21T17:24:06Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Sartori.pdf: 2234284 bytes, checksum: 50f0ad8e2377f4de18a594128faa4c8e (MD5) Approved for entry into archive by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br) on 2018-03-22T17:46:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 sartori_rq_me_sjrp_par.pdf: 587653 bytes, checksum: 449193208218cb33b5c78dd9f4f4a029 (MD5) Made available in DSpace on 2018-03-22T17:46:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 sartori_rq_me_sjrp_par.pdf: 587653 bytes, checksum: 449193208218cb33b5c78dd9f4f4a029 (MD5) Previous issue date: 2018-03-05 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) O tamanduá-bandeira (Myrmecophaga tridactyla) tem sido uma das principais vítimas da fragmentação de habitat, portanto é fundamental a realização de estudos para a conservação da espécie. Desta maneira, estudos genéticos populacionais permitem avaliar os impactos da fragmentação de habitat nas populações selvagens. O objetivo do trabalho foi analisar a variabilidade genética e a estrutura populacional do tamanduá-bandeira, utilizando marcadores moleculares microssatélites específicos. Foram analisados 34 indivíduos e seis locos. As genotipagens foram realizadas por eletroforese em gel e por eletroforese capilar automatizada. Os resultados indicaram alta diversidade genética, diferenciação moderada entre as populações, estruturação populacional, baixas taxas de migração e o isolamento por distância das populações. As análises bayesianas de estrutura identificaram três agrupamentos e estrutura bem definida em uma das populações. A análise bayesiana de estrutura espacial também mostrou estrutura populacional, três agrupamentos e revelou que os indivíduos ou populações têm baixa probabilidade posterior de pertencer às populações ou áreas mais distantes. Os resultados da AMOVA mostraram que a maior parte da variância está dentro das populações ou subpopulações, revelando a importância e a prioridade na conservação destas. Sugerimos que os resultados encontrados indicam que as populações de tamanduábandeira estão evoluindo em um modelo de “Isolamento por Distância em Populações em Desequilíbrio”, que prediz que a falta de migração aumenta as diferenças entre as subpopulações; isolando-as, mas mantendo a variabilidade genética nas subpopulações isoladas, influenciadas pela deriva genética. Assim, as análises genéticas e os modelos estatísticos utilizados permitiram obter informações sobre a variabilidade genética e a estrutura populacional da espécie na região noroeste e sudoeste do estado de São Paulo, indicando a influência da fragmentação de habitat no fluxo gênico, além de demonstrar a necessidade do manejo ou possíveis translocações das populações a fim de evitar extinções locais e a conseqüente perda da diversidade genética destas. Portanto, o presente estudo revelou a importância da conservação das populações do estado de São Paulo para manutenção da diversidade genética da espécie e forneceu dados que podem contribuir para a conservação local do tamanduá-bandeira. The giant anteater (Myrmecophaga tridactyla) has been one of the main victims of habitat fragmentation, so it is fundamental to carry out studies for the conservation of the species. This way, population genetic studies allow analyzing the impacts of habitat fragmentation on wild populations. The aim of this work was to analyze the genetic variability and the population structure of the giant anteater, using specific microsatellite molecular markers. Thirty-four individuals and six loci were analyzed. The DNA fragment analysis and genotyping were performed by gel electrophoresis and by automated capillary electrophoresis. The results indicated high genetic diversity, moderate population differentiation, population structure, low migrations rates and indicate isolation by distance in the populations. Bayesian structure analyzes identified three clusters and well-defined structure in one of the populations. Bayesian spatial structure analysis also showed population structure, three clusters and revealed that individuals or populations have low posterior probability to belong to more distant populations or areas. AMOVA results showed that most of the variance is within populations or subpopulations, revealing the importance and priority in the conservation of these subpopulations. We suggest that the results indicate that the giant anteater populations are evolving in a model of "Isolation by Distance in Non-Equilibrium Populations", which predicts that lack of migration increases the differences between subpopulations; isolating them, but maintaining genetic variability in isolated subpopulation, influenced by genetic drift. Thus, the genetic analyzes and the statistical models used in this work allowed to obtain information about the genetic variability and population structure of the species in the northwest and southwest region of São Paulo state, indicating the influence of habitat fragmentation in the gene flow and demonstrating the need for management or possible population translocations in order to avoid local extinctions and the consequent loss of its genetic diversity. Therefore, the present study revealed the importance of the conservation of São Paulo state populations to the maintenance of genetic diversity of the species and provided data that may contribute to the local conservation of the giant anteater. 2016/13023-7

Submitted by MILLKE JASMINE ARMININI MORALES null (millke.jasmine@gmail.com) on 2016-12-28T01:56:17Z No. of bitstreams: 1 Tese_Millke_out2016.pdf: 1617534 bytes, checksum: 6dc57275243c5927af2876a010a7806e (MD5) Rejected by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Orientamos que seja indicado nos agradecimentos o número do processo de financiamento FAPESP. Corrija estas informações e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2017-01-03T15:29:10Z (GMT) Submitted by MILLKE JASMINE ARMININI MORALES null (millke.jasmine@gmail.com) on 2017-02-14T16:29:34Z No. of bitstreams: 1 Tese_Millke_out2016.pdf: 1624373 bytes, checksum: 8ec6975f41563bfdba4ba57aea95dd0e (MD5) Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-02-16T17:00:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 morales_mja_dr_bot_parc.pdf: 975862 bytes, checksum: 6a80bdfe1e1120647a32d8827ae83eac (MD5) Made available in DSpace on 2017-02-16T17:00:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 morales_mja_dr_bot_parc.pdf: 975862 bytes, checksum: 6a80bdfe1e1120647a32d8827ae83eac (MD5) Previous issue date: 2016-10-27 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Populações de elasmobrânquios têm sofrido declínios severos nas últimas décadas devido à massiva pressão pesqueira. Com características de vida que tornam a espécie mais suscetível à pesca, o tubarão-raposa Alopias superciliosus está classificado atualmente como vulnerável na lista vermelha de espécies ameaçadas da IUCN. A espécie apresenta maturação sexual tardia e somente dois (raramente quatro) filhotes a cada gestação, que dura aproximadamente 12 meses. Estas características evidenciam a necessidade de sistemas de manejo pesqueiro adequados à estruturação populacional da espécie, que se apresenta como um instrumento fundamental para sua conservação. Com o advento de novas tecnologias atualmente é viável utilizar ferramentas moleculares para elucidar questões evolutivas e genético-populacionais em organismos não modelos, gerando informações que podem auxiliar na elaboração de planos de manejo. Tendo em vista à escassez de informações sobre a dinâmica populacional do tubarão-raposa, o presente estudo teve como objetivo o desenvolvimento e aplicação de marcadores moleculares em amostras de A. superciliosus provenientes de diferentes localidades dos oceanos Atlântico e Índico. Um total de 12 marcadores moleculares do tipo microssatélite, sendo 11 polimórficos e 1 monomórfico, foram identificados e, a partir desta identificação, primers espécie-específicos foram desenvolvidos e padronizados. Para acessar a diversidade genética e populacional de A. superciliosus foram genotipados quatro destes marcadores, além da realização do sequenciamento da região controle do DNA mitocondrial, em cerca de 200 amostras de tubarão-raposa coletados ao longo de todo o Oceano Atlântico e parte do Oceano Índico. Os índices de diversidade nucleotídica e haplotípica encontrados nas sequências do DNAmt foram baixos, sendo π=0.0012 ± 0.0009 e h=0.127 ± 0.030, respectivamente. Duas linhagens mitocondriais distintas foram identificadas, porém o DNAmt não demonstrou evidencias de ocorrência de estruturação populacional, com valores de ՓST negativos e não significativos. Já com a utilização de microssatélites foi possível identificar diferenciação genética entre algumas populações, com um FST global de 0,072 (p-valor < 0,001), sendo identificada uma estruturação forte entre as populações do centro-sudoeste do Atlântico e as demais populações, bem como uma moderada estruturação entre a população do sudeste desta bacia oceânica e os indivíduos coletados na parte centro-nordeste. Mesmo não sendo incomum em elasmobrânquios a identificação de baixos valores de diversidade genética entre populações, os resultados aqui obtidos evidenciaram valores que estão entre os mais baixos já registrados para elasmobrânquios. A complexa dinâmica populacional do tubarão-raposa identificada no presente estudo pode ser explicada devido a uma baixa variabilidade causada provavelmente pela ação de efeito fundador, migrações inter-oceânicas recentes e uma forte estruturação populacional no Atlântico sul. Neste contexto, dois clados distintos foram identificados, estando separados por um mínimo de 8 passos mutacionais, sendo que o clado menos frequente é composto por apenas cerca de 4% dos indivíduos analisados e encontrado somente no Atlântico leste. Fatores como indícios de endogamia, estruturação populacional evidenciada principalmente na região centro sudoeste do Oceano Atlântico e a identificação de um clado aparentemente raro e com distribuição limitada impõem a necessidade de maiores esforços nas estratégias de conservação, sobretudo na região leste do Oceano Atlântico, onde a diversidade genética ainda é menos reduzida. Elasmobranch populations have suffered severe declines during the last decades due to massive fisheries pressure. The bigeye thresher shark Alopias superciliosus is currently classified as vulnerable according to the IUCN Red List since its life characteristics make this fish prone to fisheries. This species shows late sexual maturity and only two (rarely four) young born per gestation, which lasts approximately 12 months. Due to the natural vulnerability of this shark, elaborating a fisheries management system adequate to the species population structure is fundamental to its conservation. New technologies enable the usage of molecular tools to answer evolutionary questions in non-model organisms. Considering the lack of information about the population genetics of this species, the aim of this study was to develop and apply molecular markers for samples of A. superciliosus from the Indian and Atlantic oceans. Species-specific primers have been developed and standardized from 12 microsatellite markers, being 11 polymorphic and one monomorphic. Four of these microsatellite markers were genotyped and the mitochondrial DNA control region was sequenced, for approximately 200 samples of bigeye thresher shark from the Atlantic Ocean and part of the Indian Ocean, to understand the population dynamics and the genetic diversity of this species. Low values of nucleotide and haplotype diversity were found in the mtDNA (π=0.0012 ± 0.0009 e h=0.127 ± 0.030, respectively). Although the mtDNA has not demonstrated a significant population structure (negative and non-significant values of ՓST) two distinct mitochondrial lineages were found. On the contrary, the microsatellite markers showed a significant population structure (FST = 0.072, p-value

Submitted by RULLIAN CESAR RIBEIRO null (rullian.ribeiro@gmail.com) on 2016-04-27T01:59:15Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_Rullian_final.pdf: 1245991 bytes, checksum: 88e927348c4191adfe4616e13f9e57df (MD5) Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-04-28T17:29:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ribeiro_rc_me_sjrp_par.pdf: 422088 bytes, checksum: 45a858505e2c53f5a0686f491c350dbf (MD5) Made available in DSpace on 2016-04-28T17:29:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ribeiro_rc_me_sjrp_par.pdf: 422088 bytes, checksum: 45a858505e2c53f5a0686f491c350dbf (MD5) Previous issue date: 2016-03-09 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) O tamanduá bandeira (Myrmecophaga tridactyla) é uma espécie pertencente a Magma Ordem Xenarthra, a qual possui ampla distribuição ao longo da região Neotropical. Esta espécie é encontrada em todos os biomas brasileiros, no entanto, ela está classificada como vulnerável pela IUCN a nível mundial, nacional e estadual, no estado de São Paulo. Esta classificação é relacionada diretamente com a forte pressão antrópica que acomete o animal e seu habitat, como é o caso do cerrado. Este trabalho teve por objetivo verificar a diversidade genética, utilizando o marcador mitocondrial CytB, de uma amostra da população de tamanduá-bandeira pertencente a região do estado de São Paulo. As amostras de material biológico utilizadas no estudo provém de campanhas de capturas (n = 8) realizadas na Estação Ecológica de Santa Bárbara (EESB), e de parcerias estabelecidas com o Hospital Veterinário "Governador Laudo Natel", FCAV- UNESP, Câmpus de Jaboticabal (n = 11), o Hospital Veterinário ''Dr. Halim Atique', Centro Universitário de Rio Preto, UNIRP, São José do Rio Preto, SP (n = 12), e o Laboratório de Ecologia de Mamíferos (LEMA), FCAV- UNESP, Câmpus de Jaboticabal, SP (n = 1). Após os processos de extração, amplificação e sequenciamento do DNA foram inferidas análises estatísticas pertinente a genética populacional. Dentre as 34 amostras analisadas foram encontradas apenas três haplótipos, dos quais um é exclusivo da EESB. A distância genética encontrada entre as amostras foi praticamente nula, variando entre 0,000 e 0,002, enquanto, o gráfico de distribuição par-a-par apresentou uma curva do tipo unimodal, indicando que a população possivelmente vem de um evento de expansão recente. Os índices de diversidade genética foram muito baixos indicando que os indivíduos analisados são praticamente idênticos pela perspectiva da genética de populações, e o teste de AMOVA mostrou que não há estruturação genética nesta população. Foi possível observar que a baixa diversidade genética associada as características biológicas do animal, juntamente com as ações antrópicas de degradação de habitat, fazem com que a espécie estudada permaneça nas listas de animais ameaçados. Contudo, A EESB serve como um reduto genético para a espécie no estado, sendo sua conservação de extrema importância para a fauna do cerrado e para o entendimento de como as populações das unidades de conservação estão sofrendo com a fragmentação de habitat e outras adversidades causadas pela intervenção humana. The giant anteater (Myrmecophaga tridactyla) is a specie that composes the Magma Order Xenarthra, which has a wide distribution along Neotropics. This specie is found in all Brazilian biomes, however, it is listed by the IUCN as vulnerable on global, national and state level (São Paulo). This classification is directly related to the strong anthropic pressure that affects the animal and its habitat, such as cerrado. This study aimed to verify the genetic diversity, using the mitochondrial marker CytB, of a population’s sample of giant anteater from some regions of São Paulo. The biological material used in the study came from captures campaigns (n = 8) in Santa Bárbara Ecological Station, SP, (EESB), and from Veterinary Hospital "Governador Laudo Natel" FCAV- UNESP, Jaboticabal (n = 11), from Veterinary Hospital 'Dr. Halim Atique 'Rio Preto University Center, UNIRP, São José do Rio Preto, SP (n = 12), and from Mammalian Ecology Laboratory (LEMA), FCAV- UNESP, Jaboticabal, SP (n = 1). After extraction process, amplification and DNA sequencing were inferred relevant statistical analyzes population genetics. Among the 34 samples analyzed, were found only three haplotypes, one of which is exclusive to EESB. The genetic distance found among the samples was practically nil, ranging from 0.000 to 0.002, while the pairwise distribution showed a unimodal curve, indicating that the population possibly comes from a recent expansion event. The genetic diversity indices were very low, which indicates that the individuals analyzed are practically identical from the perspective of population genetics, and AMOVA test showed that there is not structure in this population. It was observed that the low genetic diversity associated with the biology of the animal, together with anthropogenic habitat degradation, make this specie stays in list of endangered animals. However, EESB serves as a genetic stronghold for the specie in the state, and their conservation is extremely important to the fauna of the cerrado and the understanding of how populations of protected areas are suffering from habitat fragmentation and other adversities caused by human intervention.

Estudos em genética de paisagem, das espécies zootécnicas, podem impulsionar o entendimento dos processos adaptativos, bem como, a maneira que o ambiente afeta o sucesso destas populações. O objetivo principal do projeto foi identificar assinaturas de seleção no genoma populações de suínos naturalizados brasileiros. Procurando obter a maior representatividade da variabilidade genética e ambiental dos suínos dentro do território brasileiros, amostras de DNA de pelo menos um animal e de pelo menos um grupo genético foram obtidas dentro do Banco de Germopalsma da EMBRAPA, totalizando 191 animais de 18 grupos genéticos suínos brasileiras que foram genotipadas, e classificadas de acordo com sua origem dentro de raça ou grupo genético, estado bioma, bacia hidrográfica, tipo de solo, ecoregião e tipo de vegetação. Após um controle de qualidade os genótipos resultantes foram utilizados no calculo das estatísticas F de Wright, equilíbrio de Hardy-Weinberg. Análise de componentes principais, coeficiente de endogamia, analise da variância molecular, testes de Mantel, e a determinação do número ideal de populações. Os dados ambientais foram convertidos em layers através do Qgis e utilizados na detecção de assinaturas de seleção através do BayeScan v2.1 (Foll & Gaggiotti 2008) e do Samβada (Stucki et al. 2014) Os resultados obtidos mostram que as populações estudadas têm uma estrutura variada entre e dentre si. A maior parte da variabilidade genética esta presente nos indivíduos dentro de grupos genéticos, e indivíduos dentro de estados. Existe diferenciação genética dos suínos dentro das variáveis ambientais classificatórias. As raças Monteiro e Marajó foram as que mostraram maiores níveis de estruturação. Os componentes principais mostram proximidade entre as raças comerciais, assim como o elevado grau de variação na composição genéticas das demais raças, com marcante separação dos animais Monteiro e Marajó. Níveis elevados de endogamia foram encontrados. Foram encontrados pelo menos 8 assinaturas de seleção no genoma das raças suínas localmente adaptadas. A freqüência dos genótipos destes marcadores divide o território brasileiro em duas regiões latitudinais distintas. Os níveis de estruturação das populações demonstram uma grande variabilidade genética entre e dentre as raças. As marcas de seleção encontradas demonstram a influência do meio ambiente no sucesso adaptativo destes animais ao território brasileiro. Study of landscape genetics in livestock species can help understand the adaptive processes and the way that the environment affects the success of these populations. The main objective was the identification of genetic signatures of selection in the Brazilian autochthone swine breeds. We aim the higher representation of genetic and environmental variability from Brazilian territory sampling at least one animal from one genetic group per sampling point. The samples were obtained on CENARGEN-EMBRAPA Germplasm Bank in a total of 191 DNA samples from 19 Brazilian locally adapted swine genetic groups, classified into state, region, biome, hydrological basins, soil type, ecoregion and vegetation type. These samples were genotyped and after a quality control, we calculated Wright’ F-statistics, individual inbreeding coefficient, Hardy-Weinberg equilibrium, Principal components, IBD, Mantel test, an ideal number of subpopulations and an analysis of molecular variance. Environmental data was converted in layers through Qgis and used to detect signatures of selection by BayeScan v2.1 (Foll & Gaggiotti 2008) and Samβada ((Stucki et al. 2014) Population studied had genetic structure among different subpopulations, in a same category. The biggest part of genetic variability is the individual within breed and in individual within state. We found different intensity of population structure in the categories studied, been the he Monteiro and Marajó breeds that ones with highest values from population genetic structure. Principal component analyses showed proximity between commercial breeds, as well as the high degree of genetic variation among other breeds, with great detachment of Monteiro and Marajó animals from others. High inbreeding levels were found. Signatures of selection were found on the genome of Brazilian locally adapted swine pig. The genotypic frequency of these signatures of selection divides the Brazilian territory into two distinct latitudinal regions. The population structure levels demonstrate a wide genetic variability inside and among races. The signatures of natural selection found demonstrate the influence of the environment to successful adaptation of swine in Brazil.

A diversidade genética é um dos elementos mais importantes em populações de plantas, principalmente em espécies raras e ameaçadas. A variação genética é essencial para a sobrevivência das populações, uma vez que reduz os efeitos da deriva genética e da endogamia e promove a manutenção do potencial evolutivo. O conhecimento sobre como a diversidade genética está distribuída entre as populações é imprescindível para embasar estratégias de conservação, tendo em vista que a totalidade das populações de uma espécie dificilmente pode ser preservada. Marcadores moleculares de diferentes naturezas podem ser utilizados para estimar a diversidade genética em populações, como os marcadores dominantes, os codominantes e as sequências de DNA. Entre os marcadores dominantes, os do tipo AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) são considerados os mais eficazes e informativos, sendo amplamente utilizados em estudos de genética da conservação de espécies raras e ameaçadas. Além disso, as sequências de DNA plastidial (cpDNA) e nuclear, como os ITS (Internal Transcribed Spacers), são as fontes mais utilizadas em estudos filogenéticos e filogeográficos. O uso combinado de diferentes marcadores moleculares aumenta o poder de detecção da variabilidade genética, permitindo inferir sobre o modo preferencial que o fluxo gênico ocorre e evidenciando a história evolutiva das populações. Três espécies do gênero Chascolytrum consideradas raras e/ou ameaçadas de extinção foram alvo de um estudo de diversidade genética utilizando pelo menos um dos marcadores moleculares mencionados. Os níveis de diversidade genética e estrutura populacional de Chascolytrum scabrum e C. parodianum foram estimados a partir do uso de marcadores AFLP, cpDNA (rpoB-trnC) e ITS, enquanto os níveis de diversidade genética e estrutura populacional de C. bulbosum foram estimados a partir do uso de marcadores AFLP. Altos índices de diversidade genética foram encontrados nas três espécies, independentemente do tamanho da população. Os valores de diferenciação genética entre as populações variaram de acordo com a espécie e, principalmente, com o marcador utilizado. As redes de haplótipos obtidas a partir do marcador plastidial revelaram populações com alta diferenciação geográfica devido a um único haplótipo compartilhado entre duas populações de C. parodianum. Os marcadores do tipo AFLP e as sequências de DNA plastidial foram considerados os mais eficientes devido ao suporte estatístico encontrado nas análises, enquanto o uso dos espaçadores ITS em estudos populacionais envolvendo as espécies de Chascolytrum deve ser evitado devido à homoplasia e possibilidade de paralogia. Por fim, os 8 dados obtidos são utilizados para sugerir estratégias para a conservação genética de cada espécie. Genetic diversity in three endangered species of Chascolytrum Desv. (Poaceae, Pooideae, Poeae): Genetic diversity is one of the most important elements in plant populations, especially when rare and endangered species are addressed. The genetic variation is essential for the long-term populations survival, since it reduces the genetic drift and inbreeding effects and maintains their evolutionary potential. The knowledge of how genetic diversity is partitioned among populations is crucial to guide conservation strategies, considering that all the populations of a species cannot be effectively preserved. Molecular markers from different nature can be applied to estimate genetic diversity in plant populations, such as dominant markers, co-dominant markers or DNA sequences. Among the dominant markers, the AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) is considered the most effective and informative markers and it is widely used in genetic conservation for rare and endangered species. Moreover, plastidial (cpDNA) and nuclear DNA sequences, such as the Internal Transcribed Spacers (ITS), are the most used tools for phylogenetic and phylogeographic studies. The combined use of different markers increases the power of detecting genetic variation and allows inferring about the preferential gene flow mode, shedding lights on population’s evolutionary history. Genetic diversity of three rare and endangered species of Chascolytrum was estimated using at least one of the molecular markers mentioned above. Genetic diversity and population structure for both C. scabrum and C. parodianum was estimated using AFLP, cpDNA (rpoB-trnC) and ITS markers, whereas genetic diversity and population structure of C. bulbosum was estimated using AFLP markers. High levels of genetic diversity were found for all three species, regardless the population size. The genetic differentiation values among populations vary according to species and, especially, according to molecular marker applied. The haplotype networks based on cpDNA reveal populations with high geographic differentiation, since a single haplotype was found to be shared between two C. parodianum populations. The AFLP and cpDNA sequences were considered the most efficient molecular markers due to the high statistical support in data analyses, while the use of ITS spacers in 9 population studies focusing in Chascolytrum species should be discouraged due to high homoplasic nature and possibility of paralogy. Finally, the results are used to suggest prior strategies for genetic conservation of each species.

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) The intense destruction of the environment contributed to the decline and isolation of wild populations, providing an intensification of genetic drift and inbreeding effects. These factors reduce the ability of individuals to adapt to environmental changes, making them more vulnerable to extinction. The two largest predators of the Americas, the cougar (Puma concolor) and jaguar (Panthera onca) are animals which are threatened by the reduction and fragmentation of habitats, especially in the Atlantic Forest, which is one of the most degraded biomes in the world due to human actions. The present study aimed to investigate both demographic parameters and the distribution of the genetic diversity of cougar and jaguar populations within Atlantic Forest remnants. The chosen areas (Serra da Mantiqueira, Serra do Mar continuous and Iguaçu National Park) are among the most important for the conservation of these cats. Mostly non-invasive samples (feces and hair) were collected in protected areas present in those remaining. The depositor species was confirmed by amplification of the ATP6 gene and the samples were individualized using microsatellite loci, which were also employed in population analyses. The sex of the individuals was determined using a small fragment of amelogenin gene. The results suggest that at least seven individuals of jaguars (4F:3M) inhabit the Iguaçu National Park and 12 (5F:7M) are present in the Serra do Mar continuous. These populations seem to be different, with evidence of low gene flow between them (lack of migrant and mixed individuals and pairs of highly related individuals). In Iguaçu is also estimated to exist at least seven cougars (3F:4M), also four (1F:3M) in the Serra da Mantiqueira and 14 (5F:9M) in the Serra do Mar continuous. Genetic structure was detected in this species, but evidencing gene flow maintenance between two detected populations (sign of migrants and mixed individuals and predominantly non related individuals). In both species high genetic diversity could be observed. This study obtained critical information and still unknown, about the demographic and structure of jaguar and cougar populations in the Atlantic Forest remain. These data will provide substantial information that can be used in monitoring, as well as being crucial and decisive in the increase of effective strategies for the conservation of these species. A intensa devastação no ambiente vem contribuindo significativamente para o declínio e isolamento de populações selvagens, proporcionando uma intensificação dos efeitos da deriva genética e na taxa de endogamia. Estes fatores, por sua vez, reduzem a habilidade dos indivíduos se adaptarem às mudanças ambientais, tornando-os vulneráveis à extinção. Os maiores predadores das Américas, a onça-parda (Puma concolor) e a onça-pintada (Panthera onca) estão entre os animais ameaçados pela redução e fragmentação dos habitats, principalmente na Mata Atlântica, que é um dos biomas mundiais mais antropizados. Assim, o presente trabalho teve como objetivo investigar parâmetros demográficos e a distribuição da diversidade genética de populações de onças presentes em remanescentes de Mata Atlântica. Os fragmentos elegidos (Serra da Mantiqueira, contínuo da Serra do Mar e Parque Nacional do Iguaçu) estão entre os mais importantes para a conservação desses felinos. Amostras predominantemente não invasivas (fezes e pelos) foram coletadas em Unidades de Conservação presentes nesses remanescentes. A espécie depositora das fezes foi confirmada através da amplificação do gene ATP6 e as amostras foram individualizadas por meio de locos de microssatélites, os quais também foram empregados nas análises populacionais. O sexo dos indivíduos foi determinado por meio de um fragmento do gene da amelogenina. Os resultados indicaram que ao menos sete indivíduos de onças-pintadas (4F:3M) habitam o Parque Nacional do Iguaçu e 12 (5F:7M) estão presentes no contínuo da Serra do Mar. Essas populações parecem estar diferenciadas, com evidência de baixo fluxo gênico entre elas (ausência de indivíduos migrantes e misturados, além de pares de indivíduos altamente relacionados). No Iguaçu também foi estimado existir pelo menos sete onças-pardas (3F:4M), além de quatro (1F:3M) na Serra da Mantiqueira e 14 (5F:9M) no contínuo da Serra do Mar. Estruturação genética foi detectada nessa espécie, entretanto, com indícios de fluxo gênico entre as duas populações detectadas (evidência de indivíduos migrantes e misturados, além de pares de indivíduos predominantemente não relacionados). Em ambas as espécies foram exibidos altos níveis de diversidade genética. Este estudo gerou informações primordiais, ainda desconhecidas, sobre a demografia e a estruturação de populações de onças na Mata Atlântica. Tais dados poderão ser utilizados em monitoramentos, além de serem cruciais e decisivos no incremento de estratégias efetivas para a conservação dessas espécies.

The advance of scientific knowledge in various areas of molecular ecology has allowed the adoption of new strategies, particularly in forest restoration. The fusion of multidisciplinary areas and the implementation of management methodologies in order to get better results in forest restoration are current realities. In order to review the main ideas about the role of molecular techniques in the service of ecology restoration, this paper outlines how forest recovery can benefit from genetic and genomic plant population studies. The next challenges in conservation genetics can be brought by the quest for more efficient forest restorations from the point of view of biodiversity as well as the ecological ynamics as a whole. It is believed that in the coming years we will observe integrated strategies in molecular ecology with specific methodologies for restoration in tropical forests., O avanço do conhecimento científico nas várias áreas da ecologia molecular tem permitido que novas estratégias sejam adotadas, omeadamente, na disciplina de restauração florestal. A fusão de áreas multidisciplinares e a implementação de metodologias no sentido de buscar melhores resultados na restauração florestal são realidades atuais. Objetivando rever as principais ideias sobre o papel das técnicas moleculares a serviço da restauração ecológica, o presente trabalho traça como a recuperação das florestas pode ser beneficiada pelos estudos de genética e de genômica populacional de plantas. Os próximos desafios na genética da conservação podem ser traduzidos por desenvolvimento de projetos de restauração mais eficientes, seja do ponto de vista da biodiversidade como da dinâmica ecológica. Acredita-se que nos próximos anos observemos estratégias integradas de ecologia molecular com metodologias específicas para restauração de florestas tropicais.

Made available in DSpace on 2015-04-11T13:38:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Adriel Lira.pdf: 4318214 bytes, checksum: 17a49f6b03049018fdcff3167210aafd (MD5) Previous issue date: 2013-10-29 Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient??fico e Tecnol??gico A larga comercializa????o dos grandes bagres migradores amaz??nicos iniciou-se em meados d??cada de 70 com o aumento dos incentivos fiscais na abertura de novos portos de desembarque pesqueiro e frigor??ficos locais. A pira??ba preta (Brachyplatystoma capapretum) comp??e uma das esp??cies de bagres amaz??nicas largamente comercializadas, compartilhando sua captura com a pira??ba (Brachyplatystoma filamentosum), devido a dif??cil discrimina????o dos seus caracteres morfol??gicos. Esta disserta????o divide-se em dois cap??tulos no formato de artigos cient??ficos. No cap??tulo I foram desenvolvidos 24 locos microssat??lites por bibliotecas gen??micas enriquecidas e testado sua amplifica????o nas demais esp??cies do g??nero Brachyplatystoma. Apenas tr??s locos foram monom??rficos nas amplifica????es em 26-38 indiv??duos de B.capapretum. O n??mero de alelos por loco variou de 1 ?? 12 e valores na heterozigosidade observada e esperada variaram de 0.02 ?? 0.93, e 0.08 ?? 0.81, respectivamente. Tr??s locos apresentaram desvio de HWE e foi sugerida a presen??a de alelos nulos em outros seis locos microssat??lites. Na amplifica????o heter??loga, locos monom??rficos esp??cie-espec??ficos (BC04 e BC06) apresentaram polimorfismo nas demais esp??cies. Estes locos desenvolvidos podem servir de ferramentas para posteriores estudos de gen??tica de popula????es nas demais esp??cies do g??nero Brachyplatystoma. No cap??tulo II foram descriminados geneticamente 194 indiv??duos de Brachyplatystoma pertencentes a cinco esp??cies de bagres comerciais (B.filamentosum, B.capapretum, B.rousseauxii, B.vaillantii e B.platynemum). A an??lise da estrutura populacional foi inferida por marcadores mitocondriais (regi??o controle) com base em 186 exemplares de B.capapretum provenientes de nove localidades amaz??nicas. Foram sequenciados 914 pb da regi??o controle do DNAmt onde se observou 75 hapl??tipos e 58 hapl??tipos ??nicos. A m??dia da diversidade haplot??pica (HD) foi de 0,939 e diversidade nucleot??dica (??) de 0,0034. Posteriormente, 164 indiv??duos de B.capapretum foram genotipados com base em oito locos microssat??lites, selecionados de acordo com sua efici??ncia de amplifica????o e conte??do de polimorfismo. Agrupamentos significantes para as localidades do rio Purus e Rio Madeira foram evidenciados pela AMOVA dos dados mitocondriais, onde 12,03% da varia????o gen??tica estavam contidas nesses tribut??rios, quando comparados ??s demais localidades. Outros agrupamentos tamb??m foram revelados atrav??s dos oitos locos microssat??lites, onde o Rio Branco apresentou valores significativos de FST e baixos n??meros de migrantes. Contudo, as an??lises Bayesianas para estrutura populacional em ambos os marcadores n??o descartam a hip??tese de panmixia nas popula????es de B.capapretum, sendo observadas fortes tend??ncias ao fluxo g??nico entre as localidades. Os resultados obtidos foram contextualizados nas principais mudan??as geol??gicas ocorridas na bacia Amaz??nica e enfocado medidas conservacionistas para B.capapretum.

Os búfalos do tipo Baio e da raça Carabao encontrados na Ilha de Marajó-Pará/ Brasil constituem duas pequenas populações com número muito reduzido de exemplares, o que os torna extremamente suscetíveis à extinção. De acordo com estudos citogenéticos, estes animais são divididos em dois grupos: os búfalos de rio que apresentam 2n=50, e os búfalos de pântano com 2n=48. O cruzamento entre ambos resulta na formação de híbridos viáveis e férteis com 2n=49, que apresentam na descendência a formação de animais 2n=48, 49 ou 50. Neste estudo foi avaliado um total de 110 animais (45 do tipo Baio, 50 da raça Carabao e 15 descendentes de uma fêmea híbrida), todos pertencentes ao programa brasileiro de conservação dos recursos genéticos. Utilizaram-se técnicas de citogenética clássica e de biologia molecular, para investigar possíveis alterações cromossômicas, a hibridização e aspectos evolutivos entre os búfalos. Para os búfalos do tipo Baio foi observado 2n=50, para a raça Carabao 2n=48, em três exemplares se observou 2n=49 confirmando a ocorrência de hibridização entre os animais do programa. Para alguns descendentes da linhagem híbrida foi observado número diplóide e cariótipo típico de animais da raça Carabao. As análises através de marcadores microssatélites CSSM06, 8, 42, 66 identificaram 13, 14, 6 e dois, o locus Hel9 identificou tres animais respectivamente, como híbridos. Estes resultados foram corroborados com os dados de registro genealógico do programa de conservação. Além disso, caracterizaram-se também as regiões organizadoras do nucléolo- Ag-NORs e FISH 18s, sendo observada uma divergência do número de NORs entre o tipo Baio, presente nos cromossomos 3p, 4p, 6, 21, 23 e 24, e a raça Carabao 4p, 6, 20, 22 e 23, sendo esta resultante da perda do sítio presente no cromossomo 4p ancestral dos búfalos de rio. Para o híbrido F1 foram observados os 11 sítios NORs sendo expressos e em associação, correspondendo as NORs de seus parentais. As análises genéticas realizadas neste trabalho foram implementadas no programa conservação como ferramenta auxiliar para a seleção dos animais. Além disso, estes resultados contribuem com informações sobre aspectos evolutivos entre os búfalos e o fenômeno da hibridização. The buffaloes type Baio and race Carabao found in island Marajó-Pará/Brazil are two small populations with very few copies, which makes them extremely susceptible to extinction. According to cytogenetic studies, these animals are divided into two groups of buffalo river that have 2n = 50 and swamp buffaloes with 2n = 48, respectively. The cross between both results in formation of hybrids with 2n = 49 viable and fertile, showing the formation in the offspring of animals 2n =48, 49 or 50. This study evaluated a total of 110 animals (45 of type Baio, 50 and 15 Carabao breed offspring of a female hybrid), all belonging to the Brazilian program of conservation genetic resources. We used techniques of classical cytogenetics and molecular biology, to investigate possible chromosomal changes, hybridization and evolutionary aspects of the buffalo. For the buffaloes type Baio was observed 2n = 50 to 2n = Carabao race 48, in tree was observed 2n = 49 confirming the occurrence of hybridization between animals of the program. For some descendants of the hybrid strain was observed number diploid karyotype and typical breed animals Carabao. The analyzes of microsatellite markers by CSSM06, 8, 42, 66 identified 13, 14, 6 and two Hel9 locus identified three animals, respectively, as hybrids. These results were corroborated with data from genealogical record of the conservation program. Moreover, also characterized the nucleolus organizer regions of Ag-NOR and FISH-18s, being observed a divergence in the number of NORs between type Baio, present on chromosomes 3p, 4p, 6, 21, 23 and 24, and race Carabao 4p, 6, 20, 22 and 23, this being due to the loss of this site on chromosome 4p ancestor of the buffalo river. For the F1 hybrid were observed NORs the 11 sites being expressed and in combination, corresponding NORs of their parents. Genetic analyzes performed in this study were implemented in the conservation program as an auxiliary tool for the selection of animals. Furthermore, these results contribute information on evolutionary aspects between the buffalo and the phenomenon of hybridization.

Objetivou-se, com esse trabalho, estudar a caracterização morfométrica de ovinos da raça Santa Inês para auxílio à conservação genética desta raça em diferentes microrregiões do Estado do Piauí, de modo a contribuir com a conservação da raça. Para isso, foram coletadas medidas morfométricas em ovinos oriundos de diferentes microrregiões do Estado do Piauí. As características de medidas corporais coletadas foram a altura de cernelha, a altura de garupa, a circunferência torácica, o comprimento corporal e o comprimento de orelha. Foram avaliadas as médias das medidas por microrregião e através da análise de componentes principais, com auxílio do PROC PRINCOMP do SAS, foi possível agrupar as populações com base em medidas de similaridade. Os grupos foram formados através da análise de agrupamento pelo método Ward. A partir das análises foi encontrada diversidade fenotípica nos ovinos Santa Inês criados no Estado do Piauí, sendo formada por um grupo de animais maiores, localizados nas microrregiões de Floriano, Médio Parnaíba Piauiense, Campo Maior e Teresina; um grupo de animais de tamanho intermediário, porém com comprimento corpora e circunferência torácica maiores e orelhas pequenas, localizado na microrregião de São Raimundo Nonato, outro grupo com tamanho intermediário e orelhas grandes e o último grupo composto por animais menores, localizados nas microrregiões do Litoral Piauiense e Valença. As medidas que mais contribuíram para a análise de componente principal foram as medidas de altura de garupa, altura de cernelha e comprimento corporal. The objective of this work was to study the morphometric characterization of Santa Inês sheep to aid the conservation genetics of this breed in different micro-regions of the State of Piauí. For this, morphometric measurements have been collected in sheep from different micro-regions of the state of Piauí. The body measurements, collected were withers height, hip height, chest circumference, body length and ear length. The averages of the measures obtained in each micro-region were evaluated and by the use of the principal component analysis, helped by the SAS PROC PRINCOMP, it was possible to group populations based on similarity measures. The groups were formed relying on a cluster analysis by Ward method. Considering the analyzes, phenotypic diversity was found in Santa Ines sheep reared in the state of Piaui; being formed by a group of larger animals, located in the region of Floriano, Médio Parnaíba Piauiense, Teresina and Campo Maior; another group of animals of intermediate size, but with greater body length and girth circumference and small ears, located in the microregion of São Raimundo Nonato, another group with intermediate size and big ears and the last group of smaller animals located in the region of the Litoral Piauiense and Valença. The measures that contributed mostly for the principal component analysis were measures of hip height, withers height and body length

Financiadora de Estudos e Projetos The Maned Wolf (Chrysocyon brachyurus) is listed among the threatened extinction species in Brazil due to loss of its natural habitat to agriculture and frequent roadkill. Aiming to determinate the population size of C. brachyurus into a Ecological Station in the northeast of Sao Paulo State (Estação Ecológica do Jataí EEJ), a non invasive method genetic analysis of feces was employed to confirm the specie findings which deposit the feces, in accordance of morphological characteristics and specific scent of the C. brachyurus specie. Through a panel of five loci microsatellite was possible to identify each collected sample. Among the 41 stool samples, we identified 13 specimens of C. brachyurus in the EEJ. The probability of identity (PID) was 0.8 x 10 -6 and the probability of not detecting allelic (allelic dropout) was 16.2%. There was no imbalance linkage between the analyzed loci. Values for C. brachyurus internal heterozygosity were rated low. The observed heterozygosity (Ho) average was 0.52 and expected heterozygosity (He) average was 0.72. The number of alleles per locus was found to be 5.4. In the analysis of Hardy-Weinberg were found three loci that showed some deviations, after Bonferroni correction: loci 2018, 2054 and 2140. Fis values were highly significant for all into the situ population. The degree of relatedness of individuals, or varied of 0.000 (not relative) to 0.5253 (father and son), indicating that there are related animals in the area. Tests conducted to determine the gender of the samples of C. brachyurus were not found satisfactory results, once the expected fragments were not amplified in any of the tests and in none of the samples. The estimation of the population size of the C. brachyurus in the area of EEJ may be used as reference of management action plans of species conservation. O lobo-guará (Chrysocyon brachyurus) está listado entre as espécies ameaçadas de extinção no Brasil devido à perda de seu hábitat natural para agropecuária e aos freqüentes atropelamentos. Com o objetivo de determinar o número populacional mínimo de C. brachyurus em uma Unidade de Conservação na região nordeste do estado de São Paulo (Estação Ecológica do Jataí EEJ), um método não invasivo de estudo a análise genética de fezes foi utilizado, procurando-se confirmar os achados da espécie que originalmente depositou as fezes de acordo com as características morfológicas e odores característicos e distintivos para a espécie C. brachyurus. Por meio de um painel de 5 locos de microssatélites, foi possível individualizar cada uma das amostras coletadas em campo. Dentre as 41 fezes coletadas, diagnosticamos 13indivíduos de C. brachyurus na EEJ. A probabilidade de identidade (PID) foi de 0,8 x 10 -6 e a probabilidade de não detecção alélica (allelic dropout) de 16,2%. Observou-se ausência de desequilíbrio de ligação entre os locos analisados. Foram encontrados valores baixos de heterozigosidade para C. brachyurus. A heterozigosidade observada (Ho) média foi de 0,52 e a heterozigosidade esperada (He) média foi de 0,72. A média de alelos por loco encontrada foi de 5,4. Nas análises do equilíbrio de Hardy-Weinberg foram encontrados três locos que apresentaram desvios, após a correção de Bonferroni: locos 2018, 2054 e 2140. Os valores de Fis foram significativos para todos os loco na população. Com relação ao grau de parentesco dos indivíduos, o r variou de 0,000 (não parente) até 0,5253 (pai e filho), indicando que há animais relacionados na área. Foram realizados testes para a determinação do sexo das amostras de C. brachyurus, que não demonstraram resultados satisfatórios, uma vez que os fragmentos esperados não foram amplificados em nenhum dos testes realizados e para nenhuma das amostras. A determinação da estimativa do tamanho populacional de C. brachyurus na área da EEJ pode ser utilizada para implantação de planos de manejo e conservação da espécie.

Universidade Federal de Minas Gerais Dourado (Salminus brasiliensis Cuvier, 1816) is an excellent migratory fish, possessing large body and wide distribution in South America, with presence in Paraná, Uruguay, Paraguay and La Plata River Basins (Argentina, Brazil, Uruguay and Paraguay), in drainage of Laguna dos Patos (Rio Grande do Sul state, Brazil) and the upper portion of the Mamoré and Chaparé River system (Bolivia). This fish is much appreciated in gastronomy and sport fishing. However, with increasing habitat degradation, overfishing and damming of rivers due to electric power generation, the fauna of these areas has suffered large impacts, and studies aimed at conservation are needed. In this approach, microsatellite markers have been used to assess the genetic structure of natural populations in order to provide data for management and conservation programs. Despite the microsatellite markers are extremely useful for many organisms including dourado, there are not species-specific loci described yet. Thus, in the present study we used heterologous loci, described for three species related to S. brasiliensis in eight populations of this fish (four residents and four migratory). Samples of 201 animals were collected in the Mogi-Guaçú River (Cachoeira de Emas, Pirassununga, SP) during the years 2007-2009, including reproductive periods (November-February) and non-reproductive (March-October). DNA was extracted using protocol phenol: chloroform: isoamyl alcohol. We tested 29 microsatellite loci, 16 were described for Salminus franciscanus, six for Brycon hilarii and seven for Brycon opalinus. Of this total, only ten loci (nine for S. franciscanus and one for B. opalinus) have demonstrated excellent amplification and high polymorphism, being used in population analysis of S. brasiliensis. Statistical analysis was performed in Genepop 4.0 (HWE, heterozygosity, linkage disequilibrium), FSTAT 2.9.3. (FST, genetic diversity and allelic richness, Fis), GenAlEx 6 (private alleles), Popgene 1.31. (distance and genetic identities), Micro-Checker (null alleles) and Structure 2.3.1. (assignment test and population differentiation). The number of alleles ranged from eight (Sfra18) to 48 (Sfra02), considering all populations together. The levels of observed heterozygosity ranged from 0,668 (RT- 07/2008) to 0,776 (MT-01/2009), and seven populations were out of the HWE at least for one locus. The values of Nei's distance and genetic identity varied, respectively, from 0,08 to 0,29 and 0,75 to 0,92. The data show that these populations have high intra-population genetic variability and low population differentiation between them. The FST values, together with the data of gene and genotypic differentiation and the analysis in the software Structure pointed to the existence of at least two populations outside the breeding period in the analysis. For populations sampled within the reproductive period no structure was identified. These results may help to better understand about the migratory behavior and their reproduction in the region of Cachoeira de Emas, contributing to management actions related to fisheries and conservation of this important migratory fish species. O dourado (Salminus brasiliensis Cuvier, 1816) é um excelente peixe migrador, possuindo grande porte e larga distribuição na América do Sul, com presença nas bacias dos rios Paraná, Uruguai, Prata e Paraguai (Brasil, Argentina, Uruguai e Paraguai), na drenagem da Laguna dos Patos (Rio Grande do Sul, Brasil) e na porção superior do sistema do alto rio Mamoré e Chaparé (Bolívia). Este peixe é muito apreciado na pesca esportiva e gastronomia. Porém, com a crescente degradação de habitats, a sobrepesca e o represamento de rios para fins de geração de energia elétrica, a fauna dessas áreas vem sofrendo grandes impactos, sendo necessários estudos que visem sua conservação. Dentro desta abordagem, marcadores moleculares microssatélites vêm sendo utilizados para avaliar a estrutura genética de populações naturais com o objetivo de subsidiar programas de manejo e conservação. Apesar dos microssatélites serem marcadores extremamente úteis, para muitos organismos incluindo o dourado, não há locos espécie-específicos descritos. Desta forma, no presente trabalho foram utilizados locos heterólogos descritos para três espécies relacionadas à S. brasiliensis em oito populações (sendo quatro residentes e quatro migradoras). Amostras de 201 animais foram coletadas no rio Mogi-Guaçu (região da Cachoeira de Emas, município de Pirassununga, SP) durante os anos de 2007 a 2009, incluindo os períodos reprodutivos (Novembro a Fevereiro) e não reprodutivo (Março a Outubro). O DNA foi extraído utilizando protocolo fenol:clorofórmio:álcool isoamílico. Foram testados 29 locos microssatélites, sendo 16 descritos para Salminus franciscanus, seis para Brycon hilarii e sete para Brycon opalinus. Deste total, apenas dez locos (nove de S. franciscanus e um de B. opalinus) demonstraram excelente padrão de amplificação e alto polimorfismo, sendo utilizados nas análises populacionais de S. brasiliensis. As análises estatísticas foram feitas nos programas Genepop 4.0 (EHW, níveis de heterozigosidade, desequilíbrio de ligação), FSTAT 2.9.3. (FST, diversidades gênica e riqueza alélica, Fis), GenAlEx 6 (alelos privados), Popgene 1.31. (distância e identidades genéticas), Micro-Checker (alelos nulos) e Structure 2.3.1. (teste de atribuição e diferenciação populacional). O número de alelos variou de oito (Sfra18) a 48 (Sfra02), considerando as oito populações conjuntamente. Os níveis de heterozigosidade média observada variaram de 0,668 (RT-07/2008) a 0,776 (MT-01/2009), sendo que sete populações apresentaram-se fora do EHW para pelo menos um loco. Os valores de distância e identidade genética de Nei variaram, respectivamente, de 0,08 a 0,29 e 0,75 a 0,92. Os dados obtidos demonstram que estas populações apresentam alta variabilidade genética intra-populacional e baixa diferenciação entre as populações aqui analisadas. Os valores de FST, juntamente com os dados de diferenciação gênica e genotípica e análises no programa Structure apontam para a provável existência de pelo menos duas populações residentes diferenciadas. Para as populações amostradas dentro do período reprodutivo nenhuma estruturação foi identificada. Estes resultados podem auxiliar a entender melhor o comportamento migratório e reprodutivo destes animais na região de Cachoeira de Emas, contribuindo para proposições de ações de manejo relacionadas à pesca e conservação desta importante espécie de peixe migrador.

O Brasil é um dos principais centros de dispersão da variabilidade genética do gênero Passiflora. Sua auto-incompatibilidade aliada à incidência de doenças do sistema radicular e da parte aérea, desmatamentos e monocultivos promovem perda de material genético. Tendo-se em vista o risco de erosão genética, torna-se necessário a conservação da variabilidade em bancos de germoplasma, de grande interesse no melhoramento de plantas. Estudos em relação ao tipo de explante e concentração dos meios de cultivo são necessários para se determinar protocolo de estabelecimento e conservação in vitro de germoplasma de maracujá. O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência da concentração dos sais e nutrientes do meio MS e tipos de explantes no estabelecimento e crescimento das espécies de maracujazeiro Passiflora giberti N. E. Brown, P. edulis Sims e P. laurifolia L. Em cada espécie de Passiflora havia características próprias quanto ao desenvolvimento in vitro. O meio de cultura MS completo e os segmentos nodais que continham a segunda gema axilar tiveram melhores resultados em relação às demais. Brazil is one of the main centers of genetic variability dispersion of the Passiflora genera. Its self incompatibility as well as disease incidence in its leaves and root system and, deforestation and monocultivation, promote loss of genetic material. Considering the risk of genetic erosion, the conservation of the variability in germplasm banks, which is of great interest in plant breeding, is necessary. Studies regarding the type of explant and concentration of the culture media are necessary in order to determine protocols of establishment and in vitro conservation of passion-fruit germplasm. The objective of the present work was to evaluate the influence of the salt and nutrient concentration in the MS culture medium and types of explants in the establishment and growth of the Passion fruit species: Passiflora giberti N. E.Brown, P. edulis Sims and P. laurifolia L. Each Passiflora species presented its own characteristics regarding in vitro development. The complete MS medium and nodal segments the second axilliary bud promoted better development of the genotypes studied.

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